ชอง ชาก ซองแตร์เป็นนักกฎหมาย นักเศรษฐศาสตร์และนักการเมืองที่มีชื่อเสียงของลักเซมเบิร์ก เขาเป็นนายกรัฐมนตรีระหว่าง ค.ศ. ๑๙๘๔-๑๙๙๕ และดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลังระหว่าง ค.ศ. ๑๙๗๘-๑๙๘๙ รวมทั้งเป็นผู้แทนรัฐบาลลักเซมเบิร์กประจำกองทุนการเงินระหว่างประเทศหรือไอเอ็มเอฟ (International Monetary Fund-IMF)* และธนาคารโลก (World Bank) ระหว่าง ค.ศ. ๑๙๙๕-๑๙๙๙ ซองแตร์ดำรงตำแหน่งประธานคณะกรรมาธิการยุโรป (European Commission) ซึ่งเป็นองค์กรด้านการบริหารที่สำคัญที่สุดของสหภาพยุโรปหรืออียู (European Union-EU)* ในระหว่างที่ดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรีลักเซมเบิร์ก ซองแตร์มีบทบาทโดดเด่นในการประชุมระหว่างรัฐบาลชาติสมาชิกของสหภาพยุโรป (Intergovernmental Conference-IGC) เพื่อจัดทำกฎหมายยุโรปตลาดเดียวหรือเอสอีเอ (Single European Act-SEA)* ใน ค.ศ. ๑๙๘๕ รวมทั้งการประชุมเพื่อจัดทำสนธิสัญญามาสตริกต์ (Treaty of Maastricht)* ระหว่าง ค.ศ. ๑๙๙๐-๑๙๙๑ เมื่อเป็นประธานคณะกรรมาธิการยุโรปเขาก็มีผลงานที่สำคัญหลายเรื่อง แต่ใน ค.ศ. ๑๙๙๙ ซองแตร์และกรรมาธิการยุโรปต้องลาออกจากตำแหน่งทั้งคณะเนื่องจากถูกตรวจสอบในกรณีอื้อฉาวเกี่ยวกับความบกพร่องในการบริหารจัดการทางด้านงบประมาณในคณะกรรมาธิการยุโรป ซึ่งเป็นสาเหตุที่ทำให้เกิดการปฏิรูปคณะกรรมาธิการยุโรปครั้งใหญ่ในสมัยโรมาโน โปรดี (Romano Prodi)* ที่เข้าดำรงตำแหน่งต่อจากเขา

 ซองแตร์เกิดเมื่อวันที่ ๑๘ พฤษภาคม ค.ศ. ๑๙๓๗ ในครอบครัวคาทอลิกที่เคร่งครัดที่วาสเซอร์บิลลิง (Wasserbilling) เมืองชายแดนของลักเซมเบิร์กด้านที่ติดต่อกับเยอรมนีและอยู่ในจุดที่ใกล้กับฝรั่งเศสมาก ครอบครัวของเขาจึงมีความเป็นฝรั่งเศสค่อนข้างสูง ซองแตร์เข้ารับการศึกษาระดับประถมศึกษาและมัธยมศึกษาในลักเซมเบิร์ก โดยเริ่มเรียนภาษาฝรั่งเศสและเยอรมันตั้งแต่ระดับประถมศึกษาตามระบบการศึกษาภาคบังคับของลักเซมเบิร์ก นอกจากนี้ เขายังเรียนภาษาอังกฤษเพิ่มเติมในระดับมัธยมศึกษาด้วย ซองแตร์จึงสามารถใช้ภาษาต่าง ๆ ได้อย่างคล่องแคล่วถึง ๔ ภาษา คือ ภาษาอังกฤษ ฝรั่งเศส เยอรมัน และลักเซมเบิร์ก (Letzeburghis) หลังจบมัธยมศึกษาตอนปลายในลักเซมเบิร์กแล้ว เขาก็ไปศึกษาต่อระดับอุดมศึกษาในฝรั่งเศสตามธรรมเนียมของชาวลักเซมเบิร์กที่นิยมไปศึกษาต่อในฝรั่งเศสหรือเยอรมนี โดยศึกษาวิชากฎหมายในระดับปริญญาตรีที่มหาวิทยาลัยสตราสบูร์ก (Strasbourg) และต่อมาย้ายไปศึกษาวิชารัฐศาสตร์ เศรษฐศาสตร์ และกฎหมายที่มหาวิทยาลัยปารีสจนได้รับปริญญาเอก

 หลังสำเร็จการศึกษาในฝรั่งเศสแล้ว ซองแตร์ก็กลับมาประกอบอาชีพทนายความที่ลักเซมเบิร์ก โดยเริ่มจากการเป็นทนายผู้ช่วยในสำนักงานกฎหมายของโทนี บีเวอร์ (Tony Biever) ซึ่งเป็นสำนักงานกฎหมายที่มีชื่อเสียงแห่งหนึ่งของลักเซมเบิร์ก ในขณะเดียวกัน เขาก็เริ่มเข้าสู่ชีวิตทางการเมืองโดยสมัครเป็นสมาชิกพรรคขบวนการคาทอลิกหนุ่ม (Catholic Youth Movement) และใน ค.ศ. ๑๙๖๕ ก็ย้ายไปเป็นสมาชิกพรรคประชาชนสังคมคริสเตียน (Christian Social People’s Party ต่อมาเป็นพรรคการเมืองชั้นนำที่มีบทบาทโดดเด่นมากที่สุดของลักเซมเบิร์กในทศวรรษ ๑๙๗๐) การที่ซองแตร์เป็นคนหนุ่มที่มีการศึกษาดี เฉลียวฉลาด รอบรู้ และมีความสามารถสูงเขาจึงประสบความสำเร็จทางด้านการเมืองอย่างรวดเร็วโดยได้รับแต่งตั้งเป็นเลขานุการฝ่ายรัฐสภาของพรรคประชาชนสังคมคริสเตียนเป็นตำแหน่งแรกหลังเข้าเป็นสมาชิกพรรคนี้ไม่นาน และยังได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งอื่น ๆ ทั้งมีโอกาสเดินทางไปประเทศต่าง ๆ หลายครั้งทั้งในยุโรปและตะวันออกกลางในช่วง ค.ศ. ๑๙๖๖

 ใน ค.ศ. ๑๙๖๗ ซองแตร์ย้ายไปทำงานในคณะทำงานของรัฐมนตรีว่าการกระทรวงแรงงานและความมั่นคงทางสังคม และต่อมาก็ได้ดำรงตำแหน่งปลัดกระทรวงวัฒนธรรมและกิจกรรมทางสังคม เลขาธิการพรรค และหัวหน้าพรรคประชาชนสังคมคริสเตียนตามลำดับ ในทศวรรษ ๑๙๗๐ ขณะที่เขาเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรก็ได้รับแต่งตั้งเป็นสมาชิกรัฐสภายุโรป (European Parliament-EP) ในฐานะผู้แทนลักเซมเบิร์กด้วยเพราะในขณะนั้นยังไม่ได้มีการเลือกตั้งโดยตรง เขายังได้รับเลือกเป็นรองประธานรัฐสภายุโรประหว่าง ค.ศ. ๑๙๗๕-๑๙๗๗ ใน ค.ศ. ๑๙๗๘ ซองแตร์ได้รับแต่งตั้งเป็นรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลังและใน ค.ศ. ๑๙๘๔ เมื่อพรรคประชาชนสังคมคริสเตียนได้เป็นแกนนำจัดตั้งรัฐบาลผสมร่วมกับพรรคเดโมแครต (Democratic Party) และพรรคสังคมนิยม (Socialist Party) ซองแตร์ก็ได้เป็นนายกรัฐมนตรีและดำรงตำแหน่งนี้มาจน ค.ศ. ๑๙๙๕ พร้อมกับดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลังสืบต่อมาจนถึง ค.ศ. ๑๙๘๙ ด้วย เนื่องจากเขามีความเชี่ยวชาญในด้านการคลังของประเทศเป็นอย่างดี

 ซองแตร์เป็นนักยุโรปนิยมที่สนับสนุนกระบวนการรวมยุโรปมาแต่ต้น ในช่วงที่เขาเป็นนายกรัฐมนตรีเขามีบทบาทสำคัญและแสดงความสามารถในการแก้ไขปัญหาของสหภาพยุโรปในสมัยที่ยังคงมีสถานภาพเป็นประชาคมยุโรปหรืออีซี (European Community-EC)* หลายครั้ง เช่น ในครึ่งหลังของ ค.ศ. ๑๙๘๕ ในช่วงที่ลักเซมเบิร์กเป็นประธานคณะมนตรีแห่งประชาคมยุโรป (Council of Ministers of the EC) ซึ่งเป็นตำแหน่งประธานประชาคมยุโรป (Presidency) ด้วย ซองแตร์ทำหน้าที่เป็นประธานในการประชุมเจรจายกร่างกฎหมายยุโรปตลาดเดียว นอกจากความพยายามในการสร้างความประนีประนอมเพื่อให้ชาติสมาชิกได้รับผลประโยชน์จากการจัดตั้งตลาดเดียวแห่งยุโรป (Single European Market-SEM)* อย่างสมเหตุสมผลแล้ว เขายังมีบทบาทสำคัญที่มีส่วนผลักดันให้มีการขยายขอบเขตการใช้ระบบการออกเสียงข้างมากโดยมีเงื่อนไขหรือคิวเอ็มวี (Qualified Majority Voting-QMV) ในคณะมนตรีและบรรจุไว้ในสนธิสัญญาฉบับนี้ด้วย ซึ่งมีผลทำให้การใช้มติเอกฉันท์ (unanimity) ในกระบวนการตัดสินใจของประชาคมยุโรปตามที่กำหนดไว้ในการประนีประนอมแห่งลักเซมเบิร์ก (Luxembourg Compromise)* ที่ใช้กันมาตั้งแต่ ค.ศ. ๑๙๖๖ หลังเกิดวิกฤตการณ์ที่นั่งว่าง (Empty Chair Crisis) ในประชาคมยุโรปในครึ่งหลังของ ค.ศ. ๑๙๖๕ ลดความสำคัญลงไปมากจนเกือบถูกยกเลิกไปโดยปริยาย ทั้งยังทำให้คณะมนตรีแห่งประชาคมยุโรปซึ่งต่อมาคือคณะมนตรีแห่งสหภาพยุโรปมีอำนาจในกระบวนการตัดสินใจของประชาคมและสหภาพยุโรปมากขึ้น นอกจากนี้ ในการประชุมครั้งนั้นซองแตร์ยังมีบทบาทสำคัญในการเจรจาระหว่างรัฐบาลชาติสมาชิกเพื่อลดความขัดแย้งระหว่างกัน โดยเฉพาะในประเด็นปัญหาสำคัญ ๆ ทางด้านการเมือง เช่น การบรรจุความร่วมมือทางการเมืองยุโรปหรืออีพีซี (European Political Cooperation-EPC) ลงในร่างกฎหมายยุโรปตลาดเดียวเพื่อทำให้ระบบดังกล่าวมีกฎหมายรองรับ ซึ่งทำให้กฎหมายฉบับนี้มีมิติทางด้านการเมืองเพิ่มขึ้น นอกจากนี้ เขายังพยายามหาวิธีประนีประนอม จนทำให้ร่างสนธิสัญญาหรือกฎหมายจัดตั้งตลาดเดียวแห่งยุโรปผ่านการอนุมัติจากที่ประชุมสุดยอดยุโรปในปลายเดือนธันวาคม ค.ศ. ๑๙๘๕ และได้รับการลงนามที่กรุงลักเซมเบิร์กในเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ. ๑๙๘๖ โดยชาติสมาชิก ๙ ประเทศ ส่วนที่เหลืออีก ๓ ประเทศ ได้แก่ เดนมาร์ก กรีซ และอิตาลี ลงนามในเวลาต่อมาหลังผ่านกระบวนการแสดงประชามติเพื่อให้การยอมรับจากประชาชนในประเทศของตนแล้ว

 ในช่วง ๖ เดือนแรกของ ค.ศ. ๑๙๙๑ เมื่อลักเซมเบิร์กได้เป็นประธานประชาคมยุโรปอีกครั้ง ซองแตร์ก็เป็นผู้นำการประชุมระหว่างรัฐบาลชาติสมาชิกเพื่อยกร่างสนธิสัญญามาสตริกต์ซึ่งเริ่มตั้งแต่เดือนธันวาคม ค.ศ. ๑๙๙๐ โดยมีบทบาทสำคัญทั้งในการประชุมเพื่อจัดตั้งสหภาพเศรษฐกิจและการเงินยุโรปหรืออีเอ็มยู (Economic and Monetary Union-EMU)* และการประชุมเพื่อจัดตั้งสหภาพการเมือง (Political Union) ที่เกิดขึ้นควบคู่กัน ในการประชุมเพื่อจัดตั้งอีเอ็มยูนั้น เขาทำหน้าที่เป็นคนกลางจัดการประนีประนอมระหว่างชาติสมาชิก เพื่อทำให้แผนเดอลอร์ (Delors Plan) ซึ่งเป็นแผนจัดตั้งอีเอ็มยูดำเนินไปอย่างราบรื่น ส่วนในการประชุมเพื่อจัดตั้งสหภาพการเมือง เขาก็ได้ร่วมมือกับรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศลักเซมเบิร์กเสนอให้เปลี่ยนระบบความร่วมมือทางการเมืองยุโรปเป็นนโยบายร่วมด้านการต่างประเทศและความมั่นคงหรือซีเอฟเอสพี (Common Foreign and Security Policy-CFSP) และบรรจุไว้ในร่างสนธิสัญญามาสตริกต์ในลักษณะเสาหลัก (Pillar) หนึ่งของสหภาพยุโรปที่เป็นความร่วมมือระหว่างประเทศไม่ใช่สถาบันเหนือรัฐดังเช่นประชาคมยุโรปซึ่งเป็นเสาหลักที่ ๑ (First Pillar) เพื่อลดความขัดแย้งและหลีกเลี่ยงความระแวงสงสัยของชาติสมาชิกต่าง ๆ ในเรื่องการป้องกันยุโรปรวมทั้งปัญหาอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องกับเรื่องอธิปไตยของชาติที่อาจเกิดขึ้น ทำให้ปัญหาทางการเมืองในการยกร่างสนธิสัญญามาสตริกต์ผ่านไปได้ด้วยดีและมีโครงสร้างดังที่ปรากฏในปัจจุบัน นอกจากนี้ ซองแตร์ยังร่วมมือกับนายกรัฐมนตรีเฮลมุท โคล (Helmut Kohl)* แห่งสหพันธ์สาธารณรัฐเยอรมนีและฟรองซัว มิตแตร์รอง (François Mitterrand)* ประธานาธิบดีฝรั่งเศสในการแก้ไขปัญหาอื่น ๆ ในระหว่างการร่างสนธิสัญญาดังกล่าวอีกหลายประการความร่วมมือเหล่านี้ทำให้สนธิสัญญามาสตริกต์ได้รับอนุมัติจากที่ประชุมสุดยอดยุโรปในปลายเดือนธันวาคม ค.ศ. ๑๙๙๑ และได้รับการลงนามในเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ. ๑๙๙๒ ตามกำหนดเวลา หลังสนธิสัญญาฉบับนี้ได้รับการลงนามแล้วเขายังมีบทบาทสำคัญในการรณรงค์ให้ประชาชนชาวลักเซมเบิร์กยอมรับสนธิสัญญาโดยการแสดงประชามติใน ค.ศ. ๑๙๙๒ ซึ่งทำให้สนธิสัญญาฉบับนี้ผ่านการให้สัตยาบันในลักเซมเบิร์กด้วยดี

 ใน ค.ศ. ๑๙๙๔ ซองแตร์ได้รับการเสนอชื่อเป็นผู้สมัครรับเลือกตั้งเป็นประธานคณะกรรมาธิการยุโรปสืบต่อจากชาก เดอลอร์ (Jacques Delors)* ซึ่งจะหมดวาระการดำรงตำแหน่งในปลาย ค.ศ. ๑๙๙๔ การเสนอชื่อเขาเกิดขึ้นหลังจากที่จอห์น เมเจอร์ (John Major)* นายกรัฐมนตรีอังกฤษใช้สิทธิยับยั้งไม่ยอมรับการเสนอชื่อ ชอง-ลุก เดอเอน (Jean-Luc Deheane) นายกรัฐมนตรีเบลเยียมที่ฝรั่งเศสและเยอรมนีเป็นผู้เสนอต่อที่ประชุมสุดยอดยุโรปที่เกาะคอร์ฟู (Corfu) กรีซในเดือนมิถุนายน ค.ศ. ๑๙๙๔ เพราะเขาเห็นว่าเดอเอนเป็นนักสหพันธ์นิยมมากเกินไปซึ่งขัดต่อนโยบายหลักของอังกฤษที่มีต่อสหภาพยุโรป พร้อมกันนั้นเมเจอร์ก็ได้เสนอชื่อเซอร์เลออน บริตตัน (Leon Brittan) จากอังกฤษเป็นผู้สมัครเข้ารับเลือกตั้งเป็นประธานคณะกรรมาธิการยุโรปแทน แต่ต่อมาบริตตันถอนตัวเพราะแน่ใจว่าไม่มีประเทศใดสนับสนุนเขานอกจากอังกฤษ หลังจากนั้นรูด ลุบเบอส์ (Roud Lubbers) นายกรัฐมนตรีเนเธอร์แลนด์ที่สมัครเข้าแข่งขันรับเลือกตั้งต่อจากบริตตันก็ถอนตัวเช่นเดียวกัน เนื่องจากเกรงว่าจะถูกคัดค้านอย่างรุนแรงจากเยอรมนี ฉะนั้น ในการประชุมสุดยอดยุโรปวาระพิเศษที่กรุงบรัสเซลส์เมื่อวันที่ ๑๕ กรกฎาคม ค.ศ. ๑๙๙๔ เพื่อหาทางออกในเรื่องนี้ประเทศต่าง ๆ จึงได้ร่วมมือกันแก้ปัญหาโดยเสนอชื่อซองแตร์เข้ารับการเลือกตั้งตามเงื่อนไขที่ได้ระบุไว้ในมาตรา ๑๕๘.๒ (Article 158.2) ของสนธิสัญญาโรม (Treaty of Rome)* ฉบับ ค.ศ. ๑๙๕๗ เพื่อจัดตั้งประชาคมยุโรปที่กล่าวไว้ว่า รัฐบาลชาติสมาชิกมีสิทธิที่จะเสนอชื่อผู้เข้ารับเลือกตั้งเป็นประธานคณะกรรมาธิการยุโรปด้วยความเห็นพ้องร่วมกันได้ การที่ประเทศเหล่านี้เลือกซองแตร์เพราะเห็นว่าเขาเป็นผู้ที่เหมาะสมที่สุด เนื่องจากเขามีท่าทีที่ค่อนข้างประนีประนอม ไม่แข็งกร้าว และไม่ชอบมีปากเสียงกับผู้อื่นซึ่งเป็นบุคลิกที่ตรงข้ามกับเดอลอร์ ทั้งยังได้รับเสียงสนับสนุนจากผู้แทนประเทศภาคีสมาชิกส่วนใหญ่อย่างแข็งขันด้วย ในที่สุดซองแตร์ที่เคยกล่าวต่อสาธารณชนหลายครั้งทั้งก่อนและหลังการเข้ารับตำแหน่งว่าตำแหน่งประธานคณะกรรมาธิการยุโรปเป็นสิ่งที่เขาไม่เคยคาดหวังและไม่ต้องการจะเป็นก็ได้รับเลือกจากที่ประชุมสุดยอดยุโรปในครั้งนี้ และในวันที่ ๑๘ มกราคม ค.ศ. ๑๙๙๕ ซองแตร์และคณะกรรมาธิการชุดใหม่ทั้งคณะได้รับการอนุมัติเห็นชอบจากรัฐสภายุโรปตามที่กำหนดไว้ในสนธิสัญญามาสตริกต์เป็นครั้งแรกด้วยคะแนนเสียง ๒๖๐ ต่อ ๒๓๘ และงดออกเสียง ๒๓ เขาเข้ารับตำแหน่งประธานคณะกรรมาธิการยุโรปในวันที่ ๒๓ มกราคม ค.ศ. ๑๙๙๕

 ในฐานะประธานคณะกรรมาธิการยุโรปที่แม้จะมาจากประเทศเล็ก ๆ อย่างลักเซมเบิร์กแต่ซองแตร์ก็มีบทบาทสำคัญในด้านการพัฒนาสหภาพยุโรปหลายครั้ง เช่น ใน ค.ศ. ๑๙๙๖ เขาเป็นกำลังสำคัญที่ผลักดันให้เกิดการประชุมเอเชีย-ยุโรปหรืออาเซมครั้งที่ ๑ (The First of Asia-Europe Meeting-ASEM I)* ขึ้นเป็นครั้งแรกที่กรุงเทพมหานคร ประเทศไทย การประชุมอาเซมกลายเป็นเครื่องมือสำคัญที่ช่วยส่งเสริมความร่วมมือและความสัมพันธ์ระหว่างเอเชียกับสหภาพยุโรปให้กว้างขวางยิ่งขึ้นและเป็นการเปิดช่องทางให้ทั้ง ๒ กลุ่มได้มีโอกาสเจรจาระหว่างกันเป็นประจำอย่างเป็นระบบ การประชุมดังกล่าวจัดสืบต่อกันมาเป็นประจำทุก ๒ ปี โดยจัดสลับกันทั้งในเอเชียและยุโรปและในปีเดียวกันซองแตร์ยังมีบทบาทสำคัญที่จัดให้มีการประชุมระหว่างรัฐบาลชาติสมาชิกของสหภาพยุโรปเพื่อแก้ไขสนธิสัญญามาสตริกต์เป็นครั้งแรกตามเงื่อนไขที่ระบุไว้ในสนธิสัญญาฉบับนี้ ผลของการประชุมดังกล่าวคือสนธิสัญญาสำหรับยุโรป (Treaty for Europe) หรือสนธิสัญญาอัมสเตอร์ดัม (Treaty of Amsterdam) ที่ได้รับการลงนามใน ค.ศ. ๑๙๙๗ และมีผลบังคับใช้ใน ค.ศ. ๑๙๙๙ ความสำเร็จในการลงนามในสนธิสัญญาฉบับนี้ได้ช่วยปรับปรุงสาระสำคัญบางส่วนของสนธิสัญญามาสตริกต์ให้มีความรัดกุมยิ่งขึ้นแม้จะไม่ทั้งหมดก็ตาม ทั้งยังเป็นการวางพื้นฐานสำหรับการรองรับสมาชิกใหม่จากยุโรปกลางและยุโรปตะวันออกที่กำหนดจะรับเช้าสหภาพยุโรปภายในทศวรรษแรกของคริสต์ศตวรรษที่ ๒๑

 นอกจากนี้ ตั้งแต่ ค.ศ. ๑๙๙๖ ซองแตร์ยังเริ่มดำเนินการคัดเลือกกลุ่มประเทศผู้สมัครเป็นสมาชิกอียูจากยุโรปกลางและยุโรปตะวันออกที่มีความพร้อมให้เปิดการเจรจากับอียูได้ งานสำคัญอีกประการหนึ่งของคณะกรรมาธิการยุโรปที่มีซองแตร์เป็นประธานคือการเตรียมการเพื่อจัดตั้งเขตการใช้เงินยูโร (Eurozone) และเป็นผู้คัดเลือกชาติสมาชิก ๑๑ ประเทศแรกที่พร้อมจะเข้าร่วมในเขตการใช้เงินดังกล่าว รวมทั้งเป็นผู้ออกแบบเหรียญกษาปณ์และธนบัตรของเงินสกุลยูโร (Euro)* ซึ่งประกาศเปิดตัวในวันที่ ๑ มกราคม ค.ศ. ๑๙๙๙ นอกจากนี้ ซองแตร์ยังผลักดันให้มีการแก้ไขปัญหาทางสังคมหลายประการที่เกิดจากการดำเนินงานของตลาดเดียวแห่งยุโรปตามที่เดอลอร์ได้วางแผนไว้รวมทั้งการแก้ปัญหาการว่างงานในสหภาพยุโรปในขณะเดียวกัน เขาก็เริ่มจัดทำข้อเสนอเพื่อปฏิรูปนโยบายร่วมด้านการเกษตรหรือแคป (Common Agricultural Policy-CAP) และเริ่มดำเนินการปรับปรุงการทำงานในคณะกรรมาธิการยุโรปในบางส่วนด้วย ใน ค.ศ. ๑๙๙๘ ซองแตร์ยังเป็นกำลังสำคัญในการเตรียมการจัดประชุมเจรจาระหว่างรัฐบาลชาติสมาชิกสหภาพยุโรปเพื่อจัดทำสนธิสัญญานีช (Treaty of Nice) ซึ่งเปิดประชุมใน ค.ศ. ๒๐๐๐ และได้รับการลงนามใน ค.ศ. ๒๐๐๑ หลังเขา พ้นจากตำแหน่งแล้ว

 อย่างไรก็ดี ในเดือนธันวาคม ค.ศ. ๑๙๙๘ ซองแตร์ก็ประสบปัญหาในการทำงานซึ่งกลายเป็นวิกฤตการณ์ครั้งสำคัญในสหภาพยุโรป เนื่องจากเขาถูกรายงานจากศาลตรวจสอบบัญชีและการเงินยุโรป (European Court of Auditors) ว่าบริหารงานบกพร่อง ไม่เหมาะสม มีการเล่นพวกพ้อง และมีการฉ้อราษฎร์บังหลวงเกิดขึ้นในกรม (Directorate-General) บางกรมของคณะกรรมาธิการยุโรป ซึ่งในที่นี้ศาลตรวจสอบบัญชีและการเงินยุโรปหมายโดยเฉพาะถึงกรมที่เอดีท เกรซง (Edith Cresson) อดีตนายกรัฐมนตรีฝรั่งเศสซึ่งเป็นกรรมาธิการด้านการวิจัย การศึกษาและเยาวชนบังคับบัญชาอยู่ รายงานดังกล่าวทำให้รัฐสภายุโรปปฏิเสธการให้ความเห็นชอบงบดุลบัญชีของคณะกรรมาธิการยุโรปประจำปีงบประมาณ ๑๙๙๖ ดังนั้น เพื่อหลีกเลี่ยงการอภิปรายไม่ไว้วางใจในรัฐสภา ซองแตร์จึงยอมให้มีการแต่งตั้งคณะกรรมการอิสระซึ่งประกอบด้วยผู้เชี่ยวชาญจำนวน ๕ คนเพื่อทำการสอบสวนเรื่องนี้ หลังการสอบสวนเสร็จสิ้นภายในเวลา ๕ สัปดาห์ คณะกรรมการรายงานว่าการทำงานในกรมบางกรมของคณะกรรมาธิการยุโรปมีความบกพร่องจริงโดยเฉพาะเกรซงถูกคณะกรรมการวิพากษ์วิจารณ์อย่างหนักเกี่ยวกับการเล่นพวกพ้องและความไร้ประสิทธิภาพในการดำเนินงานฝึกอบรมทางด้านอาชีวศึกษาตามโครงการเลโอนาร์โด ดา วินชี (Leonardo da Vinci Programme) ของสหภาพยุโรป ส่วนกรรมาธิการคนอื่น ๆ ถูกวิจารณ์เพียงเล็กน้อย ในขณะที่ซองแตร์ถูกคณะกรรมการพิจารณาว่าขาดการตรวจสอบและควบคุมการทำงานของกรรมาธิการต่าง ๆ ที่เขารับผิดชอบอยู่อย่างเพียงพอและมีประสิทธิภาพ และแม้จะไม่พบว่ามีการฉ้อราษฎร์บังหลวงเกิดขึ้นจริงแต่การปิดท้ายข้อสรุปด้วยข้อความว่า “เป็นการยากยิ่งที่จะตรวจพบว่ามีผู้ใดผู้หนึ่งมีความรับผิดชอบแม้แต่เพียงน้อยนิด” ก็เป็นการโจมตีคณะกรรมาธิการยุโรปอย่างรุนแรงซึ่งมีผลกระทบอย่างมากต่อบุคลิกและความสามารถในการเป็นผู้นำของซองแตร์ทั้งยังมีผลต่อชื่อเสียงและประสิทธิภาพของคณะกรรมาธิการยุโรปในฐานะที่เป็นองค์กรบริหารงานสูงสุดของอียูด้วยอย่างไรก็ดี ซองแตร์และกรรมาธิการทั้งคณะรวม ๒๐ คนก็ได้ลาออกจากตำแหน่งในเย็นวันที่ ๑๕ มีนาคม ค.ศ. ๑๙๙๙ ซึ่งเป็นวันเดียวกันกับที่รายงานฉบับนี้ได้รับการตีพิมพ์เพื่อนำเสนอต่อรัฐสภายุโรป นับเป็นการสร้างประวัติศาสตร์ให้แก่สหภาพยุโรปที่มีการลาออกของคณะกรรมาธิการยุโรปทั้งคณะเป็นครั้งแรก

 เหตุการณ์ดังกล่าวทำให้สหภาพยุโรปอยู่ในฐานะวิกฤติ เนื่องจากเป็นช่วงเวลาที่กำลังต้องการสร้างความเชื่อถือเป็นอย่างมาก เพราะสหภาพยุโรปกำลังนำเงินยูโรออกมาใช้ตามกำหนดเวลาและกำลังเตรียมการเพื่อรับสมาชิกใหม่จากยุโรปกลางและยุโรปตะวันออกเป็นจำนวนถึงกว่า ๑๐ ประเทศ ทำให้ซองแตร์และเกรซงถูกวิพากษ์วิจารณ์อย่างหนักทั้งจากภายในและภายนอกคณะกรรมาธิการยุโรป ภายในคณะกรรมาธิการยุโรป ซองแตร์ถูกตำหนิจากกรรมาธิการหลายคนว่าเขาไม่สามารถบีบบังคับเกรซงให้ลาออกจากตำแหน่งก่อนหน้าการตั้งคณะกรรมการสอบสวนหรือแสดงความรับผิดชอบใด ๆ ต่อเรื่องนี้ได้ จนทำให้กรรมาธิการคนอื่น ๆ ผู้บริสุทธิ์ต้องลาออกทั้งคณะ เพราะรัฐสภายุโรปไม่มีอำนาจเปิดอภิปรายไม่ไว้วางใจกรรมาธิการเป็นรายบุคคลได้ ในขณะที่ผู้นำประเทศต่าง ๆ ที่เคยสนับสนุนการเข้าดำรงตำแหน่งของซองแตร์ต่างก็แสดงความผิดหวังอย่างเปิดเผย อย่างไรก็ดี อีก ๒ สัปดาห์ต่อมาที่ประชุมสุดยอดยุโรปที่กรุงเบอร์ลินก็ได้ลงมติเลือกโรมาโนโปรดี อดีตนายกรัฐมนตรีอิตาลีเข้าดำรงตำแหน่งประธานคณะกรรมาธิการยุโรปสืบต่อจากซองแตร์

 หลังพ้นจากตำแหน่งประธานคณะกรรมาธิการยุโรปแล้ว ซองแตร์ได้รับเลือกตั้งเป็นสมาชิกรัฐสภายุโรประหว่าง ค.ศ. ๑๙๙๙-๒๐๐๔ ต่อมาเขาได้รับแต่งตั้งเป็นกรรมการในคณะกรรมการบริหารของบริษัทเจเนอรัลเมดิเตอร์เรเนียนโฮลดิงส์ (General Mediterranean Holdings) ซึ่งเป็นบรรษัทการเงินขนาดใหญ่ที่ชาวอังกฤษกับอิรักเป็นเจ้าของร่วมกัน

 ในด้านชีวิตส่วนตัว ซองแตร์พบรักกับดานีแอล บีโน (Danièle Binot) ชาวฝรั่งเศสที่ทำงานในมหาวิทยาลัยในอิสราเอลเมื่อ ค.ศ. ๑๙๖๖ ในช่วงที่เขาเดินทางไปทำงานให้กับพรรคประชาชนสังคมคริสเตียน ทั้งสองเข้าสู่พิธีสมรสกันที่นั่นในปีเดียวกัน และมีบุตรด้วยกัน ๒ คน ในเวลาต่อมา คือ แพทริก (Patric) และเชโรม (Jérôme).