กระทุ่มน้ำเป็นไม้ต้น ผลัดใบ สูงได้ถึง ๒๕ ม. เรือนยอดเป็นพุ่มกลม เปลือกสีน้ำตาลแดง ผิวเรียบหรือแตกล่อนเป็นสะเก็ด มีช่องอากาศเป็นตุ่มเล็กทั่วไป
ใบเดี่ยว เรียงตรงกันข้าม รูปรีกว้างถึงรูปไข่กลับแกมรี กว้าง ๕-๑๒ ซม. ยาว ๑๐-๒๒ ซม. ปลายแหลมหรือเป็นติ่งแหลม โคนสอบ ขอบเรียบ แผ่นใบหนาคล้ายแผ่นหนัง ด้านบนเกลี้ยงเป็นมัน เมื่อแห้งจะมีสีเข้มกว่าด้านล่าง ด้านล่างมีขนนุ่มโดยเฉพาะตามเส้นใบ เส้นแขนงใบข้างละ ๘-๑๔ เส้น เส้นใบย่อยเห็นชัดทางด้านล่าง ก้านใบยาว ๑-๒ ซม. หูใบ ระหว่างก้านใบรูปสามเหลี่ยมปลายแหลม ยาว ๑-๑.๕ ซม. ร่วงง่าย
ช่อดอกแบบช่อกระจุกกลม ออกตามปลายกิ่ง เส้นผ่านศูนย์กลาง ๓.๕-๔.๕ ซม. ก้านช่อดอกยาว ๐.๘-๒.๕ ซม. มีใบประดับหุ้ม กว้าง ๔-๖ มม. ยาว ๕-๘ มม. ดอกสีเหลืองอมเขียว กลีบเลี้ยงสีเขียวอ่อน โคนเชื่อมติดกันเป็นหลอดยาว ๕-๗ มม. ปลายแยกเป็น ๕ แฉก มีขนนุ่ม กลีบดอกโคนเชื่อมติดกันเป็นรูปกรวยยาว ๕-๗ มม. ปลายแยกเป็นแฉกขึ้น ๕ แฉก ซ้อนเหลื่อมกัน ด้านนอกหลอดมีขนอุย ด้านในเกลี้ยงเกสรเพศผู้ ๕ อัน ติดเรียงสลับกับกลีบดอกที่ผนังภายในหลอดดอก รังไข่อยู่ใต้วงกลีบ มี ๒ ช่อง แต่ละช่องมีออวุลจำนวนมาก ก้านยอดเกสรเพศเมียเป็นเส้นยาวเรียวยอดเกสรเพศเมียเป็นตุ่ม
ผลแบบผลแห้งแตก ออกรวมเป็นช่อกลม เส้นผ่านศูนย์กลาง ๔-๕.๕ ซม. แต่ละผลผิวขรุขระ แก่จัดแตกเป็น ๒ ส่วน มีเมล็ดจำนวนมาก รูปไข่แบน ยาว ๑-๒ มม. มีปีกสั้น
กระทุ่มน้ำมีเขตการกระจายพันธุ์ในประเทศไทยทางภาคใต้ ขึ้นตามป่าดิบชื้นที่ลุ่ม และป่าพรุ บนพื้นที่ระดับน้ำทะเลจนถึงสูงประมาณ ๗๕ ม. ในต่างประเทศพบที่พม่า มาเลเซีย และอินโดนีเซีย
เนื้อไม้ใช้ในการก่อสร้าง มีความแข็งแรงและทนทานปานกลาง.