กระโถนฤาษีเป็นพืชเบียนล้มลุก อาศัยอยู่ตามรากพืชอื่นลำต้นยาวไม่เกิน ๑ ซม. ใบไม่มีสีเขียว ลดรูปเป็นกาบหุ้มลำต้นและโคนดอกจำนวน ๑๐ ใบ รูปค่อนข้างกลม ปลายมนต้นมักอยู่ใกล้กันเป็นกลุ่ม แต่ละต้นออกดอกเพียงดอกเดียวแล้วเหี่ยวแห้งไป
ดอกแยกเพศร่วมต้น ดอกตูมค่อนข้างกลม เส้นผ่านศูนย์กลาง ๔-๗ ซม. มีเนื้อ มีเมือกใส เมื่อดอกบานเต็มที่เส้นผ่านศูนย์กลาง ๑๐-๑๕ ซม. กลิ่นเหม็น กลีบรวมโคนสีขาวติดกันเป็นรูปถ้วยหรือกระโถน ยาว ๖-๘ ซม. ปลายแยกเป็น ๑๐ กลีบ เรียง ๒ ชั้น ชั้นละ ๕ กลีบ กลีบรูปสามเหลี่ยมขนาดไม่เท่ากัน กว้าง ๔-๖ ซม. ยาว ๖-๘ ซม. สีแดงสุดถึงแดงคล้ำ มีตุ่มหูดทั่วไป สีขาวหรือเหลือง ขอบปากถ้วยมีกะบังกลีบรวมรูปวงแหวนสีแดงคล้ำ กว้าง ๐.๗-๑.๔ ซม. มีรูเปิดตรงกลาง เส้นผ่านศูนย์กลาง ๑-๓.๗ ซม. บนกะบังมีราเมนตาสีขาวหรือเหลืองขนาดใหญ่จำนวนมาก ยาวประมาณ ๑ ซม. ชี้ขึ้น เมื่อดอกบานเต็มที่ราเมนตาเปลี่ยนเป็นสีแดงด้านในถ้วยใต้แผ่นกะบังมีสีแดงคล้ำ และมีสันยาวตามแนว รัศมีประมาณ ๒๐ สัน เรียงห่างกัน
ดอกเพศผู้มีเส้าเกสรอยู่ใต้ช่องวงแหวนปลายเป็นรูปจานเส้นผ่านศูนย์กลาง ๓.๓-๕.๑ ซม. มีเกสรเพศผู้ ๒๐ อัน ติดรอบใต้จาน ไม่มีก้านชูอับเรณู ดอกเพศเมียมีเส้าเกสรใหญ่กว่าของดอกเพศผู้ ปลายเป็นรูปจาน เส้นผ่านศูนย์กลางขนาดใกล้เคียงกับช่องเปิด มีเกสรเพศผู้ที่เป็นหมัน ๒๐ อัน ติดรอบใต้จาน รังไข่อยู่ใต้วงกลีบ มีหลายช่องและมีออวุลจำนวนมาก
กระโถนฤาษีมีเขตการกระจายพันธุ์ในประเทศไทยทางภาคเหนือและภาคใต้ ขึ้นในป่าดิบ เกาะเบียนรากไม้ เช่น หุ่นแป (Tetrastigma cruciatum Craib & Gagnep.) เครือเขาน้ำ [T. leucostaphyllum (Dennst.) Mabb., T. laoticum Gagnep.) และเถาส้มกุ้ง (Illigera trifoliata Dunn) ออกดอกระหว่างเดือนพฤษภาคมถึงสิงหาคม จัดเป็นพืชหายากและพืชใกล้สูญพันธุ์ชนิดหนึ่งของประเทศไทย ในต่างประเทศพบที่จีน ภูฏาน อินเดีย พม่า ลาว และเวียดนาม
พรรณไม้ชนิดนี้มี ๒ แบบ แยกตามสีของตุ่มหูดบนกลีบซึ่งจะไม่ปะปนกันในแต่ละดอก แบบแรกมีตุ่มหูดสีเหลือง อีกแบบหนึ่งมีตุ่มหูดสีขาว ชนิดที่มีตุ่มหูดสีขาว มีชื่อ Sapria himalayana Griff. form. albovinosa Bänziger & B.Hansen จัดเป็นพืชถิ่นเดียวและหายากของประเทศไทย นอกจากนั้น ยังมีรายงานว่ากระโถนฤาษีจุดเหลืองและกระโถนฤาษีจุดขาวมีแมลงที่ช่วยในการถ่ายเรณูเป็นแมลงต่างชนิดกันอีกด้วย