สันตะปาปาลีโอที่ ๑๓ ทรงเป็นสันตะปาปาพระองค์แรกที่เข้าดำรงตำแหน่งหลังจากที่คริสตจักรโรมันคาทอลิกต้องสูญเสียดินแดนในปกครองในคาบสมุทรอิตาลีรวมทั้งกรุงโรมเนื่องจากการรวมชาติอิตาลี (Unification of Italy)* พระองค์ทรงพยายามรื้อฟื้นบทบาทของสันตะปาปาในต่างแดนและสร้างความสัมพันธ์ระหว่างสำนักวาติกันกับรัฐบาลประเทศต่าง ๆ ที่มีปัญหากับคริสต์ศาสนิกชนคาทอลิก ทรงออกจุลสารที่เรียกว่าสมณสารสากล (encyclisals) เพื่อเป็นกรอบและแนวปฏิบัติสำหรับอาร์ชบิชอป บิชอปและผู้ที่นับถือนิกายคาทอลิกทั่วไป ส่วนปัญหากับรัฐบาลอิตาลีที่เกิดจากการรวมชาติ พระองค์ก็ทรงดำเนินนโยบายแข็งกร้าวและปฏิเสธอำนาจการปกครองของรัฐบาลตลอดระยะเวลาที่ทรงดำรงตำแหน่งประมุขสูงสุดของศาสนจักรโรมันคาทอลิกจนสิ้นพระชนม์ใน ค.ศ. ๑๙๐๓
สันตะปาปาลีโอที่ ๑๓ มีนามเดิมว่า โจอักกีโน วินเซนโซ รัฟฟาเอเล ลุยจี เปชชี (Gioacchino Vincenzo Raffaele Luigi Pecci) เป็นบุตรชายคนที่ ๖ ในบรรดาบุตรชาย ๗ คนของเคานต์โลโดวีโก เปชชี (Lodovico Pecci) นายทหารยศพันเอกซึ่งเคยร่วมรบในกองทัพของจักรพรรดินโปเลียนที่ ๑ (Napoleon I ค.ศ. ๑๘๐๔-๑๘๑๕)* กับอันเน ปรอสเปรี บูซี (Anne Prosperi Buzi) เกิดเมื่อวันที่ ๒ มีนาคม ค.ศ. ๑๘๑๐ ณ การ์ปีเนโต (Carpineto) ในรัฐสันตะปาปา (Papal States) แม้จะเกิดในครอบครัวขุนนางระดับล่าง แต่เปชชีในเยาว์วัยก็ได้รับการศึกษาอย่างดีไม่ยิ่งหย่อนไปกว่าบุตรหลานของขุนนางตระกูลสูงอื่น ๆ ขณะอายุ ๘ ปี เขาและจูเซปเป (Giuseppe) พี่ชายวัย ๑๐ ปี ได้เข้าศึกษาในโรงเรียนชั้นนำของพวกเยซูอิต (Jesuit) ณ เมืองวีแตร์โบ (Viterbo) เปชชีให้ความสนใจเป็นพิเศษในงานวรรณกรรมโบราณที่เขียนด้วยภาษาละตินและภาษาอิตาลีซึ่งต่อมาได้เป็นพื้นฐานให้เขามีความรู้ความสามารถในการใช้ภาษาและโดยเฉพาะการประพันธ์ทั้งร้อยแก้วและร้อยกรองเป็นอย่างยิ่ง
ใน ค.ศ. ๑๘๒๔ ขณะอายุ ๑๔ ปี เปชชีพร้อมพี่ชายได้เข้าศึกษาต่อในวิทยาลัยโรมาโน (Collegio Romano) ตั้งอยู่ในกรุงโรม ซึ่งเป็นวิทยาลัยของพวกเยซูอิตเช่นกัน โดยทั้งสองเลือกศึกษาในสาขามนุษยศาสตร์และวาทศิลป์ ก่อนจบการศึกษาในรายวิชาวาทศิลป์ เปชชีได้รับเลือกให้กล่าวคำปราศรัยในภาษาละติน ซึ่งเขาเลือกหัวข้อ "The Contrast Between Pagan and Christian Rome" ส่วนรายวิชาอื่น ๆ คือ วิชาปรัชญาและวิทยาศาสตร์ธรรมชาตินั้น เปชชีก็ทำคะแนนได้ดีเช่นกัน เขาสำเร็จการศึกษาจากวิทยาลัยโรมาโนในระดับปริญญาดุษฎีบัณฑิต สาขาเทววิทยาใน ค.ศ. ๑๘๓๒
หลังจบการศึกษา เปชชียังได้เข้าศึกษาต่อใน Academy of Noble Ecclesiastics ซึ่งเป็นสถาบันการศึกษาสาขาวิชาการต่างประเทศเพื่อฝึกฝนบุตรหลานของขุนนางให้มีความรู้ทางการทูตเพื่อออกไปประกอบอาชีพเป็นนักการทูตของราชสำนักสันตะปาปาไปประจำ ณ ประเทศต่าง ๆ ต่อมา เปชชีก็เข้าศึกษาเพิ่มเติมในวิชาประมวลกฎหมายโรมันเกี่ยวกับศาสนา (canon laws) และวิชากฎหมายแพ่ง (civil law) ณ มหาวิทยาลัยซาปีเอนซา (Sapienza University) ในเดือนมกราคม ค.ศ. ๑๘๓๗ สันตะปาปาเกรกอรีที่ ๑๖ (Gregory XVI ค.ศ. ๑๘๓๑-๑๘๔๖) ทรงแต่งตั้งเปชชีซึ่งมีผลการเรียนดีและมีความรอบรู้และเฉลียวฉลาดในด้านต่าง ๆ ให้ดำรงตำแหน่งในระดับเทียบเท่าพระราชาคณะ (prelate) เพื่อดูแลกิจการภายในของรัฐสันตะปาปา ทั้ง ๆ ที่เขามีฐานะเทียบเท่าเณรเท่านั้น แต่ในเดือนธันวาคมปีเดียวกันนั้น เปชชีก็ตัดสินใจเข้าพิธีบวชเป็นพระในคริสต์ศาสนานิกายโรมันคาทอลิกตามคำแนะนำของคาร์ดินัลซาลา (Cardinal Sala) ที่เขานับถือเพื่อที่จะสามารถก้าวสู่ตำแหน่งที่สูงขึ้นซึ่งผู้ครองตำแหน่งจะต้องมีสถานภาพเป็นพระเท่านั้น หลังจากดำรงสมณเพศแล้วเปชชีก็ได้รับแต่งตั้งเป็นข้าหลวงประจำเมืองเบเนเวนโต (Benevento) ซึ่งเป็นเมืองขนาดเล็กของสันตะปาปาในดินแดนภายในราชอาณาจักรซิซีลีทั้งสอง (Kingdom of the Two Sicilies) เปชชีประสบความสำเร็จในการร่วมมือกับตำรวจของกรุงเนเปิลส์ในการรักษาความสงบและปราบปรามพวกโจรผู้ร้าย ดังนั้น ใน ค.ศ. ๑๘๔๑ เขาจึงได้เลื่อนฐานะเป็นข้าหลวงประจำเมืองเปรูจา (Perugia) ซึ่งห่างจากกรุงโรมประมาณ ๑๓๕ กิโลเมตร และเป็นเมืองที่เป็นศูนย์กลางของสมาคมลับและขบวนการต่อต้านสันตะปาปา เปชชีได้ดำเนินนโยบายปฏิรูปการปกครองเศรษฐกิจและสังคม จนทำให้เขาเป็นที่ยอมรับโดยทั่วไปและทำให้เขามีชื่อเสียงในฐานะนักบริหารที่มีประสิทธิภาพของสำนักสันตะปาปา และทำให้การต่อต้านศาสนจักรลดน้อยอีกด้วย
ใน ค.ศ. ๑๘๔๓ ขณะมีอายุเพียง ๓๓ ปี เปชชีได้รับแต่งตั้งให้มีสมณศักดิ์เป็นอาร์ชบิชอปวิสามัญที่ไม่มีอำนาจปกครองแห่งดามีเอตตา (titular archbishop of Damietta) และเป็นสมณทูตหรือผู้แทนของสันตะปาปา (nuncio) ประจำราชอาณาจักรเบลเยียม ซึ่งทำให้เขาได้เห็นความก้าวหน้าทางอุตสาหกรรมของเบลเยียม อีกทั้งยังมีโอกาสเดินทางไปเยี่ยมเยียนเมืองสำคัญ ๆ อาทิกรุงลอนดอนและกรุงปารีสที่เป็นศูนย์กลางของการปฏิวัติอุตสาหกรรม (Industrial Revolution)* และวัฒนธรรมทางการเมืองในระบอบรัฐสภาที่ช่วยทำให้โลกทัศน์ของเขาเปิดกว้างขึ้นและมีขันติธรรมกับการเปลี่ยนแปลงใหม่ ๆ ในสังคมในขณะนั้น
ระหว่างประจำการที่เมืองเปรูจาเป็นเวลา ๓ ปี เปชชีได้ประสบปัญหาเรื่องอำนาจในการจัดการศึกษาในโรงเรียนคาทอลิกระหว่างคณะบิชอป (episcopacy) กับรัฐบาล ซึ่งทำให้เขาขัดแย้งกับพระเจ้าเลโอโปลด์ที่ ๑ (Leopold I ค.ศ. ๑๘๓๑-๑๘๖๕)* จนต้องถูกเรียกตัวกลับกรุงโรมใน ค.ศ. ๑๘๔๖ อย่างไรก็ดี เปชชีก็ยังคงได้รับการส่งเสริมให้มีฐานะการงานและตำแหน่งหน้าที่สูงในคริสต์จักรต่อไป โดยได้รับแต่งตั้งเป็นบิชอปแห่งเปรูจา ใน ค.ศ. ๑๘๔๖ ซึ่งเขาได้ดำรงตำแหน่งนี้จนถึง ค.ศ. ๑๘๗๘ ต่อมาใน ค.ศ. ๑๘๕๓ เปชชีก็ได้รับแต่งตั้งเป็นพระคาร์ดินัลอีกตำแหน่งหนึ่งเมื่อสันตะปาปา ไพอัสที่ ๙ (Pius IX ค.ศ. ๑๘๔๖-๑๘๗๘)* สิ้นพระชนม์ ใน ค.ศ. ๑๘๗๘ และได้มีการจัดประชุมเพื่อเลือกตั้งสันตะปาปา (conclave) เป็นครั้งแรกหลังจากที่รัฐสันตะปาปาและกรุงโรมได้ถูกผนวกเข้ากับดินแดนอิตาลีอื่น ๆ ในกระบวนการการรวมชาติอิตาลีที่เริ่มตั้งแต่ต้นทศวรรษ ๑๘๖๐ และสิ้นสุดลงในระหว่างสงครามฝรั่งเศส-ปรัสเซีย (Franco-Prussian War ค.ศ. ๑๘๗๐-๑๘๗๑)* เปชชีซึ่งมีบทบาทต่อต้านอำนาจรัฐบาลของ ราชอาณาจักรปีดมอนต์-ซาดิเนีย (Kingdom of Peidmont-Sardinia) และรัฐบาลอิตาลีต่อมาก็ได้รับเลือกตั้งเป็นสันตะปาปาด้วยคะแนน ๔๔ เสียงจาก ๖๑ เสียงเมื่อวันที่ ๒๐ กุมภาพันธ์ ค.ศ. ๑๘๗๘ ประกอบพิธีสมณาภิเษกในวันที่ ๓ มีนาคม และเฉลิมพระศาสนฉายาสันตะปาปาลีโอที่ ๑๓ ในวันที่ ๓ มีนาคม ซึ่งตรงกับหลังวาระครบรอบวันประสูติปีที่ ๖๘ ได้เพียง ๑ วันเท่านั้น
แม้ขณะขึ้นดำรงตำแหน่งประมุขสูงสุดของศาสนจักรโรมันคาทอลิก สันตะปาปาลีโอที่ ๑๓ จะทรงมีพระสุขภาพอ่อนแอ แต่พระองค์ก็ทรงมีพระทัยมุ่งมั่นที่จะฟื้นฟูสถานภาพของคริสตจักรและอำนาจทางอาณาจักรที่สูญเสียไปเนื่องจากการรวมชาติอิตาลี อีกทั้งทรงพยายามจะปรับมุมมองของศาสนจักรให้เข้ากับวัฒนธรรมทางโลกและแนวคิดทางวิทยาศาสตร์ที่เป็นอยู่ในขณะนั้น โดยการยึดถือเหตุผลเป็นหลักการสำคัญในการดำเนินนโยบายดังกล่าว สันตะปาปาลีโอที่ ๑๓ ทรงออกสมณสารสากลหรือสาสน์ของสันตะปาปาที่มีถึงบิชอปทั้งหลายจำนวนมาก เพื่อให้คริสต์ศาสนิกชนคาทอลิกยึดถือปฏิบัติเป็นแนวทางเดียวกัน สมณสารสากลฉบับแรก ๆ ที่ทรงออกคือ Aeterni Patris ( ค.ศ. ๑๘๗๙) ซึ่งทรงกระตุ้นให้คริสต์ศาสนิกชนคาทอลิกทบทวนศึกษาปรัชญาของเซนต์ทอมัส อะไควนัส (St. Thomas Aquinas ค.ศ. ๑๒๒๕-๑๒๗๔) นักเทววิทยาคนสำคัญของสมัยกลาง (Middle Ages) เพื่อใช้เป็นกรอบความคิดในการปรับปรุงเปลี่ยนแปลงทางด้านการเมืองและสังคม แต่ขณะเดียวกันพระองค์ก็ทรงแสดงจุดยืนอย่างแข็งขันในการต่อต้านลัทธิสังคมนิยม ลัทธิคอมมิวนิสต์ และลัทธิสุญนิยม (nihilism) ที่คิดทำลายล้างสถาบันทางสังคมและทางเศรษฐกิจที่กำลังแพร่หลายในขณะนั้นด้วย ดังปรากฏในสมณสารสากลชื่อ Quod apostolici nuneris ( ค.ศ. ๑๘๗๘)
ส่วนในเรื่องการต่อต้านความก้าวหน้าทางวิทยาศาสตร์รวมทั้งการต่อต้านลัทธิดาร์วิน (Darwinism)*๑ แม้สันตะปาปาลีโอที่ ๑๓ จะทรงมีแนวคิดเดียวกับสันตะปาปาไพอัสที่ ๙ ที่ทรงต่อต้านทฤษฎีวิวัฒนาการของสิ่งมีชีวิต (Theory of Evolution) อย่างรุนแรง แต่โดยทั่วไป พระองค์ก็ทรงแสดงท่าทีที่มีลักษณะประนีประนอมมากขึ้น (ยกเว้นกับลัทธิดาร์วิน) ซึ่งทำให้คริสตจักรโรมันคาทอลิกยอมยุติการต่อต้านการค้นพบใหม่ ๆ ทางวิทยาศาสตร์ที่ไม่ขัดกับหลักการของคริสต์ศาสนา ก่อให้เกิดความประนีประนอมในเรื่องความขัดแย้งระหว่างวิทยาศาสตร์กับเทววิทยาได้ และกลายเป็นความเชื่อในหมู่ผู้นับถือนิกายคาทอลิกว่าพระเป็นเจ้าทรงสร้างจักรวาล แต่พระองค์ก็ทรงปล่อยให้จักรวาลวิวัฒนาการไปอย่างอิสระเหมือนดังที่นักวิทยาศาสตร์ได้ค้นพบ การประนีประนอมดังกล่าวจึงนับเป็นการเปิดโอกาสให้การศึกษาด้านวิทยาศาสตร์แขนงต่าง ๆ ในปลายคริสต์ศตวรรษที่ ๑๙ ดำเนินต่อไปได้อย่างอิสระ
ในด้านการต่างประเทศ สันตะปาปาลีโอที่ ๑๓ ทรงพยายามฟื้นฟูบทบาททางโลกของสันตะปาปาและศาสนจักรโรมันคาทอลิกที่มีต่อนานาประเทศ โดยเฉพาะประเทศที่นับถือนิกายโรมันคาทอลิก ทรงออกสมณสารสากลจำนวนหลายฉบับเพื่อชี้ให้เห็นถึงแนวคิดใหม่หรือบทบาทใหม่ของศาสนจักรที่มีต่อการเปลี่ยนแปลงของการเมืองการปกครอง เศรษฐกิจ และสังคมของโลกในขณะนั้น เพื่อให้ศาสนจักรเป็นที่ยอมรับ เช่น ใน สมณสารสากล เรื่อง Diuturnum illud ( ค.ศ. ๑๘๘๑) ทรงยอมรับระบอบการปกครองแบบประชาธิปไตย Immortale Dei ( ค.ศ. ๑๘๘๕) ทรงยืนยันความชอบธรรมของคณะรัฐบาลในระบอบการปกครองต่าง ๆ ตราบเท่าที่ยังสามารถจัดสวัสดิการให้แก่ประชาชนได้ Libertas praestantissimum ( ค.ศ. ๑๘๘๘) ทรงให้เหตุผลว่าศาสนจักรมีหน้าที่พิทักษ์เสรีภาพของประชาชน และที่สำคัญคือสมณสารสากลเรื่อง Rerum novarum ( ค.ศ. ๑๘๙๑) ที่ทรงให้การสนับสนุนการถือครองทรัพย์สินส่วนบุคคลว่าเป็นสิทธิตามธรรมชาติ การกำหนดค่าจ้างแรงงาน สิทธิของคนงาน การจัดตั้งสหภาพแรงงานและอื่น ๆ ซึ่งนับเป็นปรากฏการณ์ใหม่ที่ศาสนจักรให้ความสำคัญต่อชนชั้นแรงงานที่กำลังเติบใหญ่ในสังคมอุตสาหกรรมในขณะนั้น เป็นต้น
ส่วนในการสร้างความสัมพันธ์กับนานาประเทศที่เป็นรูปธรรมอย่างชัดเจน ได้แก่ การยุติการสนับสนุนพวกกษัตริย์นิยมในฝรั่งเศสในการต่อต้านรัฐบาล๒ และ เรียกร้องให้ชาวฝรั่งเศสคาทอลิกหันมาร่วมมือและอุทิศตนให้แก่สาธารณรัฐที่ ๓ ( ค.ศ. ๑๘๗๐-๑๙๔๕) มากขึ้นแม้ข้อเรียกร้องของพระองค์จะไม่สัมฤทธิผลมากนักเพราะมีชาวฝรั่งเศสคาทอลิกโดยเฉพาะพวกกษัตริย์นิยมจำนวนน้อยยอมร่วมมือด้วย แต่ก็ทำให้ความสัมพันธ์ระหว่างรัฐบาลฝรั่งเศสกับสำนักสันตะปาปา ณ วาติกันยั่งยืนตลอดช่วงระยะเวลาที่สันตะปาปาลีโอที่ ๑๓ ทรงดำรงตำแหน่งประมุขของคริสตจักรโรมันคาทอลิก ส่วนในการสร้างความปรองดองระหว่างคริสต์ศาสนิกชนโรมันคาทอลิกกับรัฐบาลเยอรมัน สันตะปาปาลีโอที่ ๑๓ ทรงประสบความสำเร็จมากกว่า เพราะทรงสามารถเจรจาตกลงกับเจ้าชายออทโท ฟอน บิสมาร์ค (Otto von Bismarck)* อัครเสนาบดีแห่งจักรวรรดิเยอรมัน (German Empire)* ที่เพิ่งสถาปนาขึ้นใน ค.ศ. ๑๘๗๑ ให้ยกเลิกนโยบายการต่อสู้ทางวัฒนธรรมหรือการรณรงค์ทางวัฒนธรรม (Kulturkamptf ค.ศ. ๑๘๗๑-๑๘๘๗)* ได้สำเร็จ นโยบายดังกล่าวนี้เกิดขึ้นเพื่อลดบทบาทและจำกัดสิทธิของคริสตจักรโรมันคาทอลิกทั้งในด้านศาสนาและสังคมตลอดจนอภิสิทธิ์ของนักบวช การต่อสู้ทางวัฒนธรรมที่ถือเป็นนโยบายสำคัญในการสร้างเอกภาพภายในจักรวรรดิเยอรมันดังกล่าวจึงก่อให้เกิดกระแสต่อต้านรัฐบาลของชาวเยอรมันคาทอลิกและการแตกแยกทางการเมือง มีการจัดตั้งพรรคคาทอลิกกลาง (Catholic Centre Party - Zentrumn) โดยมีสันตะปาปาเป็นผู้นำ ดังนั้น หลังจากขึ้นดำรงตำแหน่งประมุขของคริสตจักรโรมันคาทอลิก สันตะปาปาลีโอที่ ๑๓ จึงทรงคิดรื้อฟื้นความสัมพันธ์กับจักรวรรดิเยอรมัน กอปรกับในขณะนั้นบิสมาร์คเองก็ประสบปัญหาการขาดเสียงสนับสนุนจากพรรคชาตินิยมเสรีนิยมและต้องการฐานเสียงจากพรรคคาทอลิกกลาง รวมทั้งชาวเยอรมันเชื้อสายโปลที่นับถือนิกายคาทอลิก จึงทำให้พระองค์สามารถทำความตกลงกับบิสมาร์คให้ยกเลิกกฎหมายฉบับต่าง ๆ ที่ต่อต้านคริสต์ศาสนจักรโรมันคาทอลิกโดยพระองค์สัญญาจะช่วยผลักดันให้พรรคคาทอลิกกลางยอมร่วมมือกับรัฐบาลเยอรมัน กระบวนการยกเลิกการต่อสู้ทางวัฒนธรรมจึงเริ่มขึ้นและสิ้นสุดใน ค.ศ. ๑๘๘๗ เมื่อมีการแก้ไขกฎหมายฉบับต่าง ๆ ดังกล่าว และรัฐสภาเยอรมันได้ออกกฎหมายยอมรับรองอำนาจสันตะปาปาที่มีต่อคณะบาทหลวงในเยอรมนี และฟื้นฟูสิทธิและเสรีภาพของชาวเยอรมันคาทอลิกในการนับถือและประกอบพิธีกรรมต่าง ๆ ทางศาสนาตามความเชื่อของตนได้ นับเป็นความสำเร็จอันใหญ่หลวงของสันตะปาปาลีโอที่ ๑๓ ที่สามารถฟื้นฟูเกียรติภูมิของคริสตจักรโรมันคาทอลิกในดินแดนเยอรมันได้
ในสมัยของสันตะปาปาลีโอที่ ๑๓ คริสตจักรโรมันคาทอลิกยังสามารถขยายตัวอย่างกว้างขวางโดยครอบคลุมอาณาบริเวณทั่วโลก มีการจัดตั้งแขวงการปกครองของอาร์ชบิชอปหรือบิชอป (sees) จำนวน ๒๔๘ แห่ง เขตปกครองของบาทหลวง (vicariates) จำนวน ๔๘ แห่ง และเขตปกครองของสังฆัยกา (Patriarchates) จำนวน ๒ แห่ง ซึ่งเขตปกครองต่าง ๆ เหล่านี้จัดตั้งทั้งในสกอตแลนด์ ตอนเหนือของทวีปแอฟริกา อินเดีย ญี่ปุ่น รวมทั้งเขตสังฆมณฑล (dio-ceses) ใหม่อีก ๒๘ แห่งในสหรัฐอเมริกา นอกจากนี้สันตะปาปาลีโอที่ ๑๓ ยังทรงคิดที่จะรวมผู้ที่นับถือคริสต์ศาสนานิกายอื่น ๆ ได้แก่ คริสต์ศาสนิกชนออร์ทอดอกซ (Orthodox) และโปรเตสแตนต์ (Protestant) ให้เข้าสังกัดในคริสตจักรโรมันคาทอลิกดังปรากฏในสมณสารสากล ชื่อ Praeclara ( ค.ศ. ๑๘๙๔) และ Satiscognitum ( ค.ศ. ๑๘๙๖) รวมทั้งความปรารถนาจะเปลี่ยนศาสนาของชาวอังกฤษในข้อเขียน Ad Anglos ( ค.ศ. ๑๘๙๕)
ส่วนความสัมพันธ์ระหว่างคริสตจักรโรมันคาทอลิกกับรัฐบาลอิตาลีนั้น สันตะปาปาลีโอที่ ๑๓ ก็ทรงดำเนินนโยบายตามสันตะปาปาไพอัสที่ ๙ อย่างเคร่งครัดในการต่อต้านและไม่ยอมรับอำนาจของรัฐบาลอิตาลีในการปกครองราชอาณาจักรอิตาลี อีกทั้งยังไม่ทรงยุติการอ้างสิทธิเหนือดินแดนอิตาลีส่วนกลางที่เคยเป็นรัฐสันตะปาปาและกรุงโรมที่ต้องสูญเสียไปเมื่อมีการรวมชาติอิตาลีระหว่างทศวรรษ ๑๘๖๐ ทรงทำให้ "ปัญหากรุงโรม" (Roman Question) ดำเนินต่อไปจนสิ้นสมัยของพระองค์ ทั้งยังจำกัดที่ประทับและพระราชอาณาเขตแต่เฉพาะในวังวาติกัน (The Vatican) และทรงเรียกพระองค์ว่า "นักโทษแห่งวาติกัน" (The prisoner of the Vatican) ส่วนชาวอิตาลีคาทอลิกก็ถูกห้ามไม่ให้ร่วมมือกับรัฐบาลหรือมีส่วนร่วมในการเมืองอีกด้วยการกระทำของพระองค์ดังกล่าวจึงสร้างปัญหาและความอ่อนแอให้แก่รัฐบาลอิตาลีในการสร้างเอกภาพของคนในชาติ แต่ขณะเดียวกัน ก็ทำให้สำนักวาติกันเข้มแข็งจนเวลาต่อมารัฐบาลอิตาลีซึ่งมีเบนีโต มุสโสลีนี (Benito Mussolini)* เป็นผู้นำต้องยอมอ่อนข้อให้แก่คริสตจักรโรมันคาทอลิก โดยยินยอมทำความตกลงระหว่างสันตะปาปากับรัฐบาล ค.ศ. ๑๙๒๙ (Concordat 1929)* หรือสนธิสัญญาลาเทอแรน (Treaty of Lateran)* ยอมรับเอกราชของนครวาติกันที่มีสันตะปาปาเป็นประมุข และจ่ายค่าทดแทนเพื่อชดเชยดินแดนที่รัฐบาลอิตาลีได้ยึดรัฐสันตะปาปาและกรุงโรมเมื่อมีการรวมชาติอิตาลี รวมทั้งยอมรับให้คริสต์ศาสนนิกายโรมันคาทอลิกเป็นศาสนาประจำชาติของอิตาลีอีกด้วย
สันตะปาปาลีโอที่ ๑๓ สิ้นพระชนม์เมื่อวันที่ ๒๐ กรกฎาคม ค.ศ. ๑๙๐๓ หลังจากที่ทรงประกอบพิธีครบรอบสมณาภิเษกปีที่ ๒๕ ในเดือนมีนาคม ค.ศ. ๑๙๐๓ สิริพระชนมายุ ๙๓ ปี นับว่าพระองค์ทรงเป็นสันตะปาปาที่มีบทบาทสำคัญในการฟื้นฟูบทบาทและสถานภาพของคริสต์ศาสนจักรโรมันคาทอลิก และทรงเป็นผู้วางแนวคิดเกี่ยวกับวิธีปฏิบัติของคริสตจักรต่อการเปลี่ยนแปลงของสังคมโลกในขณะนั้นและในเวลาต่อมาด้วย