จันทน์หนูเป็นพืชคล้ายไม้ต้น สูง ๓-๖ ม. อาจพบสูงได้ถึง ๑๒ ม. เส้นผ่านศูนย์กลางของเรือนยอดเกือบเท่ากับความสูง ลำต้นแตกแขนงมาก กางออกและปลายของแต่ละแขนงยังแตกแขนงอีกเป็นจำนวนมากโดยเฉพาะในต้นแก่ โคนลำต้นมีเส้นผ่านศูนย์กลางยาวได้ถึง ๑ ม. เปลือกเป็นคอร์ก สีเทาหรือสีขาวแกมสีขี้เถ้า มีรอยแตกทั่วไป
ใบเดี่ยว เรียงเวียนเป็นกระจุกแน่นที่ปลายลำต้น มี ๒๐-๕๐ ใบ ใบอ่อน ๗-๑๐ ใบ ชูขึ้นหรือกางออก ใบแก่ห้อยโค้ง รูปแถบกว้างถึงรูปแถบแคบ กว้าง ๑-๓ ซม. ยาว ๑๑-๖๐.๕ ปลายเรียวแหลม มีติ่งแหลมอ่อน ยาวประมาณ ๑.๕ มม. เมื่อแห้งมีสีขาวใส โคนหนาเล็กน้อย แผ่เป็นกาบโอบหุ้มลำต้น รูปไข่หรือรูปสามเหลี่ยมแกมรูปไข่ กว้าง ๑.๗-๓.๒ ซม. ยาว ๐.๘-๑.๖ ซม. สีขาว เมื่อแห้งสีน้ำตาลอ่อนถึงสีน้ำตาล บางครั้งมีสีแดงซึ่งเกิดจากน้ำเลี้ยง ขอบใบกว้างประมาณ ๑ มม. สีขาวใส เรียบหรือมีขนประปราย แผ่นใบคล้ายกระดาษแข็งถึงคล้ายแผ่นหนังบาง สีเขียวถึงสีเขียวเข้มเส้นกลางใบเห็นไม่ชัด เส้นใบขนานกันตามยาว
ช่อดอกแบบช่อแยกแขนงเป็น ๔ ชั้น ออกที่ปลายยอด ตั้งตรงหรือชูขึ้น ช่อย่อยแบบช่อกระจะ ออกเป็นกระจุกกลม ก้านช่อดอกยาว ๐.๘-๑๕.๕ ซม. ใบประดับที่ก้านช่อดอกลักษณะคล้ายใบ ยาวได้ถึง ๘.๗ ซม. ใบประดับที่แกนกลางช่อดอกชั้นที่ ๑ รูปไข่ถึงรูปไข่กว้าง ยาวได้ถึง ๗.๕ ซม. ขนาดจะเล็กลงไปเรื่อย ๆ ในแกนกลางช่อดอกชั้นต่อ ๆ ไป ช่อย่อยมีดอก ๑-๓ ดอก ไม่มีก้านดอก กลีบรวมสีนวลแกมสีเขียวหรือสีเหลือง มีสีอ่อนและโปร่งแสงไปทางขอบกลีบ โคนเชื่อมติดกันเล็กน้อย ปลายแยกเป็น ๖ แฉก เรียงเป็น ๒ วงแฉกรูปขอบขนานแคบถึงรูปรีแกมรูปขอบขนานหรือรูปใบหอกแกมรูปขอบขนาน กว้าง ๑.๒-๒.๖ มม. ยาว ๖-๘.๕ มม. ตั้งตรง ครึ่งบนโค้งกลับ เกสรเพศผู้ ๖ เกสร ก้านชูอับเรณูกว้าง ๐.๔-๐.๗ มม. ยาว ๒.๒-๒.๘ มม. สีส้ม โคนสีเขียวเชื่อมกับกลีบรวม อับเรณูสีเหลืองอ่อนรูปขอบขนาน กว้าง ๐.๔-๑ มม. ยาว ๑.๗-๒.๒ มม. รังไข่อยู่เหนือวงกลีบ รูปทรงรีถึงทรงรูปไข่กลับ กว้าง ๑.๓-๒ มม. ยาว ๒.๔-๓.๓ มม. สีเขียวอ่อน มี ๓ ช่องแต่ละช่องมีออวุล ๑ เม็ด ก้านยอดเกสรเพศเมียรูปคล้ายทรงกระบอก ยาว ๒.๕-๓.๓ มม. สีขาว ยอดเกสรเพศเมียเป็นตุ่ม เส้นผ่านศูนย์กลาง ๐.๕-๐.๘ มม. จัก ๓ พู
ผลแบบผลมีเนื้อหนึ่งถึงหลายเมล็ด สีน้ำตาลอ่อนถึงสีน้ำตาล เมื่อแก่สีส้ม รูปทรงค่อนข้างกลม แบนเล็กน้อย เส้นผ่านศูนย์กลาง ๐.๗-๑.๒ มม. ออกเป็นช่อห้อยลง มีขน อาจหยักเป็นพู มีกลีบรวมและก้านยอดเกสรเพศเมียติดทน เมื่อแห้งจะมีรอยเป็นจุกสีอ่อนรอบโคนก้านยอดเกสรเพศเมีย เมล็ดรูปทรงกลมถึงรูปสามเหลี่ยม มีสันคม เส้นผ่านศูนย์กลาง ๖-๗ มม. สีน้ำตาลอ่อน เกลี้ยง มีลายเป็นร่างแหละเอียด มี ๑-๓ เมล็ด
จันทน์หนูมีเขตการกระจายพันธุ์ในประเทศไทยทางภาคเหนือ ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ และภาคกลางพบในป่าดิบเขา บนเขาหินปูน ที่สูงจากระดับทะเล ๕๕๐-๒,๐๐๐ ม. ออกดอกเดือนมีนาคมถึงพฤษภาคม เป็นผลเดือนพฤษภาคมถึงพฤศจิกายน ในต่างประเทศพบที่เมียนมา
ประโยชน์ เป็นไม้ประดับ.