ขะเจาะน้ำเป็นไม้ต้น สูง ๕-๑๕ ม. กิ่งอ่อน ใบ และช่อดอกมีขนสั้น
ใบประกอบแบบขนนกปลายคี่ เรียงเวียน ยาว ๒๕-๔๕ ซม. ก้านใบยาว ๕-๑๐ ซม. หูใบเล็ก หลุดร่วงง่าย แกนกลางใบยาว ๑๐-๒๕ ซม. ใบย่อย ๙-๑๑ ใบ แผ่นใบย่อยรูปขอบขนาน รูปขอบขนานแกมรูปไข่ ถึงรูปขอบขนานแกมรูปรี กว้าง ๓-๕ ซม. ยาว ๘-๑๕ ซม. ปลายเรียวเป็นติ่งหรือเป็นหางยาว ปลายสุดมน โคนสอบถึงป้าน ผิวใบด้านบนเกลี้ยงหรือมีขนสั้นประปรายตามเส้นใบ เส้นแขนงใบข้างละ ๙-๑๑ เส้น ผิวใบด้านล่างสีขาวนวล มีขนสั้นประปรายทั่วไป บางครั้งมีขนนุ่ม ก้านใบย่อยยาว ๕-๘ มม.
ช่อดอกแบบช่อกระจะ ออกเป็นช่อตามง่ามใบใกล้ปลายกิ่ง ช่อดอกยาว ๒๕-๔๐ ซม. ใบประดับและใบประดับย่อย เล็ก หลุดร่วงง่าย ดอกรูปดอกถั่ว สีม่วง ก้านดอกยาว ๕-๖ มม. กลีบเลี้ยงโคนเชื่อมติดกันเป็นรูปถ้วย ปลายแยกเป็นแฉกเรียวแแหลม ๔ แฉก ยาวประมาณ ๘ มม. กลีบดอกกลีบกลางรูปโล่ เส้นผ่านศูนย์กลางประมาณ ๑.๗ ซม. ปลายเว้า ด้านนอกมีขน ด้านในตอนปลายมีขน กลีบดอกคู่ข้างรูปแถบแกมรูปไข่กลับ ยาวประมาณ ๑.๔ ซม. กลีบดอกคู่ล่างติดกันเป็นรูปเรือ ยาวประมาณ ๑๒ มม. ตอนปลายและขอบด้านล่างมีขน เกสรเพศผู้ ๙ อัน ก้านชูอับเรณูเชื่อมติดกันเป็นแผ่นหุ้มรังไข่ รังไข่อยู่เหนือวงกลีบ รูปแถบยาวประมาณ ๑.๑ ซม. มีขน มี ๑ ช่อง และมีออวุล ๑๐ เม็ด
ผลแบบผลแห้งแตกสองแนว รูปแถบ กว้าง ๑.๕-๒ ซม. ยาว ๑๕-๒๐ ซม. ผิวเกลี้ยง หรือมีขนประปราย เมล็ดมี ๕-๘ เมล็ด รูปโล่แกมรูปไต กว้าง ๑.๐-๑.๓ ซม. ยาว ๐.๘-๑ ซม. สีน้ำตาลแกมแดง
ขะเจาะน้ำมีเขตการกระจายพันธุ์ในประเทศไทยทางภาคเหนือ บริเวณที่โล่งริมลำธารในป่าเบญจพรรณ ที่สูงจากระดับน้ำทะเล ๓๕๐-๖๐๐ ม. ออกดอกระหว่างเดือนกุมภาพันธ์-มีนาคม ผลแก่ระหว่างเดือนธันวาคม ในต่างประเทศพบที่พม่า.