กะเพราน้ำเป็นไม้ล้มลุก สูง ๑๐-๓๕ ซม. ลำต้นกลม หรือเป็นเหลี่ยม เป็นลำต้นเดี่ยวหรือแตกกิ่งก้านสาขา ปกคลุมด้วยขนหินลง
ใบเดี่ยว เรียงตรงข้ามสลับตั้งฉาก รูปแถบ รูปใบหอกแกมรูปแถบ รูปใบหอกแกมรูปไข่ หรือรูปไข่ กว้าง ๐.๓-๑.๕ ซม. ยาว ๑-๗ ซม. ปลายแหลม โคนสอบเรียว ขอบจักฟันเลื่อย บางครั้งเห็นไม่ชัด แผ่นใบบางคล้ายกระดาษ มีขนสากทั้ง ๒ ด้าน ขนยาวและหนาแน่นกว่าบริเวณเส้นใบด้านล่าง เส้นแขนงใบข้างละ ๖-๑๐ เส้น ก้านใบยาว ๐.๒-๒.๕ ซม. มีขนสั้น ใบประดับรูปใบหอก ติดทน บริเวณโคนด้านในมักมีสีม่วง
ช่อดอกแบบช่อฉัตร ออกตามปลายกิ่ง กว้างได้ถึง ๑.๕ ซม. ยาวได้ถึง ๒๐ ซม. ช่อตั้ง ช่อย่อยประกอบด้วยดอกขนาดเล็ก สีขาวอมม่วง ข้างละ ๓-๑๐ ดอก ออกตรงข้ามกันบนแกนช่อเป็นชั้น ๆ แต่ละชั้นห่างกัน ๐.๕-๓ ซม. ก้านดอกยาว ๒-๓ มม. กางออกในแนวเฉียงขึ้น แกนกลางและก้านดอกมีขนหนาแน่น กลีบเลี้ยงโคนติดกันคล้ายรูประฆังปลายแยกเป็น ๒ ส่วน ส่วนบนมี ๑ แฉก รูปลิ่มแคบ หรืออาจมี ๓ แฉก แฉกกลางใหญ่สุด ค่อนข้างกลม ปลายเว้าตื้นอีก ๒ แฉกข้าง ขนาดเล็กหรือเห็นไม่ชัดเจน ส่วนล่างมี ๑ แฉก รูปกลมหรือรูปขอบขนานแกมรูปไข่ มักโค้งขึ้นปิดปากหลอดด้านในหลอดเกลี้ยง ด้านนอกมีขนหนาแน่น โดนหลอกมีเดือยขนาดเล็ก กลีบดอกรูปปากเปิด ยาว ๔-๕ มม. ด้านบนมี ๓ แฉก แฉกกลางใหญ่กว่า ๒ แฉกข้าง ด้านล่างมี ๑ แฉก รูปกลม ตรงกลางแฉกเว้าตื้น ด้านนอกมีขนยาว ขอบมีขนครุยหลอดกลีบดอกขยายกว้างเหนือรังไข่ โคนหลอดมีเดือยสั้น เกสรเพศผู้มี ๒ คู่ ยาวไม่เท่ากัน คู่ยาวเกลี้ยง คู่สั้นก้านชูอับเรณูมีขนและมีรยางค์ยาวที่โคน รังไข่อยู่เหนือวงกลีบ มี ๔ พู แต่ละพูมีออวุล ๑ เม็ด มีจานฐานดอกที่มีด้านหน้าใหญ่กว่าด้านอื่น ยอดเกสรเพศเมียแยกเป็น ๒ แฉก
ผลแยกคล้ายเป็นผลย่อยเปลือกแข็งเมล็ดเดียว ๔ ผล สีดำหรือน้ำตาล รูปขอบขนาน ขนาดเล็ก ผิวมีริ้วเล็ก ๆ เปลือกเป็นเมือกเล็กน้อยเมื่อแช่น้ำ
กะเพราน้ำมีเขตการกระจายพันธุ์ในประเทศไทยทางภาคตะวันออก พบขึ้นตามป่าเต็งรังที่สูงจากระดับน้ำทะเล ๑๐๐-๗๐๐ ม. หากขึ้นรวมกันเป็นกลุ่มเมื่อออกดอกจะสวยงามมากออกดอกระหว่างเดือนตุลาคมถึงธันวาคม เป็นผลระหว่างเดือนธันวาคมถึงกุมภาพันธ์ ในต่างประเทศพบที่ภูมิภาคอินโดจีน.