เงาะขนสั้นเป็นไม้ต้น สูงประมาณ ๑๐ ม. บางครั้งอาจพบสูงได้ถึง ๓๖ ม. เปลือกสีค่อนข้างแดง สีน้ำตาล หรือสีเทา ผิวเรียบหรือมีช่องอากาศเล็ก ๆ กิ่งอ่อนค่อนข้างเกลี้ยง
ใบประกอบแบบขนนกปลายคู่ เรียงสลับ ก้านใบยาว ๐.๘-๑๒ ซม. เส้นผ่านศูนย์กลาง ๐.๘-๒.๕ มม.รูปคล้ายทรงกระบอก ไม่มีหูใบ แกนกลางค่อนข้างเกลี้ยง ใบย่อย ๒-๑๔ ใบ เรียงสลับเยื้องกันเล็กน้อยรูปรี รูปไข่ หรือรูปไข่กลับ กว้าง ๑.๘-๑๑ ซม. ยาว ๔-๒๐ ซม. ปลายเรียวแหลม โคนแหลมหรือมนถึงมนกว้าง ใบย่อยคู่ล่าง ๆ โคนสอบเรียว ขอบใบโค้งออกมักม้วนขึ้นเมื่อใบแห้ง แผ่นใบด้านบนสีเขียวเข้ม เกลี้ยงถึงมีขนประปรายตามเส้นกลางใบ ด้านล่างมีตุ่มใบ มีขนประปรายบริเวณโคนเส้นกลางใบถึงเกลี้ยงและมีนวล เส้นกลางใบเห็นชัดทางด้านบน เส้นแขนงใบเรียวมีข้างละ ๑๑-๑๕ เส้น เส้นใบย่อยส่วนมากเป็นแบบร่างแห เห็นชัดทางด้านบน ก้านใบย่อยยาว ๓-๘ มม.
ดอกแยกเพศต่างต้นหรือร่วมต้น ช่อดอกคล้ายช่อกระจุกแยกแขนง ออกตามซอกใบใกล้ปลายยอด ดูรวมกันหลาย ๆ ช่อคล้ายออกที่ยอด ช่อดอกมักไม่แยกแขนง มีขนค่อนข้างยาวประปรายถึงขนอุย ดอกเล็กสมมาตรตามรัศมี สีเขียวอ่อนหรือสีขาว มีกลิ่นหอมอ่อน ๆ กลีบเลี้ยงสีเขียวอ่อนหรือสีขาว ยาว ๑-๓ มม. โคนเชื่อมติดกันเป็นรูปถ้วย ปลายแยกเป็น ๔-๖ แฉก รูปคล้ายสามเหลี่ยม ไม่มีกลีบดอก จานฐานดอกรูปวงแหวน เกลี้ยง ดอกเพศผู้มีเกสรเพศผู้ ๕-๘ เกสร ก้านชูอับเรณูสีขาว มีขน อับเรณูสีเหลืองอ่อน ค่อนข้างเกลี้ยง ดอกเพศเมียมีก้านรังไข่สั้น รังไข่อยู่เหนือวงกลีบมี ๒ ช่อง พบน้อยที่มี ๔ ช่อง แต่ละช่องมีออวุล ๑ เม็ด ยอดเกสรเพศเมียเป็นพู
ผลคล้ายผลแห้งแตก รูปทรงรีหรือรูปค่อนข้างกลม กว้าง ๒.๕-๕ ซม. ยาว ๔-๖.๕ ซม. แตกที่ปลายเจริญเป็นผลเพียง ๑ พู ผิวเป็นหนามทู่ ยาวได้ถึง ๑.๕ ซม. เปลือกผลหนาคล้ายแผ่นหนัง หนาประมาณ ๗ มม. สุกสีเหลือง สีแดง หรือสีดำ มี ๑ เมล็ด รูปทรงรี มีเยื่อหุ้มเป็นเนื้อนุ่มสีขาว กินได้ รสหวาน
เงาะขนสั้นมีเขตการกระจายพันธุ์ในประเทศไทยทางภาคใต้ พบตามป่าดิบชื้น ที่ราบ หรือไหล่เขาพบมากตามริมน้ำ ที่สูงตั้งแต่ใกล้ระดับทะเลถึงประมาณ ๑,๙๕๐ ม. ออกดอกเดือนกุมภาพันธ์ถึงกันยายน เป็นผลเดือนพฤษภาคมถึงธันวาคม ในต่างประเทศพบที่อินเดีย เมียนมา และภูมิภาคมาเลเซีย.