สาธารณรัฐเซอร์เบียเคยเป็นดินแดนที่รวมอยู่ในราชอาณาจักรยูโกสลาเวีย (Kingdom of Yugoslavia ๑ ธันวาคม ค.ศ. ๑๙๑๘ - ๑๗ เมษายน ค.ศ. ๑๙๔๑) และสหพันธ์สาธารณรัฐสังคมนิยมยูโกสลาเวีย (Socialist Federal Republic of Yugoslavia ค.ศ. ๑๙๔๓-๑๙๙๑) ตลอดจนสหพันธ์สาธารณรัฐยูโกสลาเวีย (Federal Republic of Yugoslavia ค.ศ. ๑๙๙๑-๒๐๐๓) มาก่อนเป็นประเทศของชนเผ่าที่มีประวัติศาสตร์อันยาวนาน แต่ก็ต้องเผชิญกับปัญหาความไม่แน่นอนของสถานภาพทางการเมืองโดยเป็นส่วนหนึ่งของปัญหาตะวันออก (Eastern Question)* ที่นำไปสู่สงครามโลกครั้งที่ ๑ (First World War)* และความขัดแย้งของชนเผ่าซึ่งแม้จะมีความพยายามที่จะรวมตัวกันเป็นประเทศหลายครั้งแต่ก็ไม่อาจดำรงอยู่ได้อย่างมีเอกภาพ หลังการสลายตัวของสหพันธ์สาธารณรัฐยูโกสลาเวียใน ค.ศ. ๒๐๐๓ เซอร์เบียและมอนเตเนโกรรวมตัวกันอย่างหลวม ๆ เป็นสหภาพเซอร์เบียและมอนเตเนโกร (State Union of Serbia and Montenegro) แต่ในเดือนมิถุนายน ค.ศ. ๒๐๐๖ เซอร์เบียได้แยกตัวเป็นประเทศเอกราช

 ประเทศเซอร์เบียมีเนื้อที่ ๘๘,๓๖๑ ตารางกิโลเมตร ตั้งอยู่บนคาบสมุทรบอลข่าน (Balkan) อาณาเขตทิศเหนือติดต่อกับฮังการีและโรมาเนีย ทิศตะวันออกติดต่อกับโรมาเนียและบัลแกเรีย ทิศใต้ติดต่อกับมาซิโดเนียและแอลเบเนียและทิศตะวันตกติดต่อกับมอนเตเนโกร บอสเนีย และเฮอร์เซโกวีนา และโครเอเชียลักษณะภูมิประเทศทางตอนเหนือเป็นที่ราบลุ่ม มีแม่นํ้าดานูบ (Danube) แม่นํ้าตีมีช (Timiş) และแม่นํ้าทิสซอ (Tisza) ไหลผ่าน พื้นที่อีก ๒ ใน ๓ ของประเทศเป็นที่สูง มีเทือกเขาไดนาริกแอลป์ (Dinaric Alps) อยู่ทางด้านตะวันตกและทิวเขาบอลข่านอยู่ทางตะวันออก เมืองหลวงชื่อกรุงเบลเกรด (Belgrade) ใช้ภาษาเซอร์เบียเป็นภาษาราชการมีประชากรประมาณ ๗,๒๐๙,๗๐๐ คน (ค.ศ. ๒๐๑๔) ส่วนใหญ่นับถือศาสนาคริสต์นิกายเซอร์เบียออร์ทอดอกซ์

 ประชากรของเซอร์เบียร้อยละ ๖๒ เป็นชนเผ่าเซิร์บ (Serb) รองลงมาร้อยละ ๑๖ เป็นชนเผ่าแอลเบเนีย (Albanian) และร้อยละ ๕ เป็นเผ่ามอนเตเนโกร (Montenegrin) ที่เหลือเป็นสลาฟใต้เผ่าต่าง ๆ รวมทั้งฮังการี โรมาเนีย และบัลแกเรีย ในสมัยกลางชนเผ่าเซิร์บภายใต้การนำของสเตฟาน เนมานยา (Stefan Nemanja) ประสบความสำเร็จในการจัดตั้งราชวงศ์เนมานยิก (Namanjic) และรัฐเซอร์เบียใน ค.ศ. ๑๑๗๐ ตลอดระยะเวลาเกือบ ๓๐๐ ปี ราชวงศ์เนมานยิกได้สร้างความเป็นปึกแผ่นมั่นคงให้กับรัฐเซอร์เบีย เมื่อเจ้าชายสเตฟานพระราชโอรสของพระเจ้าสเตฟานได้ขึ้นครองราชสมบัติมีพระนามว่า พระเจ้าสเตฟานที่ ๒ เนมานยา (Stefan II Nemanja ค.ศ. ๑๑๙๖-๑๒๒๘) และได้สถาปนาคริสต์ศาสนานิกายออร์ทอดอกซ์สายเซอร์เบียขึ้นใน ค.ศ. ๑๒๑๙ โดยพระองค์ทรงดำรงตำแหน่งเป็นอาร์ชบิชอป (Archbishop) พระองค์แรกด้วย พระองค์ได้สร้างผลงานดีเด่นทั้งในฐานะประมุขฝ่ายอาณาจักรและศาสนจักรจึงได้รับการสถาปนาให้เป็นเซนต์ซาวา (Saint Sava) รัฐเซอร์เบียจึงเป็นที่รู้จักอย่างกว้างขวางในยุโรปสมัยกลาง

 ในคริสต์ศตวรรษที่ ๑๓-๑๔ เซอร์เบียมีกษัตริย์ที่เข้มแข็งอย่างต่อเนื่อง ทำให้ประเทศเจริญก้าวหน้า มีอาณาเขตกว้างขวางครอบคลุมดินแดนจากแม่นํ้าดานูบทางตอนเหนือไปจดดินแดนตอนกลางของประเทศกรีซทางตอนใต้ อย่างไรก็ดี การขยายตัวของเซอร์เบียในภูมิภาคบอลข่านทำให้ต้องเผชิญหน้ากับชนเผ่าเติร์ก (Turk) ซึ่งกำลังแผ่อิทธิพลเข้ามาในภูมิภาคนั้นเช่นกัน สงครามใหญ่ที่เป็นจุดหัวเลี้ยวหัวต่อของพวกเซิร์บเกิดขึ้นในยุทธการที่คอซอวอ (Battle of Kosovo) เมื่อวันที่ ๒๐ มิถุนายน ค.ศ. ๑๓๙๘ เจ้าชายลาซาร์ (Lazar) ผู้นำกองทัพเซิร์บทรงเพลี่ยงพลํ้าในการรบแต่ก็ปฏิเสธที่จะยอมแพ้และทรงพยายามยืนหยัดต่อสู้จนลี้นพระชนม์ วีรกรรมการต่อสู้ครั้งนี้จึงกลายเป็นตำนานของชนชาติเซอร์เบียที่ปลุกเร้าความรักชาติและความภาคภูมิใจในเกียรติศักดิ์ศรีของชาวคริสต์ในการพลีชีพเพื่อไปสู่อาณาจักรของพระเป็นเจ้าหลังยุทธการครั้งนี้ พวกเซิร์บมีอิทธิพลและอำนาจมากขึ้นและต่อมาใน ค.ศ. ๑๔๕๙ ดินแดนเซอร์เบียทั้งหมดก็ตกอยู่ใต้การปกครองโดยตรงของพวกเติร์กซึ่งสามารถสถาปนาจักรวรรดิออตโตมัน (Ottoman Empire)* ได้

 ตลอดระยะเวลาประมาณ ๓๗๐ ปีหลังจากนั้น เซอร์เบียต้องอยู่ภายใต้การปกครองที่กดขี่ของจักรวรรดิออตโตมันซึ่งมีผลทำให้ชนเผ่าเซิร์บจำนวนมากอพยพไปอยู่ในดินแดนรอบนอกคาบสมุทรบอลข่านโดยเฉพาะในแคว้นวอยโวดีนา (Vojvodina) และโครเอเชีย (Croatia) ซึ่งจักรวรรดิฮับส์บูร์ก (Hapsburg Empire) ให้ความสนใจมาโดยตลอด ใน ค.ศ. ๑๖๙๙ ออสเตรียสามารถขับไล่กองทัพออตโตมันออกไปจากดินแดนทั้งสอง ทำให้พวกอพยพชาวเซิร์บรู้สึกปลอดภัยใน “เขตปลดปล่อย” แห่งใหม่นี้ อย่างไรก็ดี ชาวเซิร์บในรัฐเซอร์เบียแท้ ๆ ยังต้องรออีกกว่า ๑ ศตวรรษจนถึงคริสต์ศตวรรษที่ ๑๙ จึงจะมีโอกาสต่อสู้เพื่อการปลดปล่อยประเทศจากอำนาจการปกครองของจักรวรรดิออตโตมันในช่วงครึ่งแรกของคริสต์ศตวรรษที่ ๑๙ ได้เริ่มปรากฏให้เห็นสัญญาณความอ่อนแอของจักรวรรดิออตโตมัน ประกอบกับในรัฐเซอร์เบียก็มีการรวมตัวของผู้รักชาติอย่างเป็นรูปธรรมและมีผู้นำกลุ่มที่เข้มแข็งหลายคน ชาวเซิร์บจึงถือโอกาสในช่วงสงครามนโปเลียน (Napoleonic Wars)* ก่อกบฏขึ้นหลายครั้งเพื่อเรียกร้องเอกราชระหว่าง ค.ศ. ๑๘๐๔-๑๘๑๓ และ ค.ศ. ๑๘๑๕-๑๘๑๗ โดยชาวเซิร์บหวังที่จะได้รับความช่วยเหลือจากรัสเซียซึ่งในช่วงเวลาใกล้เคียงกันก็ทำสงครามอยู่กับจักรวรรดิออตโตมัน เมื่อรัสเซียกับจักรวรรดิออตโตมันยุติความขัดแย้งในสนธิสัญญาบูคาเรสต์ (Treaty of Bucharest)* ค.ศ. ๑๘๑๒ รัสเซียได้รับสิทธิเป็นผู้คํ้าประกันความเป็นอิสระในการบริหารภายในของเซอร์เบีย แต่ทั้งนี้ต้องยอมรับว่าเซอร์เบียยังคงอยู่ภายใต้อำนาจการปกครองของจักรวรรดิออตโตมันและป้อมปราการต่าง ๆ ของเซอร์เบียยังคงอยู่ใต้การควบคุมของกองทัพออตโตมัน

 การที่รัสเซียสามารถแผ่อำนาจและอิทธิพลเข้ามาในดินแดนในปกครองของจักรวรรดิออตโตมัน นับเป็นจุดเริ่มต้นของปัญหาตะวันออก ซึ่งนำไปสู่ความขัดแย้งอย่างต่อเนื่องระหว่างประเทศมหาอำนาจยุโรปกับจักรวรรดิออตโตมันและทำให้การต่อสู้ของชนชาติในเขตปกครองของจักรวรรดิดังกล่าวกลายเป็นปัญหาระหว่างประเทศ ในครึ่งหลังของคริสต์ศตวรรษที่ ๑๙ การก่อตัวของอุดมการณ์รวมกลุ่มสลาฟ (Pan-Slavism)* ได้นำไปสู่การต่อสู้เพื่อสร้างรัฐชาติในคาบสมุทรบอลข่าน ในเดือนมีนาคม ค.ศ. ๑๘๗๕ เกิดกบฏในบอสเนีย-เฮอร์เซโกวีนา (Bosnia-Herzegovina) เพื่อสร้างรัฐอิสระจากการยึดครองของจักรวรรดิออตโตมัน โดยมีชนชาติสลาฟในภาคตะวันออกและภาคใต้ของออสเตรีย-ฮังการี (Austria-Hungary)* ให้การสนับสนุนใน ค.ศ. ๑๘๗๖ เซอร์เบีย มอนเตเนโกร และบัลแกเรียก็เป็นกบฏต่อจักรวรรดิออตโตมันเช่นกัน แต่พวกกบฏได้ถูกกองทัพออตโตมันปราบปราม จึงหันไปขอความช่วยเหลือจากรัสเซียที่ตั้งตนเป็นผู้ปกป้องชนชาติสลาฟในคาบสมุทรบอลข่าน

 ใน ค.ศ. ๑๘๗๗ รัสเซียทำสงครามกับจักรวรรดิออตโตมันและเป็นฝ่ายได้รับชัยชนะ รัสเซียจึงบีบบังคับออตโตมันให้ลงนามในสนธิสัญญาซานสเตฟาโน (Treaty of San Stefano)* ใน ค.ศ. ๑๘๗๘ กำหนดให้รัสเซียได้รับประโยชน์ในคาบสมุทรบอลข่านจนมหาอำนาจอื่นไม่อาจยอมรับได้มหาอำนาจจึงจัดให้มีการประชุมร่วมกันในการประชุมใหญ่แห่งเบอร์ลิน (Congress of Berlin)* ระหว่างเดือนมิถุนายน-กรกฎาคม ค.ศ. ๑๙๑๘ เพื่อแก้ไขสนธิสัญญาซานสเตฟาโนและสร้างดุลอำนาจใหม่ในคาบสมุทรบอลข่าน ผลของการประชุมนำไปสู่การตกลงในสนธิสัญญาเบอร์ลิน (Treaty of Berlin) ที่จำกัดบทบาทของรัสเซียในคาบสมุทรบอลข่าน บัลแกเรียได้รับการสถาปนาเป็นรัฐอิสระแม้จะไม่มีขนาดใหญ่เท่าที่สนธิสัญญาซานสเตฟาโนเคยกำหนดให้ เซอร์เบียได้รับการรับรองให้มีเอกราชและอำนาจอธิปไตยของตนเอง ขณะที่บอสเนีย-เฮอร์เซโกวีนาก็กลายเป็นรัฐในอารักขาของออสเตรีย-ฮังการีจนถึง ค.ศ. ๑๙๐๘ จึงถูกผนวกให้เป็นมณฑลหนึ่งของออสเตรีย-ฮังการี ซึ่งสร้างความไม่พอใจอย่างมากให้กับพวกเซิร์บหัวรุนแรงในบอสเนีย-เฮอร์เซโกวีนารวมทั้งเซอร์เบียและนำไปสู่การเกิดวิกฤตการณ์บอสเนีย (Bosnia Crisis) ใน ค.ศ. ๑๙๐๘ เซอร์เบียเรียกร้องให้ออสเตรีย-ฮังการีคืนดินแดนที่ยึดครองแก่ตนและรัสเซียก็สนับสนุน แต่เยอรมนีประกาศสนับสนุนการยึดครองบอสเนียและเฮอร์เซโกวีนาและแสดงท่าทีให้เห็นว่าจะใช้กำลังทหารเข้าตัดสิน สงครามที่จะก่อตัวขึ้นทำให้รัสเซียกับเซอร์เบียต้องยอมรับรองการผนวกดินแดนของออสเตรีย-ฮังการี แม้วิกฤตการณ์บอสเนียจะสิ้นสุดลงโดยปราศจากสงครามแต่ก็สร้างความร้าวฉานขึ้นระหว่างเซอร์เบียกับออสเตรีย-ฮังการีและความไม่พอใจของรัสเซียในเวลาต่อมาพวกเซิร์บในบอสเนียจึงเคลื่อนไหวต่อต้านการปกครองของออสเตรีย-ฮังการีและราชวงศ์ฮับส์บูร์ก (Hapsburg)* ต่อมาคาบสมุทรบอลข่านจึงเผชิญกับภาวะวิกฤติอย่างต่อเนื่อง ด้วยกระแสชาตินิยมปะทะกับกระแสจักรวรรดินิยม (Imperialism) ในขณะที่จักรวรรดิออตโตมันเองก็อ่อนแอเปรียบเสมือน “คนป่วยของยุโรป” (Sick Man of Europe)

ซึ่งไม่อยู่ในภาวะที่จะช่วยทำให้สถานการณ์ดีขึ้นสงครามบอลข่าน (Balkan Wars)* เกิดขึ้นระหว่าง ค.ศ. ๑๙๑๒-๑๙๑๓ ตามมาด้วยการลอบปลงพระชนม์อาร์ชดุ๊กฟรานซิส เฟอร์ดินานด์ (Francis Ferdinand)* มกุฎราชกุมารออสเตรีย-ฮังการีเมื่อวันที่ ๒๘ มิถุนายน ค.ศ. ๑๙๑๘ ณ กรุงซาราเยโว (Sarajevo) เมืองหลวงของบอสเนียเฮอร์เซโกวีนาโดยเซอร์เบียถูกกล่าวหาว่ามีส่วนพัวพันกับเหตุการณ์ครั้งนี้ เมื่อออสเตรียตัดสินใจประกาศสงครามกับเซอร์เบียเมื่อวันที่ ๒๕ กรกฎาคม ค.ศ. ๑๙๑๘ โดยทั้ง ๒ ฝ่ายต่างมีผู้สนับสนุนสงครามโลกครั้งที่ ๑ จึงอุบัติขึ้นอย่างหลีกเลี่ยงไม่ได้

 เซอร์เบียเข้าสู่สงครามโลกตั้งแต่แรกเริ่มเมื่อออสเตรียฮังการีประกาศสงครามและส่งกำลังทหารบุกเข้าโจมตี แต่กองทัพเซอร์เบียก็สามารถต้านทานกองทัพออสเตรียไว้ได้และมีชัยชนะหลายครั้งในหลายพื้นที่ อย่างไรก็ดี การที่ออสเตรีย-ฮังการีได้รับการสนับสนุนอย่างเข้มแข็งจากเยอรมนีและบัลแกเรียในการรบในคาบสมุทรบอลข่าน กลุ่มพันธมิตรออสเตรีย-ฮังการีจึงสามารถยึดครองเซอร์เบียได้ในเวลาต่อมาแต่กองทัพเซอร์เบียจำนวนหนึ่งก็ไม่ยอมแพ้ ได้หนีไปตั้งหลักอยู่นอกเขตพื้นที่โดยได้รับการสนับสนุนจากรัสเซีย อังกฤษ ฝรั่งเศส อิตาลี และสหรัฐอเมริกา ทำการรบอย่างต่อเนื่องจนสงครามสิ้นสุดใน ค.ศ. ๑๙๑๘ เซอร์เบียต้องสูญเสียกำลังทหารไปถึง ๑.๒๖ ล้านคนหรือประมาณร้อยละ ๒๘ ของจำนวนประชากร ๔.๕ ล้านคน หรือประมาณร้อยละ ๕๘ ของจำนวนประชากรเพศชายทั้งหมด ซึ่งนับเป็นการสูญเสียอย่างหนัก แต่ผลจากการเข้าร่วมสงครามและประสบชัยชนะทำให้จักรวรรดิออตโตมันและออสเตรีย-ฮังการีสิ้นสุดบทบาทในคาบสมุทรบอลข่าน และเป็นการเริ่มต้นการรวมชาติสลาฟใต้ภายใต้การนำของเซอร์เบีย โดยใน ค.ศ.๑๙๑๘ ก่อนสงครามจะยุติ ประชาชนในแคว้นวอยโวดีนาขอรวมกับเซอร์เบียซึ่งเพิ่งเป็นอิสระจากการยึดครองของออสเตรีย-ฮังการีและกำลังช่วยมอนเตเนโกรปลดปล่อยประเทศเช่นกัน ทันทีที่สงครามยุติ เซอร์เบียก็ได้ถือโอกาสผนวกมอนเตเนโกรไว้กับเซอร์เบีย การผนวกดินแดนครั้งนี้ได้สร้างความไม่พอใจให้แก่ชาวมอนเตเนโกรเป็นอันมากจึงได้ทำการต่อต้านอำนาจของเซอร์เบียเป็นระยะ ๆ ติดต่อกันหลายปี อย่างไรก็ดี ระหว่างที่เซอร์เบียกำลังรวมตัวกับวอยโวดีนาและมอนเตเนโกร ชนชาติสลาฟในปกครองของออสเตรีย-ฮังการีซึ่งพ่ายแพ้ในสงครามก็ขอรับการคุ้มครองจากกษัตริย์เซอร์เบีย ใน ค.ศ. ๑๙๑๘ เดือนธันวาคม เซอร์เบียจึงกลายเป็นแกนนำและประสบความสำเร็จในการรวมชนชาติสลาฟใต้ได้เป็นครั้งแรกโดยสถาปนาราชอาณาจักรเซิร์บ โครแอต และสโลวีน (Kingdom of Serbs, Croats and Slovenes)* ขึ้นเมื่อวันที่ ๔ ธันวาคม ค.ศ. ๑๙๑๘ และมีพระเจ้าอะเล็กซานเดอร์ที่ ๑ (Alexander I) แห่งราชวงศ์คาราจอร์เจวีช (Karageorgevic) ทรงเป็นพระประมุข

 ราชอาณาจักรใหม่นี้ประกอบด้วยเซอร์เบีย (รวมวอยโวดีนา มอนเตเนโกร และมาซิโดเนีย) โครเอเชีย บอสเนีย-เฮอร์เซโกวีนา ดัลเมเชีย (Dalmatia) และสโลวีเนีย (Slovenia) ซึ่งแม้รัฐต่าง ๆ จะมีความขัดแย้งในการเลือกรูปแบบการปกครองอยู่ระยะหนึ่ง แต่ในที่สุดรัฐต่าง ๆ ก็ยอมรับรัฐธรรมนูญ ค.ศ. ๑๙๒๑ ที่กำหนดการปกครองเป็นแบบรัฐเดี่ยว (unitary state) รวมศูนย์อำนาจอยู่ที่ส่วนกลางโดยมีกรุงเบลเกรดเป็นเมืองหลวงของราชอาณาจักรใหม่นี้พระมหากษัตริย์มีพระราชอำนาจในการบริหารและนิติบัญญัติร่วมกับคณะรัฐมนตรีและสภานิติบัญญัติ ยกเว้นในด้านการต่างประเทศเท่านั้นให้อยู่ในพระราชวินิจฉัย การรวมรัฐต่าง ๆ ที่เคยเป็นอิสระแก่ตนทำให้ต้องยอมรับอำนาจที่มีเพียงหนึ่งแม้จะทำให้กระบวนการสร้างชาติเป็นไปได้รวดเร็วแต่ก็ก่อให้เกิดความไม่พอใจในหมู่ชนชาติต่าง ๆ และโดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อพระเจ้าอะเล็กซานเดอร์ทรงแสดงให้เห็นว่าพระองค์ก็มีพระประสงค์จะล้มล้างอำนาจของสภานิติบัญญัติและสถาปนาระบอบราชาธิปไตยขึ้น เมื่อเกิดปัญหาความขัดแย้งทางการเมืองภายในโดยเฉพาะระหว่างชาวเซิร์บกับชาวโครแอต รัฐบาลไม่สามารถแก้ไขสถานการณ์ได้พระเจ้าอะเล็กซานเดอร์ที่ ๑ จึงเห็นเป็นโอกาสยุบสภาทรงยกเลิกรัฐธรรมนูญและปกครองด้วยระบบเผด็จการมีพระราชโองการเปลี่ยนชื่อประเทศเป็นยูโกสลาเวีย (Yugoslavia) ซึ่งหมายถึงประเทศของชาวสลาฟใต้เมื่อวันที่ ๓ ตุลาคม ค.ศ. ๑๙๒๙ พร้อมทั้งให้มีการแบ่งเขตการปกครองใหม่ทั้งประเทศเป็น ๙ จังหวัด (prefectures) แทนที่ ๕ รัฐเดิม ทั้งนี้ เพื่อป้องกันไม่ให้ชนชาติต่าง ๆ ยึดมั่นอยู่กับการแบ่งแยกเป็นรัฐของชนชาติตามที่เคยมีมาในประวิติศาสตร์ นโยบายสลายความเป็นชาติของชนชาติต่าง ๆ ได้สร้างความไม่พอใจและความรู้สึกแปลกแยกภายในชาติมากขึ้นเป็นลำดับ อย่างไรก็ดี ระหว่างทศวรรษ ๑๙๓๐ได้เกิดภาวะเศรษฐกิจตกตํ่าครั้งใหญ่ (Great Depression)* ขึ้นทั่วทั้งยุโรปรวมทั้งยูโกสลาเวีย ประชาชนจึงมุ่งเน้นไป สนใจปัญหาเศรษฐกิจเพื่อความอยู่รอด ยูโกสลาเวียยังพัฒนาน้อยมากในด้านอุตสาหกรรม ประชากรส่วนใหญ่ประกอบอาชีพทางเกษตรกรรมและยังยากจนอยู่มากรัฐบาลกลางก็ไม่ให้ความสนใจเท่าที่ควรในการแก้ปัญหาเศรษฐกิจและการเพิ่มพูนผลผลิตและรายได้ของประชากรผู้คนจึงเริ่มสิ้นหวังในรัฐบาล

 เมื่อสงครามโลกครั้งที่ ๒ (Second World War)* อุบัติขึ้นใน ค.ศ. ๑๙๓๙ ประชาชนเริ่มเกิดความหวาดกลัวและไม่แน่ใจในอนาคต เพราะทุกครั้งที่มีการสู้รบระหว่างมหาอำนาจ คาบสมุทรบอลข่านมักจะถูกดึงเข้าไปเกี่ยวข้องด้วยเสมอ ในเดือนเมษายน ค.ศ. ๑๙๔๑ กองกำลังของกลุ่มอักษะ (Axis Powers) อันประกอบด้วยเยอรมนีออสเตรีย-ฮังการี อิตาลี บัลแกเรีย และแอลเบเนียได้เข้ายึดครองยูโกสลาเวียแล้วแบ่งแยกประเทศออกเป็นหลายส่วนโครเอเชีย บอสเนีย-เฮอร์เซโกวีนา และดินแดนภาคตะวันตกอยู่ในความดูแลของกองทัพนาซี โดยมีชื่อใหม่ว่า รัฐอิสระโครเอเชีย (Independent state of Croatia) และกองทัพนาซีได้จัดตั้งรัฐบาลหุ่นขึ้นปกครองประเทศตามนโยบายของนาซีเช่นเดียวกับเซอร์เบียก็ถูกจัดตั้งขึ้นโดยกองทัพนาซีพันธมิตรของเยอรมนีจึงเห็นเป็นโอกาสแย่งชิงดินแดนยูโกสลาเวีย โดยฮังการีผนวกวอยโวดีนาและดินแดนลุ่มแม่น้ำดานูบ บัลแกเรียผนวกดินแดนด้านตะวันออกและตะวันออกเฉียงใต้ ขณะที่แอลเบเนียยึดครองคอซอวอ เมโทฮียา (Metohija) และมอนเตเนโกรโดยที่แอลเบเนียเองก็ตกอยู่ภายใต้อำนาจทางทหารของอิตาลี สำหรับสโลวีเนียและหมู่เกาะในทะเลเอเดรียติกมีเยอรมนีและอิตาลีดูแลร่วมกัน

 ระหว่าง ค.ศ. ๑๙๔๑-๑๙๔๔ ยูโกสลาเวียหรือคาบสมุทรบอลข่านเกือบทั้งหมดตกอยู่ภายใต้อิทธิพลของระบอบฟาสซิสต์ (Fascism)* และการฆ่าล้างเผ่าพันธุซึ่งประมาณว่าพวกยิว ยิปซี และพวกต่อต้านรัฐบาลหุ่นของนาซีโดยเฉพาะพวกเซิร์บต้องถูกทำลายล้างในค่ายกักกัน (Concentration Camp)* ไม่ตํ่ากว่า ๑ ล้านคน จึงได้เกิดขบวนการต่อต้านระบอบฟาสซิสต์ขึ้นโดยมีพวกยูโกสลาฟจำนวนมากเข้าร่วมกับกองทัพปลดปล่อยแห่งชาติ (National Liberation Army) ซึ่งมียอซีป บรอชหรือตีโต (Josip Broz; Tito)* ชาวโครแอตและเป็นหัวหน้าพรรคคอมมิวนิสต์ยูโกสลาเวียผู้ก่อตั้งกองทัพปลดปล่อยแห่งชาติ ซึ่งมีชาวเซิร์บเป็นกำลังสำคัญได้ร่วมรบกับกองทัพแดงและประสบความสำเร็จในการปลดปล่อยเซอร์เบียได้ในปลาย ค.ศ. ๑๙๔๔ และภายในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. ๑๙๔๕ ก็สามารถปลดปล่อยรัฐอื่น ๆ ได้ทั้งหมด แต่ยูโกสลาเวียก็ต้องสูญเสียชีวิตผู้คนทั้งในการทำสงครามต่อต้านเพื่อปลดปล่อยประเทศและในค่ายกักกันของนาซีสูงถึง ๑.๗ ล้านคนหรือประมาณร้อยละ ๑๐.๘ ของประชากรทั้งหมด

 ในขณะที่ยูโกสลาเวียต้องเผชิญกับปัญหาการฆ่าล้างเผ่าพันธุ์และการต่อสู้เพื่อปลดแอกประเทศจากอำนาจของฝ่ายอักษะ ผู้นำกลุ่มต่าง ๆ ก็บรรลุข้อตกลงร่วมกันที่จะล้มเลิกระบอบราชาธิปไตยและสถาปนาระบอบสาธารณรัฐขึ้นใน ค.ศ. ๑๙๔๓ โดยตีโตได้รับการทาบทามให้เป็นประธานาธิบดีคนแรก เมื่อสงครามโลกสิ้นสุดลงพร้อมกับชัยชนะของฝ่ายกองทัพปลดปล่อยแห่งชาติซึ่งมีตีโตและพรรคคอมมิวนิสต์ของเขามีบทบาทสำคัญ สหพันธ์สาธารณรัฐสังคมนิยมยูโกสลาเวียจึงได้รับการสถาปนาขึ้นใน ค.ศ. ๑๙๔๖ ประกอบด้วยสาธารณรัฐทั้งหมด ๖ รัฐ คือ โครเอเชีย บอสเนียเฮอร์เซโกวีนา สโลวีเนีย เซอร์เบีย มอนเตเนโกร และมาซิโดเนีย สำหรับเซอร์เบียนั้นยังคงมีคอซอวอ (Kosovo) (รวมทั้งเมโทฮียา) และวอยโวดีนาเป็นจังหวัดที่มีฐานะพิเศษคือมีสิทธิปกครองตนเองแต่ก็ขึ้นอยู่กับเซอร์เบียในบางเรื่อง สหพันธ์สาธารณรัฐนี่มีตีโตเป็นประธานาธิบดีและกรุงเบลเกรดเป็นเมืองหลวง แม้ชาวยูโกสลาฟจะยังเข็ดขยาดกับการปกครองแบบรวมศูนย์และเลือกที่จะรวมตัวกันแบบสหพันธรัฐแทนรัฐเดี่ยวเหมือนที่ผ่านมา แต่การปกครองที่เป็นจริงในระยะแรกยังคงเป็นแบบรวมศูนย์ค่อนข้างมากโดยเฉพาะในทางการเมืองและเศรษฐกิจ พรรคคอมมิวนิสต์ยูโกสลาเวียมีบทบาทสูงสุดในการกำหนดแนวทางการบริหารประเทศ และคณะรัฐบาลของตีโตก็มาจากการเลือกสรรของเขาโดยสหภาพโซเวียตไม่ได้เข้ามามีอิทธิพลและบังคับเหมือนประเทศยุโรปตะวันออกอื่น ๆ ยูโกสลาเวียจึงเป็นประเทศคอมมิวนิสต์เพียงประเทศเดียวที่เป็นอิสระจากเครือข่ายอำนาจของโซเวียตตั้งแต่ ค.ศ. ๑๙๔๘

 อย่างไรก็ดี หลังยูโกสลาเวียผ่านพัฒนาการทางการเมืองมาระยะหนึ่งโดยดำเนินนโยบายที่เป็นอิสระจากสหภาพโซเวียต มีการประกาศใช้รัฐธรรมนูญ ๓ ฉบับใน ค.ศ. ๑๙๕๓, ๑๙๖๓ และ ๑๙๗๔ อำนาจบริหารค่อย ๆ กระจายออกจากศูนย์กลาง รัฐธรรมนูญ ค.ศ. ๑๙๗๔ แยกอำนาจบริหารออกเป็น ๓ ระดับ ระดับล่างสุดเรียกว่าคอมมูน (communes) มีรวมทั้งหมด ๕๐๐ แห่งกระจายอยู่ทั่วประเทศ คอมมูนจะทำหน้าที่เป็นศูนย์กลางการผลิต การควบคุมการผลิตและการทำให้เกิดรายได้เพื่อทำให้เกิดงบประมาณใช้จ่ายระบบที่สร้างขึ้นจึงเป็นระบบแรงงานและการจัดการแรงงานเป็นหัวใจสำคัญของการดำรงอยู่และความเจริญก้าวหน้าของชุมชน การบริหารระดับที่ ๒ คือระดับสาธารณรัฐและมณฑลอิสระซึ่งมีกลไกการบริหารที่จะต้องดึงตัวแทนของกลุ่มคนในสาขาอาชีพและกลุ่มผลประโยชน์เข้ามามีส่วนร่วม การบริหารระดับสูงสุดคือระดับสหพันธรัฐ ซึ่งมีประธานาธิบดีเป็นผู้บริหารสูงสุดร่วมกับสภาบริหารสหพันธ์ และเนื่องจากตีโตมีคุณูปการต่อสหพันธ์และได้พิสูจน์ให้เห็นถึงความสามารถและความเข้มแข็งเด็ดเดี่ยว เขาจึงได้รับฉันทานุมัติจากสภาบริหารใน ค.ศ. ๑๙๗๔ ให้ดำรงตำแหน่งสูงสุดของประเทศตลอดชีพ ในปีเดียวกันมีการแก้ไขรัฐธรรมนูญกำหนดให้มีองค์กรที่เป็นคณะประธานาธิบดีร่วมกัน (Collective State Presidency) โดยให้ประธานาธิบดีจากสาธารณรัฐทั้ง ๖ และมณฑลอิสระอีก ๒ แห่งผลัดเปลี่ยนกันรับตำแหน่งประธานาธิบดีของประเทศวาระละ ๑ ปี ภายหลังประธานาธิบดีตีโตถึงแก่อสัญกรรมเพื่อแก้ปัญหาการแย่งชิงอำนาจระหว่างชนชาติต่าง ๆ

 สหพันธ์สาธารณรัฐสังคมนิยมยูโกสลาเวียประสบความสำเร็จในระยะ ๒๐ ปีแรกในการฟื้นฟูประเทศและการทำให้ระบบการผลิตเข้มแข็งโดยเฉพาะในภาคเหนือและภาคตะวันตกของประเทศที่เริ่มก้าวเข้าสู่ระบบอุตสาหกรรมอย่างช้า ๆ และมั่นคง ขณะที่ภาคใต้และภาคตะวันออกยังคงยึดอยู่กับภาคเกษตรกรรมแบบดั้งเดิมค่อนข้างมากแม้ตีโตจะพยายามปรับโครงสร้างเศรษฐกิจเพื่อลดความเหลื่อมลํ้าแต่ก็ไม่ประสบความสำเร็จ นอกจากนี้ ตีโตยังปรับความสัมพันธ์กับสหภาพโซเวียตในสมัยของนีกีตา ครุชชอฟ (Nikita Khrushchev)* ทำให้ยูโกสลาเวียกับสหภาพโซเวียตกลับมามีความสัมพันธ์กันอีกครั้งหนึ่งเมื่อตีโตถึงแก่อสัญกรรมใน ค.ศ. ๑๙๘๐ ประเทศยังคงเผชิญกับปัญหาเศรษฐกิจที่สำคัญที่สุดคือการขาดแรงจูงใจในการผลิตและการขาดประสิทธิภาพในการบริหารจัดการส่งผลให้การผลิตยังตกตํ่าไม่เพียงพอที่จะก่อให้เกิดรายได้เพื่อการพัฒนาประเทศ รัฐบาลต้องใช้วิธีกู้เงินจากสถาบันการเงินระหว่างประเทศมากระตุ้นเศรษฐกิจโดยลงทุนในพื้นที่ที่ยังคงอ่อนแอทางเศรษฐกิจอยู่ เช่น ทางภาคใต้และภาคตะวันออกของประเทศ ความเหลื่อมลํ้าที่มีอยู่มากเกินไประหว่างภูมิภาคก่อให้เกิดปัญหาความไม่พอใจในหมู่ประชากรในภูมิภาคต่าง ๆ ประกอบกับในทศวรรษหลังการเสียชีวิตของตีโต ยูโกสลาเวียขาดผู้นำที่เข้มแข็ง ตำแหน่งประธานาธิบดีที่ต้องหมุนเวียนสร้างปัญหาการแข่งขันและความไม่ไว้ใจระหว่างรัฐซึ่งท้ายสุดได้นำไปสู่การสลายตัวของสหพันธรัฐใน ค.ศ. ๑๙๙๑-๑๙๙๒

 ในเดือนมิถุนายน ค.ศ. ๑๙๙๑ โครเอเชียและสโลวีเนียประกาศถอนตัวจากสหพันธรัฐสาธารณรัฐยูโกสลาเวียตามมาด้วยมาซิโดเนียในเดือนธันวาคม ค.ศ. ๑๙๙๑ และบอสเนีย-เฮอร์เซโกวีนาในเดือนกุมภาพันธ์-มีนาคม ค.ศ. ๑๙๙๒ คงเหลือเซอร์เบียและมอนเตเนโกรซึ่งตกลงที่จะยังคงอยู่ร่วมกันต่อไป และได้มีการประกาศใช้รัฐธรรมนูญฉบับใหม่เมื่อวันที่ ๒๗ เมษายน ค.ศ. ๑๙๙๒ พร้อมกับการสถาปนาสหพันธ์สาธารณรัฐยูโกสลาเวียมีการปกครองแบบเสรีนิยมในระบบรัฐสภา แยกเป็น ๒ สภา คือ สภาแห่งสาธารณรัฐ (Chamber of Republics) มีสมาชิก ๔๐ คน เป็นผู้แทนของสาธารณรัฐเซอร์เบียและสาธารณรัฐมอนเตเนโกรแห่งละ ๒๐ คน และมีสภาผู้แทนราษฎร (Chamber of Citizens) มีสมาชิก ๑๓๘ คนตามสัดส่วนของจำนวนประชากร ประธานาธิบดีได้รับเลือกจากรัฐสภาทำหน้าที่เป็นประมุขของประเทศและขณะเดียวกันก็ได้รับมอบหมายอำนาจการบริหารประเทศอย่างมาก โดยมีนายกรัฐมนตรีซึ่งประธานาธิบดีเสนอชื่อและรัฐสภาให้ความเห็นชอบ ทำหน้าที่บริหารงานทั่วไปโนระดับสหพันธรัฐขณะที่สาธารณรัฐทั้ง ๒ แห่งยังคงมีรัฐบาลของตนเองทำหน้าที่รับผิดชอบในกิจการด้านสังคมและเศรษฐกิจแม้สงครามกลางเมืองจะเกิดขึ้นในรัฐหลายแห่งที่แยกตนออกไป แต่สหพันธรัฐใหม่ก็ดำเนินไปได้อย่างราบรื่น ประธานาธิบดีสลอบอดาน มีโลเซวิช (Slobodan Milosevic)* แห่งเซอร์เบียได้รับเลือกเป็นประธานาธิบดีของสหพันธรัฐที่แม้จะมีขนาดพื้นที่และจำนวนประชากรเล็กลงกว่าเดิมมาก แต่ก็มีความเป็นอันหนึ่งอันเดียวกันเนื่องจากมีความสัมพันธ์กันอย่างใกล้ชิดเป็นระยะเวลาอันยาวนานนอกจากนี้ ประชากรของทั้ง ๒ รัฐยังมีภาษาพูดและเขียนในสายตระกูลภาษาเดียวกันคือ ภาษาเซิร์บ-โครแอต (Serbo-Croatian) และยังนับถือศาสนาคริสต์นิกายออร์ทอดอกซ์เหมือนกัน อย่างไรก็ดี สหพันธรัฐยูโกสลาเวียก็มีชนกลุ่มน้อยที่สำคัญ ๓ กลุ่ม คือ กลุ่มชนชาติแอลเบเนียซึ่งมีประมาณ ๒ ล้านคน หรือ ๑ ใน ๖ ของประชากรทั้งหมดประมาณ ๑๐ ล้านคนเศษ ชนกลุ่มนี้อยู่ในรัฐคอซอวอทางตอนใต้ของประเทศ กลุ่มที่ ๒ คือ ชนชาติสลาฟใต้ที่เป็นมุสลิม ส่วนใหญ่จะอยู่ในมอนเตเนโกร (ร้อยละ ๑๕ ของประชากรประมาณ ๖๐๐,๐๐๐ คนในมอนเตเนโกร) และอีกส่วนหนึ่งอยู่ในเซอร์เบีย (ร้อยละ ๓ ของประชากรประมาณ ๙ ล้านคนในเซอร์เบีย) กลุ่มที่ ๓ คือ ชนชาติแมกยาร์ในจังหวัดวอยโวดีนา (ร้อยละ ๑๗ ของประชากรประมาณ ๒ ล้านคนในวอยโวดีนา)

 ประธานาธิบดีมีโลเซวีชนำประเทศยูโกสลาเวียเข้าสู่ยุคของการพัฒนาในหลาย ๆ ด้าน โดยเฉพาะในด้านสังคมและเศรษฐกิจ สำหรับด้านการเมืองเขาทำให้อำนาจส่วนกลางเข้มแข็งโดยเฉพาะอำนาจของประธานาธิบดีสหพันธรัฐและอำนาจการบริหารของรัฐบาลกลาง นโยบายที่แข็งกร้าวของเขาบางครั้งทำให้รัฐบาลสาธารณรัฐมอนเตเนโกรต้องจับตามอง ที่สำคัญที่สุดก็คือนโยบายแข็งกร้าวต่อชนกลุ่มน้อยในคอซอวอทางตอนใต้ของประเทศ แท้จริงแล้วชาวแอลเบเนียในคอซอวอประสงค์จะรวมกับประเทศแอลเบเนียมากกว่าที่จะอยู่กับเซอร์เบียซึ่งนับแต่กลางทศวรรษ ๑๙๙๐ เป็นต้นมา ได้ใช้มาตรการรุนแรงเพื่อบังคับให้คอซอวออยู่ภายใต้การปกครองของเซอร์เบียโดยตรง ในชั้นแรกชาวแอลเบเนียใช้วีธีต่อต้านอย่างสงบ แต่เมื่อไม่ได้ผลจึงหันมาใช้วิธีต่อต้านอย่างเปิดเผยด้วยการจัดตั้งกองทัพปลดปล่อยคอซอวอ (Kosovo Liberation Army-KLA) ขึ้น โดยมุ่งให้ชนกลุ่มน้อยในคอซอวอได้เอกราช การต่อสู้อย่างรุนแรงระหว่างกองทัพเซอร์เบียกับกองทัพปลดปล่อยคอซอวอจึงเริ่มขึ้นใน ค.ศ. ๑๙๙๘ และแผ่ขยายไปเป็นสงครามทำลายล้างเผ่าพันธุ์ที่เป็นทั้งชาวแอลเบเนียและชนกลุ่มน้อยที่นับถือศาสนาอิสลามทั้งทหารและพลเรือนโดยเซอร์เบียใช้กองกำลังทุกรูปแบบทั้งฝ่ายทหารตำรวจและหน่วยปฏิบัติการพิเศษอื่น ๆ ในการทำลายล้าง ความรุนแรงในคอซอวอทำให้องค์การสนธิสัญญาแอตแลนติกเหนือ

หรือนาโต (North Atlantic Treaty Organization-NATO)* มีมติส่งกำลังทหารไปปฏิบัติการในคอซอวอเพื่อยุติเหตุร้ายแรงระหว่างเดือนมีนาคมถึงมิถุนายน ค.ศ. ๑๙๙๙ รวมระยะเวลาปฏิบัติการทั้งสิ้น ๗๙ วัน มีโลเซวิชถูกบังคับให้ยอมจำนนโดยกองทัพผสมของนานาชาติเคลื่อนกำลังเข้าไปรักษาความสงบในคอซอวอ

 หลังจากเดือนมิถุนายน ค.ศ. ๑๙๙๙ คอซอวอได้กลายเป็นรัฐในอารักขาขององค์การสหประชาชาติ (United Nations-UN)* ซึ่งได้จัดตั้งคณะทำงานขององค์การสหประชาชาติในคอซอวอ (UN Mission in Kosovo-UNMIK) ขึ้นทำหน้าที่รักษาสถานการณ์ที่เมืองพริชตีนา (Pristina) และมีกองกำลังความมั่นคงคอซอวอ (Kosovo Stabilization Force-KFOR) ช่วยในด้านความมั่นคงของคอซอวอ คณะทำงานนี้ได้ใช้ความพยายามที่จะทำให้คอซอวอเป็นรัฐประชาธิปไตยและมีประชากรหลายเผ่าพันธุ์ที่อยู่ร่วมกันได้ ทั้งนี้จะต้องได้รับความเห็นชอบจากเซอร์เบียด้วย ในเดือนพฤศจิกายน ค.ศ. ๒๐๐๑ ชาวคอซอวอมีโอกาสได้เลือกตั้งผู้แทนเข้าไปนั่งในสภาเป็นครั้งแรก ต่อมาในช่วงต้น ค.ศ. ๒๐๐๒ ก็สามารถเลือกประธานาธิบดีทำหน้าที่บริหารคอซอวอและเตรียมการเป็นรัฐที่ปกครองตนเองได้ในเร็ววันโดยคณะทำงานคาดว่าน่าจะพร้อมได้ใน ค.ศ. ๒๐๐๓ แต่ในช่วงเดียวกันก็เกิดการเปลี่ยนแปลงครั้งใหญ่ในสหพันธ์สาธารณรัฐยูโกสลาเวียอีกครั้งหนึ่ง

 หลังจากถูกกองกำลังนาโตบังคับให้ยอมจำนนในสงครามคอซอวอในเดือนมิถุนายน ค.ศ. ๑๙๙๙ ประธานาธิบดีมีโลเซวิชยังคงดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีเซอร์เบียและของสหพันธรัฐอยู่ เพียงแต่อำนาจของเขาลดลงไปจากเดิมมากมีการประท้วงต่อต้านอำนาจของเขาหลายครั้ง แม้แต่หน่วยงานด้านความมั่นคงและรักษาความสงบอย่างเช่นตำรวจซึ่งเคยเป็นอันหนึ่งอันเดียวกันก็มีเหตุขัดแย้งกับมีโลเซวิชในเดือนมกราคม ค.ศ. ๒๐๐๐ มีโลเซวิชจัดให้มีการเลือกตั้งประธานาธิบดีครั้งใหม่ วอยิสลาฟ คอสตูนิกา (Vojislav Kostunica) ได้คะแนนร้อยละ ๔๘.๒๒ ขณะที่มีโลเซวิชได้ร้อยละ ๔๐.๒๓ โดยไม่มีผู้ใดได้เสียงเกินกึ่งหนึ่ง จึงต้องจัดการเลือกตั้งขึ้นใหม่ในเดือนตุลาคม ค.ศ. ๒๐๐๐ คอสตูนิกาได้คะแนนเสียงเกินกึ่งหนึ่งจึงได้เป็นประธานาธิบดี ในเดือนมกราคม ค.ศ. ๒๐๐๑ มีการเลือกตั้งทั่วไปในเซอร์เบีย โซแรน ดินดิช (Zoran Dindic) ได้รับเลือกเป็นนายกรัฐมนตรี และเมื่อองค์การสหประชาชาติโดยศาลอาชญากรรมระหว่างประเทศที่กรุงเฮก ประเทศเนเธอร์แลนด์ สั่งดำเนินคดีมีโลเซวิชในข้อหาประกอบอาชญากรรมต่อมนุษยชาติ เขาก็ได้ส่งตัวมีโลเซวิชไปดำเนินคดีที่กรุงเฮกโดยประธานาธิบดีคอสตูนิกาไม่เห็นด้วยที่จะให้มีการส่งตัวผู้ต้องสงสัยไปดำเนินคดีนอกประเทศ คดีของมีโลเซวิชมีความสำคัญที่ทำให้เกิดความขัดแย้งภายในประเทศอย่างรุนแรง นอกจากนั้น ลักษณะของการกล่าวโทษเอาผิดมีโลเซวิชได้กลายเป็นปัญหาระหว่างประเทศด้วย เพราะเขาถูกกล่าวหาในมูลความผิดที่เกี่ยวข้องไม่เฉพาะแต่กรณีการฆ่าล้างเผ่าพันธุ์ในคอซอวอเท่านั้นหากยังรวมไปถึงการสังหารและการเนรเทศผู้คนนับล้าน ๆ คนในสงครามกลางเมืองในโครเอเชีย (ค.ศ. ๑๙๙๐-๑๙๙๕) และบอสเนีย-เฮอร์เซโกวีนา (ค.ศ. ๑๙๙๒-๑๙๙๕) โดยมีโลเซวีชถูกกล่าวหาว่ามีส่วนร่วมในการช่วยเหลือกบฏชาวเซิร์บในโครเอเชียและบอสเนียด้วย ความน่าสะพรึงกลัวของการทำลายล้างเผ่าพันธุ์ที่พยานหลายร้อยคนได้ให้การต่อศาลทำให้มีโลเซวีชกลายเป็น “นักฆ่าแห่งคาบสมุทรบอลข่าน” (Butcher of the Balkan) และมีส่วนเกี่ยวข้องกับคดีต่าง ๆ รวมแล้วถึง ๖๖ คดี ซึ่งมีโลเซวีชปฏิเสธทุกข้อกล่าวหาตลอดมาในวันที่ ๑๑ มีนาคม ค.ศ. ๒๐๐๖ ขณะที่คดียังไม่สิ้นสุดมีโลเซวิชก็ถึงแก่อสัญกรรมในที่คุมขังขององค์การสหประชาชาติซึ่งอยู่ใกล้กับกรุงเฮก

 ปัญหาคอซอวอและปัญหาความขัดแย้งภายในสหพันธ์สาธารณรัฐยูโกสลาเวียในช่วงระหว่าง ค.ศ. ๑๙๙๘-๒๐๐๒ ทำให้รัฐบาลสหพันธรัฐเห็นความสามัญที่ต้องลดความเข้มงวดและแข็งกร้าวในการปกครองประเทศลงบ้าง ได้มีการทบทวนโครงสร้างการบริหารสหพันธรัฐโดยสภาสหพันธ์มีมติให้ลดอำนาจและบทบาทของรัฐบาลสหพันธ์ลง และเพิ่มอำนาจและความเป็นตัวของตัวเองในระดับสาธารณรัฐแต่ละแห่งให้มากขึ้น และหากเป็นไปได้การรวมตัวของสาธารณรัฐเซอร์เบียและมอนเตเนโกรที่จะเกิดขึ้นควรมีลักษณะเป็นการรวมตัวอย่างหลวม ๆ เท่านั้น ต่อมาในวันที่ ๔ กุมภาพันธ์ ค.ศ. ๒๐๐๓ สหพันธ์สาธารณรัฐยูโกสลาเวียได้เปลี่ยนชื่อใหม่เป็นสหภาพเซอร์เบียและมอนเตเนโกร

 การดำรงอยู่ร่วมกันของเซอร์เบียและมอนเตเนโกรเป็นการร่วมกันแบบสหภาพหรือแบบรัฐในเครือจักรภพ (Commonwealth) ที่แต่ละรัฐคงความเป็นอิสระเกือบทุกด้าน เซอร์เบียมีกรุงเบลเกรดเป็นเมืองหลวง แบ่งเขตการปกครองออกเป็นจังหวัดและมีอีก ๒ จังหวัดที่มีฐานะพิเศษ คือ วอยโวดีนาซึ่งปกครองตนเองมีนอวีซาด (Novi Sad) เป็นเมืองหลวง และคอซอวอซึ่งอยู่ในความดูแลขององค์การสหประชาชาติ มีพริชตีนาเป็นเมืองหลวง มอนเตเนโกรก็มีการแบ่งเขตการปกครองในรัฐของตนเป็นจังหวัด มีกรุงพอดกอรีตซา (Podgorica) เป็นเมืองหลวง แต่ละรัฐมีประธานาธิบดี คณะผู้บริหาร รัฐสภา ศาล ธนาคารชาติ เงินตรา ธงชาติ และตราสัญลักษณ์ของประเทศเป็นของตนเองจึงสามารถกำหนดนโยบายด้านการเมืองการปกครอง เศรษฐกิจ การค้าและการลงทุน การจัดทำงบประมาณ การภาษีและศุลกากร การคมนาคมและขนส่ง การศาล การศึกษาตลอดจนการบริการสังคมต่าง ๆ ได้ ในฐานะเป็นชาติเดียวกันทั้ง ๒ รัฐบาล ต่างตกลงที่จะดำเนินกิจการร่วมกันในด้านการทหารและการต่างประเทศเป็นหลัก ส่วนเรื่องกฎหมายและปัญหาการธำรงรักษาไว้ซึ่งความยุติธรรมภายในชาติที่อาจเป็นปัญหาร่วมกันได้มีการตกลงให้กรุงพอดกอรีตซาเป็นเมืองหลวงด้านการศาลขณะที่กรุงเบลเกรดเป็นเมืองหลวงด้านการบริหาร ประธานาธิบดีของรัฐเซอร์เบียคือ สเวโตซาร์ มาโรวิช (Svetozar Mavovic) ทำหน้าที่เป็นประธานาธิบดีและประมุขของประเทศประชาชนใช้ภาษาเซิร์บเป็นภาษาราชการ การรวมตัวของรัฐทั้งสองจึงเป็นไปแบบหลวม ๆ ทั้งยังมีการตกลงด้วยว่าหากรัฐใดรัฐหนึ่งต้องการแยกตนเป็นอิสระก็สามารถกระทำได้ด้วยการแสดงประชามติแต่ต้องกระทำภายหลังจากที่ทดลองอยู่ร่วมกันมาแล้วอย่างน้อย ๓ ปี นั่นคือนับจาก ค.ศ. ๒๐๐๖ เป็นต้นไป และการแสดงประชามติต้องมีผู้ออกเสียงอย่างน้อยร้อยละ ๕๕ ของผู้มีสิทธิออกเสียงเลือกตั้ง

 อย่างไรก็ตาม ต่อมาเมื่อวันที่ ๒๑ พฤษภาคม ค.ศ. ๒๐๐๖ ชาวมอนเตเนโกรได้แสดงประชามติเพื่อขอให้รัฐมอนเตเนโกรยุติการรวมเป็นสหภาพกับเซอร์เบีย ผลปรากฏว่าพลเมืองร้อยละ ๕๕.๔ ออกเสียงสนับสนุนให้มอนเตเนโกรแยกจากสหภาพและจัดตั้งประเทศใหม่ ในวันที่ ๓ มิถุนายน ค.ศ. ๒๐๐๖ รัฐบาลมอนเตเนโกรได้ประกาศผลการแสดงประชามติของประชาชนอย่างเป็นทางการและแยกตนเป็นประเทศเอกราช อีก ๔ วันต่อมา เซอร์เบียก็ประกาศจัดตั้งประเทศเอกราชเมื่อวันที่ ๗ มิถุนายนเช่นกัน หลังการเลือกตั้งทั่วไปในเดือนกรกฎาคม เซอร์เบียได้รัฐบาลที่สนับสนุนประเทศประชาธิปไตยตะวันตกขึ้นบริหารปกครองประเทศ โดยมีเมียร์โก ซเวตโควิช (Mirko Cvetković) เป็นผู้นำ นโยบายสำคัญของซเวตโควิชคือการนำประเทศเข้าเป็นสมาชิกสหภาพยุโรปและพัฒนาฟื้นฟูประเทศให้เป็นไปตามหลักเกณฑ์ที่สหภาพยุโรปกำหนดไว้ ต่อมาในเดือนกรกฎาคม ค.ศ. ๒๐๐๘ รัฐบาลเซอร์เบียจับกุมราโดวัน คาราดิช (Radovan Karadžić) อดีตผู้นำพวกเซิร์บบอสเนียส่งศาลอาชญากรระหว่างประเทศเพื่อพิจารณาคดีที่กรุงเฮก ด้วยข้อหาฆ่าล้างเผ่าพันธุ์และก่ออาชญากรรมต่อมนุษยชาติ อีก ๒ ปีต่อมา ในปลายเดือนมีนาคม ค.ศ. ๒๐๑๑ รัฐสภาเซอร์เบียได้มีมติให้ขอโทษเหตุการณ์การสังหารหมู่ชาวมุสลิมของชาวเซิร์บบอสเนียที่เมืองเซรเบรนิกา (Srebrenica) ใน ค.ศ. ๑๙๙๕ ทั้งให้ดำเนินคดีกับผู้ที่มีส่วนเกี่ยวข้อง การบริหารปกครองประเทศที่เป็นไปตามแนวทางประชาธิปไตยและนโยบายการร่วมมือกับประเทศตะวันตกในด้านต่าง ๆ มีส่วนทำให้เซอร์เบียผ่านหลักเกณฑ์เบื้องต้นที่สหภาพยุโรปกำหนดในการเข้าเป็นสมาชิกเมื่อวันที่ ๑๒ มีนาคม ค.ศ. ๒๐๑๒.