สาธารณรัฐสโลวักตั้งอยู่ในยุโรปตอนกลางและเป็นประเทศที่ไม่มีทางออกทะเล เคยเป็นดินแดนที่รวมอยู่กับเชโกสโลวะเกีย (Czechoslovakia)* แต่ในต้น ค.ศ. ๑๙๙๓ ได้แยกตัวออกเป็นประเทศอิสระ ใน ค.ศ.๒๐๐๕ กรุงบราติสลาวา (Bratislava) เมืองหลวงของสโลวักเป็นสถานที่จัดการประชุมสุดยอดระหว่างประธานาธิบดีจอร์จ ดับเบิลยู. บุช (George W. Bush) แห่งสหรัฐอเมริกากับประธานาธิบดีวลาดีมีร์ ปูติน (Vladimir Putin)* แห่งสหภาพโซเวียต การประชุมสุดยอดครั้งนี้มีส่วนทำให้กรุงบราติสลาวาและสาธารณรัฐสโลวักเป็นที่รู้จักกันมากขึ้น

 สาธารณรัฐสโลวักมีเนื้อที่ ๔๙,๐๓๕ ตารางกิโลเมตรตั้งอยู่ในยุโรปตอนกลางและไม่มีทางออกสู่ทะเล มีอาณาเขตทิศเหนือติดต่อกับสาธารณรัฐเช็กและโปแลนด์ ทิศตะวันออกติดต่อกับยูเครน ทิศใต้ติดต่อกับฮังการี และทิศตะวันตกติดต่อกับออสเตรีย เมืองหลวงคือกรุงบราติสลาวา ใช้ภาษาสโลวัก เป็นภาษาราชการ มีประชากรประมาณ ๕,๔๔๓,๕๐๐ คน (ค.ศ. ๒๐๑๔) ส่วนใหญ่นับถือศาสนาคริสต์นิกายโรมันคาทอลิก

 สาธารณรัฐสโลวักหรือเรียกอีกชื่อหนึ่งว่า สโลวาเกีย (Slovakia) เป็นที่อยู่อาศัยของพวกอิลลิเรียน (Illyrian) เคลต์ (Celt) และอนารยชนเยอรมันเผ่าต่าง ๆ ตามลำดับ แต่หลักฐานโบราณคดีที่เพิ่งชุดพบบริเวณโมราวานีนาดวาฮม (Moravany nad Váhom) เมื่อไม่นานมานี้ระบุว่า มีผู้คนอาศัยอยู่ในสโลวาเกียตั้งแต่ต้นยุคหินเก่า และบริเวณทางตอนเหนือซึ่งเป็นเขตที่ราบสูงก็มีเครื่องปั้นดินเผาและเครื่องมือเครื่องใช้ของมนุษย์ในสมัยยุคหินใหม่ด้วย ในคริสต์ศตวรรษที่ ๖ พวกสลาฟได้เข้ามาตั้งถิ่นฐานและเจ้าชายวราติสลาฟ (Vratislav) ผู้นำเผ่าสลาฟที่เข้มแข็งได้สร้างปราสาทบราดิสลาวาขึ้นซึ่งในเวลาต่อมากลายเป็นสถานที่ตั้งของเมืองหลวง ในต้นคริสต์ศตวรรษที่ ๗ พวกสลาฟก็ถูกพวกเอวาร์ (Avar) เข้ารุกรานและปกครอง แต่ในปลายคริสต์ศตวรรษที่ ๘ สโลวาเกียก็ถูกผนวกเข้ากับอาณาจักรแฟรงก์ของราชวงศ์คาโรลินเจียน (Carolingian) และในช่วงเวลาดังกล่าวจักรวรรดิไบแซนไทน์ (Byzantine) ได้ส่งเซนต์ซิริล (Cyril) และเซนต์มิทอดีอัส (Methodius) ซึ่งเป็นพี่น้องกันและเป็นชาวสโลวักเข้ามาเผยแผ่คริสต์ศาสนาในสโลวาเกียในคริสต์ศตวรรษที่ ๙ พวกเช็กซึ่งมีขุนนางตระถูลเพรมีเซิลอิด (Premyslid) เป็นผู้นำได้เคลื่อนไหวแยกตัวเป็นอิสระจากจักรวรรดิคาโรลินเจียนและต่อมารวบรวมดินแดนใกล้เคียงจัดตั้งเป็นจักรวรรดิโมเรเวียอันยิ่งใหญ่ (Great Moravian Empire) ขึ้นในปลายคริสต์ศตวรรษที่ ๙ ซึ่งประกอบด้วยดินแดนโบฮีเมีย (Bohemia) โมเรเวีย (Moravia) และสโลวาเกีย อย่างไรก็ตาม การรุกรานครั้งใหญ่ของพวกแมกยาร์ (Magyar) ใน ค.ศ. ๙๐๖ และสงครามที่เกิดขึ้นต่อเนื่อง กับพวกเยอรมันตอนเหนือมีส่วนทำให้จักรวรรดิโมเรเวียอันยิ่งใหญ่แตกสลายลง ในคริสต์ศตวรรษที่ ๑๑ พวกแมกยาร์ ก็ได้ครอบครองสโลวาเกีย

 ใน ค.ศ. ๙๙๗ เมื่อดุ๊กกีซา (Géza ค.ศ. ๙๗๒-๙๙๗) แห่งฮังการีสิ้นพระชนม์ เกิดการแย่งชิงบัลลังก์ สตีเฟน (Stephen) พระโอรสซึ่งลี้ภัยไปสโลวาเกียและได้รับการสนับสนุนจากชาวสโลวักสามารถแย่งชิงบัลลังก์กลับคืนได้ใน ค.ศ. ๑๐๐๑) สตีเฟนทรงได้รับเลือกเป็นกษัตริย์องค์แรกของฮังการีเฉลิมพระนามสตีเฟนที่ ๑ (Stephen I ค.ศ. ๑๐๐๑-๑๐๓๘) โดยสันตะปาปาซิลเวสเตอร์ที่ ๒ (Sylvester II) และพระเจ้าออทโทที่ ๓ (Otto III ค.ศ. ๙๘๓-๑๐๐๒) แห่งจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ (Holy Roman Empire)* ให้การสนับสนุน พระเจ้าสตีเฟนที่ ๑ ทรงตอบแทนชาวสโลวักด้วยการให้อำนาจการปกครองที่เป็นอิสระ และสนับสนุนการสร้างและพัฒนาเมืองต่าง ๆ ให้มีสถานะเป็นเมืองในอำนาจของกษัตริย์ (royal towns) สโลวาเกียซึ่งมีแร่ธาตุจำนวนมากโดยเฉพาะเหล็กจึงพัฒนากลายเป็นแหล่งเศรษฐกิจที่สำคัญของฮังการีและเป็นที่หมายปองของชนชาติต่าง ๆ

 ในรัชสมัยพระเจ้าหลุยส์ที่ ๒ (Louis II ค.ศ. ๑๕๑๖-๑๕๒๖) พวกเติร์กซึ่งยึดครองคาบสมุทรบอลข่านได้ก่อสงครามกับฮังการี และในยุทธการที่โมฮาช (Battle of Mohács) เมื่อวันที่ ๒๙ สิงหาคม ค.ศ. ๑๕๒๖ กองทัพฮังการีพ่ายแพ้และพระเจ้าหลุยส์ที่ ๒ เสด็จสวรรคต ความพ่ายแพ้ครั้งนี้มีส่วนทำให้ฮังการีกลายเป็นประเทศที่

แตกแยกภายในเวลาไม่นาน ใน ค.ศ. ๑๕๔๑ สุลต่านสุไลมานผู้เกรียงไกร (Suleiman the Magnificent) ผู้นำเติร์กก็ยึดครองกรุงบูดา (Buda) และตอนกลางของราชอาณาจักรฮังการีได้เป็นเวลาเกือบ ๑๕๐ ปี ส่วนสโลวาเกียซึ่งสามารถต่อต้านการยึดครองของพวกเติร์กยกเว้นภูมิภาคทางตอนใต้ได้ถูกรวมเข้าเป็นดินแดนส่วนหนึ่งของราชวงศ์ฮับส์บูร์ก (Habsburg)* แห่งออสเตรีย ราชวงศ์ฮับส์บูร์กได้ใช้สโลวาเกียเป็นฐานอำนาจในการปกครองดินแดนฮังการีส่วนที่อยู่ใต้อำนาจการปกครองและใช้มหาวิหารเซนต์ มาร์ติน (St. Martin) ซึ่งเป็นโบสถ์สำคัญประจำเมืองและยอดมหาวิหารประดับด้วยมงกุฎทองคำหนัก ๓๐๐ กิโลกรัม ในกรุงบราติสลาวา ประกอบพิธีราชาภิเษกประมุขแห่งราชวงศ์ฮับส์บูร์กขึ้นเป็นกษัตริย์และหรือราชินีนาถแห่งฮังการีระหว่าง ค.ศ. ๑๕๖๓-๑๘๓๐ รวมทั้งหมด ๑๙ พระองค์ ในช่วงที่สโลวาเกียตกอยู่ใต้การปกครองของราชวงศ์ฮับส์บูร์กนานเกือบ ๓ ศตวรรษ สโลวาเกียกลายเป็นสมรภูมิระหว่างออสเตรียกับเติร์กอย่างต่อเนื่องซึ่งส่งผลให้ทรัพยากรที่มั่งคั่งร่อยหรอจนไม่สามารถฟื้นตัวได้ ต่อมา เมื่อราชวงศ์ฮับส์บูร์กสามารถขับไล่พวกเติร์กที่ยึดครองกรุงบูดาได้สำเร็จใน ค.ศ. ๑๖๘๖ และกลับมาปกครองฮังการีได้อย่างมั่นคงอีกครั้งหนึ่ง สโลวาเกียก็สูญเสียความสำคัญทางการเมืองลงและลูกโอนให้อยู่ในอำนาจการปกครองของฮังการีอย่างหลวม ๆ

 ในปลายคริสต์ศตวรรษที่ ๑๘ ปัญญาชนชาวสโลวักโดยเฉพาะผู้นำทางศาสนาเริ่มเคลื่อนไหวทางวัฒนธรรมด้วยการสร้างสรรค์งานเขียนและวรรณกรรมเกี่ยวกับประวัติศาสตร์ และตำนานวีรบุรุษคนสำคัญในรูปแบบต่าง ๆ เผยแพร่ เพื่อปลุกกระแสความรักชาติและกระตุ้นจิตสำนึกทางการเมืองในหมู่ประชาชน ขณะเดียวกันก็มีการสร้างความสัมพันธ์ทางวัฒนธรรมกับพวกเช็ก ความสัมพันธ์ที่เกิดขึ้นดังกล่าวมีส่วนทำให้พวกเช็กและสโลวักซึ่งแยกกันอยู่อย่างอิสระเป็นเวลาเกือบ ๑,๐๐๐ ปี เริ่มผูกพันใกล้ชิดกันและเป็นพื้นฐานของความร่วมมือทางการเมืองในการต่อต้านอำนาจของราชวงศ์ฮับส์บูร์กในเวลาต่อมา

 ในกลางคริสต์ศตวรรษที่ ๑๙ เมื่อเกิดการปฏิวัติ ค.ศ. ๑๘๔๘ (Revolutions of 1848)* ทั่วยุโรปซึ่งเป็นผลสืบเนื่องจากการปฏิวัติฝรั่งเศส ค.ศ. ๑๘๔๘ (French Revolution of 1848)* ปัญญาชนชาวเช็ก สโลวัก และเยอรมันได้ร่วมกันเคลื่อนไหวทางการเมืองเพื่อเรียกร้องสิทธิการปกครองตนเอง มีการจัดประชุมใหญ่ของพวกสลาฟขึ้นที่กรุงปราก (Prague) ในเดือนมิถุนายน ค.ศ. ๑๘๔๘ เพื่อร่างรัฐธรรมนูญและกำหนดแนวนโยบายการปกครอง แต่ปัญหาความขัดแย้งในแนวทางการปกครองและการต่อสู้ทำให้การเคลื่อนไหวกระจัดกระจายและขาดพลังทั้งประซาซนส่วนใหญ่ก็ไม่ร่วมสนับสนุน จักรวรรดิออสเตรีย (Austrian Empire)* ซึ่งสามารถควบคุมสถานการณ์ทางการเมืองได้จึงส่งกองทัพเข้าปราบปราม และปกครองทั้งพวกเช็กและสโลวักอย่างเข้มงวดอีกครั้ง

 อย่างไรก็ตาม ใน ค.ศ. ๑๘๖๖ ออสเตรียซึ่งแย่งชิงความเป็นผู้นำในดินแดนเยอรมันกับปรัสเซีย พ่ายแพ้ปรัสเซียในสงครามเจ็ดสัปดาห์ (Seven Weeks’ War)* ความพ่ายแพ้ดังกล่าวไม่เพียงนำความอัปยศมาสู่ราชวงศ์ฮับส์บูร์กอย่างมากเท่านั้นแต่ยังอาจส่งผลให้ชนชาติต่าง ๆ ใต้การปกครองโดยเฉพาะฮังการีพยายามแยกตัวเป็นอิสระจักรพรรดิฟรานซิส โจเซฟ (Francis Joseph ค.ศ. ๑๘๔๘-๑๙๑๖)* จึงทรงเปิดการเจรจากับฮังการีเพื่อพิจารณารูปแบบการปกครองใหม่ระหว่างดินแดนทั้งสองซึ่งนำไปสู่การจัดตั้งระบอบราชาธิปไตยคู่ (Dual Monarchy)* และการสถาปนาจักรวรรดิออสเตรีย-ฮังการี (Austro-Hungarian Empire)*

ใน ค.ศ. ๑๘๖๗ ระบอบราชาธิปไตยคู่ทำให้ ราชวงศ์ฮับส์บูร์กสามารถปกครองฮังการีต่อได้อีกเป็นเวลากว่า ๕๐ ปี และฮังการีได้สิทธิการปกครองสโลวาเกียโดยตรง ฮังการีจึงเริ่มใช้นโยบายการเปลี่ยนทุกอย่างให้เป็นแบบฮังการี (Magyarization) ในการปกครองสโลวาเกีย สโลวาเกียได้สนับสนุนพวกเช็กในการเคลื่อนไหวเรียกร้องสิทธิการปกครองตนเองโดยให้ราชอาณาจักรโบฮีเมียมีสถานภาพเท่าเทียมกับฮังการี แม้การเคลื่อนไหวดังกล่าวของพวกเช็กจะล้มเหลวแต่ก็ทำให้พวกเช็กกับสโลวักผูกพันใกล้ชิดกันมากขึ้นและต่างตระหนักว่าการผนึกกำลังร่วมกันจะมีส่วนทำให้การต่อสู้ทางการเมืองประสบความสำเร็จมากกว่าการเคลื่อนไหวอย่างอิสระตามลำพัง

 ใน ค.ศ. ๑๘๙๕ ปัญญาชนชาตินิยมทั้งชาวสโลวักและเช็กจัดการประชุมที่เรียกว่าการประชุมใหญ่ของประชาชนที่ถูกกดขี่ของฮังการี (Congress of oppressed Peoples of Hungary) ขึ้นที่กรุงบูดาเปสต์ (Budapest) เพื่อเรียกร้องสิทธิเสรีภาพและอำนาจการปกครองตนเอง ผลสำคัญของการประชุมครั้งนี้คือ แนวความคิดการร่วมมือและช่วยเหลือกันระหว่างเช็กกับสโลวักเป็นที่ยอมรับกันทั่วไปในหมู่ประชาชนของทั้ง ๒ ดินแดน และมีการจัดตั้งกลุ่มสนับสนุนสโลวาเกียขึ้นที่กรุงปราก ปัญญาชนสโลวักจึงเริ่มรณรงค์เคลื่อนไหวการมีผู้แทนในรัฐสภาฮังการี และมีการจัดตั้งพรรคการเมืองขึ้นเพื่อเป็นแกนนำในการเคลื่อนไหว พรรคการเมืองที่สำคัญ คือ พรรคชาติสโลวัก (Slovak National Party) และพรรคพับลิกสโลวัก (Slovak Public Party) ขณะเดียวกันปัญญาชนเสรีนิยมก็จัดทำวารสาร Hlas (Voice) เป็นเครื่องมือเผยแพร่ความคิด ต่อมาในการเลือกตั้ง ค.ศ. ๑๙๐๖ สโลวาเกียก็ประสบความสำเร็จในการมีผู้แทน ๗ คนในรัฐสภาฮังการีทั้ง ๆ ที่ถูกขัดขวางและคุกคามจากรัฐบาลฮังการี ชัยชนะทางการเมืองดังกล่าวทำให้รัฐบาลฮังการีหันมาใช้มาตรการเข้มงวดปกครองสโลวาเกียมากขึ้น เคานต์อัลเบิร์ด อัปพอนยี (Albert Apponyi) รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการได้ผลักดันกฎหมายการศึกษาฉบับใหม่ที่รู้จักกันว่ากฎหมายอัปพอนยี (Apponyi Act) บังคับให้โรงเรียนทุกแห่งใช้ภาษาฮังการีในการเรียนการสอนเป็นเวลา ๔ ปี นอกจากนี้ รัฐบาลยังควบคุมสื่อมวลชนและห้ามองค์การศาสนาแต่งตั้งพระหรือเสนอชื่อแต่งตั้งพระที่มาจากห้องถิ่นโดยรัฐบาลจะเป็นผู้แต่งตั้งพระจากส่วนกลางมาปกครองเอง นโยบายการเปลี่ยนทุกอย่างให้เป็นฮังการีที่เข้มข้นมากขึ้นได้นำไปสู่การต่อต้านรัฐบาลฮังการีที่รุนแรงมากขึ้น

 ระหว่างสงครามโลกครั้งที่ ๑ (First World War)* ชาวสโลวักร่วมมือกับพวกเช็กต่อต้านฝ่ายมหาอำนาจกลาง (Central Powers)* และมิลัน ราสติสลาฟ สเตฟานิก (Milan Rastislav stefanik) ผู้นำชาวสโลวักชาตินิยมสัญชาติฝรั่งเศสได้จัดตั้งขบวนการเรียกร้องเอกราชขึ้นที่กรุงปารีส สเตฟานิกได้ร่วมมือและประสานงานกับเอดุอาร์ด เบเนช (Eduard Beneš)* ผู้นำชาวเช็กจัดตั้งสภาแห่งชาติเชโกสโลวัก (Czechoslovak National Council) ขึ้นเพื่อเป็นแกนนำในการต่อสู้เพื่อเอกราช ประเทศพันธมิตรตะวันตกโดยเฉพาะสหรัฐอเมริกาสนับสนุนการเคลื่อนไหวต่อสู้ทางการเมืองดังกล่าวอย่างมาก ในช่วงปลายสงครามสภาแห่งชาติเชโกสโลวักจึงประกาศเอกราชแยกตัวจากจักรวรรดิออสเตรีย-ฮังการี เมื่อวันที่ ๒๘ ตุลาคม ค.ศ. ๑๙๐๘ และสโลวักก็ประกาศที่จะรวมเข้าเป็นประเทศเดียวกันกับพวกเช็กโดยใช้ชื่อประเทศว่าเชโกสโลวะเกีย อีก ๑๔ วันต่อมาก็มีการประกาศตั้งรัฐบาลชั่วคราวขึ้นเพื่อปกครองประเทศในระบอบสาธารณรัฐ มีการจัดตั้งสภาแห่งชาติ เพื่อร่างรัฐธรรมนูญตามแบบรัฐธรรมนูญของสาธารณรัฐฝรั่งเศสที่ ๓ (Third French Republic)* และให้ปรากเป็นเมืองหลวงของประเทศใหม่

 อย่างไรก็ตาม ปัญหาความแตกต่างระหว่างพวกเช็กกับสโลวักก็ทำให้การบริหารปกครองประเทศไม่ราบรื่นเท่าที่ควร ชาวสโลวักมีจำนวนมากกว่าเช็กและส่วนใหญ่นับถือศาสนาคริสต์นิกายโรมันคาทอลิกซึ่งยอมรับอำนาจขององค์การศาสนจักร แต่ผู้นำประเทศชาวเช็กต้องการควบคุม อำนาจของศาสนจักร นอกจากนี้ พื้นฐานเศรษฐกิจของสโลวักเป็นเกษตรกรรมและล้าหลังด้านอุตสาหกรรม ในขณะที่เช็กเป็นประเทศอุตสาหกรรมที่ก้าวหน้าและมั่งคั่งกว่า ชาวสโลวักโดยทั่วไปยังมีการศึกษาน้อยและขาดประสบการณ์ทางการเมืองในการปกครองตนเอง ดังนั้น การปกครองจากส่วนกลางที่ควบคุมโดยพวกเช็กจึงสร้างความไม่พอใจในหมู่ชาวสโลวัก ระหว่าง ค.ศ. ๑๙๑๘-๑๙๓๙ รัฐบาลกลางพยายามปฏิรูปเศรษฐกิจของสโลวาเกียให้เป็นอุตสาหกรรมแต่ประสบความล้มเหลวเพราะเกิดภาวะเศรษฐกิจตกตํ่าครั้งใหญ่ (Great Depression)* ในต้นทศวรรษ ๑๙๓๐ ปัญหาทางการเมือง สังคม และเศรษฐกิจดังกล่าวได้นำไปสู่การเคลื่อนไหวของกลุ่มสโลวักชาตินิยมหัวรุนแรงในการต่อต้านรัฐบาลกลางและการเรียกร้องความเสมอภาคระหว่างชาวสโลวักกับชาวเช็กในด้านต่าง ๆ รวมทั้งการเพิ่มอำนาจการปกครองแก่สโลวาเกีย บาทหลวงอันเดร ฮลิงกา (Andrej Hlinka) และโดยเฉพาะบาทหลวงยอเซฟ ทิซอ (Jozef Tiso) คือแกนนำคนสำคัญชองการเคลื่อนไหว ในเวลาต่อมาทิซอได้ติดต่อกับรัฐบาลเยอรมนีซึ่งมีอดอล์ฟ ฮิตเลอร์ (Adolf Hitler)* เป็นผู้นำโดยสัญญาจะให้การสนับสนุนเยอรมนีหากเยอรมนีสามารถช่วยให้สโลวาเกียเป็นอิสระจากเช็ก

 ในเดือนตุลาคม ค.ศ. ๑๙๓๘ อังกฤษ ฝรั่งเศส และอิตาลีซึ่งพยายามหลีกเลี่ยงการเกิดสงครามกับเยอรมนีด้วยการดำเนินนโยบายเอาใจอักษะประเทศ (Appeasement Policy)* ได้บีบบังคับเชโกสโลวะเกียให้ยกแคว้นซูเดเทน (Sudetenland) แก่เยอรมนีตามความตกลงมิวนิก (Munich Agreement)* ในช่วงเวลาไล่เลี่ยกันโปแลนด์และฮังการีก็เห็นเป็นโอกาสเข้ายึดแคว้นเทเชน (Teschen) และดินแดนทางตอนใต้ของเชโกสโลวะเกีย การแบ่งดินแดนเชโกสโสวะเกียดังกล่าวทำให้ผู้นำชาวสโลวักหวาดวิตกว่ารัฐบาลกลางจะไม่สามารถปกป้องผลประโยชน์ของสโลวาเกียได้ สโลวาเกียจึงจัดตั้งรัฐบาลห้องถิ่นปกครองตนเองขึ้นและร่างรัฐธรรมนูญเพื่อเตรียมสถาปนาสาธารณรัฐเชโกสโสวะเกียที่ ๒ ขึ้น แต่ในต้นเดือนตุลาคม ค.ศ. ๑๙๓๘ เมื่อเยอรมนีละเมิดความตกลงมิวนิกด้วยการส่งกองทัพเข้ายึดครองดินแดนส่วนที่เหลือของเชโกสโลวะเกีย และยาตราทัพเข้ายึดกรุงปรากในเดือนมีนาคม ค.ศ. ๑๙๓๙ สโลวาเกียจึงประกาศสถาปนาสาธารณรัฐสโลวัก (Slovak Republic) ขึ้นอยู่ใต้การอารักขาของเยอรมนี เมื่อวันที่ ๑๔ มีนาคม ค.ศ. ๑๙๓๙ และมีบาทหลวงทิซอเป็นผู้นำประเทศ

 ต่อมาในเดือนสิงหาคม ค.ศ. ๑๙๓๙ สโลวาเกียก็ประกาศสงครามกับฝ่ายประเทศพันธมิตรโดยสนับสนุน

เยอรมนี และยอมให้กองทัพเยอรมันเข้ามาตั้งมั่นภายในประเทศ นายกรัฐมนตรีทิซอดำเนินนโยบายสนับสนุนเยอรมนีทุก ๆ ด้าน ใน ค.ศ. ๑๙๔๒ เมื่อเยอรมนีเริ่มใช้มาตรการสุดท้าย (Final Solution)* ในการกวาดล้างชาวยิวทั่วยุโรปซึ่งทำให้ชาวยิวทั้งในเยอรมนีและในประเทศที่ตกอยู่ใต้การยึดครองของเยอรมนีเสียชีวิตรวมกันเกือบ ๖,๐๐๐,๐๐๐ คนในเวลาต่อมา รัฐบาลสโลวาเกียได้กวาดต้อนชาวสโลวักเชื้อสายยิวรวมทั้งประชากร “ที่ไม่พึงปรารถนา” (undesirables) เช่น พวกยิปซี (Gypsies) กว่า ๗๐,๐๐๐ คนส่งไปค่ายกักกัน (Concentration Camp)* ที่เอาช์วิตซ์ (Auschwitz) ในโปแลนด์ตะวันออกโดยทิซอโกหกประชาชนว่าเป็นการอพยพไปตั้งถิ่นฐานใหม่ของชาวยิวนอกประเทศ การเข่นฆ่าชาวยิวครั้งนี้จึงเป็นรอยด่างในประวัติศาสตร์ของประเทศ และส่งผลให้จำนวนชาวยิวที่มีมากถึงร้อยละ ๔ ของจำนวนประชากรเช็กและสโลวักรวมกันเหลืออยู่เพียงนับหมื่นคนเท่านั้นในปัจจุบันอย่างไรก็ตาม ในระหว่างสงครามชาวสโลวักจำนวนไม่น้อยก็ต่อต้านการดำเนินนโยบายของรัฐบาล และรวมตัวจัดตั้งเป็นขบวนการต่อต้านใต้ดิน ขบวนการต่อต้านใต้ดินได้ร่วมมือกับกลุ่มชาตินิยมสโลวักและพวกรักชาติกลุ่มต่าง ๆ จัดตั้งสภาแห่งชาติสโลวัก (Slovak National Council) ชื้นโดยมีกุสตาฟ ฮูซาก (Gustav Husak)* คอมมิวนิสต์แนวอนุรักษ์เสรีนิยมเป็นผู้นำในปลายฤดูใบไม้ร่วง ค.ศ. ๑๙๔๔ สภาแห่งชาติสโลวักได้เคลื่อนไหวล้มอำนาจรัฐบาลเยอรมัน การเคลื่อนไหวต่อต้านดังกล่าวรู้จักกันในเวลาต่อมาว่าการลุกฮือของประชาชาติสโลวัก (Slovak National Uprising)

 เมื่อเยอรมนีพ่ายแพ้ในสงครามโลกครั้งที่ ๒ (Second World War)* สโลวาเกียรวมเข้ากับเช็กอีกครั้งหนึ่งเชโกสโลวะเกียได้ดินแดนซึ่งมีพื้นที่เกือบเท่ากับช่วงก่อนความตกลงมิวนิก ค.ศ. ๑๙๓๘ โดยสูญเสียรูทีเนีย (Ruthenia) และพื้นที่อีกเล็กน้อยทางตะวันออกให้แก่สหภาพโซเวียตนายกรัฐมนตรีทิซอถูกตัดสินประหารชีวิตด้วยข้อหาทรยศต่อประเทศชาติและร่วมมือกับเยอรมนี เจ้าหน้าที่ระดับสูงอีกจำนวนไม่น้อยก็ถูกจับจำคุกด้วย ระหว่าง ค.ศ. ๑๙๔๕-๑๙๔๘ รัฐบาลผสมซึ่งมีเคลเมนต์ กอตต์วัลด์ (Klement Gottwald)* ผู้นำพรรคคอมมิวนิสต์เป็นนายกรัฐมนตรีได้บริหารประเทศ กอตต์วัลด์ได้รวมอำนาจการปกครองและดำเนินการกำจัดกลุ่มการเมืองฝ่ายตรงข้ามจนมีอำนาจเด็ดขาดใน ค.ศ. ๑๙๕๓ อย่างไรก็ตาม การปราบปรามประชาชนและการดำเนินนโยบายสนับสนุนสหภาพโซเวียตทุก ๆ ด้านทำให้ฮูซากซึ่งเป็นประธานคณะรัฐมนตรีแห่งสโลวัก (Slovak Board of Commissioners) เคลื่อนไหวต่อต้านแต่ล้มเหลวเขาถูกขับออกจากพรรคและถูกจำคุกตลอดชีวิต

 ใน ค.ศ. ๑๙๕๖ เมื่อนีกีตา ครุชชอฟ (Nikita Khrushchev)* ผู้นำสหภาพโซเวียตที่สืบต่อจากโจเซฟ สตาลิน (Joseph Stalin)* เริ่มดำเนินนโยบายการล้มล้างอิทธิพลสตาลิน (De-Stalinization)* ทั้งในสหภาพโซเวียตและประเทศยุโรปตะวันออก อันโตนิน นอวอตนี (Antonin Novotný)* ประธานาธิบดีเชโกสโลวะเกียจึงถูกบีบให้ปฏิรูปการเมือง อะเล็กซานเดอร์ ดูบเชก (Alexander Dubček)* นักปฏิรูปชาวสโลวักได้รับแต่งตั้งเป็นเลขาธิการพรรคคอมมิวนิสต์ และเขาดำเนินนโยบายปกครองประเทศอย่างยืดหยุ่นทั้งปล่อยนักโทษการเมืองจำนวนมากซึ่งรวมทั้งฮูซากด้วย ฮูซากจึงเคลื่อนไหวเรียกร้องการปฏิรูปการเมืองมากขึ้น และต้องการให้สโลวาเกียจัดตั้งรัฐบาลปกครองตนเอง ต่อมาเมื่อดูบเชกได้รับเลือกเป็นผู้นำประเทศในเดือนมกราคม ค.ศ. ๑๙๖๘ เขาได้เชิญฮูซากซึ่งได้ชื่อว่าเป็นนักปฏิรูปเพื่อประชาธิปไตยของสโลวาเกียเข้าร่วมในคณะรัฐบาลด้วย

 การก้าวสู่อำนาจของดูบเชกทำให้เชโกสโลวะเกียเป็นช่วงสมัยแห่งการปฏิรูปประเทศและบรรยากาศเสรีซึ่งรู้จักกันทั่วไปว่า ฤดูใบไม้ผลิแห่งกรุงปราก (Prague Spring)* ดูบเชกเน้นว่านโยบายปฏิรูปไม่ได้มีจุดมุ่งหมายจะทำลายระบอบสังคมนิยมคอมมิวนิสต์แต่เป็นเพียงเพื่อปรับระบอบสังคมนิยมให้มีมนุษยธรรมมากขึ้น (Socialism with a Human Face) แต่การเปลี่ยนแปลงทางการเมืองที่เกิดขึ้นได้ส่งผลกระทบต่อการเคลื่อนไหวทางการเมืองในประเทศยุโรปตะวันออกอื่น ๆ โดยเฉพาะโปแลนด์และเยอรมนีตะวันออก เลโอนิด เบรจเนฟ (Leonid Brezhnev)* ผู้นำสหภาพโซเวียตซึ่งหวาดวิตกว่าการปฏิรูปแนวทางประชาธิปไตยในเชโกสโลวะเกียจะทำลายอิทธิพลของสหภาพโซเวียตจึงส่งกองทัพขององค์การสนธิสัญญาวอร์ซอ (Warsaw Treaty Organization-WTO)* บุกปราบปรามขบวนการปฏิรูปในเชโกสโลวะเกียเมื่อวันที่ ๒๐ สิงหาคม ค.ศ. ๑๙๖๘ ดูบเชกถูกปลดจากตำแหน่งและสหภาพโซเวียตสนับสนุนฮูซากเข้าดำรงตำแหน่งแทนในเดือนเมษายน ค.ศ. ๑๙๖๙ นอกจากนี้ สหภาพโซเวียตยังประกาศหลักการเบรจเนฟ (Brezhnev Doctrine)* ที่เน้นพันธะหน้าที่และสิทธิของสหภาพโซเวียตในการเข้าแทรกแซงทางทหารในกลุ่มประเทศยุโรปตะวันออกเพื่อปราบปรามศัตรูของระบอบสังคมนิยม และเสริมสร้างความมั่นคงของระบอบสังคมนิยม บรรยากาศความตึงเครียดของสงครามเย็น (Cold War)* จึงกลับมาครอบงำการเมืองยุโรปอีกครั้งหนึ่ง

 ในต้นทศวรรษ ๑๙๗๐ ฮูซากประกาศยกเลิกแนวนโยบายเศรษฐกิจที่เน้นการปล่อยราคาให้ยืดหยุ่นตามกลไกตลาดและส่งเสริมการค้ากับประเทศตะวันตกด้วยการหันมายึดนโยบายการพัฒนาเศรษฐกิจแบบโซเวียตโดยกำหนดแผนพัฒนาเศรษฐกิจ ๕ ปี (Five Year Plan) และส่งเสริมการร่วมมือทางการค้ากับประเทศยุโรปตะวันออกอื่น ๆ แต่การเปลี่ยนแปลงทางการเมืองที่สำคัญคือ มีการแก้ไขรัฐธรรมนูญฉบับ ค.ศ. ๑๙๖๐ โดยรวมตำแหน่งเลขาธิการใหญ่พรรคคอมมิวนิสต์กับประธานาธิบดีเป็นตำแหน่งเดียวกันและเปลี่ยนระบบการปกครองเป็นระบบสหพันธรัฐ (Federative System) โดยมี ๒ รัฐ คือ รัฐเช็ก และสโลวักแต่ละรัฐมีรัฐบาลของตนเองและมีอำนาจเท่าเทียมกันในการตัดสินนโยบายภายในรัฐอย่างอิสระและกว้างขวางทั้งสามารถแยกตัวออกจากสหพันธ์สาธารณรัฐได้

 ในกลางทศวรรษ ๑๙๗๐ และทศวรรษ ๑๙๘๐ กลุ่มปัญญาชนเสรีนิยมทั้งในเช็กและสโลวักเคลื่อนไหวในรูปแบบต่าง ๆ เรียกร้องให้รัฐบาลยกเลิกการควบคุม

สื่อมวลชน และให้ผ่อนปรนความเข้มงวดทางสังคมโดยให้สิทธิเสรีภาพแก่ประชาชนมากขึ้น ในรัฐเช็กการเคลื่อนไหวดังกล่าวได้นำไปสู่การก่อตั้งกลุ่มสิทธิมนุษยชนที่เรียกว่ากลุ่มกฎบัตร ๗๗ (Charter 77)* ขึ้นโดยมีวาซลาฟ ฮาเวล (Vaclav Havel)* นักเขียนบทละครแนวเสียดสีเป็นผู้นำส่วนในรัฐสโลวักการเคลื่อนไหวของกลุ่มปัญญาชนนอกรีต (dissident) ยังคงอยู่ในขอบเขตจำกัดและอยู่ในแวดวงของศาสนา มีการใช้การประกอบพิธีกรรมทางศาสนาเป็นการชุมนุมแสดงออกในการต่อต้านรัฐบาล และในวันสำคัญทางศาสนาก็มีการรวมตัวกันเฉลิมฉลองและชุมนุมแสดงความคิดเห็นซึ่งในเวลาอันสั้นได้พัฒนากลายเป็นการชุมนุมระดับชาติในแนวทางสันติวิธี รัฐบาลพรรคคอมมิวนิสต์พยายามกวาดล้างปราบปรามการแสดงออกของประชาชนและใช้มาตรการบังคับด้วยการเนรเทศปัญญาชนที่เป็นแกนนำทางความคิดออกนอกประเทศ แต่การเคลื่อนไหวต่อต้านรัฐบาลก็ยังคงเกิดขึ้นอย่างต่อเนื่อง

 ในกลางทศวรรษ ๑๙๘๐ เมื่อ ๓ รัฐบอลติก (Baltic States)* เคลื่อนไหวแยกตัวออกจากสหภาพโซเวียตและนำไปสู่การเปลี่ยนแปลงทางการเมืองในสหภาพโซเวียต กลุ่มประเทศยุโรปตะวันออกก็เห็นเป็นโอกาสเคลื่อนไหวล้มล้างอำนาจการปกครองของพรรคคอมมิวนิสต์โดยเริ่มจากโปแลนด์ และทำให้เกิดการปฏิวัติ ค.ศ. ๑๙๘๙ (Revolutions of 1989)* ทั่วรัฐบริวารโซเวียตกลุ่มกฎบัตร ๗๗ และกลุ่มฝ่ายค้านต่าง ๆ จึงผนึกกำลังรวมเข้าเป็นขบวนการที่เรียกชื่อว่า ซีวิกโฟรัม (Civic Forum) และเรียกร้องการปฏิรูปประเทศให้เป็นประชาธิปไตย ชาวสโลวักได้ร่วมเคลื่อนไหวสนับสนุนซีวิกโฟรัมด้วยและมีการชุมนุมเดินขบวนต่อต้านรัฐบาลคอมมิวนิสต์ทั่วประเทศรัฐบาลคอมมิวนิสต์ซึ่งไม่สามารถควบคุมสถานการณ์ทางการเมืองและสังคมได้ต้องขอเปิดการเจรจากับฮาเวลผู้นำซีวิกโฟรัมในปลายเดือนพฤศจิกายน และในท้ายที่สุดผู้นำพรรคคอมมิวนิสต์และสมาชิกคนสำคัญในคณะรัฐบาลก็ประกาศลาออก มีการจัดตั้งคณะรัฐบาลผสมชั่วคราวขึ้นบริหารประเทศ และพรรคการเมืองต่าง ๆ ก็เริ่มจัดตั้งขึ้นเพื่อเตรียมการเลือกตั้ง การเปลี่ยนแปลงทางการเมืองที่ราบรื่นนี้เป็นเหตุการณ์ที่เรียกกันว่า การปฏิวัติกำมะหยี่ (Velvet Revolution)* ในกลางเดือนมิถุนายน ค.ศ. ๑๙๙๐ คณะรัฐบาลชุดใหม่ที่ไม่ใช่คอมมิวนิสต์ก็ได้เลือกฮาเวล เป็นประธานาธิบดีของประเทศ และมาเรียน ชัลฟา (Marián Čalfa) นักการเมืองชาวสโลวักเป็นรองประธานาธิบดีส่วนดูบเชกซึ่งกลับมามีบทบาททางการเมืองอีกครั้งก็ได้รับเลือกเป็นประธานรัฐสภา เชโกสโลวะเกียได้ประกาศเปลี่ยนชื่อประเทศเป็นสหพันธ์สาธารณรัฐเช็กและสโลวัก (Czech and Slovak Federal Republic)

 รัฐบาลใหม่ของสหพันธ์สาธารณรัฐเช็กและสโลวักได้พยายามปฏิรูปการเมืองและปรับโครงสร้างเศรษฐกิจของประเทศจากการควบคุมจากส่วนกลางเป็นระบบตลาดเสรีมีการแปรรูปวิสาหกิจอุตสาหกรรมต่าง ๆ ของรัฐ และกระตุ้นการลงทุนจากต่างประเทศรวมทั้งพยายามควบคุมเงินเฟ้อและแก้ไขปัญหาการว่างงาน แต่การปรับเปลี่ยนนโยบายเศรษฐกิจดังกล่าวมีผลกระทบอย่างมากต่อสโลวาเกียซึ่งพื้นฐานทางเศรษฐกิจไม่เข้มแข็งเท่ากับเช็ก กลุ่มการเมืองในสโลวักจึงเคลื่อนไหวต่อต้านแนวทางการปฏิรูปเศรษฐกิจและเรียกร้องการแยกตัวออกจากสหพันธ์สาธารณรัฐเช็กและสโลวัก ปัญหาความขัดแย้งทางการเมืองดังกล่าวขยายตัวกว้างมากขึ้น เมื่อวลาดีมีร์ เมเชียร์ (Vladimír Mečiar) ผู้นำคนหนึ่งของพรรคขบวนการเพื่อประชาธิปไตยสโลวาเกีย (Movement for a Democratic Slovakia Party-HZDS) ได้รับเลือกเป็นนายกรัฐมนตรีของสโลวัก และวาซลาฟ เคลาส์ (Václav Klaus) ผู้นำหัวอนุรักษ์พรรคประชาธิปไตยพลเรือน (Civic Democratic Party) ได้รับเลือกเป็นนายกรัฐมนตรีของเช็ก นายกรัฐมนตรีทั้ง ๒ คนขัดแย้งกันในแนวทางการปฏิรูปประเทศและการร่างรัฐธรรมนูญฉบับใหม่ ความขัดแย้งที่เกิดขึ้นทำให้ประธานาธิบดีฮาเวลไม่สามารถแก้ไขได้ และต่อมาก็ต้องลาออกจากตำแหน่ง แม้จะมีการเจรจาหารือเพื่อหาทางประนีประนอมกันระหว่างนักการเมืองชาวสโลวักกับเช็กหลายครั้งแต่ก็ประสบความล้มเหลว หลังการเลือกตั้งทั่วไปในเดือนมิถุนายน ค.ศ. ๑๙๙๒ มีการประกาศว่าสหพันธ์สาธารณรัฐเช็กและสโลวักจะแยกตัวออกจากกัน และในเดือนกรกฎาคม รัฐสภาสโลวักก็ประกาศอำนาจอธิปไตยเมื่อวันที่ ๑๗ กรกฎาคม ในเดือนพฤศจิกายนต่อมารัฐบาลกลางของสหพันธ์ก็ลงมติให้การแยกตัวของสโลวักมีผลสมบูรณ์ในวันที่ ๓๑ ธันวาคม ค.ศ. ๑๙๙๒ ทั้ง ๆ ที่ผลการสำรวจความคิดเห็นของประชาชนส่วนใหญ่ของทั้ง ๒ รัฐ ต่างคัดค้านการแยกตัวออก ในวันที่ ๑ มกราคม ค.ศ. ๑๙๙๓ เชโกสโลวะเกียก็ถูกแบ่งเป็น ๒ ประเทศ คือ สาธารณรัฐเช็กและสาธารณรัฐสโลวัก

 หลังการแยกตัวเป็นเอกราช สโลวักนำธงชาติเดิมที่ใช้ใน ค.ศ. ๑๘๔๘ กลับมาเป็นธงประจำชาติประกอบด้วย ๓ สี คือ ขาว นํ้าเงิน และแดง โดยมีตราสัญลักษณ์เป็นรูปไม้กางเขน ๒ ชั้นปักอยู่บนภูเขาลูกกลางในจำนวน ๓ ลูก มีการประกาศการปกครองเป็นระบอบประชาธิปไตยแบบสาธารณรัฐและแบ่งเขตการปกครองเป็น ๔ ภาค คือ บราติสลาวา สโลวักภาคตะวันตก (West Slovak) สโลวักภาคตะวันออก (East Slovak) และสโลวักภาคกลาง (Center Slovak) หัวหน้ารัฐบาลคือประธานาธิบดีซึ่งสภาแห่งชาติ (National Council) เป็นผู้เลือกโดยต้องได้คะแนนเสียง ๓ ใน ๕ ของจำนวนสมาชิกสภาแห่งชาติที่มีจำนวน ๑๕๐ คน ประธานาธิบดีมีวาระ ๕ ปี และมีอำนาจแต่งตั้งและถอดถอนรัฐมนตรี รวมทั้งแต่งตั้งนายกรัฐมนตรีพรรคการเมืองที่ได้เสียงเกินกว่าร้อยละ ๕ ในการเลือกตั้งทั่วไปสามารถจัดตั้งรัฐบาลได้ คณะรัฐมนตรีซึ่งมีนายกรัฐมนตรีเป็นหัวหน้าเป็นสถาบันการเมืองที่มีอำนาจสูงสุด

 ในการเลือกตั้งประธานาธิบดีในเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ. ๑๙๙๓ มีคาเอล คอวาตช์ (Michael Kováč) คู่ปรับของนายกรัฐมนตรีเมเชียร์ได้รับเลือกเป็นประธานาธิบดีคนแรกของประเทศ แต่ปัญหาความขัดแย้งทางความคิดและแนวนโยบายการบริหารประเทศของคนทั้งสองทำให้รัฐบาลขาดเสถียรภาพ ในเดือนมีนาคม ค.ศ. ๑๙๙๔ เมเชียร์ก็ถูกบีบให้ลาออก และยอเซ มกราวิก (Josej Mgravik) ผู้นำพรรคสหภาพประชาธิปไตยสโลวาเกีย (Democratic Union of Slovakia Party) ซึ่งสนับสนุนประธานาธิบดีได้เป็นนายกรัฐมนตรี รัฐบาลที่มีเสถียรภาพขึ้นจึงเริ่มนโยบายการปฏิรูปเศรษฐกิจและการแปรรูปรัฐวิสาหกิจต่าง ๆ รวมทั้งสนับสนุนธุรกิจเอกชนตลอดจนส่งเสริมการลงทุนจากต่างชาติ ขณะเดียวกันประธานาธิบดีคอวาตช์ก็ดำเนินนโยบายสร้างความสัมพันธ์กับประเทศตะวันตกมากกว่าสหภาพโซเวียตและแก้ไขข้อขัดแย้งกับฮังการี สโลวักมีพลเมืองเชื้อสายฮังการีอาศัยอยู่เป็นจำนวนมากและชนกลุ่มนี้มักเคลื่อนไหวเรียกร้องความเป็นอิสระทางวัฒนธรรมด้วยการใช้ภาษาฮังการีในโรงเรียนและการรักษาธรรมเนียมประเพณีของฮังการี ชาวสโลวักจึงหวาดระแวงว่าการเคลื่อนไหวดังกล่าวจะเป็นโอกาสให้ฮังการีเข้าแทรกแซงทั้งนำไปสู่การกระทบกระทั่งกันระหว่างพลเมือง ใน ค.ศ. ๑๙๙๕ รัฐบาลของทั้ง ๒ ประเทศสามารถตกลงกันได้ด้วยการลงนามในสนธิสัญญาแห่งมิตรภาพและความร่วมมือกัน (Treaty of Friendship and Cooperation) โดยยืนยันรับรองเส้นเขตแดนสโลวัก-ฮังการีและทั้ง ๒ ฝ่ายจะปกป้องและส่งเสริมสิทธิเสรีภาพของชนกลุ่มน้อยที่อาศัยในประเทศ

 ในการเลือกตั้งทั่วไปในฤดูใบไม้ร่วง ค.ศ. ๑๙๙๔ พรรคขบวนการเพื่อประชาธิปไตยสโลวาเกียได้คะแนนเสียงเลือกตั้งร้อยละ ๓๕ ซึ่งทำให้เมเชียร์ประกาศที่จะจัดตั้งรัฐบาลร่วมกับพรรคชาติสโลวัก (Slovak National Party) ซึ่งเป็นพรรคฝ่ายขวาชาตินิยม อย่างไรก็ตาม ทั้ง ๒ พรรคการเมืองก็ยังไม่ได้เสียงข้างมากในรัฐสภา เมเชียร์จึงโน้มน้าวพรรคการเมืองฝ่ายซ้ายให้เข้าร่วมสนับสนุนจนสามารถจัดตั้งรัฐบาลผสมขึ้นในเดือนธันวาคม โดยเมเชียร์เป็นนายกรัฐมนตรีอีกครั้งหนึ่ง เขาดำเนินนโยบายสวนทางกับประธานาธิบดีคอวาตช์ด้วยการชะลอการแปรรูปรัฐวิสาหกิจและเข้าควบคุมวิทยุและโทรทัศน์เพื่อใช้เป็นสื่อเผยแพร่นโยบายของรัฐบาลทั้งปกครองประเทศในลักษณะเผด็จการมากขึ้น ขณะเดียวกันก็หันไปปรับความสัมพันธ์ใกล้ชิดกับสหภาพโซเวียตและลดความสัมพันธ์กับประเทศตะวันตกลง ใน ค.ศ. ๑๙๙๕ บุตรชายของประธานาธิบดีคอวาตช์คู่ปรับของเมเชียร์ซึ่งทางการเยอรมนีสอบสวนว่ามีส่วนเกี่ยวข้องกับการทุจริตได้ถูกลักพาตัวข้ามพรมแดนออสเตรียและต่อมาถูกสังหารเมเชียร์ถูกกล่าวหาว่ามีส่วนรู้เห็นเกี่ยวกับการลักพาตัวครั้งนี้แม้เมเชียร์จะรอดพ้นจากข้อกล่าวหาเพราะปราศจากหลักฐาน แต่เหตุการณ์ดังกล่าวก็มีส่วนทำให้เขาเลื่อมความนิยมลงในหมู่ประชาชน

 ในการเลือกตั้ง ค.ศ. ๑๙๙๘ สหรัฐอเมริกาซึ่งวิตกว่าเมเชียร์จะกลับคืนสู่อำนาจทางการเมืองอีกครั้งได้ให้เงินสนับสนุนการเลือกตั้งเพื่อรณรงค์ลับ ๆ ให้ประชาชนมาลงคะแนนเสียงเลือกพรรคการเมืองฝ่ายตรงข้าม แต่เมเชียร์ซึ่งเป็นฝ่ายกุมเกมการเลือกตั้งได้ใช้วิธีการต่าง ๆ ในการเลือกตั้งกลับเข้ามาในรัฐสภาอีกครั้งด้วยคะแนนเสียงร้อยละ ๒๗ อย่างไรก็ตาม พรรคการเมืองอื่น ๆ ผนึกกำลังต่อต้านเขาไม่ให้มีโอกาสจัดตั้งรัฐบาลขึ้นได้และเลือกมีคูลาส ดซูรินดา (Mykulas Dzurinda) ผู้นำพรรคคริสเตียนประชาธิปไตย (Christan Democratic Party) เป็นนายกรัฐมนตรี ดซูรินดาหันมาดำเนินนโยบายปฏิรูปเศรษฐกิจด้วยการแปรรูปรัฐวิสาหกิจอีกครั้งหนึ่งและพยายามแก้ปัญหาเงินเฟ้อและการว่างงาน เขารื้อฟื้นความสัมพันธ์กับประเทศตะวันตกและดำเนินนโยบายผลักดันสโลวักให้เข้าเป็นสมาชิกขององค์การสนธิสัญญาแอตแลนติกเหนือหรือนาโต (North Atlantic Treaty Organization-NATO)* และสหภาพยุโรป (European Union)* ใน ค.ศ. ๑๙๙๙ เมเชียร์ซึ่งต้องการกลับสู่อำนาจทางการเมืองได้ลงแข่งขันชิงตำแหน่งประธานาธิบดี แต่พ่ายแพ้อย่างย่อยยับต่อรูดอล์ฟ ชุสเตอร์ (Rudolf Schuster) นายกเทศมนตรีแนวปฏิรูปแห่งคอชีตเซ (Košice) ความพ่ายแพ้ดังกล่าวทำให้เมเชียร์ประกาศถอนตัวจากการเมือง อย่างไรก็ตาม ในเดือนมิถุนายน ค.ศ. ๒๐๐๔ เขาลงแข่งขันเป็นประธานาธิบดีอีกครั้งแต่ก็พ่ายแพ้แก่อีวานกาชปาโรวิตช์ (Ivan Gašparovič) ในปีเดียวกัน สโลวักได้เข้าเป็นสมาชิกทั้งขององค์การนาโตและสหภาพยุโรปและใน ค.ศ. ๒๐๐๕ สโลวักก็ให้สัตยาบันรัฐธรรมนูญของสหภาพยุโรปอีก ๔ ปีต่อมา ในวันที่ ๑ มกราคม ค.ศ. ๒๐๐๙ สโลวักได้เริ่มใช้เงินยูโรเป็นเงินตราของประเทศ

 ในเดือนเมษายน ค.ศ. ๒๐๐๙ กาชปาโรวิตชได้รับเลือกเป็นประธานาธิบดีสมัยที่ ๒ เขาสานต่อนโยบายต่างประเทศในสมัยแรกด้วยการกระชับความสัมพันธ์กับประเทศพันธมิตรตะวันตกให้แน่นแฟ้นขึ้น และเข้าร่วมแก้ไขปัญหาขัดแย้งในยุโรป เช่น ในวิกฤตการณ์คอซอวอ (Kosovo)* ตลอดจนร่วมมือจัดตั้งวีเซกราดโฟร์ (Visegrad Four) ซึ่งประกอบด้วยประเทศสโลวาเกีย ฮังการี สาธารณรัฐเช็ก และโปแลนด์เพื่อร่วมกันหารือแก้ไขปัญหาต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องร่วมกันของทั้ง ๔ ประเทศ ระหว่าง ค.ศ. ๒๐๐๙-๒๐๑๒ เศรษฐกิจของสโลวักเติบโตอย่างรวดเร็วและอุตสาหกรรมท่องเที่ยวนำรายได้อย่างมากมาให้ประเทศ อย่างไรก็ตาม เมื่อยุโรปเริ่มเผชิญกับปัญหาเศรษฐกิจโลกถดถอยในต้นทศวรรษ ๒๐๑๐ จำนวนนักท่องเที่ยวจากประเทศเพื่อนบ้านซึ่งทำรายได้ให้แก่ประเทศลดลง รัฐบาลชุดใหม่ที่มีประธานาธิบดีอันเดรย์ คิสคา (Andrej Kiska) เป็นผู้นำซึ่งเข้าบริหารประเทศในกลางเดือนมิถุนายน ค.ศ. ๒๐๑๔ พยายามแก้ไขปัญหาเศรษฐกิจด้วยการปรับโครงการต่าง ๆ ของรัฐให้เหมาะสม และยังคงร่วมมืออย่างใกล้ชิดกับประเทศสมาชิกสหภาพยุโรป คิสคายังสนับสนุนคอซอวอให้เป็นประเทศเอกราชด้วย.