จันทนาใบเล็กเป็นไม้พุ่ม สูงได้ถึง ๓ ม. กิ่งอ่อนเป็นรูปทรงกระบอก เปลือกสีเขียว เกลี้ยง กิ่งแก่เปลือกสีเทาถึงสีน้ำตาล เกลี้ยง เรียบหรือแตกเป็นสะเก็ดตื้น
ใบเดี่ยว เรียงตรงข้ามสลับตั้งฉาก รูปใบหอกกลับถึงรูปขอบขนาน กว้าง ๒-๖ ซม. ยาว ๗-๑๙ ซม. ปลายแหลมหรือเรียวแหลม โคนรูปลิ่ม ขอบเรียบ แผ่นใบบางคล้ายกระดาษ ด้านบนสีเขียว ด้านล่างสีจางกว่าเกลี้ยงทั้ง ๒ ด้าน เส้นแขนงใบข้างละ ๘-๑๑ เส้น เห็นไม่ชัดทางด้านล่าง โดยทั่วไปมีตุ่มใบอยู่ตามซอกระหว่างเส้นแขนงใบกับเส้นกลางใบ ก้านใบยาว ๐.๕-๑.๒ ซม. เกลี้ยง หูใบระหว่างก้านใบรูปสามเหลี่ยมกว้างปลายแหลม ยาว ๒-๕.๕ มม. ติดทน
ช่อดอกแบบช่อกระจุกซ้อนคล้ายช่อเชิงหลั่นออกตามยอด ช่อแน่นตั้งขึ้น กว้างและยาว ๒-๕ ซม. ช่อแขนงมีแขนงหลัก ๒-๔ แขนง ออกตรงข้าม แตกแขนงแบบแยกสาม ไร้ก้านช่อดอก แกนช่อและก้านดอกมีขนสั้นกระจายทั่วไป ใบประดับ ๓ ใบ ใบประดับที่อยู่ด้านข้างมี ๒ ใบ เรียงตรงข้าม รูปสามเหลี่ยมแคบหรือรูปรี กว้าง ๐.๕-๒ มม. ยาว ๓-๘ มม. ใบประดับใบกลางรูปสามเหลี่ยม แต่ละช่อแขนงย่อยเป็นช่อกระจุกมี ๓ ดอก มีใบประดับรองรับช่อแขนงย่อย ดอกที่อยู่ด้านข้างทั้ง ๒ ดอก มีก้านดอกยาวได้ถึง ๒ มม. ใบประดับย่อยเรียงตรงข้ามอยู่ที่โคนรังไข่หรือบนก้านดอกรูปเส้นด้ายหรือรูปสามเหลี่ยมแคบ ปลายเรียวแหลมขอบมีขน ส่วนดอกที่อยู่ตรงกลางมีก้านดอกยาวได้ถึง ๑ มม. หรือไร้ก้าน กลีบเลี้ยงสีเขียว โคนเชื่อมติดกันเป็นหลอดสั้น ยาว ๑-๑.๕ มม. ปลายแยกเป็น ๕ แฉก รูปสามเหลี่ยมกว้าง ยาว ๐.๕-๑ มม. ปลายแหลม กลีบดอกสีเขียวอ่อนหรือสีขาวนวล โคนเชื่อมติดกันเป็นหลอดแคบ ยาว ๒-๓ มม. ด้านบนใกล้คอหลอดกลีบดอกด้านในมีขนคล้ายไหม ด้านล่างเกลี้ยง ปลายหลอดกลีบดอกแยกเป็น ๕ แฉก รูปขอบขนาน กว้าง ๑.๒-๑.๘ มม. ยาว ๔.๕-๕ มม. ด้านในเกลี้ยงหรือมีขนสั้นนุ่มที่โคน ด้านนอกเกลี้ยง ขอบมีขนครุย แฉกกลีบบิดเวียนในดอกตูม เกสรเพศผู้ ๕ เกสร ติดอยู่ที่คอหลอดกลีบดอก เรียงสลับกับแฉกกลีบ ก้านชูอับเรณูเป็นหลอดแคบและสั้น ยาวได้ถึง ๑ มม. เกลี้ยง อับเรณูติดที่ฐานสีเทาอมเหลือง รูปแถบ ยาว ๓.๕-๔ มม. บิดเมื่อดอกบานเต็มที่ จานฐานดอกเห็นชัดล้อมรอบโคนก้านยอดเกสรเพศเมีย รังไข่อยู่ใต้วงกลีบ รูปถ้วย ยาว ๑-๑.๕ มม. มีขนสั้นประปราย มี ๒ ช่อง แต่ละช่องมีออวุล ๑ เม็ด ก้านยอดเกสรเพศเมียและยอดเกสรเพศเมียรวมกันยาว ๗-๘ มม. โผล่พ้นหลอดกลีบดอก ก้านยอดเกสรเพศเมียเรียว ช่วงกลางมีขนหนาแน่น ช่วงโคนมีขนสั้นประปราย ยอดเกสรเพศเมียมี ๒ พู รูปกระสวย ยาว ๓-๔ มม. เป็นร่องตามยาว ปลายแยกเล็กน้อย
ผลคล้ายผลมีเนื้อหนึ่งถึงหลายเมล็ด รูปทรงกลมหรือค่อนข้างกลม กว้าง ๕-๖ มม. ยาว ๕.๕-๖ มม. สีเขียว สุกสีดำ เกลี้ยงหรือมีขนประปราย กลีบเลี้ยงติดทนอยู่ที่ปลายผล เมล็ดรูปคล้ายผล เส้นผ่านศูนย์กลาง ๓.๘-๔.๒ มม. สีน้ำตาล ด้านบนเป็นแอ่งมีขอบรูปวงแหวน เปลือกเรียบ มี ๑ เมล็ด
จันทนาใบเล็กมีเขตการกระจายพันธุ์ในประเทศไทยทางภาคใต้ พบขึ้นตามป่าดิบ ป่ารุ่นในที่ลุ่มต่ำ พื้นที่เปิดโล่ง ชายป่า และริมลำธาร ที่สูงตั้งแต่ใกล้ระดับทะเลถึงประมาณ ๔๕๐ ม. ออกดอกและเป็นผลเดือนกันยายนถึงมิถุนายน ในต่างประเทศพบที่อินเดีย กัมพูชา คาบสมุทรมลายู สิงคโปร์ และเกาะบอร์เนียว.