กะเพราแขกเป็นไม้ล้มลุก แตกกิ่งมาก สูงได้ถึง ๑ เมตร ลำต้นเป็นเหลี่ยมยกเว้นโคนกลม มีต่อมและขนตั้ง ทุกส่วนมีกลิ่นฉุน

 ใบเดี่ยว เรียงตรงข้ามสลับตั้งฉาก รูปขอบขนานแกมรี กว้าง ๑-๒ ซม. ยาว ๒.๕-๔ ซม. ปลายมนหรือแหลม โคนมนหรือรูปลิ่ม ขอบจักฟันเลื่อย แผ่นใบบาง มีต่อมและขนสั้นสีขาวทั้ง ๒ ด้าน เส้นแขนงใบข้างละ ๔-๕ เส้น ด้านบนเป็นร่องตื้นด้านล่างนูน ก้านใบยาว ๑-๒ ซม. มีขนตั้งสีขาว

 ช่อดอกแบบช่อฉัตร ออกที่ยอดและปลายกิ่ง ช่อตั้งประกอบด้วยดอกสีขาวอมม่วงขนาดเล็กข้างละ ๒-๓ ดอก ออกตรงข้ามกันบนแกนช่อเป็นชั้น ๆ แต่ละชั้นห่างกัน ๐.๒-๑ ซม. ก้านดอกยาว ๑-๒ มม. กางออกในแนวเฉียงขึ้น ปลายโค้งงอลง แกนช่อดอกและก้านดอกมีขนตั้งสีขาวหนาแน่นกลีบเลี้ยงโคนเชื่อมติดกันคล้ายรูประฆัง ปลายแยกเป็น ๒ ส่วน ส่วนบนมี ๑ แฉก ค่อนข้างกลม ส่วนล่างมี ๔ แฉก ๒ แฉก กลางยาวสุด รูปใบหอก ปลายเรียวแหลมและงอขึ้นเล็กน้อย ส่วน ๒ แฉกข้าง รูปสามเหลี่ยม ปลายเป็นติ่งแหลม ด้านในหลอดมีขนยาวเป็นวงโดยรอบ ด้านนอกมีขนหนาแน่นบริเวณโคนหลอด กลีบดอกรูปปากเปิด ยาว ๓-๔ มม. โคนเชื่อมติดกันเป็นหลอดรูปกรวย ส่วนบนมี ๔ แฉก รูปขอบขนานแกมรูปไข่ ๒ แฉกกลางใหญ่กว่า ๒ แฉกข้าง เล็กน้อย ส่วนล่างมี ๑ แฉก รูปขอบขนาน ยาวกว่าส่วนบน ปลายเว้าตื้น เกสรเพศผู้มี ๒ คู่ยาวไม่เท่ากัน คู่ที่สั้นกว่ามีขนเป็นกระจุกที่โคนก้านชูอับเรณูรังไข่อยู่เหนือวงกลีบ มีจานฐานดอก มี ๔ พู แต่ละพูมีออวุล ๑ เม็ด ยอดเกสรเพศเมียแยกเป็น ๒ แฉก

 ผลแยกคล้ายเป็นผลย่อยเปลือกแข็งเมล็ดเดียว ๔ ผล รูปไข่ ขนาดเล็ก ผิวเรียบหรือมีปุ่มเล็ก ๆ เปลือกพองออกเป็นเมือกเมื่อแช่น้ำ

 กะเพราแขกมีเขตการกระจายพันธุ์ในทวีปแอฟริกาและเอเชียตอนใต้ นำเข้ามาปลูกในประเทศไทยเมื่อ พ.ศ. ๒๔๙๖ มีลักษณะใกล้เคียงกับกะเพรา (Ocimum tenuiflorum L.) ต่างกันที่ด้านในหลอดกลีบเลี้ยงมีขนยาวสีขาวเป็นวง.