เงาะหนูเป็นไม้ต้นขนาดเล็กถึงขนาดกลางสูงได้ถึง ๑๐ ม. บางครั้งอาจถึง ๒๐ ม. เปลือกเรียบสีน้ำตาลอมเทา อาจแตกเป็นร่องหรือเป็นเกล็ด ที่ปลายกิ่งจะเห็นหูใบหุ้มยอดชัดเจน
ใบเดี่ยว เรียงตรงข้ามสลับตั้งฉาก รูปไข่ รูปรีหรือรูปไข่กลับ กว้าง ๒-๘ ซม. ยาว ๕-๒๐ ซม. ปลายแหลม โคนรูปลิ่ม ขอบเรียบ แผ่นใบบางคล้ายกระดาษหรือค่อนข้างหนาคล้ายแผ่นหนัง เกลี้ยงทั้ง ๒ ด้าน หรือมีขนประปรายทางด้านล่าง เส้นแขนงใบข้างละ ๖-๑๓เส้น ก้านใบยาว ๐.๓-๒ ซม. หูใบระหว่างก้านใบรูปไข่
ตามแนวกลางชัด ร่วงง่าย ยกเว้นคู่ปลายกิ่งช่อดอกแบบช่อกระจุกกลม ออกที่ปลายกิ่งหรือตามซอกใบใกล้ปลายกิ่ง มีดอกจำนวนมาก แต่ละดอกมีรังไข่เชื่อมติดกัน ก้านช่อดอกยาว ๑-๓.๕ ซม. ช่อดอกมีเส้นผ่านศูนย์กลาง ๕-๗ มม. กลีบเลี้ยงโคนเชื่อมติดกันเป็นหลอดสั้น ปลายแยกเป็น ๔-๕ แฉก รูปสามเหลี่ยมหรือรูปขอบขนาน ยาวประมาณ ๑ มม. ปลายมน มีขนเล็กน้อย กลีบดอกสีส้มอ่อนถึงสีขาวออกเหลือง โคนเชื่อมติดกันเป็นหลอดเล็ก ยาวประมาณ ๓ มม. ปลายแยกเป็น ๔-๕ แฉก รูปขอบขนาน ยาวประมาณ ๑ มม. เรียงซ้อนเหลื่อมกันในดอกตูม เกลี้ยงเกสรเพศผู้ ๕ เกสร ติดอยู่ตรงส่วนบนของหลอดดอกก้านชูอับเรณูสั้นมาก อับเรณูยาวประมาณ ๐.๕ มม. รังไข่อยู่ใต้วงกลีบ มี ๒ ช่อง แต่ละช่องมีออวุลจำนวนมาก ก้านยอดเกสรเพศเมียและยอดเกสรเพศเมียยาวรวมกัน ๕-๖ มม. โผล่พ้นหลอดดอก ยอดเกสรเพศเมียรูปกระสวย
ผลแบบผลกลุ่ม แข็ง สีน้ำตาล แก่ไม่แตก รูปทรงกลม เส้นผ่านศูนย์กลาง ๐.๘-๒ ซม. ผลย่อยมีกลีบเลี้ยงติดทนเป็นวงรอบที่ปลาย เมล็ดขนาดเล็ก ทรงรูปไข่หรือรูปทรงรี บางครั้งแบนด้านข้าง มีจำนวนมาก
เงาะหนูเป็นพรรณไม้หายาก มีเขตการกระจายพันธุ์ในประเทศไทยทางภาคใต้ พบตามป่าดิบชื้น ตามริมน้ำ ป่าพรุ และที่ชุ่มน้ำ ที่สูงจากระดับทะเลประมาณ ๒๐๐ ม. ออกดอกและเป็นผลเดือนเมษายนถึงกันยายนในต่างประเทศพบที่อินเดีย คาบสมุทรมาเลเซีย และอินโดนีเซีย.