​​

     สาธารณรัฐมาซิโดเนียเป็นประเทศที่ไม่มีทางออกทะเล และเคยรวมอยู่ในสหพันธ์สาธารณรัฐสังคมนิยมยูโกสลาเวีย (Socialist Federal Republic ofYugoslavia) แต่ประกาศแยกตัวเป็นเอกราชใน ค.ศ. ๑๙๙๑ โดยยูโกสลาเวียไม่ได้ใช้กำลังทัพขัดขวางเหมือนกับการแยกตัวของสาธารณรัฐอื่น ๆ ใน ค.ศ. ๑๙๙๒มาซิโดเนียสมัครเข้าเป็นสมาชิกองค์การสหประชาชาติ (United Nations) โดยใช้ชื่อว่าสาธารณรัฐมาซิโดเนีย หรือเรียกย่อว่า รอม (Republic of Macedonia -ROM) แต่กรีซ คัดค้านด้วยข้ออ้างว่าชื่อดังกล่าวมีนัยถึงการอ้างสิทธิที่ครอบคลุมไปถึงดินแดนมาซิโดเนียส่วนที่อยู่ในกรีซ คณะมนตรีความมั่นคงแห่งสหประชาชาติจึงมีมติข้อที่ ๘๑๗ (๑๙๙๓) ให้ใช้ชื่อ “สาธารณรัฐมาซิโดเนียอดีตยูโกสลาเวีย”(FormerYugoslav Republic of Macedonia - FYROM) ในการกล่าวถึงมาซิโดเนียในสหประชาชาติจนกว่าประเทศทั้งสองจะตกลงกันได้ มาซิโดเนียเป็นประเทศสมาชิกสหประชาชาติลำดับที่ ๑๘๑ เมื่อวันที่ ๘ เมษายน ค.ศ. ๑๙๙๓
     มาซิโดเนียแต่เดิมเป็นที่อยู่อาศัยของชนเผ่าต่าง ๆ โดยเฉพาะพวกสลาฟใต้และในสมัยโบราณมีดินแดนครอบคลุมพื้นที่ส่วนใหญ่ของกรีซ ตอนเหนือและบัลแกเรีย ทางตะวันตกเฉียงใต้ ทำเลที่ตั้งมีความสำคัญทางยุทธศาสตร์เพราะเป็นเสมือนทางแยกที่เชื่อมระหว่างชายฝั่งทะเลเอเดรียติก (Adriatic) และทะเลอีเจียน(Aegean) กับช่องแคบบอสพอรัส (Bosporus) และแม่น้ำดานูบ (Danube)พวกพ่อค้าและชนชาติต่าง ๆ ที่มีอำนาจซึ่งมักเดินทางผ่านมาซิโดเนียไปมาระหว่างยุโรปกับเอเชียได้ฝากวัฒนธรรมและความเจริญในรูปแบบต่าง ๆ ไว้ มาซิโดเนียจึงพัฒนาเป็นศูนย์ความเจริญทางประวัติศาสตร์และวัฒนธรรมที่สำคัญแห่งหนึ่งโดยเฉพาะในสมัยที่พระเจ้าอะเล็กซานเดอร์มหาราช (Alexander the Great ๓๓๖-๓๒๓ ปีก่อนคริสต์ศักราช) เป็นกษัตริย์แห่งมาซิโดเนีย ทรงขยายอำนาจและอิทธิพลของราชอาณาจักรมาซิโดเนียเข้าไปในเอเชียไมเนอร์ อียิปต์ เมโสโปเตเมีย(Mesopotemia) เปอร์เซีย และบางส่วนของอินเดีย แต่หลังอะเล็กซานเดอร์สวรรคตมาซิโดเนียก็เริ่มเสื่อมอำนาจและดินแดนถูกแบ่งแยกระหว่างเหล่าแม่ทัพของอะเล็กซานเดอร์ซึ่งนำไปสู่การเกิดสงครามอย่างต่อเนื่องระหว่าง ๓๒๑-๓๐๑ ปีก่อนคริสต์ศักราช ต่อมาใน ๑๖๘ ปีก่อนคริสต์ศักราชก็ถูกโรมเข้ายึดครอง และใน ๑๔๘ปีก่อนคริสต์ศักราชก็กลายเป็นมณฑลหนึ่งของจักรวรรดิโรมัน
     หลังจักรวรรดิโรมันถูกแบ่งเป็น ๒ ส่วนในคริสต์ศตวรรษที่ ๔ คือ จักรวรรดิโรมันตะวันตก และจักรวรรดิโรมันตะวันออกหรือจักรวรรดิไบแซนไทน์ (Byzantine)มาซิโดเนียกลายเป็นดินแดนส่วนหนึ่งของจักรวรรดิไบแซนไทน์ ในระหว่างคริสต์ศตวรรษที่ ๖-๗ พวกสลาฟเริ่มอพยพเข้ามาตั้งถิ่นฐาน และนำไปสู่การทำสงครามแย่งชิงมาซิโดเนียระหว่างพวกเซิร์บ บัลการ์ (Bulgar) และไบแซนไทน์ซึ่งต่างผลัดเปลี่ยนกันยึดครองมาซิโดเนียจนถึงคริสต์ศตวรรษที่ ๑๔ ใน ค.ศ. ๑๓๗๑ มาซิโดเนียถูกผนวกเข้าเป็นส่วนหนึ่งของจักรวรรดิออตโตมัน (Ottoman Empire) หรือตุรกีซึ่งปกครองจนถึง ค.ศ. ๑๙๑๒ ตลอดช่วงเวลากว่า ๔๐๐ ปีที่ตกอยู่ใต้อำนาจของจักรวรรดิออตโตมัน พลเมืองมาซิโดเนียถูกบังคับให้มีิวถีชีวิตภายใต้กฎระเบียบอันเข้มงวดของพวกเติร์กและต้องเสียภาษีอย่างหนัก พลเมืองจำนวนไม่น้อยที่นับถือศาสนาคริสต์นิกายออร์ทอดอกซ์จึงหันมานับถือศาสนาอิสลาม ในช่วงเวลาไล่เลี่ยกันชาวเติร์กที่ตั้งถิ่นฐานในแอลเบเนียและอะนาโตเลีย (Anatolia) ก็เริ่มอพยพเข้ามาอยู่อาศัยในมาซิโดเนีย นอกจากนี้ ในปลายคริสต์ศตวรรษที่ ๑๕ พวกยิวที่ถูกขับไล่จากสเปน อันสืบเนื่องจากปัญหาศาสนาและการเมืองได้มาตั้งรกรากและค้าขายแข่งกับพวกกรีซ ที่ซาลอนิกา (Salonika) เมืองท่าทางตอนใต้เป็นจำนวนมากซึ่งมีส่วนทำให้ต่อมาซาลอนิกามีเอกลักษณ์ด้านสถาปัตยกรรมและศิลปะของยิวที่แตกต่างจากเมืองอื่น ๆ ของมาซิโดเนีย
     การตกอยู่ใต้การปกครองอันเข้มงวดของออตโตมันทำให้มาซิโดเนียเป็นดินแดนสุดท้ายในคาบสมุทรบอลข่านที่เคลื่อนไหวเพื่อเอกราช แนวความคิดชาตินิยมและการตื่นตัวทางการเมืองของปัญญาชนเริ่มก่อตัวขึ้นในกลางคริสต์ศตวรรษที่ ๑๙เมื่อมาซิโดเนียถูกดึงเข้าไปเกี่ยวข้องกับปัญหาในกรีซ จากการแยกวัดกรีกให้เป็นอิสระจากการควบคุมของเขตอัครบิดรแห่งคอนสแตนติโนเปิล (Patriarchate ofConstantinople) ซึ่งอยู่ใต้อิทธิพลของรัฐบาลออตโตมัน และการก่อกบฏของทหารกรีซ ต่อพระเจ้าออทโทที่ ๑ (Otto I) แห่งบาวาเรีย (Bavaria) ปัญหาการเมืองภายในกรีซ ทำให้ปัญญาชนมาซิโดเนียที่สนับสนุนการเคลื่อนไหวทางการเมืองดังกล่าวเริ่มตระหนักถึงสถานภาพของมาซิโดเนียและพยายามรวมตัวกันจัดตั้งขบวนการทางวัฒนธรรมเพื่อปลุกจิตสำนึกของประชาชนแต่ก็ประสบความสำเร็จไม่มากนัก
     เมื่อเกิดวิกฤตการณ์ปัญหาตะวันออก (Eastern Question) ใน ค.ศ. ๑๘๗๕อันสืบเนื่องจากการกบฏในบอสเนีย -เฮอร์เซโกวีนา (Bosnia-Herzegovina) ต่อต้านจักรวรรดิออตโตมัน วิกฤตการณ์ดังกล่าวได้นำไปสู่การเกิดสงครามรัสเซีย -ตุรกี(Russo-Turkish War ค.ศ. ๑๘๗๗-๑๘๗๘) เพราะรัสเซีย ซึ่งถือว่าตนเป็นผู้ปกป้องชนเผ่าสลาฟในคาบสมุทรบอลข่านได้เข้าแทรกแซงจนกลายเป็นสงคราม รัสเซีย เป็นฝ่ายชนะและร่วมลงนามในสนธิสัญญาซานสเตฟาโน (Treaty of San Stefano)กับตุรกีเมื่อวันที่ ๓ มีนาคม ค.ศ. ๑๘๗๘ สนธิสัญญาฉบับนี้เปิดโอกาสให้รัสเซีย เข้าไปมีอิทธิพลในดินแดนส่วนใหญ่ของคาบสมุทรบอลข่านและมีการจัดตั้งบัลแกเรีย เป็นรัฐเอกราชที่มีขนาดใหญ่ซึ่งอาณาเขตครอบคลุมตั้งแต่ทะเลอีเจียนจนถึงดินแดนของมาซิโดเนียเกือบทั้งหมดยกเว้นซาลอนิกา ประเทศมหาอำนาจอื่น ๆ ต่างต่อต้านสนธิสัญญาฉบับดังกล่าว และเรียกร้องให้มีการประชุมชาติมหาอำนาจในยุโรปเพื่อพิจารณาทบทวนสนธิสัญญาซานสเตฟาโน เจ้าชายออทโท ฟอน บิสมาร์ค(Otto von Bismarck) อัครมหาเสนาบดีเยอรมัน จึงโน้มน้าวรัสเซีย และประเทศมหาอำนาจยุโรปอื่น ๆ ให้เข้าร่วมการประชุมใหญ่แห่งเบอร์ลิน (Congress of Berlin)ระหว่างวันที่ ๑๓ มิถุนายนถึง ๑๓ กรกฎาคม ค.ศ. ๑๘๗๘ ผลการประชุมทำให้มีการยกเลิกสนธิสัญญาซานสเตฟาโน และจัดทำสนธิสัญญาฉบับใหม่คือ สนธิสัญญาเบอร์ลิน (Treaty of Berlin) ระหว่างรัสเซีย กับตุรกีตามสนธิสัญญาเบอร์ลิน ค.ศ.๑๘๗๘ มาซิโดเนียส่วนใหญ่ยกเว้นเมืองเทสซาโลนีกี(Thessaloniki) และคาบสมุทรแคลซิดิซี (Chalcidice) กลับไปอยู่ใต้การปกครองของตุรกีตามเดิม อย่างไรก็ตามบัลแกเรีย ก็ต่อต้านข้อตกลงใหม่ที่ประเทศมหาอำนาจร่วมกันกำหนด และยังคงอ้างสิทธิว่าเส้นเขตแดนที่ถูกต้องของตนคือเส้นเขตแดนที่ทำไว้ในสนธิสัญญาซานสเตฟาโน
     การต้องกลับไปอยู่ใต้การปกครองของตุรกีอีกครั้งมีส่วนผลักดันให้แนวความคิดชาตินิยม และการจะแยกตัวเป็นเอกราชในหมู่ประชาชนมีบทบาทและอิทธิพลมากขึ้นในสังคมจนนำไปสู่การจัดตั้งขบวนการปฏิวัติของปัญญาชนที่มีชื่อว่า“องค์การปฏิวัติภายในมาซิโดเนีย” (Internal Macedonian RevolutionaryOrganization - IMRO) ใน ค.ศ. ๑๘๙๓ แต่การแตกแยกทางความคิดในองค์การระหว่างกลุ่มที่ต้องการแยกตัวเป็นรัฐเอกราชกับกลุ่มที่ต้องการแยกตัวและรวมเข้ากับบัลแกเรีย ทำให้การเคลื่อนไหวต่อสู้ไม่เป็นเอกภาพ ขณะเดียวกันรัฐบาลกรีซ เซอร์เบีย และบัลแกเรีย ก็เข้าแทรกแซงเพื่อรักษาผลประโยชน์ของตนในมาซิโดเนียและต่างให้การสนับสนุนด้านกำลังอาวุธและการเงินเพื่อโน้มน้าวให้นักปฏิวัติมาซิโดเนียเข้าร่วมกับตน ต่อมาในกลาง ค.ศ. ๑๙๐๓ องค์การปฏิวัติภายในมาซิโดเนียได้ก่อการลุกฮือขึ้นตามเมืองต่าง ๆ ในวันที่ ๒ สิงหาคม ค.ศ. ๑๙๐๓ซึ่งตรงกับวันนักบุญอิไลอา (Eliah) หรือที่รู้จักกันทั่วไปในชื่ออิิลนเดน (Ilinden)แต่กองทัพตุรกีก็สามารถปราบปรามและควบคุมสถานการณ์ไว้ได้ภายในเวลาอันสั้นยกเว้นที่เมืองครู เชโว (Krushevo) องค์การปฏิวัติที่ปลดปล่อยเมืองครู เชโวได้จึงประกาศจัดตั้งสาธารณรัฐครูเชโวขึ้น และนับเป็นสาธารณรัฐแห่งแรกในคาบสมุทรบอลข่าน อย่างไรก็ตาม สาธารณรัฐที่จัดตั้งขึ้นก็มีอำนาจเพียง ๑๐ วันเท่านั้นคือระหว่างวันที่ ๒-๑๓ กันยายน ค.ศ. ๑๙๐๓ ในช่วงเวลาดังกล่าว มีการออกแถลงการณ์แห่งสาธารณรัฐ (Manifesto of the Republic) เรียกร้องให้ชาวมาซิโดเนียที่รักชาติรวมตัวกันต่อสู้เพื่อเสรีภาพ แถลงการณ์ฉบับนี้นับเป็นเอกสารการเมืองชิ้นสำคัญชิ้นแรกในคาบสมุทรบอลข่านที่ส่งเสริมระบอบประชาธิปไตย สิทธิมนุษยชนความเท่าเทียมกันของชนชาติต่าง ๆ และการมีขันติธรรมทางศาสนา นักประวัติศาสตร์มาซิโดเนียในเวลาต่อมาจึงมักกล่าวอ้างว่าการลุกฮือในวันอิิลนเดนเป็นการประกาศเอกราชครั้งแรกของมาซิโดเนีย รัฐบาลตุรกีได้ส่งกำลังทัพเข้าปราบปรามอย่างเด็ดขาด และนำครูเชโวกลับมาอยู่ใต้อำนาจอีกครั้งหนึ่ง
     เมื่อเกิดสงครามบอลข่าน (Balkan Wars) ครั้งแรกในเดือนตุลาคมค.ศ. ๑๙๑๒ ที่สืบเนื่องจากกลุ่มพันธมิตรสันนิบาตบอลข่าน (Balkan League)ประกอบด้วยบัลแกเรีย เซอร์เบีย และกรีซ โดยมีบัลแกเรีย เป็นแกนนำก่อสงครามกับตุรกีจนมีชัยชนะและสงครามสิ้นสุดลงในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. ๑๙๑๒ กลุ่มพันธมิตรสันนิบาตบอลข่านตกลงที่จะแบ่งดินแดนมาซิโดเนียระหว่างกัน โดยเฉพาะบัลแกเรีย ต้องการยึดครองเมืองซาลอนิกา แต่ปัญหาการแบ่งดินแดนที่ไม่ลงตัวทำให้บัลแกเรีย ไม่พอใจและก่อสงครามกับกลุ่มพันธมิตรสันนิบาตบอลข่านและกับมาซิโดเนียและตุรกีซึ่งนำไปสู่การเกิดสงครามบอลข่านครั้งที่ ๒ ในเดือนมิถุนายนค.ศ. ๑๙๑๓ บัลแกเรีย พ่ายแพ้อย่างยับเยินและต้องยอมลงนามในสนธิสัญญาบูคาเรสต์ (Treaty of Bucharest) ในเดือนสิงหาคม ค.ศ. ๑๙๑๓ โดยสูญเสียดินแดนมาซิโดเนียทางตอนกลางและทางใต้รวมกับเทรซให้แก่เซอร์เบีย และกรีซ ตามลำดับ และต้องยกมณฑลดอบรูจาใต้ (Southern Dobruja) ให้แก่โรมาเนีย ด้วย อย่างไรก็ตามหลังสงครามโลกครั้งที่ ๑ สิ้นสุดลง มาซิโดเนียซึ่งรวมอยู่กับเซอร์เบีย โดยมีชื่อเรียกว่า“เซอร์เบีย ใต้”(Južna Srbija - Southern Serbia) ได้เข้ารวมกับราชอาณาจักรเซิร์บโครแอต และสโลวีน (Kingdom of Serbs, Croats and Slovenes) ที่จัดตั้งขึ้นใหม่เมื่อวันที่ ๔ ธันวาคม ค.ศ. ๑๙๑๙ โดยมีพระเจ้าอะเล็กซานเดอร์ที่ ๑ (Alexander I)แห่งราชวงศ์คาราจอร์เจวิช (Karageorgević) ทรงเป็นประมุข
     ในต้นเดือนตุลาคม ค.ศ. ๑๙๒๙ พระเจ้าอะเล็กซานเดอร์ที่ ๑ ซึ่งเผชิญกับปัญหาความขัดแย้งภายในระหว่างชนชาติกลุ่มน้อยในราชอาณาจักร ทรงประกาศยกเลิกรัฐธรรมนูญและยุบสภาโดยหันมาปกครองด้วยระบบเผด็จการ มีการเปลี่ยนชื่อประเทศเป็นยูโกสลาเวีย (Yugoslavia) และแบ่งเขตการปกครองประเทศเป็น๙ จังหวัด เซอร์เบีย ใต้หรือมาซิโดเนียถูกรวมเข้าเป็นส่วนหนึ่งของจังหวัดวาร์ดาร์ (Vardar)
     ในระหว่างสงครามโลกครั้งที่ ๒ยูโกสลาเวียถูกกองกำลังกลุ่มอักษะ (AxisPowers) เข้ายึดครอง ดินแดนมาซิโดเนียถูกแบ่งระหว่างบัลแกเรีย กับแอลเบเนียซึ่งอยู่ใต้การควบคุมของอิตาลี การปกครองที่เข้มงวด ของฝ่ายอักษะมีส่วนผลักดันให้ชาวมาซิโดเนียที่รักชาติสนับสนุนกลุ่มแนวร่วมปลดปล่อยแห่งชาติ (NationalLiberation Front) ที่ยอซิป บรอซ หรือตีโต (Josip Broz; Tito) จัดตั้งขึ้นเพื่อต่อต้านนาซีทั้งยอมรับแผนการปฏิวัติของตีโตในการจะจัดตั้งระบอบสังคมนิยมขึ้นในยูโกสลาเวีย ใน ค.ศ. ๑๙๔๔ ตีโตประสบความสำเร็จในการปลดแอกดินแดนส่วนใหญ่ที่เยอรมนี ยึดครองและความสำเร็จดังกล่าวมีส่วนทำให้พรรคคอมมิวนิสต์ที่มีตีโตเป็นผู้นำได้อำนาจในการปกครองประเทศภายหลังสงครามสิ้นสุดลงยูโกสลาเวียจึงประกาศใช้รัฐธรรมนูญฉบับใหม่ใน ค.ศ. ๑๙๔๖ เปลี่ยนระบอบการปกครองเป็นสังคมนิยมโดยเรียกชื่อประเทศว่า สหพันธ์สาธารณรัฐ ประชาชนยูโกสลาเวีย(Peopleûs Republic of Yugoslavia) ซึ่งต่อมาใน ค.ศ. ๑๙๖๓ เปลี่ยนชื่อใหม่เป็นสหพันธ์สาธารณรัฐสังคมนิยมยูโกสลาเวีย (Socialist Federal Republic ofYugoslavia) มาซิโดเนียซึ่งเป็น ๑ ใน ๖ สาธารณรัฐในสหพันธ์มีชื่อเรียกเป็นทางการว่า สาธารณรัฐประชาชนมาซิโดเนีย (Peopleûs Republic of Macedonia)
     ในช่วงการปกครองของตีโต มาซิโดเนียพัฒนาก้าวหน้าอย่างรวดเร็วทางด้านอุตสาหกรรม และไม่มีปัญหาขัดแย้งทางเชื้อชาติภายในรัฐซึ่งแตกต่างจากสาธารณรัฐอื่น ๆ ที่รวมอยู่ในสหพันธ์ เนื่องจากรัฐบาลมาซิโดเนียได้ให้อิสระแก่ชนชาติส่วนน้อยด้านการปกครองตนเองและทางวัฒนธรรม นอกจากนี้ ประธานาธิบดีตีโตยังพยายามแก้ไขปัญหาความขัดแย้งระหว่างชนชาติต่าง ๆ ด้วยการแก้ไขรัฐธรรมนูญใน ค.ศ. ๑๙๗๔ ให้มีการหมุนเวียนกันรับตำแหน่งประธานาธิบดีของประเทศระหว่างสาธารณรัฐทั้ง ๖ แห่งและมณฑลอิสระอีก ๒ แห่งภายหลังที่เขาถึงแก่อสัญกรรมอย่างไรก็ตาม เมื่อเกิดการปฏิวัติค.ศ. ๑๙๘๙ (Revolutions of1989) ในประเทศยุโรปตะวันออก ซึ่งนำไปสู่การล่มสลายของระบอบคอมมิวนิสต์และการแยกตัวของประเทศยุโรปตะวันออกจากสหภาพโซเวียต มาซิโดเนียได้ใช้เงื่อนไขการเปลี่ยนแปลงทางการเมืองที่เกิดขึ้นแยกตัวออกจากยูโกสลาเวียเมื่อวันที่๘ กันยายน ค.ศ. ๑๙๙๑ ซึ่งวันดังกล่าวต่อมาถือเป็นวันเอกราช (Independence Day)ของทางราชการ ประธานาธิบดีสลอบอดัน มีโลเซวิช (Slobodan Milosevich)แห่งสาธารณรัฐเซอร์เบีย ซึ่งดำรงตำแหน่งประมุขของสหพันธ์สาธารณรัฐยูโกสลาเวียไม่ได้ใช้กำลังเข้าขัดขวางการแยกตัวของมาซิโดเนียเหมือนกับสาธารณรัฐอื่น ๆ ในเครือสหพันธ์เพราะกำลังเผชิญกับปัญหาการแยกตัวออกของบอสเนีย -เฮอร์เซโกวีนาและสงครามบอสเนีย (Bosnian War) ทั้งมาซิโดเนียมีพลเมืองชาวเซิร์บจำนวนน้อยการแยกตัวของมาซิโดเนียจึงราบรื่นและปราศจากการนองเลือด ในช่วงเวลาเดียวกันชาวมาซิโดเนียเชื้อสายแอลเบเนียซึ่งเป็นชนชาติส่วนน้อยก็ประกาศจัดตั้งพื้นที่ที่อยู่อาศัยในมาซิโดเนียเป็นสาธารณรัฐอิลลิเรีย (Republic of Illyria) ด้วยโดยยังคงรวมอยู่กับมาซิโดเนียดังเดิม
     หลังการประกาศเอกราชและเปลี่ยนชื่อประเทศเป็นสาธารณรัฐมาซิโดเนียมาซิโดเนียประกาศใช้รัฐธรรมนูญฉบับใหม่เมื่อวันที่ ๒๐ พฤศจิกายน ค.ศ. ๑๙๙๑โดยปกครองในระบอบประชาธิปไตยแบบรัฐสภา มีประธานาธิบดีซึ่งเลือกตั้งโดยตรงจากประชาชนและมีวาระดำรงตำแหน่ง ๕ ปี เป็นทั้งประมุขของประเทศและผู้บัญชาการกองทัพสูงสุด รวมทั้งประธานสภาความมั่นคงแห่งรัฐ ฝ่ายนิติบัญญัติเป็นระบบสภาเดียว (Unicameral Assembly) หรือที่เรียกว่า โซบรานี(Sobranie) มีสมาชิก ๑๒๐ คนซึ่งมาจากการเลือกตั้งโดยตรง ๘๕ คน และอีก ๓๕ คนมาจากการเลือกตั้งในระบบบัญชีรายชื่อของพรรคการเมือง มีวาระการดำรงตำแหน่ง ๔ ปีสมาชิกสภาจะเลือกนายกรัฐมนตรีซึ่งต้องได้เสียงข้างมากในสภามีวาระ ๔ ปี รัฐบาลที่บริหารประเทศมักเป็นรัฐบาลผสมหลายพรรค พรรคการเมืองใหญ่ที่สำคัญมี๓ พรรค คือ องค์การปฏิวัติภายในมาซิโดเนีย-พรรคประชาธิปไตยเพื่อความเป็นเอกภาพของชาติมาซิโดเนีย [Internal Macedonian Revolutionary Organization -Democratic Party for Macedonian National Unity (VMRO - DPME)]พรรคพันธมิตรสังคมประชาธิปไตยมาซิโดเนีย (Social Democratic Alliance ofMacedonian - SDSM) และพรรคประชาธิปไตยแห่งชาวแอลเบเนีย (DemocraticParty of Albanians - DPA) ซึ่งเป็นพรรคชนกลุ่มน้อยแอลเบเนีย ระหว่าง ค.ศ.๑๙๙๒-๑๙๙๙ คีโร กลีการอฟ (Kiro Gligarov) เป็นประธานาธิบดีของประเทศที่มีบทบาทสำคัญทำให้มาซิโดเนียมีเสถียรภาพทางการเมืองภายในที่มั่นคงโดยหลีกเลี่ยงการเข้าไปเกี่ยวกับสงครามกลางเมืองในยูโกสลาเวีย และวางพื้นฐานทางสังคมและเศรษฐกิจของประเทศให้เข้มแข็ง เพื่อให้สหภาพยุโรป (European Union)ยอมรับให้สมัครเป็นสมาชิกซึ่งก็ประสบความสำเร็จใน ค.ศ. ๒๐๐๕
     ใน ค.ศ. ๑๙๙๗ มาซิโดเนียสมัครเข้าเป็นสมาชิกองค์การสหประชาชาติแต่กรีซ คัดค้านการใช้ชื่อ “มาซิโดเนีย” โดยอ้างว่าชื่อดังกล่าวเป็นชื่อดินแดนทางตอนเหนือของกรีซ มาแต่สมัยโบราณ และต่อต้านการใช้ดาวมาซิโดเนียเป็นสัญลักษณ์ในธงชาติีสแดงของมาซิโดเนียด้วยข้ออ้างว่าเป็นตราสัญลักษณ์ของราชอาณาจักรมาซิโดเนียโบราณในกรีซ สหประชาชาติพยายามแก้ไขข้อพิพาทดังกล่าวและมีมติให้ใช้ชื่อ “สาธารณรัฐมาซิโดเนียอดีตยูโกสลาเวีย” ในการกล่าวถึงมาซิโดเนีย ในสหประชาชาติซึ่งทำให้ข้อขัดแย้งระหว่าง ๒ ประเทศยุติลงได้ชั่วคราว ใน ค.ศ. ๑๙๙๕กรีซ ยกเลิกการตัดความสัมพันธ์ทางการค้ากับมาซิโดเนีย และมีการทำความตกลงชั่วคราว (interim accord) ระหว่าง ๒ ประเทศยุติปัญหาการค้าในเดือนตุลาคมและเสริมสร้างความสัมพันธ์ทางการค้าและการทูตระหว่างกันให้มากขึ้น มาซิโดเนียก็ยอมเลิกใช้ดาวมาซิโดเนียในธงชาติโดยเปลี่ยนเป็นรูปดวงอาทิตย์กำลังทอแสงแทนหลังการลงนามในความตกลงกับกรีซ มาซิโดเนียก็เข้าเป็นสมาชิกองค์การระหว่างประเทศอื่น ๆ เช่น สภาแห่งยุโรป (Council of Europe)องค์การเพื่อความมั่นคงและร่วมมือกันในยุโรป (Organization for Security and Cooperation in Europe- USCE) และองค์การสนธิสัญญาป้องกันแอตแลนติกเหนือหรือนาโต (NorthAtlantic Treaty Organization - NATO) ในฐานะภาคีเพื่อสันติภาพ (Partnershipfor Peace - PfP)
     แม้มาซิโดเนียจะดำเนินนโยบายต่างประเทศด้วยการหลีกเลี่ยงที่จะเข้าไปมีส่วนเกี่ยวข้องกับปัญหาภายในของประเทศอื่น แต่ในกลางทศวรรษ ๑๙๙๐ เมื่อเกิดสงครามคอซอวอ (Kosovo) ที่สืบเนื่องจากพลเมืองเชื้อสายแอลเบเนียซึ่งเป็นประชากรส่วนใหญ่ในคอซอวอเคลื่อนไหวต่อต้านอำนาจของเซอร์เบีย และขับไล่ชาวเซิร์บซึ่งเป็นชนชาติกลุ่มน้อยออกจากคอซอวอ ประธานาธิบดีมีโลเซวิชแห่งเซอร์เบีย จึงปราบปรามพลเมืองคอซอวอเชื้อสายแอลเบเนียอย่างรุนแรงจนกลายเป็นสงครามล้างชาติพันธุ์ (ethnic cleansing) ผู้ีล้ภัยจากคอซอวอจำนวนมากจึงหนีภัยสงครามไปอาศัยอยู่ในมาซิโดเนียและประเทศใกล้เคียง ประมาณว่ามีผู้ีล้ภัยกว่า๓๖๐,๐๐๐ คน เข้ามาอาศัยในมาซิโดเนียซึ่งมีผลกระทบอย่างมากต่อโครงสร้างพื้นฐานทางสังคมอันเปราะบางของมาซิโดเนียอย่างไรก็ตาม การดำเนินงานของหน่วยช่วยเหลือผู้ีล้ภัยขององค์การสหประชาชาติและความพยายามของกลุ่มคอนแทกต์(Contact Group) ซึ่งประกอบด้วยสหรัฐอเมริกา อังกฤษ ฝรั่งเศส รัสเซีย และเยอรมนี ในการพยายามเจรจาปัญหาสันติภาพคอซอวอก็มีส่วนทำให้มาซิโดเนียสามารถแบกรับภาระผู้ีล้ภัยได้อย่างดี หลังสงครามคอซอวอยุติลงใน ค.ศ. ๑๙๙๙ผู้ีล้ภัยเชื้อสายแอลเบเนียก็อพยพกลับคอซอวอ บทบาทของมาซิโดเนียในการร่วมแก้ไขปั ญหาคอซอวอเพื่อสร้างความมั่นคงให้แก่ภูมิภาคในด้านผู้ีล้ภัยและการยอมให้องค์การนาโตจัดตั้งค่ายทหารของกองกำลังความมั่นคงคอซอวอ (KosovoStabilization Force - KFOR) ซึ่งประกอบด้วยประเทศสมาชิกนาโตและประเทศในยุโรปที่ไม่ใช่สมาชิกนาโตอีก ๑๒ ประเทศที่เมืองบลาตเซ (Blace) ชายแดนของประเทศที่เชื่อมต่อคอซอวอจึงมีส่วนสร้างเกียรติภูมิให้แก่ประเทศด้วย
     หลังสงครามคอซอวอสิ้นสุดลง มาซิโดเนียเผชิญกับปัญหาการเมืองภายในสืบเนื่องจากพวกแอลเบเนียหัวรุนแรงที่อยู่ในพื้นที่รอยต่อชายแดนคอซอวอกับมาซิโดเนียได้ลุกฮือด้วยกำลังอาวุธและปลุกปั่นพลเมืองมาซิโดเนียเชื้อสายแอลเบเนียให้แยกตัวเป็นอิสระ ฝ่ายกบฏได้จัดตั้งกองกำลังขึ้นที่เรียกว่า กองทัพปลดปล่อยแห่งชาติ (National Liberation Army) ทำสงครามจรยุทธ์และโจมตีกองกำลังของรัฐบาลทั้งเข้ายึดครองพื้นที่บางส่วนได้ สงครามขยายตัวไปยังพื้นที่ทางตอนเหนือและตะวันตกของประเทศระหว่างเดือนมีนาคมถึงมิถุนายน ค.ศ. ๒๐๐๑กองทัพนาโตได้เข้าแทรกแซงเพื่อสนับสนุนรัฐบาลมาซิโดเนียซึ่งมีส่วนทำให้สงครามยุติลงอย่างรวดเร็ว ในขณะเดียวกัน สหรัฐอเมริกาและสหภาพยุโรปก็ส่งผู้แทนมาช่วยเจรจาไกล่เกลี่ยระหว่างรัฐบาลมาซิโดเนียกับผู้นำทางการเมืองเชื้อสายแอลเบเนียซึ่งนำไปสู่การหยุดยิงของทั้ง ๒ ฝ่ายในเดือนกรกฎาคม ค.ศ. ๒๐๐๑ต่อมาในเดือนตุลาคมมีการลงนามร่วมกันที่ทะเลสาบโอครีด (Ohrid) ระหว่างผู้แทนของ ๔พรรคการเมืองกับประธานาธิบดีโดยมีคณะผู้ช่วยเจรจาจากสหรัฐอเมริกาและสหภาพยุโรปรวมทั้งผู้แทนของนาโตและโอเอสซีอีเป็นประจักษ์พยานในการลงนามในความตกลงกรอบโอครีด (Ohrid Framework Agreement - OFA) ค.ศ. ๒๐๐๑
     ความตกลงกรอบโอครีดกำหนดให้มีการแก้ไขรัฐธรรมนูญและกฎหมาย เพื่อให้อำนาจอธิปไตยทางการเมืองและสิทธิพลเรือนของชนชาติส่วนน้อยให้มากขึ้นกองทัพปลดปล่อยแห่งชาติยอมปลดอาวุธและส่งมอบอาวุธทั้งหมดให้แก่กองกำลังนาโต พลเมืองมาซิโดเนียเชื้อสายแอลเบเนียจะไม่แยกตัวออกจากสาธารณรัฐและยอมรับรูปแบบของการปกครองที่ดำรงอยู่ หลังความตกลงดังกล่าว มีการปรับคณะรัฐบาลชุดใหม่โดยกลุ่มการเมืองฝ่ายค้านได้เข้าร่วมในคณะรัฐบาลมากขึ้นต่อมาในการเลือกตั้งทั่วไปในเดือนกันยายน ค.ศ. ๒๐๐๒ บรางคอ ซรเวนคอฟสกี(Branko Crvenkovski) ได้รับเลือกเป็นนายกรัฐมนตรีและจัดตั้งรัฐบาลผสม และต่อมาในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. ๒๐๐๔ เขาได้รับเลือกเป็นประธานาธิบดีโดยมีฮารีคอสตอฟ (Hari Kostov) ผู้นำพรรคการเมืองชนชาติกลุ่มน้อยซึ่งเคยดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทยได้เป็นนายกรัฐมนตรีในเดือนมิถุนายนค.ศ. ๒๐๐๔ ต่อมาในเดือนสิงหาคม รัฐสภามาซิโดเนียก็ออกกฎหมายกำหนดเขตพื้นที่ภายในประเทศใหม่และให้อำนาจการปกครองตนเองมากขึ้นในพื้นที่ที่มีพลเมืองมาซิโดเนียเชื้อสายแอลเบเนียอาศัยอยู่เป็นจำนวนมาก
     ในต้น ค.ศ. ๒๐๐๔ มาซิโดเนียสมัครเข้าเป็นสมาชิกของสหภาพยุโรป และแม้จะได้รับการยอมรับให้สมัครเข้าเป็นสมาชิกได้ เมื่อวันที่ ๑๗ ธันวาคม ค.ศ. ๒๐๐๕แต่ก็ยังไม่ได้รับคำมั่นสัญญาว่าการพิจารณาอย่างเป็นทางการจะเริ่มขึ้นเมื่อใดซึ่งคาดการณ์ว่าคงจะเริ่มใน ค.ศ. ๒๐๑๒ ปัญหาสำคัญของมาซิโดเนียที่เป็นอุปสรรคในการเข้าเป็นสมาชิกคือ เรื่องความสัมพันธ์กับประเทศเพื่อนบ้านและระบบศาลและตำรวจ รวมทั้งมาตรฐานความเป็นอยู่และอัตราการเจริญเติบโตทางเศรษฐกิจของประเทศซึ่งต่ำกว่าประเทศสมาชิกส่วนใหญ่ของสหภาพยุโรป อัตราการว่างงานสูงและการลงทุนของต่างประเทศต่ำอย่างไรก็ตาม มาซิโดเนียก็ถือว่าการมีโอกาสได้สมัครเข้าเป็นสมาชิกสหภาพยุโรปเป็นความสำเร็จอย่างมากของประเทศ นายกรัฐมนตรีวลาโด บุชคอฟสกี (Vlado Bucˇkovski) กล่าวว่า “ในที่สุดมาซิโดเนียได้ออกจากถนนที่ปูด้วยก้อนหินของบอลข่านเข้าสู่ไฮเวย์ที่มุ่งหน้าสู่ยุโรป” นอกจากนี้ใน ค.ศ. ๒๐๐๖ มาซิโดเนียได้เข้าเป็นสมาชิกอันดับ ๔ ของกลุ่มความตกลงการค้าเสรียุโรปกลาง (Central European Free Trade Agreement - EFTA) ซึ่งสมาชิกเดิมประกอบด้วย โครเอเชีย บัลแกเรีย และโรมาเนีย และประมาณว่าใน ค.ศ. ๒๐๐๘มาซิโดเนียก็ยังมีโอกาสที่จะได้รับการพิจารณาเข้าเป็นสมาชิกขององค์การนาโตด้วย.