กันภัยมหิดลเป็นไม้เถาเลื้อยพัน อายุยืนหลายปี แตกกิ่งหลายกิ่ง กิ่งที่แตกใหม่อ่อนนุ่ม สีเขียวอ่อน และมีขนนุ่มทั่วไป
ใบประกอบแบบขนนกปลายคี่ เรียงเวียน กว้าง ๘-๑๒ ซม. ยาว ๑๕-๑๘ ซม. แกนกลางด้านบนเป็นร่อง ก้านใบประกอบพอง มีหูใบออกจากสองข้างโคนก้านใบเป็นแผ่นทาบติดกับลำต้นยาวประมาณ ๕ มม. โคนเฉียง ปลายเป็นติ่งยาวใบย่อย ๔-๕ คู่ เรียงตรงข้าม รูปขอบขนาน กว้าง ๒.๒-๓.๕ ซม. ยาว ๕-๖.๕ ซม. ปลายมนมีติ่งแหลมสั้น โคนมน ขอบเรียบ แผ่นใบบาง มีขน ด้านล่างมีขนหนาแน่นกว่า ก้านใบย่อยสั้นโดนบ้านมีหูใบเป็นเส้นสั้น ๆ
ช่อดอกแบบช่อกระจะ ออกตามง่ามใบและปลายกิ่ง ยาว ๑๒-๒๘ ซม. ช่อหนึ่ง ๆ มีดอกมาก ทยอยบานจากโคนช่อมายังปลายช่อ แต่ละดอกบานเพียงวันเดียว ดอกบานวันละ ๔-๖ ดอก ใต้กลุ่มดอกมีใบประดับโคนกว้างปลายแหลม ๑ อัน แต่ละดอกมีใบประดับเรียวแหลมสีเขียวอ่อนอมม่วงรองรับร่วงง่าย ดอกรูปดอกถั่ว ส่วนต่าง ๆ ของดอกมีขน ก้านดอกยาว ๕-๗ มม. กลีบเลี้ยงสีม่วงอ่อน โคนติดกัน ปลายแยกเป็น ๕ แฉก กลีบดอก ๕ กลีบ กลีบกลางสีม่วง มีติ่งที่โคน ๒ คู่ เหนือติ่งมีแถบสีเหลืองรูปสามเหลี่ยมตามแนวกลางของกลีบ กลีบคู่ข้างสีม่วงเข้ม กลีบคู่ล่างสีนวล เกสรเพศผู้ ๑๐ อัน โคนก้านชูอับเรณู ๙ อัน ติดกันและโค้งตามแนวของกลีบล่างรังไข่ก้านสั้น อยู่เหนือวงกลีบ มี ๑ ช่อง มีออวุล ๑-๓ เม็ด
ฝักสีน้ำตาล กว้าง ๒.๗-๓.๕ ซม. ยาว ๗.๔-๙.๖ ซม. มีขน แก่จัดแตกเป็น ๒ ซีก โดยทั่วไปมี ๒ เมล็ด เมล็ดแข็ง ค่อนข้างกลม สีดำเป็นมัน เส้นผ่านศูนย์กลางประมาณ ๑.๖ ซม.
กันภัยมหิดลเป็นพรรณไม้ถิ่นเดียวของไทย พบขึ้นตาม ป่าเบญจพรรณที่ จ. กาญจนบุรี ฝักแก่ระหว่างเดือนธันวาคมถึงมกราคม หลังจากที่ฝักแก่แล้วถึงจะแห้งตายโดยที่ต้นไม่ตายและจะเริ่มแตกกิ่งใหม่ในฤดูฝน ปัจจุบันเหลืออยู่น้อย เป็นพืชที่มีลักษณะสวยงามใช้เป็นไม้ประดับได้ ชื่อ Afgekia mahidolae นี้ ตั้งเพื่อเฉลิมพระเกียรติสมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนี.