​​     ​​​ซาร์นิโคลัสที่ ๒ เป็นประมุของค์สุดท้ายที่ปกครองในระบอบกษัตริย์ของจักรวรรดิรัสเซีย ทรงขึ้นครองราชบัลลังก์ใน ค.ศ. ๑๘๙๔ และยึดมั่นในการปกครองแบบอัตตาธิปไตย (autocracy) พระองค์ทรงปฏิเสธการปฏิรูปเปลี่ยนแปลงทางการเมืองและสังคม ทุกรูปแบบและซารีนาอะเล็กซานดรา เฟโอโดรอฟนา (Alexandra Feodorovna)* พระมเหสีก็สนับสนุนพระองค์ให้เป็นผู้นำแบบอำนาจนิยม (authoritarian leader) ซาร์นิโคลัสที่ ๒ ทรงเป็นที่เกลียดชังของกลุ่มปัญญาชนปฏิวัติที่เชื่อมั่นในอุดมการณ์ลัทธิมากซ์ (Marxism)* เมื่อเกิดการปฏิวัติเดือนตุลาคม ค.ศ. ๑๙๐๕ ซึ่งเป็นผลสืบเนื่องจากวันอาทิตย์นองเลือด (Bloody Sunday)* ที่กรุงเซนต์ปีเตอร์สเบิร์ก (St. Petersburg) ภาพลักษณ์ของซาร์นิโคลัสที่ ๒ ในฐานะบิดาผู้เอื้ออาทรต่อประชาชนได้ถูกทำลายลงเพราะการใช้กำลังทหารปราบปรามการชุมนุมเดินขบวนอย่างสันติของประชาชนซาร์นิโคลัสที่ ๒ จึงได้ชื่อว่าเป็นผู้ทำลายชีวิตประชาชน

อย่างไร้คุณธรรมและทรงได้รับฉายา "นิโคลัสผู้กระหายเลือด" (Bloody Nicholas) นอกจากนั้นพระองค์ยังทรงนำกองทัพรัสเซียไปสู่ความพ่ายแพ้ในระหว่างสงครามโลกครั้งที่ ๑ (First World War)* และล้มเหลวที่จะ ควบคุมวิกฤตการณ์ทางการเมืองและสังคมภายในประเทศจนนำไปสู่การปฏิวัติเดือนกุมภาพันธ์ (February Revolution)* ค.ศ. ๑๙๑๗ ที่กรุงเปโตรกราด ทรงถูกสภาดูมา (Duma)* บังคับให้สละราชย์ หลังการปฏิวัติเดือนตุลาคม (October Revolution)* ค.ศ. ๑๙๑๗ ซาร์นิโคลัสที่ ๒ และพระราชวงศ์ถูกควบคุม ณ พระตำหนักฤดูร้อนที่ซาร์สโกเยเซโล (Tsarskoye Selo) ซึ่งห่างจากกรุงเปโตรกราดประมาณ ๒๔ กิโลเมตร แต่เมื่อเกิดสงครามกลางเมืองรัสเซีย (Russian Civil War)* ระหว่าง ค.ศ. ๑๙๑๘-๑๙๒๑ พระองค์และพระราชวงศ์ถูกส่งไปควบคุมที่เมืองเยคาเตรินบุร์ก (Yekaterinburg) ในไซบีเรีย และถูกปลงพระชนม์พร้อมกับพระราชวงศ์ทั้งหมดในคืนวันที่ ๑๖ ต่อวันที่ ๑๗ กรกฎาคม ค.ศ. ๑๙๑๘
     ซาร์นิโคลัสที่ ๒ ทรงเป็นพระราชโอรสองค์โตในซาร์อะเล็กซานเดอร์ที่ ๓ (Alexander III)* และซารีนามาเรีย เฟโอโดรอฟนา [ (Maria Feodorovna)* มีพระนามเดิมว่าเจ้าหญิงมารี โซฟี เฟรเดอริกา ดักมาร์แห่งเดนมาร์ก (Marie Sophie Frederika Dagmar of Denmark)] ประสูติเมื่อวันที่ ๑๘ พฤษภาคม ค.ศ. ๑๘๖๘ ณ กรุงเซนต์ปีเตอร์สเบิร์ก ทรงมีพระอนุชาและพระภคินีรวม ๕ พระองค์แต่พระอนุชาองค์รองคือแกรนด์ดุ๊กอะเล็กซานเดอร์ (Alexander) สิ้นพระชนม์ในวัยเยาว์พระองค์ทรงดำรงพระอิสริยยศมกุฎราชกุมารในตำแหน่งซาเรวิช (Tsarevich) พระราชบิดาและพระราชมารดา ทรงฟูมฟักและเลี้ยงพระราชโอรสและพระราชธิดาอย่างใกล้ชิด พระราชมารดาทรงตามพระทัยพระโอรสอย่างมากและแทบไม่ยอมให้ห่างจากสายพระเนตร นิโคลัสที่ ๒ เมื่อทรงพระเยาว์ ทรงถูกเรียกว่า "แม่หนู" (girly girl) เมื่อเจริญพระชันษาขึ้น มีพระพักตร์คมคายทรงสูงเพียง ๕ ฟุต ๗ นิ้ว มีพระทัยอ่อนไหว ขี้อายและถือพระองค์ นอกจากนั้น พระบุคลิกภาพก็ยังไม่เป็นที่สบพระทัยของพระราชบิดา พระองค์จึงมักทรงถูกเคี่ยวเข็ญอย่างเข้มงวด นิโคลัสที่ ๒ มีพระสหายที่ใกล้ชิดคือแกรนด์ดุ๊กจอร์จี (Georgy) พระอนุชาซึ่งทรงมีพระ พลานามัยอ่อนแอและสิ้นพระชนม์ใน ค.ศ. ๑๘๙๙
     นิโคลัสที่ ๒ ทรงได้รับการถวายการศึกษาเป็นการส่วนพระองค์จากพระอาจารย์ผู้ทรงคุณวุฒิสาขาต่าง ๆ ซึ่งได้ชื่อว่าเชี่ยวชาญและรอบรู้ที่สุดในจักรวรรดิเป็นต้นว่าคอนสตันติน เปโตรวิช โพเบโดนอสต์ซอฟ (Constantin Petrovich Pobedonostsev) ศาสตราจารย์สาขากฎหมายแห่งมหาวิทยาลัยมอสโก นิโคไล บุนเก (Nikolai Bunge) ศาตราจารย์สาขาเศรษฐศาสตร์และ อดีตเสนาบดีว่าการกระทรวงการคลังระหว่าง ค.ศ. ๑๘๘๑-๑๘๘๖ ซึ่งสอนสถิติและเศรษฐศาสตร์การเมืองและนิโคไล กีร์ส (Nikolai Giers) เสนาบดีว่าการกระทรวงการต่างประเทศระหว่าง ค.ศ. ๑๘๘๒-๑๘๙๕ สอนความสัมพันธ์ระหว่างประเทศ คณาจารย์เหล่านี้จะไม่ได้รับอนุญาตให้แสดงความเห็นเกี่ยวกับความก้าวหน้าในการเรียนและห้ามตั้งคำถามที่จะเป็นการทดสอบความรู้ของพระองค์ด้วย นอกจากการเรียนวิชาต่าง ๆ ซึ่งรวมทั้งวิชาการทหารในหลักสูตรพิเศษเพื่อเตรียมพระองค์เป็นซาร์ตั้งแต่พระชนมายุ ๘ พรรษาแล้ว นิโคลัสที่ ๒ ยังทรงเรียนเสริมเกี่ยวกับรัสเซียด้านต่าง ๆ และเน้นการเรียนภาษายุโรปต่าง ๆ ยกเว้นกรีกและละติน ทรงมีทักษะในภาษาฝรั่งเศสและอังกฤษแต่ไม่สันทัดภาษาเยอรมันและเดนมาร์ก ทรงโปรดนวนิยายเชิงประวัติศาสตร์และงานเขียนของลีโอ ตอลสตอย (Leo Tolstoy) อันตอน เชคอฟ (Anton Chekov) และฟิโอดอร์ ดอสโตเยฟสกี (Fyodor Dostoyevsky) ทั้งโปรดอ่านหนังสือโดยจะอ่านหนังสือต่าง ๆ ประมาณ ๒๐ เล่มต่อเดือน นอกจากนี้ยังทรงได้รับการปลูกฝังให้ทรงเขียนบันทึกทั้งเรื่องส่วนพระองค์และพระราชภารกิจทุกวัน โดยทรงบันทึกเป็นภาษารัสเซียและภาษาอังกฤษต่อมา เมื่อทรงพบรักกับเจ้าหญิงอาลิกซ์ ฟอน เฮสส์-ดาร์มชตัดท์ (Alix von Hesse-Darmstadt) ใน ค.ศ. ๑๘๘๙ เจ้าหญิงทรงทราบเรื่องการโปรดบันทึกและทั้งสองพระองค์ก็ทรงมีพระอักษรถึงกันและกันเป็นภาษาอังกฤษเกือบจะทุกวันตราบจนสิ้นพระชนม์ใน ค.ศ. ๑๙๑๘ บันทึกส่วนพระองค์ที่ยังคงหลงเหลืออยู่จำนวนหนึ่งเป็นข้อมูลทางประวัติศาสตร์ที่สำคัญในการศึกษาเกี่ยวกับราชวงศ์โรมานอฟในเวลาต่อมา อย่างไรก็ตามซาร์อะเล็กซานเดอร์ที่ ๓ ในชั้นต้นไม่โปรดเจ้าหญิงอาลิกซ์เพราะประสงค์จะให้ซาเรวิชหมั้นหมายกับเจ้าหญิงเอแลน (Hélène) แห่งราชวงศ์ออร์เลออง (Orléans) เพื่อสร้างสายสัมพันธ์กับฝรั่งเศสแต่ซาเรวิชปฏิเสธและภายหลังพระบิดาก็ทรงเปลี่ยนพระทัย
     นิโคลัสที่ ๒ ทรงสำเร็จการศึกษาใน ค.ศ. ๑๘๙๐ ก่อนครบรอบวันพระราชสมภพพระชนมายุ ๒๒ พรรษาไม่นานนัก ตามจารีตของราชสำนักเพื่อให้ทรง พร้อมที่จะเป็นซาร์ ซาเรวิชต้องเสด็จประพาสประเทศต่าง ๆ เป็นเวลานานเพื่อแนะนำพระองค์ให้เป็นที่รู้จักในราชสำนักต่าง ๆ ของยุโรป แต่ซาร์อะเล็กซานเดอร์ที่ ๓ ทรงให้ซาเรวิชนิโคลัสและแกรนด์ดุ๊กจอร์จีพระอนุชา พร้อมด้วยพระประยูรญาติอีก ๓ พระองค์เสด็จประพาสท่องโลกแทนโดยเยือน อียิปต์ อินเดีย ลังกา เกาะสิงคโปร์ ปัตตาเวีย จีนและญี่ปุ่น หลังเสด็จเยือนญี่ปุ่นก็จะกลับรัสเซียทางด้านไซบีเรียเพื่อวางศิลาฤกษ์ทางรถไฟสายทรานส์ไซบีเรีย (Trans-Siberia) ที่สถานีวลาดิวอสตอค (Vladivostok) การประพาสดินแดนทางตะวันออกนี้ส่วนหนึ่งเป็นเพราะซาร์อะเล็กซานเดอร์ที่ ๓ ประสงค์จะแยกความสัมพันธ์อันลึกซึ้งระหว่างพระราชโอรสกับมาทิลเด คเชสซินสกายา (Mathilde Kschessinskaya) ดาราบัลเล่ต์วัย ๑๗ ปี ซึ่งกำลังเป็นที่ซุบซิบทั่วไปในกรุงเซนต์ปีเตอร์สเบิร์ก ส่วนเหตุผลอีกประการหนึ่งคือรัสเซียกำลังปรับเปลี่ยนนโยบายต่างประเทศตามกระแสลัทธิจักรวรรดินิยม (Imperialism)* เพื่อขยายอิทธิพลแข่งขันกับมหาอำนาจยุโรปอื่น ๆ ในดินแดนโพ้นทะเล ในช่วงการเดินทางท่องโลกครั้งนี้มีการปรับเส้นทางโดยเสด็จเยือนสยามด้วยเป็นเวลา ๕ วัน การเสด็จประพาสสยามไม่เพียงทำให้ความสัมพันธ์ของทั้งสองประเทศแนบแน่นกันมากขึ้นเท่านั้น แต่ยังวางรากฐานของสายสัมพันธ์อันใกล้ชิดระหว่างราชวงศ์โรมานอฟกับราชวงศ์จักรีในเวลาต่อมาด้วย
     อย่างไรก็ตาม เมื่อเสด็จถึงอินเดีย แกรนด์ดุ๊กจอร์จีทรงประชวรเพราะแพ้อากาศร้อนและต้องเสด็จกลับรัสเซียก่อนกำหนดในวันที่ ๒๓ มกราคม ค.ศ. ๑๘๙๑ ส่วนซาเรวิชนิโคลัสขณะเสด็จประพาสญี่ปุ่น ณ เมืองเล็ก ๆ ชื่อโอสึ (Ōtsu) เมื่อวันที่ ๑๙ เมษายนก็ทรงถูกตำรวจญี่ปุ่นคนหนึ่งซึ่งกล่าวกันว่าเป็นคนคลั่งศาสนาและเสียสติจู่โจมทำร้ายจนพระองค์ทรงบาดเจ็บ ทำให้ต้องยกเลิกหมายกำหนดการทั้งหมด ประสบการณ์ดังกล่าวและรอยแผลเป็นที่พระเศียรทำให้ซาเรวิชนิโคลัสไม่โปรดชาวญี่ปุ่นอย่างมากทั้งเรียกพวกเขาอย่างเหยียดหยามว่า "พวกลิง" ในเวลาต่อมาเมื่อเกิดสงครามรัสเซีย-ญี่ปุ่น (Russo-Japanese War)* ใน ค.ศ. ๑๙๐๔ ซาร์นิโคลัสจึงมุ่งมั่นที่จะพิชิตญี่ปุ่นให้ได้
     หลังการเสด็จประพาสท่องโลก ซาเรวิชนิโคลัสทรงสานต่อความสัมพันธ์กับคเชสซินสกายาและมักเสด็จมาประทับกับเธอ ณ คฤหาสน์ที่ทรงช่วยซื้อให้ ความสัมพันธ์อันใกล้ชิดดังกล่าวมีส่วนทำให้เธอได้เป็นนักบัลเลต์แห่งราชสำนัก (Imperial dancer) ที่มีอิทธิพลสำคัญในคณะบัลเลต์หลวง ซาเรวิชนิโคลัสไม่ได้มีบทบาทมากนักในการบริหารปกครองประเทศเพราะซาร์อะเล็กซานเดอร์ที่ ๓ ซึ่งชอบตัดสินพระทัยเรื่องการปกครองอย่างเด็ดขาดด้วยพระองค์เอง ทรงเห็นว่าพระราชโอรสยังไม่พร้อมที่จะบริหารปกครองและต้องอยู่ในการดูแลและชี้แนะจากพระองค์อย่างค่อยเป็นค่อยไปก่อน พระองค์จึงแทบจะไม่มีโอกาสได้เข้าร่วมประชุมกับคณะเสนาบดีและรับทราบงานราชการแผ่นดิน ในฤดูใบไม้ผลิ ค.ศ. ๑๘๙๔ ซาเรวิชนิโคลัสเสด็จเยือนแคว้นเฮสส์-ดาร์มชตัดท์ (Hesse-Darmstadt) เพื่อร่วมงานอภิเษกสมรสพระเชษฐาของเจ้าหญิงอาลิกซ์ ในการเสด็จครั้งนี้ซาเรวิชทรงขอหมั้นเจ้าหญิงอาลิกซ์ซึ่งเจ้าหญิงก็ทรงยอมรับและยอมจะเปลี่ยนการนับถือคริสต์ศาสนานิกายโปรเตสแตนต์เป็นนิกายออร์ทอดอกซ์รัสเซีย การตัดสินพระทัยครั้งนี้เข้าใจว่า ไกเซอร์วิลเลียมที่ ๒ (William II ค.ศ. ๑๘๘๘-๑๙๑๘)* พระญาติสนิทและ สมเด็จพระราชินีนาถวิกตอเรีย (Victoria ค.ศ. ๑๘๓๗-๑๙๐๑)*  พระอัยกาทรงสนับสนุนอย่างมาก มาทิลเดพยายามทำลายความสัมพันธ์ของทั้งสองพระองค์ด้วยการมีจดหมายทูลเจ้าหญิงอาลิกซ์เกี่ยวกับความสัมพันธ์ที่แนบแน่นระหว่างเธอกับซาเรวิช แต่ประสบความล้มเหลว
     ในฤดูร้อน ค.ศ. ๑๘๙๔ ซาเรวิชนิโคลัสและเจ้าหญิงอาลิกซ์ทรงหมั้นอย่างเป็นทางการต่อเบื้องพระพักตร์สมเด็จพระราชินีนาถวิกตอเรีย ณ พระราชวังวินเซอร์เมื่อวันที่ ๘ เมษายน ของหมั้นที่ซาเรวิชประทานคือพระธำมรงค์มุกและสร้อยพระศอมุกธรรมชาติสีชมพูเม็ดใหญ่ เข็มกลัดประดับเพทายล้อมเพชรและรัดพระองค์มรกตเม็ดเขื่อง ส่วนซาร์อะเล็กซานเดอร์ที่ ๓ พระราชทานสร้อยพระศอมุกซ้อนหลายชั้นซึ่งมีความยาวเลยบั้นพระองค์ของเจ้าหญิงอาลิกซ์

และเป็นฝีมือของปีเตอร์ คาร์ล ฟาแบร์เช (Peter Carl Faberge)* ช่างออกแบบเครื่องเพชรประจำราชสำนัก ว่ากันว่าสร้อยพระศอนี้งดงามและมีค่าที่สุดเท่าที่ฟาแบร์เชเคยทำถวายราชสำนัก และมีมูลค่าสูงถึง ๒๕๐,๐๐๐ รูเบิลทองคำหรือกว่า ๑๗๕,๐๐๐ ดอลลาร์สหรัฐ
     เมื่อซาร์อะเล็กซานเดอร์ที่ ๓ ประชวรหนักและต้องเสด็จประทับ ณ พระตำหนักตากอากาศลิวาเดีย (Livadia) ที่คาบสมุทรไครเมีย ทรงให้เจ้าหญิงอาลิกซ์ซึ่งได้รับการทูลเชิญให้เสด็จจากเยอรมนีมารัสเซียด่วนเข้าเฝ้าเพื่อพระราชทานพรก่อนอภิเษกสมรสและเพื่อสร้างความใกล้ชิดกับพระประยูรญาติ หลังจากเจ้าหญิงอาลิกซ์ประทับที่รัสเซียได้เพียง ๙ วันซาร์อะเล็กซานเดอร์ที่ ๓ ขณะพระชนมายุ ๔๙ พรรษาก็สวรรคตเมื่อวันที่ ๑ พฤศจิกายน ค.ศ. ๑๘๙๔ ในวันรุ่งขึ้นเจ้าหญิงอาลิกซ์ก็ทรงประกอบพิธีเปลี่ยนศาสนาและเปลี่ยนพระนามเป็นอะเล็กซานดรา เฟโอโดรอฟนา ซาร์นิโคลัสทรงประสงค์จะเสกสมรสกับเจ้าหญิงอย่างเงียบ ๆ ทันทีแต่พระประยูรญาติส่วนใหญ่ทัดทานเพราะเห็นว่าพระราชพิธีอภิเษกสมรสเป็นงานพิธีสำคัญของรัฐและต้องจัดทำที่พระราชวังฤดูหนาว ณ กรุงเซนต์ปีเตอร์สเบิร์กวันอภิเษกสมรสจึงถูกกำหนดขึ้นในวันที่ ๒๖ พฤศจิกายนสองสัปดาห์หลังงานพิธีฝังพระศพซาร์อะเล็กซานเดอร์ที่ ๓ วันอภิเษกตรงกับวันพระราชสมภพของพระราชมารดาซึ่งราชสำนักยอมผ่อนปรนการไว้ทุกข์ถวายแด่ซาร์อะเล็กซานเดอร์ที่ ๓ พระราชพิธีอภิเษกสมรสที่เกิดขึ้นอย่างเร่งรีบและภาพของเจ้าหญิงอาลิกซ์ที่ เสด็จรัสเซียในขบวนพระศพตามติดหีบพระศพซาร์อะเล็กซานเดอร์ที่ ๓ มีส่วนทำให้ชาวรัสเซียทั่วไปที่เชื่อในโชคลางและเรื่องลี้ลับรู้สึกไม่สบายใจและซุบซิบกันว่าเป็นเค้าของลางร้าย
     หลังงานอภิเษกสมรส ซาร์นิโคลัสและซารีนา อะเล็กซานดราทรงประทับร่วมกับซารีนามาเรีย ณ พระราชวังอนิตชคอฟ (Anitchkov) กลางกรุงเซนต์ปีเตอร์สเบิร์กเป็นเวลากว่าครึ่งปี เนื่องจากเป็นการเสกสมรสกะทันหันซาร์นิโคลัสไม่มีเวลาจัดเตรียมที่ประทับอันเหมาะสมได้ในช่วงเวลาดังกล่าวทั้งซารีนามาเรียกับพระสุนิสาทรงไม่สามารถปรับพระองค์เข้าด้วยกันและมักหมางพระทัยกันเสมอ ต่อมา ทรงย้ายไปประทับ ณ พระราชวังอะเล็กซานเดอร์ ณ ซาร์สโกเยเซโล นอกกรุงเซนต์ปีเตอร์สเบิร์กซึ่งกลายเป็นที่ประทับถาวรจนสิ้นรัชกาล ซาร์นิโคลัสทรงแบ่งพระราชวังอะเล็กซานเดอร์เป็น ๒ ส่วนส่วนหนึ่งเป็นสถานที่ทรงงานราชการและรับรองพระราชอาคันตุกะและอีกส่วนหนึ่งเป็นที่ประทับส่วนพระองค์ซึ่งทรงตกแต่งให้มีบรรยากาศของบ้านที่อบอุ่นสวยงามและมีชีวิตชีวาแบบอังกฤษ ทั้ง ๒ พระองค์จึงแทบจะไม่เสด็จมากรุงเซนต์ปีเตอร์สเบิร์กซึ่งทำให้พระราชวงศ์แทบตัดขาดความสัมพันธ์กับแวดวงสังคมชั้นสูงของราชสำนัก ซารีนาอะเล็กซานดราซึ่งพระพลานามัยไม่แข็งแรงและพระเพลาอ่อนแอจนพระนางไม่สามารถทรงม้าหรือเล่นเทนนิสและแบดมินตันซึ่งเป็นกีฬาที่นิยมกันในหมู่พระราชวงศ์และชนชั้นสูงได้พระนางจึงไม่ชอบเสด็จด้วยพระบาทหรือเสด็จไปไหน ๆ ทั้งยังทรงโปรดที่จะใช้เวลาเกือบทั้งวันประทับ ณ ห้องสีม่วง (Mauve Boudoir) ซึ่งเป็นห้องส่วนพระองค์ที่ทุกอย่างเป็นสีม่วงหมด ซาร์นิโคลัสก็มักปลีกพระองค์มาประทับร่วมกับพระมเหสีเสมอจนทำให้เห็นว่าพระนางมีอิทธิพลอย่างมากต่อพระองค์ ซารีนาจึงกลายเป็นเป้าที่ถูกเกลียดชังและว่าร้ายมากขึ้น
     การก้าวสู่อำนาจของซาร์องค์ใหม่ทำให้เป็นที่คาดหวังกันทั่วไปว่าพระองค์จะผ่อนคลายการปกครองแบบอัตตาธิปไตย แต่ซาร์นิโคลัสทรงแถลงพระ ปณิธานอย่างชัดเจนว่าจะทรงยึดแนวทางอัตตาธิปไตยตามแบบพระราชบิดา ทั้งปฏิเสธที่จะให้ประชาชนมีส่วนร่วมในการปกครอง รวมทั้งไม่เห็นด้วยที่จะให้เซมสตโว (Zemstvo) หรือสภาท้องถิ่นมีอำนาจในการปกครองตนเองมากขึ้น อย่างไรก็ตาม พระบุคลิกที่สุภาพและเกรงใจคน ทั้งไม่ชอบตัดสินพระทัยในเรื่องต่าง ๆ ไม่ว่าจะเป็นเรื่องเล็กหรือเรื่องใหญ่ทำให้พระองค์ทรงขาด ความเข้มแข็งที่จะปกครองอย่างเด็ดขาด พระองค์มักตัดสินพระทัยเรื่องงานบริหารราชการโดยนำคำแนะนำจากผู้ที่ถวายความเห็นคนสุดท้ายเป็นแนวทางปฏิบัติและบ่อยครั้งซารีนาอะเล็กซานดราจะเป็นผู้ให้ความเห็นคนสุดท้าย นอกจากนี้ ความเป็นคนเจ้าระเบียบยังทำให้พระองค์ใส่พระทัยกับรายละเอียดทุกขั้นตอนของงานบริหารซึ่งแตกต่างจากซาร์อะเล็กซานเดอร์ที่ ๓ ที่ทรงเน้นแนวนโยบายทั่วไป การผลักดันนโยบายต่าง ๆ ให้บรรลุผลในทางปฏิบัติจึงล่าช้าและขาดประสิทธิผลเมื่อเวลาผ่านไป การบริหารราชการแผ่นดินก็กลายเป็นภาระอันหนักอึ้งซึ่งซาร์ไม่สามารถควบคุมและบริหารได้ดีเท่าที่ควร ในช่วงแรกของรัชสมัย ซาร์นิโคลัสทรงไว้วางพระทัยให้เคานต์เซียร์เกย์ ยูล์เยวิช อิตเต (Sergei Yulyevich Witte)* เสนาบดีคลังและปิออตร์ อาร์คัดเยวิช สโตลิปิน (Pyotr Arkadyevich Stolypin)*  เสนาบดีมหาดไทยเป็นผู้วางแนวทางการบริหารประเทศ
     ต่อมาในวันที่ ๑๔ พฤษภาคม ค.ศ. ๑๘๙๖ ซาร์นิโคลัสทรงประกอบพระราชพิธีราชาภิเษกอย่างเป็นทางการ ณ มหาวิหารอัสสัมชัญ (Assumption) ในพระราชวังเครมลินซึ่งเป็นมหาวิหารที่ ประกอบพระราชพิธีของซาร์ทุกพระองค์นับจากซาร์อีวานที่ ๔ (Ivan IV ค.ศ. ๑๕๓๓-๑๕๘๔) เป็นต้นมา ทรงเฉลิมพระนามว่า "นิโคลัสที่ ๒" โดยทรงประกาศพระนามว่า "We, Nicholas the Second, by the grace of God, Emperor and Autocrat of all Russias, of Moscow, Kiev, Vladimir, Novgorod, Tsar of Kazan, Tsar of Astrakhan, King of Poland, Tsar of Siberia, Tsar of Tauric Chersonesos, Tsar of Georgia, Lord of Pskov, and Grand Duke of Smolensk, Lithuania, Volhynia, Podolia, and Finland, Prince of Estonia, Livonia, Courland and Semigalia, Samogitia, Bialystok, Karelia, Tver, Yugra, Perm, Vyatka, Bulgaria and other territories; Lord and Grand Duke of Nizhny Novgorod, Chernigov; Ruler of Ryazan, Polotsk, Rostov, Yaroslavl, Beloozero, Udoria, Obdoria, Kondia, Vitebsk, Mstislav, and all northern territories; Ruler of Iveria, Kartalinia, and the Kabardinian lands and Armenian territories - hereditary Ruler and Lord of the Cherkess and Mountain Princes and others; Lord of Turkestan, Heir of Norway, Duke of Schleswig- Holstein, Stormarn, Dithmarschen, Oldenburg and so forth, and so forth, and so forth."
     สี่วันหลังงานพระราชพิธี แกรนด์ดุ๊กเซียร์เกย์ อะเล็กซานโดรวิช (Sergei Alexandrovich) ผู้ว่าการนครมอสโกซึ่งเป็นพระปิตุลา (อา) ของซาร์นิโคลัสที่ ๒ ได้จัดงานเฉลิมฉลองวโรกาสอันเป็นมงคลด้วยการเตรียมของขวัญพระราชทานเป็นหีบห่ออาหารกว่า ๔๐๐,๐๐๐ ชุด พร้อมถ้วยกระเบื้องเคลือบที่ มีลายเซ็นพระปรมาภิไธย กำหนดการแจกจ่ายของเวลา ๑๐.๐๐ น. ณ ทุ่งโฮดินกา (Khodynka) ที่ตั้งอยู่ทางตะวันตกเฉียงเหนือของมอสโก ซึ่งพื้นที่ส่วนใหญ่เป็นสนามเพลาะและท้องร่องและเคยใช้เป็นสถานที่ฝึกอบรมทหาร ข่าวลือที่ว่ามีผู้ได้รับถ้วยกระเบื้องเคลือบที่งดงามซึ่งถือเป็นสิ่งล้ำค่าสำหรับสามัญชนทำให้ผู้คนจำนวนมากต่างหลั่งไหลมาที่ทุ่งโฮดินกาและในช่วง ๖.๐๐ น. ก็เบียดเสียดกันเพื่อเตรียมแย่งรับของจนพื้นดินที่อ่อนยุบตัวเป็นบ่อใหญ่ ประมาณว่ามีผู้เสียชีวิตจากการถูกเหยียบและตกไปในบ่อราว ๑,๓๘๙ คนและบาดเจ็บจำนวนมาก ข่าวโศกนาฏกรรมที่เกิดขึ้น ทำให้ซาร์นิโคลัสที่ ๒ และ ซารีนามาเรียโทมนัสและประสงค์จะยกเลิกงานฉลองต่าง ๆ ทั้งหมด แต่ทรงได้รับการทัดทานจากเหล่าเสนาบดีผู้ใหญ่และพระประยูรญาติ ซาร์นิโคลัสที่ ๒ และพระมเหสีจึงจำต้องเสด็จไปเปิดงานการแสดงรอบพิเศษที่โรงละครบอลชอย (Bolshoi) และงานเต้นรำที่สถานทูตฝรั่งเศสเป็นเจ้าภาพในคืนวันเดียวกันนั้น ฝ่ายที่ต่อต้านพระองค์จึงใช้เหตุการณ์ดังกล่าวโจมตีในเวลาต่อมาว่าทรงเย็นชาไม่ใส่พระทัยกับชีวิตของราษฎร อย่างไรก็ตาม ในวันรุ่งขึ้นทั้งซาร์และซารีนาก็เสด็จเยี่ยมผู้บาดเจ็บที่โรงพยาบาลและพระราชทานเงินแก่ผู้เสียชีวิตและบาดเจ็บครอบครัวละ ๑,๐๐๐ รูเบิล รวมทั้งให้จัดตั้งหน่วยงานพิเศษเพื่อดูแลช่วยเหลือเด็กที่สูญเสียบิดามารดาจากเหตุการณ์ที่เกิดขึ้น ประชาชนที่เชื่อถือโชคลางจึงซุบซิบกันว่าในวันแรกของการขึ้นสู่บัลลังก์ก็มีเหตุร้ายที่เรียกกันต่อมาว่า "วันเสาร์นองเลือด" (Bloody Saturday) ซึ่งจะทำให้รัชสมัยของพระองค์ไม่สงบสุขและยังกล่าวกันต่ออีกว่าเจ้าหญิงเยอรมันคือผู้นำโชคร้ายมาสู่แผ่นดินรัสเซีย
     ในช่วงเวลาที่ซาร์นิโคลัสที่ ๒ ขึ้นครองราชย์รัสเซียกำลังอยู่ระหว่างการเปลี่ยนแปลงเป็นอุตสาหกรรมและขบวนการปฏิวัติของปัญญาชนที่เรียกว่า นารอดนิคหรือรัสเซียปอปปูลิสต์ (Narodnik; Russian Populism)* และกลุ่มองค์การปฏิวัติแนวทางลัทธิมากซ์กำลังเคลื่อนไหวทางความคิดในหมู่ประชาชนเพื่อโค่นล้มระบบซาร์ แนวทางการก่อการร้ายและการลอบสังหารบุคคลสำคัญในวงงานรัฐบาลเป็นต้นว่านิโคไลโบโกเลปอฟ (Nikolai Bogolepov) เสนาบดีกระทรวงศึกษาธิการ และเวียเชสลาฟ เปลเว (ViacheslavPlehve)* เสนาบดีมหาดไทยรวมทั้งการปลุกระดมปัญญาชนและกรรมกรให้ชุมนุมประท้วงและอื่น ๆ ทำให้ซาร์นิโคลัสที่ ๒ ทรงต่อต้านการปฏิรูปทางสังคมและการเมืองทุกรูปแบบ พระองค์ยังคงจดจำเหตุการณ์ขณะ พระชนมายุ ๑๓ พรรษา เมื่อได้เข้าเฝ้าพระอัยกา (ตา) ซาร์อะเล็กซานเดอร์ที่ ๒ (Alexander II)* เป็นครั้งสุดท้ายในขณะที่กำลังจะสวรรคตด้วยพิษบาดแผลที่ทรงถูกลอบปลงพระชนม์ ความตายและความโศกเศร้าในครั้งนั้นมีผลกระทบต่อจิตใจของซาร์นิโคลัสตลอดพระชนม์ชีพ จึงทรงสานต่อนโยบายของพระราชบิดาที่จะปกครองอย่างเด็ดขาดเพื่อรักษาอำนาจให้มั่นคง นอก จากนี้ พระองค์ยังทรงมีความเชื่ออย่างลึกซึ้งว่าทรงเป็นเจ้าเหนือหัวของรัสเซียและมีพันธะหน้าที่ต่อพระเป็นเจ้าที่มอบอำนาจให้พระองค์ปกครองเท่านั้น ซาร์จึงต่อต้านแนวความคิดเสรีนิยมและทรงให้ควบคุมและปราบปรามการเคลื่อนไหวของปัญญาชนอย่างเด็ดขาด ใน ค.ศ. ๑๘๙๗ ทรงสนับสนุนให้จัดพิมพ์หนังสือต่อต้านยิวเรื่อง พิธีสารของผู้อาวุโสแห่งไซออน (The Protocols of the Elders of Zion)* เพื่อทำลายกลุ่มการเมืองที่ต่อต้านพระองค์ โดยชี้ให้เห็นว่าฝ่ายต่อต้านล้วนเป็นสมาชิกของพวกยิวในการคบคิดวางแผนเพื่อยึดครองโลก แนวพระราชดำริดังกล่าวได้มีส่วนทำให้ขบวนขบวนการต่อต้านชาวยิว (Anti-Semiticism)* ขยายตัวอย่างรวดเร็วในสังคมรัสเซีย
     ใน ค.ศ. ๑๘๙๘ รัสเซียมีนโยบายขยายอิทธิพลในดินแดนตะวันออกไกลโดยได้รับสัมปทานจากจีนให้ควบคุมพื้นที่เส้นทางรถไฟ "สายตะวันออกของจีน" (Chinese Eastern Railway) ซึ่งแล่นจากจีนผ่านแมนจูเรียไปยังเมืองท่าวลาดิวอสตอคเป็นเวลา ๘๐ ปี รวมทั้งการเช่าสร้างฐานทัพเรือที่เมืองท่าปอร์ตอาเทอร์ (Port Arthur) บนคาบสมุทรเหลียวตง (Laiodong) สัมปทานดังกล่าวเปิดโอกาสให้รัสเซียขยายอำนาจเข้ายึดครองแมนจูเรียซึ่งนำไปสู่ความขัดแย้งระหว่างรัสเซียกับญี่ปุ่น ญี่ปุ่นเรียกร้องให้รัสเซียถอนกำลังทหารออกแต่รัสเซียเพิกเฉย ญี่ปุ่นจึงประกาศตัดความสัมพันธ์ทางการทูตกับรัสเซียเมื่อวันที่ ๕ กุมภาพันธ์ ค.ศ. ๑๙๐๔ และอีก ๓ วันต่อมาก็โจมตีกองทัพเรือรัสเซียที่เมืองปอร์ตอาเทอร์โดยรัสเซียไม่ทันรู้ตัว การโจมตีอย่างไม่คาดฝันดังกล่าวทำให้รัสเซียสูญเสียเรือไป ๓ ลำและนำไปสู่สงครามรัสเซีย-ญี่ปุ่น ซาร์นิโคลัสที่ ๒ ทรงคาดหวังว่าสงครามจะปลุกเร้าความรักชาติและทำให้ ประชาชนสามัคคีกันจนลืมปัญหาเดือดร้อนทางเศรษฐกิจและสังคมที่กำลังคุกคามอยู่ แต่ทรงคาดการณ์ผิดเพราะทรงถูกโจมตีมากขึ้นการต่อต้านสงครามก็ขยายตัวอย่างรวดเร็ว สงครามกินเวลา ๑ ปี ๖ เดือน รัสเซียพ่ายแพ้อย่างยับเยินในยุทธนาวีที่ช่องแคบสึชิมะ (Battle of Tsushima)* ในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. ๑๙๐๕ และทำให้ญี่ปุ่นกลายเป็นมหาอำนาจทางทะเลเช่นเดียวกับอังกฤษจนถึงช่วงสงครามโลกครั้งที่ ๒ (Second World War)*
     ความพ่ายแพ้ของรัสเซียส่งผลกระทบต่อสถานการณ์ทางการเมืองและสังคมภายในรัสเซียอย่างมาก เพราะกระแสการต่อต้านรัฐบาลและซาร์นิโคลัสที่ ๒ ได้ทวีความรุนแรงมากขึ้น ก่อนหน้าที่รัสเซียจะประจัญบานครั้งใหญ่กับญี่ปุ่นที่ช่องแคบสึชิมะ ชาวรัสเซียซึ่งไม่พอใจรัฐบาลซาร์ที่เพิกเฉยต่อการแก้ปัญหาเศรษฐกิจได้ชุมนุมเคลื่อนไหวต่อต้านสงครามและเรียกร้องให้มีการปฏิรูปทางสังคมและการเมือง ข่าวความพ่ายแพ้ของกองเรือรัสเซียที่เมืองท่าปอร์ตอาเทอร์จึงทำให้กระแสการต่อต้านสงครามและการเคลื่อนไหวทางการเมืองเพื่อต่อต้านซาร์ขยายตัวไปทั่วประเทศ ในต้น ค.ศ. ๑๙๐๕ บาทหลวงเกออร์กี อะปอลโลโนวิช กาปอน (Georgy Apollonovich Gapon)* ชาวยูเครนซึ่งเป็นผู้ก่อตั้งสมัชชาแรงงานรัสเซีย (Assembly of Russian Factory and Workshop Workers) จึงเห็นเป็นโอกาสใช้การชุมนุมนัดหยุดงานทั่วไปของกรรมกรในกรุงเซนต์ปีเตอร์สเบิร์กเดินขบวนเพื่อถวายฎีกาต่อซาร์ให้นิรโทษกรรมนักโทษการเมือง ให้เปิดประชุมสมัชชาร่างรัฐธรรมนูญและอื่น ๆ แต่กองทหารคอสแซค (Cossack)* พยายามสลายการชุมนุมของกรรมกรและมวลชนด้วยการระดมยิงข่มขวัญและสาดกระสุนใส่แถวของกรรมกร จึงนำไปสู่เหตุการณ์วันอาทิตย์นองเลือดซึ่งทำให้มีคนเสียชีวิตกว่า ๑๐๐ คนและบาดเจ็บนับพันคน
     เหตุการณ์วันอาทิตย์นองเลือดทำให้เกิดการจลาจลต่อต้านทั่วรัสเซียและเป็นสาเหตุสำคัญประการหนึ่งที่นำไปสู่การปฏิวัติ ค.ศ. ๑๙๐๕ (Revolution of 1905)* ในเดือนตุลาคมต่อมา ประชาชนโดยเฉพาะ กรรมกรเริ่มเสื่อมศรัทธาในซาร์นิโคลัสที่ ๒ เพราะพระองค์ไม่อาจเป็นที่พึ่งของประชาชนได้ การปลุกระดมทางความคิดของพรรคบอลเชวิค (Bolsheviks)* และ เมนเชวิค (Mensheviks)* ที่ว่าซาร์คือศัตรูของประชาชนก็เริ่มเป็นที่ยอมรับกันมากขึ้นด้วย ขบวนการปฏิวัติจึงมีบทบาทและอิทธิพลมากขึ้นในการผลักดันการนัดหยุดงานทั่วไปเพื่อเรียกร้องให้ปฏิรูปสังคมและการเมือง ซาร์นิโคลัสที่ ๒ ทรงพยายามควบคุมสถานการณ์ด้วยการประกาศจะให้มีการจัดตั้งสภาดูมา (Duma)* ขึ้น แต่สถานการณ์ทางการเมืองก็ไม่ได้ดีขึ้น การนัดหยุดงานทั่วไปครั้งใหญ่ทั่วประเทศซึ่งมีกรรมกรกว่า ๒,๐๐๐,๐๐๐ คนเข้าร่วมและการจัดตั้งโซเวียตผู้แทนกรรมกร (Soviet of Workers’ Deputies) หรือสภาโซเวียต (Soviet) ขึ้นตามเมืองใหญ่ต่าง ๆ จึงนำไปสู่การปฏิวัติครั้งแรกในเดือนตุลาคม ค.ศ. ๑๙๐๕ เลออน ตรอตสกี (Leon Trotsky)* ประธานสภาโซเวียตแห่งเซนต์ปีเตอร์สเบิร์กมีบทบาทโดดเด่นในการชี้นำกรรมกรให้โค่นล้มระบบซาร์
     ซาร์นิโคลัสที่ ๒ ประสงค์จะใช้กำลังเข้าปราบปรามการเคลื่อนไหวของกรรมกรและมวลชนอย่างเด็ดขาดแต่แกรนด์ดุ๊กนิโคไล นิโคลาเยวิช (Nikolai Nikolayevich) พระปิตุลาทรงทัดทานเพราะเกรงว่าจะนำไปสู่สงครามกลางเมืองและทูลแนะนำให้พระราชทานรัฐธรรมนูญแม้ซาร์นิโคลัสจะไม่เห็นด้วยแต่พระองค์ก็ไม่มีทางออกอื่นใดอีก จึงทรงประกาศ "คำแถลงนโยบายเดือนตุลาคม" (October Manifesto) เมื่อวันที่ ๑๗ ตุลาคม ค.ศ. ๑๙๐๕ ให้สิทธิเสรีภาพแก่ประชาชนในการชุมนุมและการแสดงออกทางความคิดเห็น การจัดตั้งสภาดูมา การปฏิรูปการเมืองและอื่น ๆ คำแถลงนโยบาย เดือนตุลาคมจึงนำไปสู่การเปลี่ยนแปลงทางการเมืองครั้งสำคัญในรัสเซีย เพราะเป็นจุดเริ่มต้นของระบอบประชาธิปไตยที่มีกษัตริย์ภายใต้รัฐธรรมนูญ การจัดตั้งสภาดูมาทำให้กลุ่มเสรีนิยมที่ต่อต้านรัฐบาลยุติการเคลื่อนไหว รัฐบาลเริ่มเข้าควบคุมสถานการณ์ทางการเมืองและสังคมได้ ทั้งยังสามารถกวาดล้างสภาโซเวียตตามเมืองต่าง ๆ และจับกุมแกนนำฝ่ายปฏิวัติส่วนใหญ่ ได้เกือบหมดในปลายเดือนพฤศจิกายน
     แม้ซาร์นิโคลัสที่ ๒ จะทรงควบคุมสถานการณ์ทางการเมืองและสังคมไว้ได้แต่พระองค์ก็ไม่อาจควบคุมวิกฤติที่เกิดกับราชวงศ์โรมานอฟได้ ซาร์นิโคลัสที่ ๒ มี พระราชธิดา ๔ พระองค์คือ แกรนด์ดัชเชสออลกา (Olga ค.ศ. ๑๘๙๕) แกรนด์ดัชเชสตาเตียนา (Tatiana, ค.ศ. ๑๘๙๗) แกรนด์ดัชเชสมารี (Marie ค.ศ. ๑๘๙๙) และ แกรนด์ดัชเชสอะนัสตาเซีย (Anastasia ค.ศ. ๑๙๐๑)* ตามพระราชโองการค.ศ. ๑๗๙๗ ที่ซาร์ปอล (Paul ค.ศ. ๑๗๙๖-๑๘๐๑) ตราขึ้นกำหนดให้การสืบสันตติวงศ์เป็นสิทธิเฉพาะแก่พระราชวงศ์ฝ่ายชายที่เป็นพระราชโอรสองค์โต และตัดสิทธิ์ของพระราชธิดาและเชื้อสายพระราชธิดาทั้งหมด ซารีนาอะเล็กซานดราจึงทรงกังวลเกี่ยวกับปัญหาการไม่มีรัชทายาท และทรงใช้เวลาส่วนใหญ่สวดมนต์ต่อพระเป็นเจ้าและสิ่งศักดิ์สิทธิ์ขอให้กำเนิดพระราชโอรส ต่อมา ในเดือนสิงหาคม ค.ศ. ๑๙๐๔ พระนางก็ประสูติพระราชโอรสซึ่งพระราชบิดาพระราชทานพระนามว่าอะเล็กเซย์ (Alexei) ตามพระนามของซาร์อะเล็กเซย์ มีไฮโลวิช (Alexei Mikhailovich) พระราชบิดาของซาร์ปีเตอร์มหาราช (Peter the Great ค.ศ. ๑๖๘๒-๑๗๒๕) แต่หลังประสูติได้เพียง ๖ สัปดาห์ ซาเรวิชอะเล็กเซย์ (Tsarevich Alexei)* ทรงมีพระอาการโลหิตไหลไม่หยุดจากพระนาภีถึง ๓ วัน ซึ่งเป็นอาการของโรคฮีโมฟิเลีย (haemophilia) โรคดังกล่าวเป็นพันธุกรรมที่ถ่ายทอดมาจากสมเด็จพระราชินีนาถวิกตอเรียแห่งอังกฤษซึ่งเป็นพระอัยกี (ยาย) ของซารีนา อะเล็กซานดรา ทั้งซาร์นิโคลัสที่ ๒ และพระมเหสีต้องใช้เวลาเกือบ ๘ เดือนในการยอมรับเรื่องโรคร้ายของพระราชโอรสและทรงปิดเป็นความลับซึ่งมีเพียงพระราชวงศ์และข้าราชบริพารที่ใกล้ชิดไม่กี่คนเท่านั้นที่รู้ความลับนี้ โรคร้ายของพระโอรสทำให้ซารีนาทรงตัดขาดจากสังคมและหมกมุ่นกับการสวดมนต์อ้อนวอนพระเป็นเจ้าและสิ่งศักดิ์สิทธิ์ ตลอดจนการบำเพ็ญพระราชกุศลเพื่อขอให้พระโอรสหายประชวร ซาร์นิโคลัสก็ปรากฏพระองค์ในที่สาธารณะน้อยลงและมีส่วนทำให้เกิดข่าวลือต่าง ๆ ที่ทำให้พระราชวงศ์มัวหมอง จนพสกนิกรโดยทั่วไปเข้าใจว่าพระนางคือต้นเหตุของการตัดสายใยความผูกพันระหว่างซาร์กับประชาชนและต่างพากันเกลียดชังพระนางมากขึ้น
     ใน ค.ศ. ๑๙๐๗ ซาร์นิโคลัสที่ ๒ ทรงประกาศยุบสภาดูมาสมัยที่ ๒ (๕ มีนาคม - ๖ มิถุนายน ค.ศ. ๑๙๐๗) เพราะทรงไม่พอพระทัยที่พรรคการเมืองฝ่ายซ้ายวิพากษ์โจมตีนโยบายปฏิรูปที่ดินของรัฐบาลและใช้สภาเป็นเวทีโฆษณาการปฏิวัติ ในการยุบสภาดูมาครั้งนี้รัฐบาลไม่เพียงจับกุมสมาชิกสภาของพรรคการเมืองฝ่ายซ้ายและเนรเทศไปไซบีเรียเท่านั้น แต่ยังปราบปราม องค์การปฏิวัติต่าง ๆ อย่างเด็ดขาดจนขบวนการปฏิวัติต้องปรับยุทธวิธีการเคลื่อนไหวลงใต้ดิน ระหว่าง ค.ศ. ๑๙๐๗-๑๙๑๒ จึงได้ชื่อว่าเป็นช่วงตกต่ำของขบวนการปฏิวัติรัสเซีย ในเดือนสิงหาคมปีเดียวกันรัสเซียได้ทำความตกลงอังกฤษ-รัสเซีย (Anglo-Russian Entente)* เพื่อแก้ไขปัญหาความขัดแย้งระหว่างกันเกี่ยวกับปัญหาเปอร์เซีย ทิเบต และอัฟกานิสถาน ความตกลง ดังกล่าวได้เปิดทางให้ฝรั่งเศสซึ่งเป็นพันธมิตรกับอังกฤษมีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกับรัสเซียมากยิ่งขึ้น และนำไปสู่การรวมเป็นกลุ่มประเทศความตกลงไตรภาคี (Triple Entente)* ซึ่งเป็นฝ่ายตรงข้ามกับกลุ่มประเทศสนธิ สัญญาพันธไมตรีไตรภาคี (Triple Alliances)* ซึ่งจัดตั้งขึ้นใน ค.ศ. ๑๘๘๒ ประกอบด้วยเยอรมนี ออสเตรียฮังการีและอิตาลี
     ใน ค.ศ. ๑๙๑๒ เมื่อซาเรวิชอะเล็กเซย์ประชวรหนักจนคาดการณ์กันว่าอาจจะสิ้นพระชนม์ในไม่ช้าซารีนาทรงติดต่อขอความช่วยเหลือจากเกรกอรี เอฟีโมวิช รัสปูติน (Gregory Efimovich Rusputin)* นักบวชที่มีพลังจิตจากไซบีเรียตามคำแนะนำของนางสนองพระโอษฐ์คนสนิท รัสปูตินสามารถทำให้พระอาการประชวรของซาเรวิชดีขึ้นจนเป็นปรกติ ความสามารถที่เป็นเสมือนปาฏิหาริย์ดังกล่าวทำให้ทั้งซาร์นิโคลัสที่ ๒ และพระมเหสีทรงเชื่อว่ารัสปูตินเป็น "คนของพระเป็นเจ้า" (Man of God) ที่ถูกส่งมาช่วยปกป้องราชบัลลังก์และเป็นเสมือนตัวแทนของสามัญชนผู้จงรักภักดีต่อราชวงศ์ รัสปูตินจึงเริ่มมีบทบาทและอิทธิพลในราชสำนักทั้งยังเป็นที่ปรึกษาใกล้ชิดของซารีนา แม้ซารีนามาเรียและซาร์นิโคลัสที่ ๒ จะไม่พอพระทัยพฤติกรรมที่ไม่เหมาะสมของรัสปูติน และประสงค์จะให้รัสปูตินกลับไป ไซบีเรีย แต่ซารีนาอะเล็กซานดราทรงทัดทานและปกป้องรัสปูตินทุกเรื่อง ตลอดจนให้ซาร์นิโคลัสที่ ๒ ทรงลงโทษข้าราชการและข้าราชบริพารที่ต่อต้านรัสปูตินด้วยการปลดจากตำแหน่งและแต่งตั้งบุคคลที่รัสปูตินสนับสนุนให้ดำรงตำแหน่งสำคัญ ๆ ในราชการ พฤติกรรมและอิทธิพลของรัสปูตินได้ทำให้สมาชิกสภาดูมาไม่พอใจโดยเฉพาะอะเล็กซานเดอร์ กุชคอฟ (Alexander Guchkov) ผู้นำพรรคอ็อกโทบริสต์ (Octobrist Party) ซึ่งมีแนวนโยบายเสรีกึ่งอนุรักษ์เป็นแกนนำคนสำคัญในการเคลื่อนไหวต่อต้านราชวงศ์อย่างเปิดเผยโดยอภิปรายโจมตีทั้งซารีนาและรัสปูตินอย่างรุนแรงในสภาดูมาสมัยที่ ๔ (๑๔ พฤศจิกายน ค.ศ. ๑๙๑๒ - ๙ ตุลาคม ค.ศ. ๑๙๑๔)
     ในกลาง ค.ศ. ๑๙๑๔ เมื่ออาร์ชดุ๊กฟรานซิส เฟอร์ดินานด์ (Francis Ferdinand)* มกุฎราชกุมารแห่งจักรวรรดิออสเตรีย-ฮังการี (Austria-Hungary)* และพระชายาถูกลอบปลงพระชนม์ขณะเสด็จประพาสกรุงเซราเยโว (Serajevo) นครหลวงของบอสเนียเมื่อวันที่ ๒๔ มิถุนายน ค.ศ. ๑๙๑๔ ซึ่งเป็นชนวนนำไปสู่การเกิดสงครามโลกครั้งที่ ๑ รัสเซียสนับสนุนเซอร์เบียและระดมพลเพื่อข่มขวัญออสเตรีย-ฮังการี เยอรมนีซึ่งเป็นพันธมิตรของออสเตรีย-ฮังการีตามสนธิสัญญาพันธไมตรีทวิภาคี (Dual Alliance ค.ศ. ๑๘๗๙)* จึงประกาศสงครามต่อรัสเซียเมื่อวันที่ ๑ สิงหาคม ค.ศ. ๑๙๑๔ ในวันเดียวกันนั้นสภาดูมาเปิดประชุมวาระพิเศษ และสมาชิกสภาส่วนใหญ่มีมติสนับสนุนการเข้าสู่สงครามในวันรุ่งขึ้นซาร์นิโคลัสที่ ๒ ก็ประกาศสงครามกับเยอรมนีอย่างเป็นทางการและต่อมาทรงให้เปลี่ยน ชื่อกรุงเซนต์ปีเตอร์สเบิร์กซึ่งสำเนียงเป็นเยอรมันให้เป็นชื่อเปโตรกราด (Petrograd) ด้วย ในระยะแรกของสงครามรัสเซียมีชัยชนะอย่างงดงาม แต่หลังความพ่ายแพ้ในยุทธการที่เมืองทันเนนเบิร์ก (Battle of Tannenberg)* และในการรบที่ทะเลสาบมาซุเรียน (Masurian) ใน ปลาย ค.ศ. ๑๙๑๔ เป็นต้นมา รัสเซียก็เริ่มเป็นผ่ายเพลี่ยงพล้ำในการรบอย่างต่อเนื่อง ในเดือนสิงหาคม ค.ศ. ๑๙๑๕ ซาร์นิโคลัสที่ ๒ ซึ่งประสงค์จะเสริมสร้างกำลังใจให้แก่ทหารจึงทรงตัดสินพระทัยเสด็จบัญชาการรบด้วยพระองค์เองโดยปฏิเสธที่จะรับฟังการคัดค้านของสภาดูมาซึ่งเห็นว่าหากรัสเซียพ่ายแพ้ในการรบอีกพระองค์จะทรงเป็นเป้าของการถูกโจมตีโดยตรง ทรงโปรดให้พระมเหสีเป็นผู้สำเร็จราชการแผ่นดินแทนพระองค์และนับเป็นครั้งแรกในชีวิตคู่ของพระองค์ที่ทรงต้องประทับแยกจากพระมเหสี ทั้ง ๒ พระองค์ต่างทรงพระอักษรถึงกันและกันถี่ยิบทุกวัน ซารีนาอะเล็กซานดราทรงบริหารประเทศตามคำแนะนำของนักบวชรัสปูตินจนงานราชการแผ่นดินเสียหายทั้งทำให้สภาดูมาขัดแย้งกับรัฐบาลมากขึ้น สมาชิกสภาที่จงรักภักดีต่อราชวงศ์ได้กราบทูลซาร์นิโคลัสที่ ๒ ให้ทรงแก้ไขปัญหาทางการเมือง แต่ซารีนากลับทูลแนะนำไม่ให้ทรงอ่อนข้อต่อสภาดูมา
     ความวุ่นวายทางการเมืองภายในประเทศเปิดโอกาสให้ขบวนการปฏิวัติซึ่งซบเซาและหมดบทบาทตั้งแต่ ค.ศ. ๑๙๐๗ เริ่มฟื้นตัวและมีอิทธิพลสำคัญขึ้นอีกครั้งหนึ่ง ข่าวลือที่แพร่กระจายทั่วประเทศว่ารัสปูตินเป็นชู้รักของซารีนาและข่มขืนแกรนด์ดัชเชสทั้ง ๔ พระองค์ทั้งสนับสนุนซารีนาให้ชี้แนะซาร์นิโคลัสที่ ๒ ให้เปิดการเจรจาสันติภาพตามเงื่อนไขที่เยอรมนีต้องการ ทำให้เกียรติยศของพระราชวงศ์มัวหมองอย่างมากจนสมาชิกสภาดูมาเริ่มเคลื่อนไหวต่อต้านพระราชวงศ์อย่างเปิดเผย ในเดือนธันวาคม ค.ศ. ๑๙๑๖ สมาชิกสภาดูมาจึงร่วมมือกับเจ้าชายเฟลิกซ์ อียุสอูปอฟ (Felix Iusupov)*วางแผนสังหารรัสปูตินได้สำเร็จ อย่างไรก็ตาม การเสียชีวิตของรัสปูตินและการเปลี่ยนตัวอัครเสนาบดีอีก ๒ คนในเวลาใกล้เคียงกันก็ไม่ได้ทำให้สถานการณ์ทางการเมืองดีขึ้นเพราะซาร์นิโคลัสที่ ๒ ทรงปฏิเสธที่จะจัดตั้งรัฐบาลชุดใหม่และเปลี่ยนนโยบายปกครองให้เป็นประชาธิปไตยมากขึ้นตามคำกราบทูลของสภาดูมาปัญหาการขาดแคลนอาหารและเชื้อเพลิงในช่วงฤดูหนาว ค.ศ. ๑๙๑๖-๑๙๑๗ รวมทั้งกระแสการต่อต้านสงครามที่ขยายตัวอย่างรวดเร็วทำให้กลุ่มการเมืองฝ่ายซ้ายเห็นเป็นโอกาสปลุกระดมต่อต้านสงครามทั้งในแนวหน้าและแนวหลัง ในต้น ค.ศ. ๑๙๑๗ การชุมนุมเดินขบวนและการก่อจลาจลตามเมืองใหญ่ต่าง ๆ ก็มีมากขึ้นและนำไปสู่การปฏิวัติเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ. ๑๙๑๗ ในที่สุด
     ซาร์นิโคลัสที่ ๒ ซึ่งประทับ ณ ค่ายทหารแนวหน้า เมืองโมกิลยอฟ (Mogilyov) ทรงมีคำสั่งให้ใช้กำลังทหารปราบปรามการชุมนุมเดินขบวนในกรุงเปโตรกราดอย่างเด็ดขาดทั้งให้ถอนกำลังบางส่วนจากแนวหน้ามาสมทบช่วย และให้ประกาศเลื่อนสมัยการประชุมสภาดูมาซึ่งกำลังหาทางแก้ไขสถานการณ์ไปจนถึงเดือน เมษายน แต่มีฮาอิล รอดเซียนโค (Mikhail Rodzianko)* ประธานสภาดูมาและสมาชิกสภาดูมาคนสำคัญของ กลุ่มก้าวหน้า (Progressive Block) ซึ่งมีอะเล็กซานเดอร์ เคเรนสกี (Alexander Kerensky)* รวมอยู่ด้วยประกาศเพิกเฉยคำสั่งซาร์ และให้จัดตั้งคณะกรรมาธิการชั่วคราวแห่งสภาดูมา (Provisional Committee of the Duma) ขึ้นเพื่อทำหน้าที่รักษาความสงบเรียบร้อยของบ้านเมืองและประสานงานกับสถาบันและองค์การต่าง ๆ ขณะ เดียวกันกองทหารที่รับคำสั่งจากซาร์นิโคลัสที่ ๒ ไม่สามารถปราบปรามการจลาจลได้ทั้งทหารส่วนใหญ่ก็หันไปสนับสนุนประชาชน คณะกรรมาธิการชั่วคราวแห่งสภาดูมาจึงประกาศตนเป็นรัฐบาลเฉพาะกาลและเตรียมการจัดตั้งสภาร่างรัฐธรรมนูญ มีการแต่งตั้งผู้แทนสภาดูมาพร้อมกับนายพลมีฮาอิล อะเล็คเซเยฟ (Mikhail Alekseyev)* ไปกราบทูลให้ซาร์นิโคลัสทรงสละราชย์เพื่อยุติการจลาจลภายในประเทศและเพื่อกอบกู้เกียรติภูมิของประเทศจากความพ่ายแพ้ในสงครามที่ยังคงดำเนินอยู่ ซาร์นิโคลัสที่ ๒ จึงทรงยอมสละราชบัลลังก์ตามคำกราบทูลซึ่งมีผลให้อำนาจของรัฐบาลซาร์สิ้นสุดลงเมื่อวันที่ ๑ มีนาคม ค.ศ. ๑๙๑๗
     ในวันที่ ๒ มีนาคม ซาร์นิโคลัสที่ ๒ ทรงประกาศมอบราชบัลลังก์ให้แก่ซาเรวิชอะเล็กเซย์พระราชโอรส แต่ในวันเดียวกันก็ทรงเปลี่ยนพระทัยมอบราชบัลลังก์ให้แก่แกรนด์ดุ๊กไมเคิล อะเล็กซานโดรวิช (Michael Alexandrovich) พระอนุชาแทน เนื่องจากทรงทราบเงื่อนไขของรัฐบาลเฉพาะกาลที่จะไม่อนุญาตให้พระองค์ทรงดูแลพระราชโอรสอีกต่อไป และในกรณีที่พระองค์และพระราชวงศ์เสด็จไปประทับต่างประเทศซาเรวิชอะเล็กเซย์ต้องประทับอยู่ในรัสเซีย อย่างไรก็ตาม แกรนด์ดุ๊กไมเคิลซึ่งไม่เคยสนพระทัยในการเมืองทรงปฏิเสธราชบัลลังก์เพราะการมอบอำนาจไม่ได้ผ่านความเห็นชอบของสภาร่างรัฐธรรมนูญทั้งสภาดูมาก็ปฏิเสธที่จะให้การค้ำประกันความปลอดภัยของพระองค์จึงทรงสละพระราชอำนาจในการปกครองให้แก่เจ้าชายเกรกอรี ลวอฟ (Gregory Lvov)* ซึ่งได้รับแต่งตั้งเป็นนายกรัฐมนตรีรัฐบาลเฉพาะกาล การปฏิเสธที่จะสืบราชสมบัติของแกรนด์ดุ๊กไมเคิลจึงทำให้ราชวงศ์โรมานอฟซึ่งปกครองรัสเซียกว่า ๓๐๐ ปีถึงกาลอวสาน ในช่วงก่อนเสด็จกลับกรุงเปโตรกราดซารีนามาเรียซึ่งประทับที่เมืองเคียฟได้เสด็จมาพบพระองค์และเป็นการพบกันครั้งสุดท้ายระหว่างพระราชมารดากับพระราชโอรสต่อมา ซารีนามาเรียและพระราชธิดาอีก ๒ พระองค์ คือเจ้าหญิงออลกา (Olga) และเจ้าหญิงซีเนีย (Sienia) ก็ได้รับความช่วยเหลือให้ลี้ภัยออกนอกประเทศในเดือนเมษายน ค.ศ. ๑๙๑๙ ไปประทับที่อังกฤษและเดนมาร์กตามลำดับ ส่วนซาร์นิโคลัสที่ ๒ และพระราชวงศ์ทรงถูกควบคุมตัวและกักบริเวณที่พระราชวังอะเล็กซานเดอร์ที่ซาร์สโกเยเซโล ซาร์นิโคลัสทรงพอพระทัยที่ได้ใกล้ชิดกับครอบครัวและทำหน้าที่เป็นพระสวามีและพระราชบิดาอย่างเต็มที่ ทรงใช้เวลาส่วนใหญ่ทำสวนและเลี้ยงดูพระราชโอรสตลอดจนอ่านหนังสือมากขึ้น โดยเฉพาะ หนังสือประวัติศาสตร์และประวัติศาสตร์การเมือง
     หลังการปฏิวัติเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ. ๑๙๑๗ รัสเซียปกครองแบบทวิอำนาจ (dual power) ระหว่างรัฐบาลเฉพาะกาลกับสภาโซเวียต ในระยะแรกรัฐบาลเฉพาะกาลยอมอนุญาตให้ซาร์นิโคลัสที่ ๒ และพระ ราชวงศ์เสด็จออกนอกประเทศไปประทับที่อังกฤษหรือเดนมาร์กซึ่งเป็นประเทศที่มีสายสัมพันธ์ใกล้ชิดกับราชวงศ์โรมานอฟ แต่ฝ่ายเมนเชวิคซึ่งกุมเสียงข้างมากในสภาโซเวียตคัดค้านเพราะเห็นว่าซาร์นิโคลัสที่ ๒ ทรง มีพระราชทรัพย์จำนวนมหาศาลกว่า ๕๐๐ ล้านรูเบิลทองคำ และพระองค์อาจใช้เงินดังกล่าวสนับสนุนฝ่ายต่อต้านการปฏิวัติได้ การควบคุมพระองค์ไว้ในประเทศจะทำให้ฝ่ายปฏิวัติคงความได้เปรียบ นอกจากนี้ เดวิด ลอยด์ จอร์จ (David Lloyd George)* นายกรัฐมนตรีอังกฤษก็คัดค้านพระราชดำริของ พระเจ้าจอร์จที่ ๕ (George V)* ที่จะให้ซาร์นิโคลัสที่ ๒ เสด็จมาประทับที่อังกฤษเพราะเกรงว่าจะสร้างความขัดแย้งกับประชาชนและกลุ่มการเมืองฝ่ายซ้ายในอังกฤษที่สนับสนุนการโค่นอำนาจราชวงศ์โรมานอฟ โอกาสของซาร์นิโคลัสที่ ๒ และพระราชวงศ์ที่จะลี้ภัยออกนอกประเทศจึงหมดลง ต่อมาในเดือนสิงหาคม ค.ศ. ๑๙๑๗ พระราชวงศ์ทั้งหมดก็ถูกส่งไปควบคุมที่เมืองโตบอลสค์ (Tobolsk) ในไซบีเรียตะวันตกและประทับอยู่จนถึงเดือนเมษายน ค.ศ. ๑๙๑๘ หนึ่งวันก่อนเสด็จถึงโตบอลสค์ ขณะที่ประทับบนดาดฟ้าของเรือกลไฟซึ่งกำลังแล่นผ่านหมู่บ้าน โพรกรอฟสโกเย (Prokrovskoe) บ้านเกิดของรัสปูตินทุกพระองค์ได้ทอดพระเนตรบ้านของรัสปูตินซึ่งเขาเคยทำนายไว้ว่าก่อนซารีนาจะสิ้นพระชนม์ พระองค์จะได้เห็นบ้านของเขา คำทำนายที่เป็นจริงดังกล่าวยิ่งทำให้ทั้งซาร์นิโคลัสที่ ๒ และซารีนาทรงศรัทธารัสปูตินมากขึ้น
     ในช่วงที่ซาร์นิโคลัสที่ ๒ ประทับอยู่ที่เมืองโตบอลสค์ พวกบอลเชวิคซึ่งมีวลาดีมีร์ เลนิน (Vladimir Lenin)* และเลออน ตรอตสกีเป็นผู้นำก็สามารถยึดอำนาจการปกครองในกรุงเปโตรกราดได้ในการปฏิวัติเดือนตุลาคม ค.ศ. ๑๙๑๗ รัสเซียเปลี่ยนระบอบการปกครองเป็นสังคมนิยมตามแนวทฤษฎีของคาร์ล มากซ์ (Karl Marx)* อย่างไรก็ตาม กองทัพฝ่ายรัสเซียขาวซึ่งมีพลเอก อันตอน อีวาโนวิช เดนีกิน (Anton Ivanovich Denikin)* เป็นผู้บังคับบัญชา และได้รับการสนับสนุนด้านการเงินและอาวุธยุทโธปกรณ์จากฝ่ายสัมพันธมิตรได้ระดมกำลังเพื่อโค่นอำนาจรัฐบาลโซเวียต การบุกโจมตีของกองทัพรัสเซียขาวและการแทรกแซงของฝ่ายสัมพันธมิตรที่นำไปสู่สงครามกลางเมืองรัสเซียระหว่าง ค.ศ. ๑๙๑๘-๑๙๒๑ ทำให้พวกบอลเชวิคในภูมิภาคยูราล ซึ่งสมาชิกส่วนใหญ่เกลียดชังพระราชวงศ์และเกรงว่าฝ่ายรัสเซียขาวจะช่วยเหลือซาร์นิโคลัสที่ ๒ ให้หนีออกนอกประเทศ จึงเรียกร้องให้ย้ายสถานที่ควบคุมซาร์และพระราชวงศ์ไปที่เมืองเยคาเตรินบุร์กที่ห่างไกลจากแนวรบของเยอรมนีและกองทัพรัสเซียขาว เลนินซึ่งในขั้นต้นต้องการนำซาร์นิโคลัสที่ ๒ มาพิจารณาโทษด้วยข้อกล่าวหาก่ออาชญากรรมร้ายแรงต่อประชาชนและประเทศชาติที่ศาลปฏิวัติ กรุงมอสโกจึงส่งซาร์นิโคลัสที่ ๒ และพระราชวงศ์ไปควบคุมที่เมืองเยคาเตรินบุร์ก ณ บ้านอีปาตีฟ (Ipatiev) พวกบอลเชวิคเรียกบ้านอีปาตีฟว่า "บ้านแห่งจุดมุ่งหมายพิเศษ" (House of Special Purpose) ซึ่งมีนัยว่าพระราชวงศ์ที่ถูกควบคุมจะไม่มีโอกาสเสด็จออกไปไหนอีก ขณะเดียวกันพระบรมวงศานุวงศอื่น ๆ ก็ถูกนำไปควบคุมที่เมืองเปียร์ม (Perm) และเมืองอะลาไปเอฟสค์ (Alapayevsk) ซึ่งไม่ห่างจากเมืองเยคาเตรินบุร์กมากนัก
     ในต้น ค.ศ. ๑๙๑๘ รัฐบาลโซเวียตเปิดการเจรจาสันติภาพกับเยอรมนีเพื่อถอนตัวจากสงครามโลกเลนินและแกนนำบอลเชวิคคาดหวังว่าจะใช้ซาร์นิโคลัสที่ ๒ และพระราชวงศ์เป็นเครื่องต่อรองกับเยอรมนีในความตกลงที่จะมีขึ้น แต่ไกเซอร์วิลเลียมที่ ๒ ซึ่งเป็นพระญาติสนิทกับทั้งซาร์และซารีนาปฏิเสธที่จะเจรจาตกลงกับรัสเซียในเงื่อนไขดังกล่าว การปฏิเสธของเยอรมนีได้ทำให้โอกาสที่ราชวงศ์โรมานอฟจะเสด็จลี้ภัยออกนอกประเทศหมดไปและนำไปสู่การลงนามในสนธิสัญญาเบรสต์-ลิตอฟสค์ (Treaty of Brest-Litovsk)* เมื่อวันที่ ๓ มีนาคม ค.ศ. ๑๙๑๘ ซึ่งทำให้สูญเสียดินแดนและพลเมืองจำนวนมากให้แก่เยอรมนี อย่างไรก็ตาม สนธิสัญญาเบรสต์-ลิตอฟสค์ก็มีผลบังคับใช้เพียง ๗ เดือน เศษเท่านั้น เพราะต่อมาเมื่อเยอรมนียอมลงนามการสงบศึก (Armistice)* ในเดือนพฤศจิกายน ค.ศ. ๑๙๑๗ รัฐบาลโซเวียตก็ประกาศให้สนธิสัญญาฉบับนี้เป็นโมฆะ
     ในเดือนมิถุนายน ค.ศ. ๑๙๑๘ บอลเชวิคปลงพระชนม์แกรนด์ดุ๊กไมเคิล พระอนุชาของซาร์นิโคลัสที่ ๒ ในป่านอกเมืองเปียร์ม และเริ่มสร้างข่าวลือว่าจะมีความพยายามปลงพระชนม์ซาร์นิโคลัสที่ ๒ ข่าวลือดังกล่าวเป็นการทดสอบปฏิกิริยาของประชาชนและรัฐบาลนานาประเทศต่อสถาบันกษัตริย์ แต่ความไม่ยินดียินร้ายของประชาชนและสื่อสิ่งพิมพ์นอกประเทศต่อข่าวลือเรื่องการปลงพระชนม์ได้ทำให้รัฐบาลโซเวียตคิดดำเนินการกำจัดพระราชวงศ์ หน่วยตำรวจลับหรือเชกา (Cheka)* ได้สร้างสถานการณ์ให้ซาร์นิโคลัสที่ ๒ ทรงเชื่อว่าจะมีการช่วยเหลือพระองค์เสด็จหนีออกนอกประเทศ และได้ใช้พระราชหัตถเลขาที่ซาร์ทรงติดต่อกับสายลับของเชกาเปิดเผยต่อสาธารณชนเพื่อสร้างความเข้าใจว่ามีการเคลื่อนไหวของพวกรัสเซียขาวในการช่วยเหลือพระ ราชวงศ์จนนำไปสู่เหตุการณ์ร้ายแรงในที่สุด

     ในต้นเดือนกรกฎาคม ค.ศ. ๑๙๑๘ รัฐบาลโซเวียตผ่านกฎหมายยึดพระราชทรัพย์ทั้งหมดของราชวงศ์โรมานอฟเป็นของชาติและมีคำสั่งเปลี่ยนแปลงหน้าที่ความรับผิดชอบการควบคุมพระราชวงศ์จากสภา โซเวียตเยคาเตรินบุร์กเป็นหน่วยเชกาแห่งเยคาเตรินบุร์กเพื่อปกป้องสภาโซเวียตให้พ้นจากการมีส่วนเกี่ยวข้องกับพระราชวงศ์ ต่อมา เลนินสั่งการจากกรุงมอสโกให้เชกาดำเนินการปลงพระชนม์ซาร์นิโคลัสที่ ๒ ซารีนา อะเล็กซานดรา พร้อมด้วยพระราชโอรสและพระราชธิดาทุกพระองค์ ในกลางดึกของคืนวันที่ ๑๖ ต่อวันที่ ๑๗ กรกฎาคม พระราชวงศ์ทั้งหมดถูกปลุกให้ตื่นจากบรรทมเพื่อย้ายไปประทับห้องใต้ดินชั้นล่างของบ้านอีปาตีฟยาคอฟ ยูรอฟสกี (Yakov Yurovsky)* หัวหน้าเชกาบันทึกว่าเขาแจ้งให้ซาร์นิโคลัสที่ ๒ ทรงทราบว่ามีการเคลื่อนไหวเพื่อช่วยเหลือพระองค์จากกลุ่มนิยมกษัตริย์จึงขอให้พระองค์และพระราชวงศ์รวมกลุ่มกันฉายพระรูปหมู่เพื่อนำไปเผยแพร่ว่าพระราชวงศ์ยังคงปลอดภัย จากนั้นก็แจ้งมติของคณะกรรมาธิการกลางพรรคคอมมิวนิสต์โซเวียตแห่งยูราลที่ให้ปลงพระชนม์พระราชวงศ์ทั้งหมดยูรอฟสกีและทหาร ๑๒ คนได้ระดมยิงพระราชวงศ์ทุกพระองค์อย่างเผาขนจนสิ้นพระชนม์อย่างอเนจอนาถ พระศพทั้งหมดถูกนำไปเผาทำลายและฝังบริเวณเหมืองร้างในป่าครอปตากี (Kroptaki) นอกเมืองเยคาเตรินบุร์กนอกจากนี้ ในวันรุ่งขึ้นสมาชิกราชวงศ์ทุกพระองค์ที่ทรงถูกควบคุมที่เมืองอะลาไปเอฟสค์ก็ถูกสังหารอย่างเหี้ยมโหดด้วย
     ในวันที่ ๑๘ กรกฎาคม รัฐบาลโซเวียตแถลงเรื่องการปลงพระชนม์ซาร์นิโคลัสที่ ๒ ว่าเป็นการดำเนินการที่เหมาะสมเพราะเป็นเรื่องสุดวิสัยสืบเนื่องจากการพบแผนการใช้กำลังบุกช่วยเหลือพระราชวงศ์ ในขณะที่ กองทัพรัสเซียขาวโหมบุกมุ่งสู่เมืองเยคาเตรินบุร์กและแต่งตั้งยาคอฟ สเวียร์ดลอฟ (Yakov Sverdlov)* เป็นประธานคณะกรรมาธิการสอบสวนเอกสารต่าง ๆ ของซาร์และพระราชวงศ์อีก ๑ สัปดาห์ต่อมา สื่อสิ่งพิมพ์ตะวันตกก็พิมพ์เผยแพร่ข่าวดังกล่าว ในกรุงมอสโกศาสนสถานบางแห่งได้จัดพิธีทางศาสนาเพื่อระลึกถึงซาร์ผู้ล่วงลับ แต่ประชาชนส่วนใหญ่ก็ไม่มีปฏิกิริยาและแสดงความยินดียินร้ายประการใดเพราะต่างหมกมุ่นกับการดิ้นรนเพื่อชีวิตรอดในชีวิตประจำวันที่เต็มไปด้วยเรื่องอันน่าสะพรึงกลัว ข่าวการปลงพระชนม์จึงเป็นเพียงเรื่องปรกติที่ไร้ความสำคัญในสังคมโซเวียตในขณะนั้นในเวลาต่อมาตรอตสกีได้ให้ความเห็นเกี่ยวกับการปลงพระชนม์หมู่พระราชวงศ์ว่าเป็นสิ่งจำเป็นเพราะมาตรการรุนแรงดังกล่าวจะทำให้ทุกคนตระหนักว่ารัฐโซเวียตจะต่อสู้เพื่อความอยู่รอดโดยไม่ปรานีคู่ต่อสู้ซึ่งจะไม่เพียงสร้างความหวาดกลัวและความสิ้นหวังในหมู่ศัตรูเท่านั้นแต่ยังทำให้นักปฏิวัติและผู้สนับสนุนการปฏิวัติไม่สามารถถอนตัวจากการปฏิวัติได้ ทั้งต้องร่วมกันรับผิดชอบต่อเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นและร่วมกันก้าวเดินต่อไปข้างหน้าโดยไม่คำนึงว่าจะชนะหรือแพ้ก็ตาม
     หลังเหตุการณ์ปลงพระชนม์หมู่ผ่านไปเป็นเวลา ๖๐ ปี ใน ค.ศ. ๑๙๗๙ ซึ่งเป็นสมัยที่เลโอนิด เบรจเนฟ (Leonid Brezhnev)* เป็นประธานาธิบดีของสหภาพโซเวียต อะเล็กซานเดอร์ อัฟโดนิน (AlexanderAvdonin) นักโบราณคดีและเพื่อนค้นพบข้อมูลของสถานที่ หลุมลับ (secret pit) ที่กำจัดศพพระราชวงศ์ที่ป่าครอปตากี พวกเขาจึงสืบหาที่ตั้งของหลุมลับจนพบเมื่อวันที่ ๓๐ พฤษภาคม ค.ศ. ๑๙๗๙ และขุดพบกะโหลกศีรษะจำนวน ๓ หัว หัวหนึ่งมีฟันทอง ซึ่งเข้าใจกันว่าเป็นกะโหลกของซาร์นิโคลัสที่ ๒ อัฟโดนินและเพื่อนนำกะโหลกทั้งสามมาเก็บไว้ระยะหนึ่ง แต่ในกลางเดือนสิงหาคมก็นำกลับไปฝังคืน ณ ที่ เดิม ต่อมา ในสมัยประธานาธิบดีมีฮาอิล กอร์บาชอฟ (Mikhail Gorbachev)* สหภาพโซเวียตได้ปฏิรูปประเทศให้เป็นประชาธิปไตย ทุก ๆ ด้านตามนโยบายกลาสนอสต์-เปเรสตรอยกา (Glasnost-Perestroika) หรือนโยบายเปิด-ปรับ ข่าวลือเรื่องการค้นพบหลุมลับถูกหนังสือพิมพ์ขุดคุ้ยและนำไปสู่การเปิดเผยข้อเท็จจริงต่อสาธารณชนทางสถานีวิทยุโทรทัศน์และในหน้าหนังสือพิมพ์ Moscow News ฉบับวันที่ ๑๐ เมษายน ค.ศ. ๑๙๘๙ รัฐบาลโซเวียตจึงประกาศให้แนวป่าครอปตากีทั้งหมดเป็นเขตหวงห้ามและพยายามกลบข่าวดังกล่าวทั้งสั่งให้รื้อทำลายบ้านอีปาตีฟ นโยบายของรัฐบาลโซเวียตกลับทำให้กระแสความนิยมซาร์นิโคลัสที่ ๒ และสถาบันกษัตริย์ขยายตัวอย่างรวดเร็ว ประชาชนเริ่มนำดอกไม้เครื่องหมายกางเขน และพระบรมฉายาลักษณ์ของพระราชวงศ์โรมานอฟมาตั้งไว้ ณ บริเวณที่คาดกันว่าเป็นส่วนห้องใต้ดินที่ พระราชวงศ์ถูกปลงพระชนม์ นอกจากนี้ ชาวโซเวียตจากพื้นที่ส่วนอื่น ๆ  ของประเทศก็เดินทางมาขอพรและสักการะ ณ บริเวณสถานที่ดังกล่าวซึ่งต่อมากลายเป็นสถานที่ดึงดูดความสนใจของนักท่องเที่ยวจนรัฐบาล ท้องถิ่นได้วางโครงการจัดสร้างโบสถ์ขึ้น ณ บริเวณ ดังกล่าว
     ใน ค.ศ. ๑๙๙๑ บอริส เยลต์ซิน (Boris Yeltsin)* ประธานาธิบดีแห่งสหพันธรัฐรัสเซีย (Russian Federation) สั่งให้มีการขุดค้นหลุมลับในป่าครอปตากีอย่างเป็นทางการระหว่างเดือนกรกฎาคมถึง ตุลาคม ค.ศ. ๑๙๙๑ และพบชิ้นกระดูกและวัตถุอื่น ๆ ในหลุมประมาณ ๘๐๐ ชิ้น รัฐบาลรัสเซียใช้เวลาราว ๒ ปีเพื่อแยกแยะหลักฐานจนได้ข้อสรุปว่าเป็นโครงกระดูกของศพ ๙ ศพ มีการนำโครงกระดูกดังกล่าวไปตรวจสอบดีเอ็นเอ (DNA-deoxyribonucleic acid) และสันนิษฐานกันว่าเป็นของซาร์นิโคลัสที่ ๒ พระมเหสีและพระราชธิดา ๓ พระองค์ ส่วนที่เหลือเป็นของข้าราชบริพารที่ใกล้ชิด โครงกระดูกที่ค้นพบทั้งหมดไม่มีโครงกระดูกของแกรนด์ดัชเชสอะนัสตาเซียและซาเรวิชอะเล็กเซย์รวมอยู่ด้วย อย่างไรก็ตาม การที่ผลพิสูจน์ทาง นิติวิทยาศาสตร์ทั้งของคณะผู้เชี่ยวชาญรัสเซีย อังกฤษ และสหรัฐอเมริกา ปรากฏว่าดีเอ็นเอที่ได้จากชิ้นกระดูกทั้งหมดซึ่งอยู่ในสภาพไม่สมประกอบและสามารถสกัดสารพันธุกรรมของพระราชวงศ์ได้เพียงร้อยละ ๙๘.๕ เท่านั้น จึงยังคงไม่มีข้อสรุปที่ชัดเจนและเด็ดขาดว่าโครงกระดูกดังกล่าวเป็นโครงกระดูกที่แท้จริงของพระราชวงศ์
     ใน ค.ศ. ๑๙๙๘ รัฐบาลสหพันธรัฐรัสเซียจัดทำพิธีบรรจุพระบรมอัฐิและพระอัฐิของซาร์นิโคลัสที่ ๒ และพระราชวงศ์ ณ โบสถ์นักบุญแคเทอรีนในมหาวิหาร เซนต์ปีเตอร์และปอล (St. Peter and Paul) ในป้อม เซนต์ปีเตอร์และปอล นครเซนต์ปีเตอร์สเบิร์ก เมื่อวันที่ ๑๗ กรกฎาคม ค.ศ. ๑๙๙๘ สมาชิกราชวงศ์โรมานอฟที่ใกล้ชิดซึ่งยังคงเหลืออยู่ทั้งในและนอกประเทศทั่วโลกกว่า ๕๐ คนมาร่วมในงานพิธีดังกล่าว อย่างไรก็ตามการที่ยังไม่มีการเชื่ออย่างสนิทใจว่าพระอัฐิทั้งหมดเป็นของราชวงศ์โรมานอฟที่แท้จริง ในการประกอบพิธีในวันดังกล่าวจึงกล่าวว่าเป็นการจัดพิธีรำลึกถึงพระราชวงศ์เหล่านั้นและเป็นการบรรจุอัฐิให้แก่ชาวคริสต์ผู้ตกเป็นเหยื่อของการปฏิวัติรัสเซีย
     อีก ๒ ปีต่อมาใน ค.ศ. ๒๐๐๐ คริสตจักรรัสเซียออร์ทอดอกซ์ได้สถาปนาซาร์นิโคลัสที่ ๒ ซารีนาอะเล็กซานดรา พร้อมด้วยพระราชโอรสและพระราชธิดาทั้ง ๕ พระองค์เป็นนักบุญเมื่อวันที่ ๑๔ สิงหาคม ค.ศ. ๒๐๐๐ ด้วยเหตุผลที่ว่าทั้ง ๆ ที่ทุกพระองค์ทรงถูกเหยียบย่ำ ให้ร้าย และทุกข์ระทม แต่ก็ทรงยืนหยัดในความทุกข์ทรมานร่วมกันโดยไม่ทรงยอมแยกพระองค์ออกจากประชาชนและแผ่นดินรัสเซีย การสถาปนาดังกล่าวนับเป็นการฟื้นฟูพระเกียรติยศอันสูงสุดของราชวงศ์โรมานอฟ ซึ่งไม่เพียงจะทำให้ซาร์นิโคลัสที่ ๒ เป็น "บุคคลสำคัญของประเทศ" อีกครั้งหลังจากที่ทรงถูกลบหายไปจากหน้าประวัติศาสตร์รัสเซียเป็นเวลากว่า ๘๐ ปี แต่ยังเป็นบุคคลสำคัญของศาสนจักรอีกด้วย.