ขี้อ้นเครือเป็นไม้ล้มลุกปีเดียว มักแตกเป็นกอหรือลำต้นเดี่ยว ลำต้นเรียว อ่อน เปราะและหักง่าย สูงได้ถึง ๑ ม. มีข้อและปล้องเห็นชัด ต้นอ่อนอาจมีขนประปราย
ใบเดี่ยว เรียงตรงข้าม รูปไข่ รูปสามเหลี่ยมหน้าจั่วหรือรูปหัวใจ กว้าง ๑.๕-๔.๕ ซม. ยาว ๓.๕-๑๐ ซม. ปลายแหลมหรือเรียวแหลม โคนมน ป้าน หรือหยักรูปหัวใจขอบเรียบ เป็นคลื่น หรือหยักเว้าลึก และมักเบี้ยว แผ่นใบบางคล้ายกระดาษ มีขนประปรายทางด้านล่าง ด้านบนเกลี้ยงและมีสีเขียวเข้มกว่าทางด้านล่าง เส้นแขนงใบข้างละ ๓-๕ เส้น สังเกตเห็นได้ทางด้านล่าง ก้านใบยาว ๐.๕-๓ ซม. เมื่ออ่อนมีขนประปราย
ช่อดอกแบบช่อกระจะเชิงประกอบ ช่อย่อยคล้ายช่อซี่ร่ม ออกตามปลายกิ่งและตามซอกใบใกล้ปลายกิ่ง ช่อเรียวอ่อน ก้านช่อยาว ๔-๖ ซม. ช่อย่อยมี ๓-๕ ดอก ก้านดอกยาว ๐.๕-๑.๕ ซม. ใบประดับรูปเส้นด้าย ยาว ๒-๓ มม. กลีบรวมสีม่วงหรือม่วงแกมแดง โคนเชื่อมติดกันเป็นหลอดยาว ๑-๑.๒ ซม. ปลายผาย กว้างประมาณ ๕ มม. ขอบหยักพอสังเกตเห็นได้เป็น ๕ แฉก เกสรเพศผู้ ๓-๔ เกสร ยาวพ้นปากหลอดประมาณ ๑.๕ ซม. รังไข่อยู่เหนือวงกลีบรูปทรงรี เรียว ยาวประมาณ ๑.๕ มม. มี ๑ ช่อง และมีออวุล ๑ เม็ด ก้านยอดเกสรเพศเมียเรียว ยาวใกล้เคียงกับเกสรเพศผู้ ยอดเกสรเพศเมียเป็นตุ่มเล็ก
ผลแบบผลแห้งเมล็ดล่อน รูปทรงกระบอก ยาว ๗-๘ มม. มีกลีบรวมติดทน มีครีบเล็กตามยาวผล ๑๐ ครีบและมีต่อมกระจายค่อนไปทางปลายผล
ขี้อ้นเครือมีเขตการกระจายพันธุ์ในประเทศไทยทั่วทุกภาค พบตามป่าเบญจพรรณ ป่าดิบแล้ง ที่มีหินปูนเป็นฐานล่าง ที่สูงจากระดับทะเล ๒๕-๗๐๐ ม. ออกดอกและเป็นผลเดือนตุลาคมถึงมกราคม ในต่างประเทศพบทั่วไปตามภูมิภาคเขตร้อน.