ขมหินหยกเป็นไม้ล้มลุก สูงได้ถึง ๓๐ ซม. ลำต้นอวบน้ำ ขาวใส อาจแตกกิ่งก้านบ้าง
ใบเดี่ยว อวบน้ำ เรียงตรงข้าม รูปรี รูปไข่ หรือรูปรีแกมรูปขอบขนาน คู่ใบมีขนาดเท่ากัน กว้าง ๑-๒.๕ ซม. ยาว ๒-๖.๕ ซม. ปลายแหลม โคนรูปลิ่ม สอบและมักเบี้ยว ขอบจักฟันเลื่อยลึก แผ่นใบบาง ด้านบนสีเขียวเข้มด้านล่างสีเขียวนวล มีขนสีขาวทั้ง ๒ ด้านและมักหลุดร่วงง่าย มีผลึกเป็นจุดเล็ก ๆ สีขาวกระจายทั่วไป เส้นโคนใบ ๓ เส้น คู่ข้างยาวไม่ถึงปลายใบ เส้นใบย่อยแบบขั้นบันไดเห็นชัดทางด้านล่าง ก้านใบเรียว ยาว ๐.๕-๓.๕ ซม. มีขนประปราย หูใบเล็กมาก รูปคล้ายใบ โคนด้านในเชื่อมติดกัน
ดอกแยกเพศร่วมต้นหรือต่างต้น ช่อดอกแบบช่อแยกแขนง ช่อย่อยแบบช่อกระจุก ออกตามซอกใบก้านช่อดอกยาว ๐.๕-๑.๕ ซม. เรียวเล็กคล้ายเส้นด้ายแต่ละช่อแยกแขนง ๑-๘ แขนง ดอกสีเขียวอ่อนถึงเหลืองอ่อน ดอกเพศผู้กลีบรวมโคนเชื่อมติดกันเล็กน้อย ปลายแยกเป็น ๓ แฉก พบน้อยที่มี ๔ แฉก ขนาดใกล้เคียงกันแต่ละแฉกยาวประมาณ ๐.๕ มม. เกสรเพศผู้ ๓ เกสร พบน้อยที่มี ๔ เกสร ติดตรงกับกลีบรวม ยาวประมาณ ๑ มม. ดอกเพศเมียมีกลีบรวม ๓ กลีบ พบน้อยที่มี ๔ กลีบ ยาว ๐.๕-๑.๒ มม. แต่ละกลีบยาวไม่เท่ากันและมีขนาดสั้นกว่าในดอกเพศผู้ ทุกกลีบมีขนประปรายตามผิวด้านนอก รังไข่อยู่เหนือวงกลีบ ทรงรูปไข่ ยาวประมาณ ๐.๕ มม. มีขนประปราย มี ๑ ช่อง มีออวุล ๑ เม็ด
ผลแบบผลแห้งเมล็ดล่อน ทรงรูปไข่ ยาวประมาณ ๑ มม. มีกลีบรวมบิดเบี้ยวและติดทน ก้านผลเห็นไม่ชัดเมล็ดเล็กมาก มี ๑ เมล็ด
ขมหินหยกมีเขตการกระจายพันธุ์ในประเทศไทยทางภาคใต้ พบตามเขาหินปูน ที่สูงจากระดับทะเลไม่เกิน ๑๐๐ ม. ออกดอกและเป็นผลเดือนพฤศจิกายนถึงธันวาคมในต่างประเทศพบที่มาเลเซีย.