บอริส นีโคลาเยวิช เยลต์ซินเป็นประธานาธิบดีคนแรกของสหพันธรัฐรัสเซีย (Russian Federation)* ระหว่าง ค.ศ. ๑๙๙๑–๑๙๙๕ และได้รับเลือกเป็นประธานาธิบดีในสมัยที่ ๒ (ค.ศ. ๑๙๙๖–๑๙๙๙) โดยมีชัยชนะต่อเกนนาดี ซูย์กานอฟ (Gennady Zyuganov)ผู้นำพรรคคอมมิวนิสต์แห่งสหพันธรัฐรัสเซีย (Communist Party of the Russian Federation) เยลต์ซินสร้างชื่อเสียงให้ตนเองในฐานะนักปฏิรูปประชาธิปไตยในช่วงสมัยของประธานาธิบดีมีฮาอิล กอร์บาชอฟ (Mikhail Gorbachev)* โดยเรียกร้องให้ลดอำนาจของพรรคคอมมิวนิสต์และให้มีการปฏิรูปทางการเมืองและสังคมมากขึ้น บทบาทดังกล่าวทำให้เยลต์ซินได้รับเลือกเป็นประธานสภาโซเวียตสูงสุด (Presidium of the Supreme Soviet) ใน ค.ศ. ๑๙๙๐ ในปีต่อมาได้รับเลือกโดยตรงจากประชาชนเป็นประธานาธิบดีคนแรกของสหพันธ์สาธารณรัฐโซเวียตสังคมนิยมรัสเซีย (Russian Socialist Federative Soviet Republic–RSFSR)* หลังการปฏิวัติ ค.ศ. ๑๙๘๙ (Revolution of 1989)* ในประเทศยุโรปตะวันออก เยลต์ซินมีบทบาทสำคัญในการเคลื่อนไหวจัดตั้งเครือรัฐเอกราช (Commonwealth of Independent States–CIS)* ระหว่าง ค.ศ. ๑๙๙๐–๑๙๙๑ จนนำไปสู่การล่มสลายของสหภาพโซเวียต (Soviet Unions) หรือสหภาพสาธารณรัฐสังคมนิยมโซเวียต (Union of the Soviet Socialist Republics–USSR)* เมื่อวันที่ ๒๕ ธันวาคม ค.ศ. ๑๙๙๑

 เยลต์ซินเกิดในครอบครัวชนชั้นแรงงานเมื่อวันที่ ๑ กุมภาพันธ์ ค.ศ. ๑๙๓๑ ที่บุตโค (Butko) หมู่บ้านเล็ก ๆ ที่ไม่ไกลจากจังหวัดสเวียร์ดลอฟสค์ (Sverdlovsk) ในยูรัล (Ural) นีโคไล เยลต์ซิน (Nikolai Yeltsin) บิดามาจากคหบดีชาวนาหรือคูลัค (Kulak) ซึ่งถูกทางการยึดที่นาและทรัพย์สินจนครอบครัวต้องอพยพหนีไปแสวงหาชีวิตใหม่ที่เมืองคาซาน (Kazan) นีโคไลได้งานเป็นกรรมกรก่อสร้าง อย่างไรก็ตาม ใน ค.ศ. ๑๙๓๔ เขาถูกจับด้วยข้อหาเคลื่อนไหวต่อต้านรัฐบาลและถูกส่งไปทำงานหนักที่ค่ายกักกันแรงงาน (Collective Labour Camp)* ๓ ปี คลัฟดียา เยลต์ซีนา (Klavdiya Yeltsina) มารดาทำงานซักรีดเสื้อผ้าและเย็บปักถักร้อยเพื่อเลี้ยงดูเยลต์ซินซึ่งเป็นบุตรคนโต และน้องชายน้องสาวของเขาอีก ๒ คนหลังนีโคไลพ้นโทษ เขาพาครอบครัวไปอาศัยที่เมืองเบเรซนีกี (Berezniki) ในจังหวัดเปียร์มไคร (Perm Krai) และได้งานเป็นกรรมกรก่อสร้าง เยลต์ซินจึงเข้าศึกษาระดับต้นที่โรงเรียนประจำจังหวัดและศึกษาระดับปลายที่โรงเรียนมัธยมพุชกิน (Pushkin High School) เขาชอบอ่านหนังสือและเล่นกีฬาทุกประเภทไม่ว่าจะเป็นวอลเลย์บอล ยิมนาสติก ชกมวย มวยปล้ำ วิ่งลู่ สกีและอื่น ๆ เขาจึงมีเพื่อนมาก

 เยลต์ซินเป็นคนมุ่งมั่นและเด็ดเดี่ยว ในช่วงเรียนชั้นมัธยมต้นเขาวิจารณ์โจมตีครูประจำชั้นว่าเป็นคนที่ชอบใช้อำนาจและมีพฤติกรรมไม่เหมาะสมกับความเป็นครูซึ่งส่งผลให้เขาถูกไล่ออก เยลต์ซินร้องเรียนเรื่องการถูกไล่ออกจนนำไปสู่การไต่สวนเรื่องราวและครูถูกไล่ออก ในปีสุดท้ายของชั้นมัธยมปลาย เขาป่วยเป็นไข้รากสาดและต้องพักฟื้นอ่านหนังสือที่บ้าน การขาดเรียนทำให้เขาไม่มีสิทธิสอบไล่ แต่เยลต์ซินก็ร้องเรียนจนได้สอบ การต่อสู้ของเขาดังกล่าวนับเป็นเรื่องผิดปรกติและกล้าหาญเพราะในสังคมโซเวียตขณะนั้นการปิดกั้นเรื่องเสรีภาพและกดขี่บังคับประชาชนให้เชื่อฟังในคำสั่งและอำนาจทำให้ประชาชนทั่วไปไม่กล้าแสดงความคิดเห็น การต่อสู้ร้องเรียนของเยลต์ซินสะท้อนถึงความมีวุฒิภาวะและความเชื่อมั่นในตนเองของเขา ก่อนสำเร็จการศึกษาชั้นมัธยมปลายเยลต์ซินประสบอุบัติเหตุจากความซุกซนที่พยายามแกะระเบิดมือซึ่งทำให้นิ้วหัวแม่มือและนิ้วชี้มือซ้ายขาดใน ค.ศ. ๑๙๔๙ เยลต์ซินเข้าศึกษาด้านวิศวโยธาที่สถาบันโพลีเทคนิคยูรัล (Ural Polytechnic Institute) ในสเวียร์ดลอฟสค์ และสำเร็จการศึกษาใน ค.ศ. ๑๙๕๕ ในเดือนกันยายนปีเดียวกัน เขาได้งานทำที่บริษัทก่อสร้างยูรัลเตียจตรุบสตรอย (Uraltyazhtrubstroy) โดยทำงานจิปาถะตั้งแต่ช่างก่อหิน ช่างไม้ คนขับรถช่างติดกระจก ช่างปูน และอื่น ๆ จนได้รับการยอมรับจากบริษัทและในเวลาอันรวดเร็วก็ได้รับแต่งตั้งเป็นหัวหน้าคนงานในที่สุด

 ด้วยงานอาชีพที่มั่นคงเยลต์ซินในวัย ๒๕ ปีแต่งงานกับไนนา อิโอซีฟอฟนา กีรีนา (Naina Iosifovna Girina) เพื่อนนักเรียนร่วมสถาบันใน ค.ศ. ๑๙๕๖ และต่อมามีบุตรสาว ๒ คน ซึ่งเกิดใน ค.ศ. ๑๙๕๖ และ ๑๙๕๙ ตามลำดับ ระหว่าง ค.ศ. ๑๙๕๗–๑๙๖๓ อาชีพการงานของเยลต์ซินก้าวหน้าอย่างรวดเร็ว เขาไต่เต้าจากหัวหน้าคนงานเป็นผู้ช่วยหัวหน้าแผนกก่อสร้างหัวหน้าวิศวกร และใน ค.ศ. ๑๙๖๓ ขณะอายุ ๓๒ ปี ก็ได้เป็นหัวหน้าแผนกก่อสร้างอาคารที่อยู่อาศัย เขาทุ่มเทให้กับงานและมักมาทำงานก่อนคนอื่น ๆ ๑ หรือ ๒ ชั่วโมงและกลับหลังคนอื่นๆเพราะจะตรวจสอบงานที่ทำอย่างละเอียดและหากมีอะไรผิดพลาดก็จะทราบทันที ใน ค.ศ. ๑๙๖๑ เยลต์ซินซึ่งสนับสนุนนโยบายการล้มล้างอิทธิพลสตาลิน (De-Stalinization)* ของนีกีตา ครุชชอฟ (Nikita Khrushchev)* ผู้นำสหภาพโซเวียตที่สืบทอดอำนาจจากโจเซฟ สตาลิน (Josef Stalin)* สมัครเข้าเป็นสมาชิกพรรคคอมมิวนิสต์โซเวียต เพราะเห็นว่าการเป็นสมาชิกจะทำให้เขาก้าวหน้าในชีวิตความเป็นคนมีระเบียบวินัยและมีความมุ่งมั่นสูงรวมทั้งบุคลิกภาพที่น่าคบหาและหน้าตาคมสันมีส่วนทำให้เยลต์ซินได้รับการสนับสนุนให้เป็นหัวหน้าโครงการก่อสร้างในคณะกรรมาธิการพรรคภูมิภาคสเวียร์ดลอฟสค์ (Sverdlovsk Regional Party Committee) ใน ค.ศ. ๑๙๖๘ ต่อมาใน ค.ศ. ๑๙๗๕ เขาได้รับแต่งตั้งเป็นเลขาธิการคณะกรรมาธิการภูมิภาคพรรคเพื่อรับผิดชอบการพัฒนาอุตสาหกรรมทั้งหมดของภูมิภาคสเวียร์ดลอฟสค์ ใน ค.ศ. ๑๙๗๖ เยลต์ซินในวัย ๔๕ ปี ก้าวสู่ตำแหน่งสูงสุดของภูมิภาคโดยดำรงตำแหน่งเป็นเลขาธิการคนที่ ๑ ของพรรคคอมมิวนิสต์โซเวียตภูมิภาคสเวียร์ดลอฟสค์ซึ่งเป็นภูมิภาคอุตสาหกรรมที่สำคัญที่สุดแห่งหนึ่งในสหภาพโซเวียต เขาอยู่ในตำแหน่งนี้จนถึง ค.ศ. ๑๙๘๕

 ในช่วงทศวรรษ ๑๙๗๐ เยลต์ซินผลักดันโครงการพัฒนาอุตสาหกรรมและโครงการก่อสร้างจำนวนมากในภูมิภาคสเวียร์ดลอฟสค์ให้บรรลุผลสำเร็จตามเป้าหมายของพรรค ความสำเร็จดังกล่าวทำให้เขามีชื่อเสียงเป็นที่รู้จักในกลุ่มวงในอำนาจแห่งเครมลิน ใน ค.ศ. ๑๙๗๗ ประธานาธิบดีเลโอนิด เบรจเนฟ (Leonid Brezhnev)* มอบงานสำคัญให้เขาดำเนินการโดยให้ทำลายบ้านอีปาตีฟ (Ipativ)* ที่เมืองเยคาเตรินบูร์ก (Ekaterinburg) ในไซบีเรียซึ่งพวกบอลเชวิค (Bolsheviks)* เคยใช้เป็นที่คุมขังซาร์นิโคลัสที่ ๒ (Nicholas II)* และพระราชวงศ์ก่อนถูกปลงพระชนม์หมู่ ซึ่งในขณะนั้นกลายเป็นอนุสรณ์สถานของราชวงศ์โรมานอฟ (Romanov)* เยลต์ซินปฏิบัติตามคำสั่งทันทีโดยรื้อถอนทำลายบ้านอีปาตีฟภายในเวลาชั่วข้ามคืน เบรจเนฟพอใจผลงานของเขามาก และในเวลาต่อมาสนับสนุนเยลต์ซินให้เป็นรองผู้อำนวยการพรรคคอมมิวนิสต์โซเวียตในสภาแห่งสหภาพ (Council of the Union) ซึ่งเขาดำรงตำแหน่งระหว่าง ค.ศ. ๑๙๗๘–๑๙๘๙ ใน ค.ศ. ๑๙๗๙ เยลต์ซินได้เป็นสมาชิกคณะกรรมาธิการโซเวียตสูงสุดด้านการขนส่งและการติดต่อสื่อสาร(Supreme Soviet Commission on Transport and Communication) และอยู่ในตำแหน่งจนถึง ค.ศ. ๑๙๘๔ ในต้น ค.ศ. ๑๙๘๑ เขาได้รับอิสริยาภรณ์เลนิน (Order of Lenin) ชั้นสูงสุด ในฐานะผู้อุทิศตนให้แก่พรรคและรัฐโซเวียต และในเดือนมีนาคมปีเดียวกันก็เป็นสมาชิกสมบูรณ์ของคณะกรรมการกลางพรรคคอมมิวนิสต์โซเวียต (ค.ศ. ๑๙๘๑–๑๙๙๐) สมาชิกเปรซิเดียมโซเวียตสูงสุด (ค.ศ. ๑๙๘๔–๑๙๘๕) และใน ค.ศ. ๑๙๘๕ เป็นหัวหน้าคณะกรรมาธิการกลางแผนกก่อสร้าง (Central Committee Department of Construction) ของพรรคคอมมิวนิสต์โซเวียต

 ใน ค.ศ. ๑๙๘๕ เมื่อกอร์บาชอฟ ผู้นำคอมมิวนิสต์หัวปฏิรูปได้รับเลือกเป็นเลขาธิการใหญ่พรรคคอมมิวนิสต์โซเวียตสืบต่อจากคอนสตันติน อุสตีโนวิช เชียร์เนนโค (Konstantin Ustinovich Chernenko)* กอร์บาชอฟเสนอนโยบายปฏิรูปประเทศให้เป็นประชาธิปไตยในด้านต่าง ๆ ที่เรียกกันว่านโยบายกลาสนอสต์-เปเรสตรอยกา (Glasnost-Perestroika)* หรือนโยบาย “เปิด-ปรับ” เพื่อปฏิรูปทั้งทางเศรษฐกิจ การเมือง และสังคมในระดับกว้างและลึก รวมทั้งให้ประชาชนมีสิทธิเสรีภาพในการแสดงความคิดเห็นมากขึ้น ในการดำเนินนโยบายดังกล่าว กอร์บาชอฟได้โยกย้ายสมาชิกพรรคหัวอนุรักษ์ที่ดำรงตำแหน่งสำคัญในหน่วยงานพรรคระดับต่าง ๆ เกือบร้อยละ ๔๐ และแต่งตั้งสมาชิกพรรคที่เป็นคนรุ่นใหม่หัวก้าวหน้าให้เข้าดำรงตำแหน่งแทนกอร์บาชอฟเคยพบกับเยลต์ซินมาก่อนและทราบถึงผลงานต่าง ๆ ของเขา จึงให้เยลต์ซินมาทำงานที่กรุงมอสโกโดยแต่งตั้งเยลต์ซินซึ่งได้ชื่อว่าเป็นคนเอาการเอางาน กล้าตัดสินใจ และยอมรับความคิดใหม่ ๆ ให้เป็นเลขาธิการของคณะกรรมาธิการกลางพรรคงานอุตสาหกรรมก่อสร้างใน ค.ศ. ๑๙๘๕ ในปีต่อมาก็แต่งตั้งเขาเป็นเลขาธิการคนที่ ๑ ของคณะกรรมาธิการกลางพรรคมอสโกแทนวิคตอร์ กรีชิน (Viktor Grishin)* ซึ่งได้ชื่อว่าเป็นคนหัวเก่าและเข้มงวดเยลต์ซินปฏิรูประบบการทำงานแบบข้าราชการให้มีประสิทธิภาพมากขึ้น และให้โอกาสสมาชิกพรรครุ่นใหม่ได้แสดงความคิดเห็นในการบริหารจัดการเขาโยกย้ายและปลดบุคลากรที่ทุจริตและขาดประสิทธิภาพออกบ่อยครั้ง จนได้ชื่อว่าเป็นนักปฏิรูปขวัญใจชาวมอสโก เขายังทำตัวติดดินด้วยการนั่งรถประจำทางไปทำงานและมักแวะเยือนร้านค้าและตลาดโดยไม่แจ้งล่วงหน้าเพื่อทักทายและสังเกตชีวิตความเป็นอยู่ของประชาชน ผลงานสำคัญของเยลต์ซินคือการปรับปรุงถนนอาร์บัต (Arbat) ใจกลางกรุงมอสโกให้เป็นถนนการค้าและย่านพักผ่อน ความนิยมชมชอบของชาวมอสโกต่อเยลต์ซินมีส่วนทำให้กอร์บาชอฟสนับสนุนเขาเป็นภาคีสมาชิกโปลิตบูโรใน ค.ศ. ๑๙๘๖ นอกจากนี้การที่เยลต์ซินชอบทำตัวเป็นข่าวและให้สื่อมวลชนติดตามรายงานข่าวเขาเสมอ ๆ ก็เป็นการประชาสัมพันธ์ทางอ้อมต่อแนวนโยบายของกอร์บาชอฟ

 อย่างไรก็ตาม เยลต์ซินมีความคิดเห็นขัดแย้งกับเยกอร์ ลีกาชอฟ (Yegor Ligachev)* สหายสนิทของกอร์บาชอฟซึ่งต้องการให้การปฏิรูปประเทศค่อยเป็นค่อยไป ในขณะที่เยลต์ซินเห็นว่าการปฏิรูปล่าช้าและไม่ทันกับความต้องการของประชาชน เขาเริ่มวิพากษ์วิจารณ์แนวทางการปฏิรูปที่เชื่องช้าและท้ายที่สุดต่อต้านด้วยการขอลาออกจากการเป็นภาคีสมาชิกโปลิตบูโร กอร์บาชอฟยับยั้งและขอให้เขาทบทวนความคิด ในการประชุมเต็มคณะของคณะกรรมาธิการกลางพรรคเมื่อวันที่ ๒๗ ตุลาคม ค.ศ. ๑๙๘๗ เยลต์ซินขุ่นเคืองที่กอร์บาชอฟไม่นำเสนอเรื่องการขอลาออกของเขาและแสดงความคิดเห็นต่อต้านการปฏิรูปที่ล่าช้าทั้งโจมตีกอร์บาชอฟ การแสดงออกที่ก้าวร้าวดังกล่าวทำให้เขาถูกปลดจากโปลิตบูโรและให้ลาออกจากคณะกรรมาธิการกลางพรรคมอสโกกอร์บาชอฟกล่าวหาเยลต์ซินว่าเป็นคน “ไร้วุฒิภาวะทางการเมือง” และ “ขาดความรับผิดชอบอย่างสิ้นเชิง” ภายในเวลาไม่กี่วัน ข่าวของเยลต์ซินในที่ประชุมพรรคและโดยเฉพาะเนื้อหาการโจมตีกอร์บาชอฟที่เทียบได้กับสุนทรพจน์ลับ (Secret Speech)* ของครุชชอฟที่โจมตีสตาลินใน ค.ศ. ๑๙๕๖ ก็แพร่หลายไปทั่วกรุงมอสโกและนำไปสู่การจัดทำหนังสือพิมพ์ใต้ดินซึ่งเป็นสิ่งพิมพ์ทำเองที่เรียกว่า “ซามิซดัต” (samizdat) ที่มีเนื้อหาว่าด้วยการวิพากษ์วิจารณ์กอร์บาชอฟของเยลต์ซินในเวลาอันรวดเร็วเยลต์ซินกลายเป็นสัญลักษณ์ของกบฏสังคมที่ต่อต้านบุคคลที่เป็นผู้แทนอำนาจรัฐและความนิยมต่อเขาก็มีมากขึ้นตามลำดับ

 ในวันที่ ๑๑ พฤศจิกายน กอร์บาชอฟเรียกประชุมคณะกรรมาธิการกลางพรรคมอสโกเพื่อพิจารณาเรื่องการลาออกของเยลต์ซิน สองวันก่อนหน้าการประชุมเยลต์ซินพยายามก่ออัตวินิบาตกรรมด้วยการแทงตนเองที่หน้าอก แต่เขาถูกนำส่งโรงพยาบาลก่อนและต้องนอนพักฟื้นที่โรงพยาบาล ในวันประชุมกอร์บาชอฟสั่งให้เจ้าหน้าที่หน่วยตำรวจลับหรือเคจีบี (KGB)* คุมตัวเยลต์ซินออกจากโรงพยาบาลเพื่อเข้าร่วมการประชุมและรับฟังการตัดสินของที่ประชุม เขาถูกปลดจากตำแหน่งเลขาธิการพรรคคนที่ ๑ แห่งมอสโกเยลต์ซินซึ่งถูกหยามเกียรติกล่าวว่าเขาจะไม่มีวันให้อภัยแก่กอร์บาชอฟในการปฏิบัติต่อเขาที่ “ไร้คุณธรรมและป่าเถื่อน” นอกจากนี้แล้วเขายังถูกลดตำแหน่งจากหัวหน้าคณะกรรมาธิการกลางแผนกก่อสร้างของพรรคคอมมิวนิสต์โซเวียตเป็นผู้ช่วยคนที่ ๑ ต่อมาในการประชุมคณะกรรมาธิการกลางพรรคเมื่อวันที่ ๒๔ กุมภาพันธ์ ค.ศ. ๑๙๘๘ เยลต์ซินยังถูกลบชื่อออกจากบัญชีรายชื่อผู้สมัครสมาชิกถาวรของโปลิตบูโรด้วยเขาขุ่นเคืองอับอายและเริ่มหาวิธีการตอบโต้กอร์บาชอฟโอกาสของเยลต์ซินมาถึงเมื่อกอร์บาชอฟเสนอให้มีการปฏิรูปโครงสร้างพรรคให้เป็นประชาธิปไตยมากขึ้นโดยให้บุคคลที่ไม่ได้เป็นสมาชิกพรรคสามารถลงสมัครรับเลือกตั้งแข่งกับสมาชิกพรรคในสภาประชาชนหรือสภาผู้แทนราษฎร (Congress of People’s Deputies of the Soviet Union) ได้ ที่ประชุมสภาโซเวียตสูงสุดมีมติเห็นชอบการปฏิรูปโครงสร้างพรรคเมื่อวันที่ ๑ ธันวาคม ค.ศ. ๑๙๘๘ และนับเป็นจุดเปลี่ยนครั้งสำคัญของประวัติศาสตร์การเมืองการปกครองโซเวียตเพราะเป็นการแก้ไขรัฐธรรมนูญโซเวียตฉบับ ค.ศ. ๑๙๗๗ ในสมัยประธานาธิบดีเบรจเนฟและเป็นการเริ่มต้นจุดจบของอำนาจพรรคคอมมิวนิสต์โซเวียต

 เยลต์ซินรณรงค์หาเสียงด้วยการเรียกร้องให้มีการปฏิรูปมากขึ้นและวิพากษ์โจมตีโปลิตบูโรและกอร์บาชอฟที่ดำเนินการปฏิรูปเชื่องช้า หน่วยงานพรรคตอบโต้ด้วยการนำเรื่องส่วนตัวของเยลต์ซินที่ชอบดื่มสุราและมักมึนเมามาเผยแพร่ รวมทั้งชี้ให้เห็นว่าการปฏิรูปที่ดำเนินอยู่มีความเหมาะสมกับสถานการณ์ทางการเมืองและสังคมอย่างไรก็ตามความไม่พอใจของประชาชนต่ออำนาจรัฐและความต้องการที่จะให้มีการปฏิรูปในด้านต่างๆมากขึ้นโดยเฉพาะด้านเศรษฐกิจกลับทำให้การป้ายสีของพรรคต่อเยลต์ซินส่งผลในทางตรงกันข้าม เขาเป็นที่นิยมชื่นชอบมากขึ้นจนได้ชื่อว่าเป็นขวัญใจของชาวมอสโก ผลการเลือกตั้งผู้แทนสภาประชาชนที่มีขึ้นทั่วสหภาพโซเวียตในเดือนมีนาคม ค.ศ. ๑๙๘๙ ปรากฏว่า ผู้สมัครอิสระซึ่งไม่ใช่สมาชิกพรรคคอมมิวนิสต์ได้รับเลือกตั้งเข้ามาเป็นจำนวนมากทั้งในสหพันธรัฐรัสเซียและสาธารณรัฐต่าง ๆ ส่วนผู้สมัครที่เป็นสมาชิกพรรคซึ่งเคยดำรงตำแหน่งสำคัญ ๆ ทั้งเป็นผู้ที่พรรคคัดเลือกแล้วกลับได้รับเลือกเข้ามาเป็นจำนวนน้อย เยลต์ซินซึ่งเป็นผู้แทนจากเขตมอสโกได้คะแนนเสียงถึงร้อยละ ๙๒ ของผู้มีสิทธิออกเสียงเลือกตั้ง อีก ๒ เดือนต่อมา เขายังได้รับเลือกจากสภาประชาชนให้เป็นผู้แทนในสภาโซเวียตสูงสุดเมื่อวันที่ ๒๙ พฤษภาคม ค.ศ. ๑๙๘๙ ต่อมาในเดือนกรกฎาคม เยลต์ซินประกาศจัดตั้งกลุ่มสนับสนุนการปฏิรูปเร่งด่วนขึ้นในสภาประชาชนโดยเรียกชื่อว่า กลุ่มผู้แทนระหว่างภูมิภาค (Inter-Regional Group of Deputies) เมื่อวันที่ ๑๙ กรกฎาคม และเขาได้รับเลือกเป็นประธานร่วมคนหนึ่งในจำนวน ๕ คนของกลุ่มในช่วงเวลาเดียวกัน เยลต์ซินเดินทางไปเยือนสหรัฐอเมริกาและประทับใจกับระบอบทุนนิยมที่ได้เห็นเขาตั้งปณิธานว่าในวันใดวันหนึ่งข้างหน้าจะทำให้โซเวียตเป็นแบบสังคมอเมริกัน เมื่อเกิดการปฏิวัติ ค.ศ. ๑๙๘๙ (Revolution of 1989)* ในยุโรปตะวันออกเยลต์ซินสนับสนุนการเคลื่อนไหวของประชาชนที่จะลดอำนาจของพรรคคอมมิวนิสต์ในประเทศยุโรปตะวันออก การสนับสนุนดังกล่าวมีส่วนทำให้เขาได้ชื่อว่าเป็นนักปฏิรูปหัวรุนแรง

 ระหว่าง ค.ศ. ๑๙๘๙–๑๙๙๐ เยลต์ซินเป็นนักการเมืองขวัญใจประชาชน ไม่ว่าเขาจะเดินทางไปที่ใด ประชาชนจะมาห้อมล้อมและตะโกนเรียกชื่อ “เยลต์ซิน, เยลต์ซิน” ตลอดเวลา ในต้นเดือนมีนาคม ค.ศ. ๑๙๙๐ เขาเป็นผู้แทนของเขตสเวียร์ดลอฟสค์ได้รับเลือกเป็นสมาชิกสภาประชาชนแห่งรัสเซียด้วยคะแนนเสียงร้อยละ ๗๒ ต่อมาในเดือนพฤษภาคมเขาได้รับเลือกเป็นประธานของเปรซิเดียมโซเวียตสูงสุดแห่งสหพันธ์สาธารณรัฐสังคมนิยมโซเวียตรัสเซีย(Presidium of the Supreme Soviet of the Russian Soviet Federative Socialist Republic) ทั้ง ๆ ที่กอร์บาชอฟพยายามขัดขวางด้วยการขอเสียงเป็นการส่วนตัวกับสมาชิกเปรซิเดียมคนอื่น ๆ ไม่ให้เลือกเยลต์ซิน แต่ก็ล้มเหลวเพราะเยลต์ซินได้เสียงสนับสนุนทั้งจากกลุ่มสมาชิกหัวก้าวหน้าและหัวอนุรักษ์ต่อมาในเดือนมิถุนายนสภาประชาชนแห่งสหพันธ์สาธารณรัฐโซเวียตรัสเซียได้ประกาศอำนาจอธิปไตยของตนเอง โดยแยกอำนาจการบริหารปกครองจากสหภาพสาธารณรัฐสังคมนิยมโซเวียตอีก ๑ เดือนต่อมาในการประชุมใหญ่พรรคคอมมิวนิสต์แห่งสหภาพโซเวียตครั้งที่ ๒๘ เมื่อวันที่ ๑๒ กรกฎาคม เยลต์ซินได้ประกาศลาออกจากการเป็นสมาชิกพรรคคอมมิวนิสต์และจะลงสมัครแข่งขันเป็นประธานาธิบดีของสหพันธรัฐรัสเซียสมาชิกพรรคจำนวนหนึ่งไม่พอใจอย่างมากและตะโกนด่าทอเขาอย่างรุนแรงในที่ประชุม

 การล่มสลายของระบอบคอมมิวนิสต์ในประเทศยุโรปตะวันออกใน ค.ศ. ๑๙๘๙และการปฏิรูปประเทศให้เป็นประชาธิปไตยในสหภาพโซเวียตได้นำไปสู่การเกิดกระแสชาตินิยมและความขัดแย้งทางการเมืองภายในสาธารณรัฐโซเวียตต่าง ๆ กลุ่มรัฐบอลติก (Baltic States)* ซึ่งประกอบด้วยลัตเวีย (Latvia) ลิทัวเนีย (Lithuania) และเอสโตเนีย (Estonia) จึงเห็นเป็นโอกาสเคลื่อนไหวเรียกร้องเอกราชและแยกตัวออกจากสหภาพโซเวียต เยลต์ซินประกาศสนับสนุนการแยกตัวของกลุ่มรัฐบอลติก ซึ่งขัดแย้งกับนโยบายของกอร์บาชอฟที่ต้องการให้สาธารณรัฐโซเวียตต่าง ๆ ยังคงรวมอยู่กับสหภาพโซเวียต กอร์บาชอฟจึงเสนอร่างสนธิสัญญาสหภาพใหม่ (New Treaty of the Union)* ด้วยการให้สาธารณรัฐโซเวียตต่างๆมีอำนาจอธิปไตยในการดำเนินนโยบายภายในอย่างอิสระทั้งให้มีสถานทูตของตนเองในต่างประเทศแต่นโยบายสำคัญ เช่น การป้องกันประเทศ การจัดทำงบประมาณ และการร่างรัฐธรรมนูญฉบับใหม่ต้องดำเนินการร่วมกันเขาเสนอให้มีการลงประชามติเรื่องการคงอยู่ของสหภาพใหม่ซึ่งจะยังคงใช้ชื่อเดิมว่าสหภาพสาธารณรัฐสังคมนิยมอธิปไตย (Union of the Sovereign Socialist Republic–USSR)* เยลต์ซินต่อต้านนโยบายดังกล่าวและสนับสนุน๓สาธารณรัฐบอลติกรวมทั้งสาธารณรัฐอาร์เมเนีย จอร์เจีย และมอลเดเวียที่ปฏิเสธการรับรองร่างสนธิสัญญาสหภาพใหม่

 ต่อมาในเดือนมิถุนายน ค.ศ. ๑๙๙๑ สหพันธรัฐรัสเซียจัดการเลือกตั้งประธานาธิบดีโดยตรงของประชาชนเป็นครั้งแรกตามนโยบายปฏิรูปของกอร์บาชอฟ เยลต์ซินซึ่งเป็นนักพูดเจ้าคารมที่ชาญฉลาดมีชัยชนะเหนือคู่แข่งอีก ๕ คนซึ่งรวมทั้งกอร์บาชอฟซึ่งเป็นตัวเก็งอันดับ ๑ โดยได้คะแนนเสียงร้อยละ ๕๗ ของผู้มีสิทธิออกเสียงเลือกตั้ง เขาเข้าดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีเมื่อวันที่ ๑๐ กรกฎาคมในวันที่เขาเข้าดำรงตำแหน่งมีการปลดภาพของเลนินที่ติดกลางผ้าม่านสีแดงในเวทีห้องประชุมรัฐสภาออกและแทนที่ด้วยธงชาติ ๓ สี ขาว น้ำเงิน และแดง แบบที่ใช้กันมาตั้งแต่รัชสมัยซาร์ปีเตอร์มหาราช (Peter the Great ค.ศ. ๑๘๘๒–๑๗๒๕) จนถึง ค.ศ. ๑๙๑๘ ทันทีที่ก้าวสู่อำนาจ เยลต์ซินก็เคลื่อนไหวให้กอร์บาชอฟลาออกจากตำแหน่ง ด้วยข้อหาว่าเขาบริหารประเทศด้วยความบกพร่องและวางแผนในการใช้อำนาจเผด็จการปกครองสหภาพโซเวียตและสร้างแนวความคิดลัทธิการบูชาบุคคล (Cult of Personality)* ขึ้นเพื่อให้ตนเองเป็นนายเหนือประชาชน

 กอร์บาชอฟซึ่งถูกเยลต์ซินวิพากษ์โจมตีอย่างรุนแรงเกี่ยวกับการสร้างอำนาจอันล้นพ้นของพรรคคอมมิวนิสต์และแนวความคิดลัทธิการบูชาบุคคลพยายามแก้ไขภาพลักษณ์ของตนด้วยการเสนอร่างแนวนโยบายพรรคใหม่ที่มีลักษณะเป็นประชาธิปไตยและมนุษยธรรม รวมทั้งการแก้ไขปัญหาเศรษฐกิจด้วยระบบเศรษฐกิจสังคมนิยมแบบตลาด ต่อมาในวันที่ ๒๖ กรกฎาคม ค.ศ. ๑๙๙๑ คณะกรรมาธิการกลางพรรคมีมติรับรองแนวนโยบายอย่างไม่เป็นเอกฉันท์เนื่องจากความขัดแย้งทางความคิดภายในพรรคระหว่างสมาชิกพรรคแนวเสรีนิยมกับแนวอนุรักษนิยมได้ขยายตัวรุนแรงมากขึ้นจนเกิดข่าวลือเกี่ยวกับการก่อการยึดอำนาจ แม้กอร์บาชอฟจะตระหนักถึงความแตกแยกภายในพรรคแต่เขาคาดหวังว่าจะสามารถแก้ไขปัญหาดังกล่าวได้ในการประชุมใหญ่พรรคที่จะมีขึ้นในครั้งหน้า ก่อนหน้านี้ไม่นานนัก เอดูอาร์ด เชวาร์ดนาดเซ (Eduard Shevardnadze)* รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศและอะเล็กซานเดอร์ ยาคอฟเลฟ (Alexander Yakovlev) ผู้อำนวยการฝ่ายงานโฆษณาของคณะกรรมการกลางพรรคซึ่งสนับสนุนกอร์บาชอฟก็ถูกสมาชิกพรรคฝ่ายอนุรักษ์บีบให้ลาออกเนื่องจากคนทั้งสองได้ร่วมกันจัดตั้งกลุ่มการเมืองแนวปฏิรูปประชาธิปไตยขึ้นเพื่อต่อต้านกลุ่มอนุรักษ์ภายในพรรค

 เมื่อประธานาธิบดีกอร์บาชอฟประกาศตัดงบประมาณด้านการทหารและร่วมลงนามในสนธิสัญญาจำกัดอาวุธทางยุทธศาสตร์และอาวุธนิวเคลียร์พิสัยไกลกับสหรัฐอเมริกาเมื่อวันที่ ๓๑ กรกฎาคม ค.ศ. ๑๙๙๑ กลุ่มคอมมิวนิสต์หัวอนุรักษ์และกองทัพต่อต้านนโยบายดังกล่าวอย่างมาก ทั้งประกาศไม่ยอมรับร่างสนธิสัญญาสหภาพใหม่ ความขัดแย้งทางการเมืองที่เกิดขึ้นจึงนำไปสู่การก่อรัฐประหารของกองทัพและกลุ่มคอมมิวนิสต์อนุรักษนิยมเพื่อยึดอำนาจจากกอร์บาชอฟซึ่งกำลังอยู่ระหว่างการพักผ่อนที่บ้านพักในไครเมียเมื่อวันที่ ๑๙ สิงหาคม ค.ศ. ๑๙๙๑ แต่รัฐประหารซึ่งเกิดขึ้นเป็นเวลา ๑ สัปดาห์ก็ล้มเหลวเพราะเยลต์ซินเรียกร้องให้ประชาชนร่วมกันต่อต้านการยึดอำนาจซึ่งเป็นการกระทำที่ผิดกฎหมายและขัดกับรัฐธรรมนูญ เยลต์ซินซึ่งถูกฝ่ายก่อการสั่งกำจัดยังแสดงความกล้าหาญด้วยการปีนขึ้นไปบนรถถังที่จอดบริเวณหน้ารัฐสภาโซเวียตประณามการยึดอำนาจและเรียกร้องให้ประชาชนผละงานทั่วประเทศเพื่อคัดค้านการยึดอำนาจครั้งนี้ บทบาทของเยลต์ซินได้ทำให้กระแสการต่อต้านการยึดอำนาจขยายตัวอย่างรวดเร็วไปทั่วประเทศ

 ประเทศตะวันตกต่อต้านรัฐประหารที่เกิดขึ้นในกรุงมอสโกด้วยการประกาศระงับการติดต่อทางการทูตกับสหภาพโซเวียตจนกว่ารัฐบาลและผู้นำที่ชอบธรรมจะได้รับการรื้อฟื้นกลับสู่ตำแหน่งอีกครั้งหนึ่งและระงับความช่วยเหลือต่าง ๆ ที่ให้แก่สหภาพโซเวียตเยลต์ซินโทรศัพท์สายด่วนติดต่อประธานาธิบดีจอร์จ บุช (George Bush) แห่งสหรัฐอเมริกาให้สนับสนุนขบวนการต่อต้านรัฐประหารในโซเวียตซึ่งก็ประสบความสำเร็จ ประธานาธิบดีบุชออกแถลงการณ์ประณามการปฏิวัติที่เกิดขึ้นว่าเป็นการกระทำที่ละเมิดต่อรัฐธรรมนูญโซเวียตและสนับสนุนเยลต์ซินอย่างเต็มที่ การสนับสนุนของสหรัฐอเมริกามีส่วนทำให้เยลต์ซินกลายเป็นวีรบุรุษของประเทศและกระแสการต่อต้านฝ่ายปฏิวัติมีพลังเข้มแข็งขึ้น แม้ฝ่ายก่อการจะปิดศูนย์โทรคมนาคมยึดสถานีวิทยุและโทรทัศน์รวมทั้งปิดหนังสือพิมพ์อิสระ แต่มีการใช้เครื่องถ่ายเอกสารจัดทำหนังสือพิมพ์แจกจ่ายข่าวสารต่อต้านกันอย่างแพร่หลายและสื่อมวลชนต่างประเทศที่ทำข่าวก็ใช้โทรศัพท์มือถือติดต่อส่งข่าวสารซึ่งกันและกัน ทำให้ประชาชนมีโอกาสรับรู้ข้อมูลที่ถูกต้องและไม่หลงเชื่อคำประกาศของฝ่ายปฏิวัติต่อมาทหารที่ถูกส่งมาปราบปรามประชาชนก็หันมาสนับสนุนเยลต์ซินจนทำให้ฝ่ายก่อการยอมแพ้

 หลังรัฐประหารเดือนสิงหาคม เยลต์ซินมีบทบาทและอิทธิพลทางการเมืองเพิ่มมากขึ้นจนมีฐานะเป็นเสมือนผู้นำประเทศแทนกอร์บาชอฟ เขาเห็นเป็นโอกาสออกกฤษฎีกาหลายฉบับจำกัดบทบาทและอำนาจของพรรคคอมมิวนิสต์ด้วยการห้ามดำเนินกิจกรรมของพรรค ปิดหนังสือพิมพ์ Pravda อายัดสินทรัพย์ของพรรคในเขตอำนาจของสหพันธรัฐรัสเซียและดึงหน่วยเคจีบีมาอยู่ใต้การควบคุม เป็นต้น เยลต์ซินยังหยามเกียรติของกอร์บาชอฟในที่ประชุมโซเวียตสูงสุดด้วยการบังคับให้กอร์บาชอฟอ่านบัญชีรายชื่อผู้ก่อรัฐประหารและผู้ที่ร่วมสนับสนุนซึ่งส่วนใหญ่เป็นบุคคลที่กอร์บาชอฟไว้วางใจและเกื้อหนุนและบ้างก็เป็นสหายตั้งแต่ชั้นมัธยม พรรคคอมมิวนิสต์จึงต้องรับผิดชอบต่อการยึดอำนาจในครั้งนี้ กอร์บาชอฟซึ่งต้องการรักษาพรรคไว้จึงตัดสินใจลาออกจากตำแหน่งเลขาธิการพรรคในวันที่ ๒๕ สิงหาคม ด้วยเหตุผลที่เขาล้มเหลวในการต่อต้านรัฐประหารทั้งแกนนำพรรคหลายคนมีส่วนร่วมก่อการ การลาออกคือการปกป้องเกียรติของสมาชิกพรรคส่วนใหญ่เพื่อมิให้มัวหมองไปด้วย

 ในเดือนธันวาคม ค.ศ. ๑๙๙๑ เยลต์ซินเจรจาตกลงกับผู้นำของยูเครน (Ukraine) และเบลารุส (Belarus) เพื่อร่วมกันลงนามจัดตั้งเครือรัฐเอกราชของ ๓ สาธารณรัฐเชื้อสายสลาฟขึ้นที่กรุงมินสก์ (Minsk) นครหลวงของเบลารุสเมื่อวันที่๘ธันวาคมค.ศ. ๑๙๙๑ โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อแก้ไขปัญหาทางการเมืองเศรษฐกิจ และสังคมที่กำลังอยู่ในภาวะวิกฤตให้กระเตื้องขึ้น ทั้ง ๓ ประเทศได้ประกาศล้มเลิกสหภาพโซเวียตและโน้มน้าวเชิญชวนให้สาธารณรัฐโซเวียตอื่น ๆ ที่มีวัตถุประสงค์เช่นเดียวกันเข้าร่วมเป็นสมาชิกเครือรัฐเอกราช หลังการลงนามเยลต์ซินได้แจ้งให้กอร์บาชอฟทราบในวันรุ่งขึ้นซึ่งเขาขุ่นเคืองมากและประณามว่าเป็นการกระทำที่ขัดต่อรัฐธรรมนูญ อย่างไรก็ตาม รัฐสภาโซเวียตให้สัตยาบันความตกลงดังกล่าวอีก ๔ วันต่อมา ผู้นำของคาซัคสถาน (Kazakhstan) คีร์กีซสถาน (Kyrgyzstan) ทาจิกิสถาน (Tajikistan) เติร์กเมนิสถาน (Turkmenistan) และอุซเบกิสถาน (Uzbekistan) ในแถบเอเชียกลางของโซเวียตก็ประชุมร่วมกันที่กรุงอาชกาบัต (Ashgabat) นครหลวงของเติร์กเมนิสถาน เพื่อพิจารณาการเข้าร่วมเป็นสมาชิกของเครือรัฐเอกราชโดยมีเงื่อนไขว่าต้องมีฐานะเป็นผู้ก่อตั้งด้วย ในวันที่ ๒๑ ธันวาคม ค.ศ. ๑๙๙๑ ผู้นำ ๑๑ ประเทศที่เคยสังกัดสหภาพโซเวียตได้ประชุมกันที่เมืองอัลมา-อาตา (Alma-Ata) ในคาซัคสถาน เพื่อลงนามในพิธีสารต่อท้ายความตกลงการจัดตั้งเครือรัฐเอกราชเมื่อวันที่ ๘ ธันวาคม โดยถือว่าประเทศทั้ง ๑๑ ประเทศมีสถานภาพเท่าเทียมกันในฐานะผู้ร่วมก่อตั้งเครือรัฐเอกราช และออกประกาศความตกลงร่วมกันที่เรียกว่า คำประกาศอัลมา-อาตา (Alma-Ata Declaration) ซึ่งมีผลให้สหภาพโซเวียตสลายตัวลงกอร์บาชอฟจึงจำต้องประกาศลาออกจากตำแหน่งผู้นำสหภาพโซเวียตอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ ๒๕ ธันวาคม

 เมื่อสหภาพโซเวียตสลายตัวลง สหพันธรัฐรัสเซียได้สืบทอดสิทธิของสหภาพโซเวียตเดิมโดยได้ครอบครองพื้นที่กว่า ๑๗ ล้านตารางกิโลเมตร และมีประชากรกว่า ๑๔๖.๘ ล้านคน ทั้งได้รับสิทธิที่นั่งในสหประชาชาติ (United Nations)* และแบกรับพันธกิจทั้งหมด ด้านการเมือง เศรษฐกิจ สังคมวัฒนธรรม และการต่างประเทศจากสหภาพโซเวียตด้วยเยลต์ซินซึ่งยังคงดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีแห่งสหพันธรัฐรัสเซียก็เริ่มโครงการปฏิรูปเศรษฐกิจทันทีโดยเปลี่ยนเศรษฐกิจแบบรวมศูนย์มาเป็นแบบตลาดเสรี ในวันที่ ๒ มกราคม ค.ศ. ๑๙๙๒ เยกอร์ ไกดาร์ (Yegor Gaidar)* รองประธานาธิบดีซึ่งสันทัดด้านเศรษฐกิจได้ประกาศนโยบาย “shocktherapy” ด้วยการลอยตัวราคาสินค้าต่างๆกว่าร้อยละ ๙๐ ซึ่งรวมทั้งขนมปัง วอดกา ค่าโดยสาร และค่าขนส่ง ตลอดจนค่าน้ำมัน แก๊ส และพลังงานอื่น ๆ เพื่อให้กลไกราคาเป็นไปอย่างเสรี รัฐตัดงบประมาณรายจ่ายด้วยการยกเลิกเงินสนับสนุนอุตสาหกรรมและรัฐวิสาหกิจตลอดจนเข้มงวดนโยบายการเงินและการคลังเพื่อป้องกันภาวะเงินเฟ้ออย่างรุนแรง อย่างไรก็ตามราคาสินค้าก็ถีบตัวสูงขึ้นทุกขณะ ในเดือนกรกฎาคมเยลต์ซินตัดค่าใช้จ่ายด้านสวัสดิการทางสังคมและการศึกษาซึ่งส่งผลให้กระแสการต่อต้านรัฐบาลขยายตัวกว้างมากขึ้นและความนิยมในตัวเยลต์ซินก็ลดลงอย่างมากเยลต์ซินหาทางแก้ไขด้วยการปลดไกดาร์และแต่งตั้งวิคตอร์ เชียร์โนมืยร์ดิน (Viktor Chernomyrdin)* ผู้เชี่ยวชาญด้านอุตสาหกรรมพลังงานเข้าดำรงตำแหน่งแทนในเดือนมกราคม ค.ศ. ๑๙๙๓ เชียร์โนมืยร์ดินประกาศควบคุมราคาและตรึงราคาสินค้า แต่สภาวการณ์ทางเศรษฐกิจก็ไม่ได้กระเตื้องขึ้น เพราะขาดแคลนเงินตรา และเงินเฟ้อยังคงสูงขึ้นตลอด ในปลาย ค.ศ. ๑๙๙๓ หนึ่งดอลลาร์สหรัฐแลกได้ ๔๕๐ รูเบิล แต่ใน ค.ศ. ๑๙๙๔ เท่ากับ ๑,๒๕๐ รูเบิล ประชาชนทั่วไปมีชีวิตความเป็นอยู่ที่ยากลำบาก

 นอกจากภาวะเศรษฐกิจที่ถดถอยแล้ว ปัญหาทางวัฒนธรรมก็เริ่มก่อตัวขึ้นด้วยเพราะการล่มสลายของสหภาพโซเวียตทำให้กรอบนโยบายสัจนิยมแนวสังคมนิยม (Socialist Realism)* ของพรรคคอมมิวนิสต์ล้มเลิกลง ประชาชนต้องปรับเปลี่ยนวิถีชีวิตและความคิดใหม่ที่ได้อิทธิพลจากวัฒนธรรมตะวันตกซึ่งกำลังทะลักเข้ามาในสังคมรัสเซีย ขณะเดียวกันความเปราะบางของระบอบประชาธิปไตยในรัสเซียยังนำไปสู่ความขัดแย้งระหว่างประธานาธิบดีกับรัฐสภาซึ่งในรัฐธรรมนูญไม่ได้กำหนดอำนาจที่ชัดเจนระหว่างอำนาจทั้ง ๒ ฝ่าย รัฐสภาอ้างรัฐธรรมนูญว่าสภาคือองค์กรสูงสุดของรัฐที่มีอำนาจปกครองประเทศโดยชอบธรรม แต่การที่เยลต์ซินพยายามสร้างอำนาจให้แก่ประธานาธิบดีด้วยการแต่งตั้งคณะที่ปรึกษาหน่วยงานและองค์การที่ทำงานให้ประธานาธิบดี ทำให้เขาถูกกล่าวหาว่ากำลังสร้างระบบบริหารจัดการแบบกลุ่มมาเฟียขึ้น และเป็นการใช้อำนาจที่ไม่ชอบธรรมการช่วงชิงอำนาจระหว่างประธานาธิบดีกับรัฐสภาจึงนำไปสู่กบฏเดือนตุลาคม (October Putsch)* หรือเหตุการณ์เดือนตุลาคม (October Event)* ระหว่างเดือนกันยายนถึงตุลาคม ค.ศ. ๑๙๙๓ ซึ่งเหตุการณ์ดังกล่าวเกิดขึ้นเพราะเยลต์ซินเสนอการร่างรัฐธรรมนูญฉบับใหม่ที่ทำให้รัฐสภาและรัฐบาลขึ้นต่อประธานาธิบดี รัฐสภาตอบโต้ด้วยการกล่าวหาว่าเยลต์ซินดำเนินการที่ขัดต่อรัฐธรรมนูญ และประกาศโค่นอำนาจประธานาธิบดีโดยใช้ตึกรัฐสภาเป็นศูนย์บัญชาการ เยลต์ซินใช้กำลังทหารเข้าควบคุมสถานการณ์และนำไปสู่การต่อสู้ที่ดุเดือดและนองเลือดจนท้ายที่สุดเยลต์ซินมีชัยชนะ อีก ๑ เดือนต่อมาในวันที่ ๑๒ ธันวาคม ค.ศ. ๑๙๙๓ ประชาชนร้อยละ ๕๓ก็ลงมติรับรองร่างรัฐธรรมนูญฉบับใหม่ที่ให้อำนาจแก่ประธานาธิบดีมากขึ้น

 หลังเหตุการณ์เดือนตุลาคม เยลต์ซินซึ่งต้องการเสียงสนับสนุนจากประชาชนหันมาแก้ไขปัญหาเศรษฐกิจด้วยการยกเลิกระบบการควบคุมราคาสินค้าที่ยังคงหลงเหลืออยู่ ยกเลิกระบบผูกขาดของรัฐในสาขาพลังงานและเกษตร ยกเลิกการควบคุมการทำธุรกรรมระหว่างประเทศโดยเฉพาะการส่งออกและแปรรูปรัฐวิสาหกิจ ขณะเดียวกันสหรัฐอเมริกาซึ่งมีประธานาธิบดีบิล คลินตัน (Bill Clinton) เป็นผู้นำก็ให้เงินช่วยเหลือจำนวน ๑,๖๐๐ ล้านดอลลาร์สหรัฐในรูปของโครงการต่าง ๆ เพื่อการปฏิรูปเศรษฐกิจของรัสเซีย แต่ระหว่าง ค.ศ. ๑๙๙๔–๑๙๙๕ ประชาชนรัสเซียส่วนใหญ่ก็ไม่ได้มีคุณภาพชีวิตและความเป็นอยู่ดีขึ้นมากนัก ชาวรัสเซียราว ๒๐ ล้านคนจากจำนวนกว่า ๑๔๐ ล้านคน ยังคงมีรายได้ต่ำกว่าเกณฑ์มาตรฐานคนจนที่ทางการกำหนดไว้ที่ ๓๑ ดอลลาร์สหรัฐต่อคนต่อเดือน จำนวนพลเมืองที่ยากจนมีเพิ่มมากขึ้นรวมทั้งอัตราการว่างงานก็สูงขึ้นเป็นเงาตามตัว ขณะเดียวกันมีกลุ่มคนเพียงหยิบมือเดียวที่ได้ประโยชน์จากกระบวนการแปรรูปที่มีการฉ้อราษฎร์บังหลวงจนมีฐานะมั่งคั่งอย่างมหาศาล นอกจากนี้อัตราการเกิดก็ลดลงในขณะที่อัตราการตายเพิ่มขึ้น ชีวิตความเป็นอยู่ที่แร้นแค้นและระบอบประชาธิปไตยที่เพิ่งแตกหน่อยังถูกซ้ำเติมให้เลวร้ายลงอีกเมื่อสหพันธรัฐรัสเซียมีปัญหาขัดแย้งทางการเมืองกับเชชเนีย (Chechnya)* สาธารณรัฐปกครองตนเองทางตอนเหนือของจอร์เจีย

 สาธารณรัฐเชชเนียต้องการแยกตัวออกจากรัสเซียและประธานาธิบดีโยฮาร์ ดูดาเยฟ (Jokhar Dudaev) แห่งเชชเนียยังมีนโยบายเปิดเชชเนียให้เป็นศูนย์กิจกรรมทางเศรษฐกิจและเขตอิทธิพลของกลุ่มนอกกฎหมายอย่างเสรี โดยเฉพาะธุรกิจการค้าน้ำมันเถื่อนและการเรียกค่าไถ่ เนื่องจากเชชเนียถูกสหพันธรัฐรัสเซียโดดเดี่ยวทางเศรษฐกิจ ไม่ให้ติดต่อค้าขายกับสาธารณรัฐอื่นๆเยลต์ซินพยายามโค่นอำนาจดูดาเยฟแต่ล้มเหลว เขาจึงใช้กำลังเข้าปราบปรามเชชเนียโดยไม่ปรึกษารัฐสภาหรือขอความเห็นชอบจากประชาชน และนำไปสู่การเกิดสงครามเชชเนียระหว่าง ค.ศ. ๑๙๙๔–๑๙๙๖ กองกำลังทางอากาศและกองทัพรัสเซีย ๔๐,๐๐๐ คน บุกเข้าปราบปรามชาวเชชเนียเมื่อวันที่ ๑๑ ธันวาคม ค.ศ. ๑๙๙๔ และนำไปสู่การต่อสู้ที่ยืดเยื้อและนองเลือด ชาวเชชเนียกว่า ๓๐๐,๐๐๐ คนต้องหนีภัยออกจากดินแดนบ้านเกิดแม้รัสเซียสามารถยึดกรุงกรอชนืย (Grozny) เมืองหลวงของเชชเนียได้ในเดือนกุมภาพันธ์ แต่ฝ่ายเชชเนียไม่ยอมจำนนและถอยร่นไปในเขตชนบท และใช้ยุทธวิธีสงครามกองโจรโจมตีกองทัพรัสเซียในบริเวณพรมแดนทางตอนใต้ รวมทั้งข่มขู่การจะวางระเบิดถล่มกรุงมอสโก รัฐสภาต่อต้านประธานาธิบดีในการใช้กำลังทหารเข้าแทรกแซงและประชาชนทั่วไปก็ร่วมกันคัดค้านด้วย

 อีก ๒ ปีต่อมา ในฤดูร้อน ค.ศ. ๑๙๙๖ เชชเนียสามารถยึดกรุงกรอชนืยกลับคืนได้ แต่กรอชนืยก็กลายเป็นเมืองที่ย่อยยับที่สุดในยุโรปนับตั้งแต่สงครามโลกครั้งที่ ๒ เป็นต้นมา ในช่วง ค.ศ. ๑๙๙๖ เยลต์ซินซึ่งหมกมุ่นกับการเตรียมแข่งขันเป็นประธานาธิบดีสมัยที่ ๒ ตระหนักว่าสงครามเชชเนียมีส่วนทำลายความนิยมของเขาและต้องการยุติปัญหาความขัดแย้งภายในโดยเร็ว เขาจึงแต่งตั้งนายพลอะเล็กซานเดอร์ เลเบด (Alexander Lebed) ซึ่งเป็นที่นิยมชมชอบในหมู่ประชาชนให้มีอำนาจเต็มในการเจรจาเรื่องเชชเนีย เลเบดสามารถโน้มน้าวผู้นำเชชเนียให้เจรจาบรรลุข้อตกลงหยุดยิงได้สำเร็จ รัสเซียจะยอมถอนกำลังออกภายในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. ๑๙๙๖ และยุติการสู้รบลงชั่วคราว เชชเนียซึ่งยังคงยืนยันเรื่องเอกราชจะเลื่อนเวลาการแยกตัวออกไปอีก ๕ ปี แต่ขณะเดียวกันก็ให้มีอำนาจจัดตั้งรัฐบาลขึ้นปกครองตนเองได้โดยต้องได้รับความเห็นชอบจากรัสเซียหลังจากครบกำหนดเวลาก็จะพิจารณาเรื่องการเป็นเอกราชอีกครั้งหนึ่ง สงครามเชชเนียจึงยุติลงชั่วคราวแต่ในเวลาต่อมาสงครามเชชเนียครั้งที่ ๒ ก็ปะทุขึ้นอีกในฤดูร้อน ค.ศ. ๑๙๙๙ ก่อนกำหนดเวลาที่ได้ตกลงกันไว้

 ในการเลือกตั้งผู้แทนรัฐสภาในเดือนธันวาคม ค.ศ. ๑๙๙๕ ซึ่งเป็นเสมือนการซ้อมใหญ่ของการเลือกตั้งประธานาธิบดีที่จะมีขึ้นในเดือนมิถุนายน ค.ศ. ๑๙๙๖ และเป็นการทดสอบความนิยมของประชาชนที่มีต่อเยลต์ซิน พรรครัสเซียคือปิตุภูมิ (Our Home is Russia) ของเชียร์โนมืยร์ดินซึ่งเยลต์ซินสนับสนุนประกาศนโยบายการสร้างรัสเซียที่แข็งแกร่ง ดำเนินนโยบายเสรีนิยมทางเศรษฐกิจ และสร้างมาตรการทางสังคมที่ให้ความมั่นคงแก่ประชาชน ทั้งโหมโฆษณาว่านโยบายเศรษฐกิจของรัฐบาลกำลังก้าวสู่ทิศทางที่ถูกต้องเพราะอัตราเงินเฟ้อลดลงและปัญหางบประมาณขาดดุลลงตัว แต่ผลการเลือกตั้งทั่วไปที่ปรากฏสร้างความผิดหวังแก่รัฐบาลเพราะได้เพียง ๖๕ ที่นั่งจาก ๔๕๐ ที่นั่ง พรรคคอมมิวนิสต์ได้เสียงมากที่สุดถึง ๑๕๗ ที่นั่ง และเมื่อรวมกับพรรคที่เป็นพันธมิตรก็มีเสียงถึง ๑๘๖ เสียง ที่เหลือเป็นของพรรคการเมืองอื่น ๆ ผู้นำพรรคคอมมิวนิสต์ซึ่งมีเสียงข้างมากจึงได้รับเลือกเป็นประธานรัฐสภา เยลต์ซินซึ่งตระหนักว่าเขากำลังสูญเสียคะแนนนิยมจึงหาทางแก้ไขด้วยการเปลี่ยนอันเดรย์ คอซีเรฟ (Andrei Kozyrev) รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศซึ่งถูกวิพากษ์โจมตีว่าดำเนินนโยบายต่างประเทศสนับสนุนประเทศตะวันตกเป็นเยฟเกนี ปรีมาคอฟ (Yevgeny Primakov) การแต่งตั้งปรีมาคอฟซึ่งเคยเป็นหัวหน้าหน่วยข่าวกรองและผู้สันทัดด้านตะวันออกกลาง ทั้งเป็นนักชาตินิยมมีส่วนทำให้รัฐบาลของเยลต์ซินเป็นที่ยอมรับกันมากขึ้น

 ในช่วงก่อนการเลือกตั้งประธานาธิบดี เยลต์ซินติดสุราและล้มป่วยด้วยโรคหัวใจ และต้องรับการผ่าตัดหลายครั้งจนผู้ที่ใกล้ชิดเขาเห็นว่าเยลต์ซินควรถอนตัวจากการแข่งขันหรือให้เลื่อนเวลาการเลือกตั้งออกไปนอกจากนี้ผลการสำรวจโพลล์ทั่วประเทศปรากฏว่าคะแนนนิยมของเขามีเพียงร้อยละ ๕ เท่านั้นแต่เยลต์ซินก็มุ่งมั่นที่จะแข่งขันชิงตำแหน่งประธานาธิบดี เขาเดินทางหาเสียงทั่วแทบทุกส่วนของประเทศและสัญญาจะให้ทุกอย่างแก่ประชาชนทุกกลุ่ม รวมทั้งการล้มเลิกการแปรรูปรัฐวิสาหกิจ เขาสัญญาจะทุ่มงบประมาณหลายล้านรูเบิลเพื่อพัฒนาคุณภาพชีวิตประชาชนและงานด้านวิทยาศาสตร์และการศึกษา ทั้งชี้ให้เห็นว่าหากพรรคคอมมิวนิสต์ได้อำนาจ รัสเซียจะกลับไปสู่ภาวะเผด็จการและความโหดเหี้ยมอีกครั้งหนึ่ง

 ในการเลือกตั้งประธานาธิบดีรอบแรกเมื่อวันที่ ๑๖ มิถุนายน ค.ศ. ๑๙๙๖ ซึ่งมีผู้สมัคร ๑๐ คน รวมทั้งกอร์บาชอฟด้วย ชาวรัสเซียเกือบร้อยละ ๗๐ มาลงคะแนนเสียง เยลต์ซินชนะเฉียดฉิวเพียงร้อยละ ๓๕ ซูย์กานอฟผู้นำพรรคคอมมิวนิสต์ซึ่งเป็นคู่แข่งคนสำคัญได้คะแนนเสียงร้อยละ ๓๒ และเลเบดได้ร้อยละ ๑๕ ส่วนผู้สมัครที่เหลือได้คะแนนต่ำกว่าเกณฑ์ ส่วนกอร์บาชอฟได้เสียงเพียงร้อยละ ๑ เท่านั้น เยลต์ซินและซูย์กานอฟจึงเป็นเพียงผู้สมัคร ๒ คนที่มีสิทธิลงแข่งขันชิงตำแหน่งประธานาธิบดีในรอบที่ ๒ ในวันที่ ๓ กรกฎาคม เยลต์ซินพยายามดึงคะแนนจากกลุ่มผู้ที่สนับสนุนเลเบดด้วยการแต่งตั้งเขาเป็นผู้อำนวยการสภาความมั่นคงแห่งรัฐ (State Security Council)* ซึ่งมีอำนาจครอบคลุมถึงหน่วยงานข่าวกรองและตำรวจ ทั้งแสดงท่าทีให้เป็นที่รับรู้กันว่าเลเบดคือคนที่เขาจะเลือกสืบทอดอำนาจกลยุทธ์ทางการเมืองดังกล่าวทำให้ผู้สนับสนุนเลเบดกว่าร้อยละ ๗๕ หันมาสนับสนุนเยลต์ซิน เยลต์ซินจึงชนะการแข่งขันขาดลอยในรอบที่ ๒ โดยได้เสียงกว่าร้อยละ ๕๔ ขณะที่ซูย์กานอฟได้เพียงร้อยละ ๔๐ เขาจึงดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีของประเทศเป็นสมัยที่ ๒ จนถึง ค.ศ. ๒๐๐๐ กล่าวได้ว่าชัยชนะของเยลต์ซินไม่ใช่เพราะประชาชนชื่นชอบเขา ดังจะเห็นว่าในการรณรงค์แข่งขันช่วงแรกคะแนนนิยมของเยลต์ซินต่ำมากและนโยบายบริหารก็ไม่เป็นที่พอใจของประชาชน แต่เป็นเพราะชาวรัสเซียเห็นว่าเยลต์ซินคือตัวเลือกที่ดีกว่าซูย์กานอฟซึ่งประกาศจุดยืนอย่างชัดเจนว่าเขายกย่องสตาลินชาวรัสเซียส่วนใหญ่ซึ่งไม่ต้องการหวนกลับไปสู่ยุคทมิฬของอดีตจึงตัดสินใจเลือกเยลต์ซินซึ่งในสายตาของพวกเขาดูจะชั่วร้ายน้อยกว่าซูย์กานอฟ ทันทีหลังทราบว่าเขามีชัยชนะในการเลือกตั้ง เยลต์ซินต้องเข้ารับการผ่าตัดเส้นเลือดหัวใจ ๓ เส้น และต้องพักฟื้นเกือบเดือน ประชาชนจึงเริ่มรับรู้ว่าเยลต์ซินมีสุขภาพอ่อนแอ

 ในสมัยที่ ๒ ของการดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีระหว่าง ค.ศ. ๑๙๙๖–๑๙๙๙ เยลต์ซินไม่เพียงจะพยายามแสดงบทบาทสำคัญในเวทีการเมืองระหว่างประเทศในวิกฤตการณ์คอซอวอ (Kosovo Crisis)* ทั้งให้ความร่วมมือกับองค์การสนธิสัญญาแอตแลนติกเหนือหรือนาโต (North Atlantic Treaty Organization–NATO)* เท่านั้น แต่ก็ยังมุ่งมั่นนำเศรษฐกิจของประเทศไปสู่ระบบตลาดเสรีและพยายามผลักดันเศรษฐกิจให้ขยายตัวและเติบโตรวมทั้งการควบคุมเงินเฟ้อและรักษาเสถียรภาพของค่าเงินรูเบิลให้มั่นคงแต่ปัญหาการขาดแคลนการลงทุนจากต่างประเทศและการเกิดวิกฤตการณ์เศรษฐกิจในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ตลอดจนราคาน้ำมันที่ตกต่ำลงเพราะปริมาณการผลิตล้นตลาด รัสเซียซึ่งส่งออกน้ำมันจึงพลอยประสบปัญหาเศรษฐกิจที่ย่ำแย่ไปด้วย ประชาชนส่วนใหญ่ยังคงเดือดร้อนด้านการครองชีพและการขาดแคลนเงินตราหมุนเวียนภายในประเทศจนต้องได้รับเงินค่าจ้างและเบี้ยบำนาญล่าช้า วิกฤตการณ์ทางเศรษฐกิจทำให้ความนิยมเยลต์ซินตกต่ำลงอย่างมากและในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. ๑๙๙๗กรรมกรเหมืองชุมนุมประท้วงเรียกร้องให้เยลต์ซินลาออกสื่อมวลชนต่างวิพากษ์โจมตีรัฐบาลอย่างต่อเนื่องเมื่อรัฐบาลปล่อยให้ค่าเงินรูเบิลลอยตัวใน ค.ศ. ๑๙๙๘ อัตราแลกเปลี่ยนจาก ๖ รูเบิลต่อ ๑ ดอลลาร์สหรัฐลดค่าเป็น ๒๐ รูเบิลต่อ ๑ ดอลลาร์สหรัฐ สินค้านำเข้ามีราคาสูงสิบลิ่วและปัญหาทางเศรษฐกิจก็เลวร้ายลงอีก รัฐบาลพยายามหาทางแก้ไขด้วยการกู้ยืมเงินจากกองทุนการเงินระหว่างประเทศหรือไอเอ็มเอฟ (International Monetary Fund–IMF)* และแต่งตั้งปรีมาคอฟซึ่งดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศตั้งแต่ ค.ศ. ๑๙๙๖ เป็นนายกรัฐมนตรีคนใหม่เพื่อให้แก้ไขวิกฤตการณ์ทางเศรษฐกิจดังกล่าวเนื่องจากเขาเชี่ยวชาญด้านเศรษฐกิจ

 การแต่งตั้งปรีมาคอฟมีส่วนสร้างความเชื่อมั่นในหมู่ประชาชนอย่างมากเพราะเขาเป็นที่นิยมของประชาชนส่วนใหญ่ เขาวางนโยบายเศรษฐกิจด้วยการลดการสั่งซื้อจากต่างประเทศ ควบคุมการไหลออกของเงินตรา ส่งเสริมอุตสาหกรรมภายในให้แข่งขันในตลาดโลกได้ และอื่น ๆ ในเวลาอันรวดเร็วภาวะถดถอยทางเศรษฐกิจของรัสเซียก็กระเตื้องขึ้นและอัตราเงินเฟ้อลดลง การจ้างงานสูงขึ้น รัฐบาลสามารถชำระหนี้ต่างประเทศได้กว่า ๖๐,๐๐๐ ล้านดอลลาร์สหรัฐและจ่ายเพิ่มค่าจ้างและเบี้ยบำนาญ เศรษฐกิจที่พัฒนาดีขึ้นส่วนหนึ่งเป็นเพราะราคาน้ำมันในตลาดโลกสูงขึ้นทำให้การส่งออกน้ำมันของรัสเซียได้กำไรมหาศาล และการที่ประชาชนหันมาจับจ่ายซื้อหาสินค้าภายในประเทศมากขึ้นก็ทำให้อุตสาหกรรมและการผลิตขยายตัวและเติบโต นอกจากนี้เยลต์ซินยังสร้างความสัมพันธ์และร่วมมือกับประเทศตะวันตกโดยเฉพาะกลุ่มประเทศสหภาพยุโรปหรืออียู (European Union–EU)* ให้มากขึ้น ตลอดจนเข้าเป็นสมาชิกขององค์การระหว่างประเทศต่าง ๆ ที่มีบทบาทสำคัญในประชาคมโลก ขณะเดียวกันเยลต์ซินก็กระชับความร่วมมือและความสัมพันธ์กับกลุ่มประเทศเครือรัฐเอกราชให้แน่นแฟ้นมากขึ้นด้วย

 อย่างไรก็ตาม ในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. ๑๙๙๙ เยลต์ซินก็ปลดปรีมาคอฟและคณะที่ปรึกษาของเขาและแต่งตั้งนายกรัฐมนตรีคนใหม่ เข้าใจกันว่าการปลดปรีมาคอฟสืบเนื่องจากการที่เขาดำเนินนโยบายปราบปรามการทุจริตซึ่งผู้ที่ใกล้ชิดเยลต์ซินหลายคนมีส่วนเกี่ยวข้อง กลุ่มคนที่ต้องสูญเสียผลประโยชน์จึงกดดันเยลต์ซินให้กำจัดเขา การปลดปรีมาคอฟทำให้ความนิยมของประชาชนต่อเยลต์ซินลดลงเหลือเพียงร้อยละ ๒ เท่านั้น นอกจากนี้ปัญหาสุขภาพและวาระการดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีซึ่งจะสิ้นสุดลงใน ค.ศ. ๒๐๐๐ ทำให้เยลต์ซินต้องหาผู้สืบทอดอำนาจต่อจากเขา รัฐธรรมนูญห้ามประธานาธิบดีดำรงตำแหน่งเกิน ๒ วาระ และหากลาออกก่อนครบวาระ นายกรัฐมนตรีจะทำหน้าที่รักษาการในตำแหน่ง ๓ เดือนในช่วงที่มีการเตรียมเลือกตั้งประธานาธิบดี เยลต์ซินจึงเลือกวลาดีมีร์ ปูติน (Vladimir Putin)* เป็นนายกรัฐมนตรีเพื่อสืบทอดตำแหน่ง

 ปูตินเป็นคนซื่อสัตย์ สุขุม เอาจริงเอาจัง มีวินัยและเฉลียวฉลาด เขาสร้างชื่อให้ตนเองเมื่อเกิดเหตุการณ์วางระเบิดที่พักอาศัย ๔ แห่งในกรุงมอสโกในต้นเดือนกันยายน ค.ศ. ๑๙๙๙ ซึ่งมีผู้บาดเจ็บและเสียชีวิตมากกว่า ๒๐๐ คน ด้วยการดำเนินการปราบปรามอย่างเด็ดขาด ก่อนหน้านั้นไม่นานนักกลุ่มก่อการร้ายเชชเนียได้รุกเข้าไปยึดสาธารณรัฐดาเกสถาน (Republic of Dakestan) เพื่อจัดตั้งเป็นรัฐอิสลามแห่งคอเคซัสเหนือ แต่ประสบความล้มเหลวปูตินจึงประกาศว่าการก่อการร้ายที่เกิดขึ้นในกรุงมอสโกและเหตุการณ์ก่อนหน้านั้นเป็นฝีมือของกบฏเชชเนียซึ่งจำเป็นต้องกวาดล้างให้สิ้นซาก นโยบายแข็งกร้าวของปูตินจึงนำไปสู่สงครามเชชเนียครั้งที่ ๒แม้รัสเซียจะยึดกรุงกรอชนืยและจับผู้ต้องหาได้ในเวลาต่อมา แต่ทหารรัสเซียก็ไม่สามารถควบคุมสถานการณ์ได้ในปลาย ค.ศ. ๑๙๙๙ ชาวเชชเนียหลายแสนคนก็เริ่มละทิ้งถิ่นฐานมุ่งสู่สาธารณรัฐอิงกูเชเตีย (Ingushetia) ทางตะวันตกอย่างไรก็ตามความเด็ดเดี่ยวและเข้มแข็งของปูตินทำให้ประชาชนร้อยละ ๗๐ ชื่นชมเขาอย่างมาก และทำให้เยลต์ซินตัดสินใจลาออกจากตำแหน่งก่อนหมดวาระเมื่อวันที่ ๓ ธันวาคม ค.ศ. ๑๙๙๙

 ในช่วงสมัยเยลต์ซินสรุปได้ว่าความสำเร็จของเขา คือ การทำลายพรรคคอมมิวนิสต์ลงได้อย่างงดงามและเยลต์ซินสร้างชื่อให้ตนเองในฐานะนักปฏิรูปประชาธิปไตยที่ยิ่งใหญ่และเป็นผู้นำคนแรกของประเทศที่ได้รับเลือกจากประชาชนโดยตรง แต่สมัยของเยลต์ซินนับจากยุคสตาลินมาแล้วก็ได้ชื่อว่ามีการนองเลือดมากที่สุดในประวัติศาสตร์รัสเซียสมัยใหม่ ในวันเดียวกับที่เยลต์ซินลาออก ปูตินก็ลงนามในกฤษฎีกาให้สวัสดิการแก่อดีตประธานาธิบดีเกี่ยวกับบำนาญที่สูง ที่พักอาศัย ยานพาหนะ เจ้าหน้าที่รักษาความปลอดภัย และอื่น ๆ รวมทั้งยกเว้นความผิดทุกกรณีที่อดีตประธานาธิบดีและครอบครัวได้ก่อขึ้นสมัยดำรงตำแหน่ง ในเดือนมิถุนายน ค.ศ. ๒๐๐๐ ประธานาธิบดีปูตินยังมอบอิสริยาภรณ์สูงสุดของประเทศคือ Order Merit for the Fatherland First Degree แก่เยลต์ซินในฐานะที่เขาเปลี่ยนแปลงอนาคตของรัสเซียด้วยการช่วยยุบสหภาพโซเวียต

 หลังการลาออก เยลต์ซินพยายามไม่ทำตัวเป็นข่าว และใช้เวลาส่วนใหญ่เขียนหนังสืออัตชีวประวัติซึ่งต่อมาพิมพ์เผยแพร่เป็นชุดรวม ๓ เล่ม ในชื่อ Midnight Diaries อย่างไรก็ตาม ปัญหาสุขภาพซึ่งทำให้เขาต้องเข้าออกโรงพยาบาลบ่อยครั้งก็ทำให้สื่อมักนำเสนอข่าวเป็นระยะ ๆ ในเดือนกันยายน ค.ศ. ๒๐๐๕ เยลต์ซินเข้าผ่าตัดใหญ่ที่กรุงมอสโกและมีข่าวอาการทรุดหนัก แต่ในเวลาอันรวดเร็วเขาก็ทำให้ทุกคนหายกังวลด้วยการไปร่วมงานฉลองชัยชนะของทีมนักกีฬารัสเซียที่ได้ครองถ้วย “เดวิดคัพ” (David Cup) ค.ศ. ๒๐๐๖ โดยกระโดดโลดเต้นแสดงความยินดีกับนักกีฬา อย่างไรก็ตาม ในต้นเดือนเมษายน ค.ศ. ๒๐๐๗ เยลต์ซินล้มป่วยจากการติดเชื้อไวรัสหลังกลับจากการไปเยือนจอร์แดน และถูกนำตัวส่งโรงพยาบาลในกรุงมอสโกเมื่อวันที่๑๑เมษายนในวันจันทร์ที่๒๖เมษายนเยลต์ซินก็ถึงแก่อสัญกรรมด้วยอาการหัวใจล้มเหลวรวมอายุได้ ๗๖ ปี ข่าวอสัญกรรมของเขาสร้างความโศกเศร้าสะเทือนใจแก่ชาวรัสเซียจำนวนไม่น้อย เพราะไม่คาดคิดว่าเขาจะด่วนจากไปอย่างกะทันหันเช่นนี้รัฐบาลรัสเซียจัดงานรัฐพิธีให้เขาอย่างสมเกียรติเมื่อวันพุธที่ ๒๕ เมษายน และให้วันดังกล่าวเป็นวันไว้อาลัยทั่วประเทศ ร่างของเยลต์ซินถูกนำไปบรรจุที่สุสานโนโวเดวีชี (Novodevichy) ซึ่งเป็นสุสานที่บรรจุศพอดีตผู้นำและบุคคลที่มีชื่อเสียงหลายคนของอดีตสหภาพโซเวียต ประธานาธิบดีปูตินกล่าวสดุดีเขาว่าเป็นบุคคลสำคัญที่นำรัสเซียเข้าสู่ยุคสมัยใหม่ที่อำนาจเป็นของประชาชนอย่างแท้จริง ทั้งนำรัสเซียก้าวสู่ประชาคมโลก อดีตประธานาธิบดีคลินตันแห่งสหรัฐอเมริกาก็กล่าวว่าเยลต์ซินเป็นคนที่มีจุดยืนแข็งแกร่งต่อระบอบประชาธิปไตยและแน่วแน่มั่นคงในเรื่องใหญ่ ๆ เช่น สันติภาพ เสรีภาพ ความก้าวหน้า.