สาธารณรัฐลิทัวเนียเป็นประเทศที่มีขนาดใหญ่ที่สุดในกลุ่มรัฐบอลติก(Baltic States) ซึ่งมีสาธารณรัฐเอสโตเนีย (Republic of Estonia) และสาธารณรัฐลัตเวีย (Republic of Latvia) รวมอยู่ด้วย ลิทัวเนียเข้ารวมทางการเมืองกับโปแลนด์ ในค.ศ. ๑๕๖๙ โดยเรียกชื่อว่า เครือจักรภพสองชาติ(Commonwealth of the TwoNations) หรือที่เรียกกันทั่วไปว่า เครือจักรภพโปแลนด์ -ลิทัวเนีย (Polish-LithuanianCommonwealth) แม้ิลทัวเนียจะรวมอยู่กับโปแลนด์ เป็นเวลาเกือบ ๓ศตวรรษ แต่ก็มีอำนาจอธิปไตยของตนเองในฐานะเป็นแกรนด์ดัชชีแห่งลิทัวเนีย (Grand Duchyof Lithunia) มีกฎหมาย กองทัพ และการคลังของตนเอง ต่อมา เมื่อรัสเซีย ออสเตรีย และปรัสเซีย ร่วมมือกันแบ่งดินแดนโปแลนด์ ใน ค.ศ. ๑๗๗๒, ๑๗๙๓ (เฉพาะรัสเซีย กับปรัสเซีย ) และ ค.ศ. ๑๗๙๕ โดยรัสเซีย ได้ครอบครองดินแดนส่วนใหญ่ของลิทัวเนียซึ่งรวมทั้งเมืองวิลนีอุส (Vilnius) ซึ่งเป็นเมืองใหญ่ที่สุดและมีประชากรถึง ๒๕,๐๐๐คน ลิทัวเนียจึงสูญเสียเอกราชเป็นเวลากว่า ๑๐๐ ปี เมื่อเกิดการปฏิวัติเดือนตุลาคม(October Revolution) ค.ศ. ๑๙๑๗ ในรัสเซีย ซึ่งทำให้ราชวงศ์โรมานอฟ (Romanov)สิ้นสุดอำนาจและรัสเซีย เปลี่ยนการปกครองเป็นระบอบสังคมนิยม ลิทัวเนียจึงเห็นเป็นโอกาสเคลื่อนไหวเพื่อเอกราชได้สำเร็จใน ค.ศ. ๑๙๑๘ แต่ในตอนปลายสงครามโลกครั้งที่ ๒ สหภาพโซเวียตใช้กำลังผนวกิลทัวเนียเข้าเป็นดินแดนส่วนหนึ่งของประเทศตั้งแต่ ค.ศ. ๑๙๔๔-๑๙๙๐ โดยเรียกว่าสาธารณรัฐสังคมนิยมโซเวียตลิทัวเนีย (Lithuania Soviet Socialist Republic)
     ลิทัวเนียเคยเป็นที่อยู่อาศัยของชนพื้นเมืองโบราณที่มีชื่อเรียกว่าบอลต์(Balts) ประมาณ ๓,๐๐๐ปีก่อนคริสต์ศักราช บรรพบุรุษของชาวลิทัวเนียซึ่งเป็นพวกบอลติกเชื้อสายอินโด-ยูโรเปียนได้อพยพเข้ามาตั้งถิ่นฐาน และทำการค้าขายอำพันกับพวกโรมัน ลิทัวเนียจัดตั้งเป็นชาติขึ้นใน ค.ศ. ๑๐๐๙ โดยมีหลักฐานที่เป็นลายลักษณ์อักษรจากจารึกของโบสถ์เควดลินบูร์ก (Quedlinburg) ในคริสต์ศตวรรษที่ ๑๑ ลิทัวเนียเป็นดินแดนที่ขึ้นต่ออาณาจักรเคียฟ (Kiev Rus) ของชาวรัสเซีย แต่ในคริสต์ศตวรรษที่ ๑๒ เมื่อเคียฟเกิดปัญหาแตกแยกภายใน ลิทัวเนียจึงเห็นเป็นโอกาสแยกตัวออกจากเคียฟและเริ่มขยายดินแดนออกไปยังพื้นที่ใกล้เคียง ในกลางคริสต์ศตวรรษที่ ๑๓ มินเดากาส (Mindaugas) ขุนนางท้องถิ่นที่เข้มแข็งได้รวมดินแดนลิทัวเนียเข้าด้วยกันจัดตั้งเป็นแกรนด์ดัชชีแห่งลิทัวเนีย และสถาปนาตนเป็นกษัตริย์ใน ค.ศ. ๑๒๕๓ และหันมานับถือคริสต์ศาสนา แต่เมื่อสวรรคตลิทัวเนียก็แตกแยกอีกครั้งหนึ่งและเลิกนับถือคริสต์ศาสนา ในคริสต์ศตวรรษที่ ๑๔ เกไดมินาส(Gediminas) ซึ่งได้เป็นกษัตริย์ปกครองลิทัวเนียใน ค.ศ. ๑๓๑๕ ทรงผูกมิตรกับพวกเยอรมันและขยายอำนาจเข้าไปครอบครองยู เครน (Ukraine) และเบลารุส (Belarus) ซึ่งทำให้ลิทัวเนียมีอาณาเขตกว้างใหญ่ตั้งแต่ทะเลบอลติกจดทะเลดำเกไดมินาสได้สร้างความสัมพันธ์กับชนชาติยุโรปตะวันตกอื่น ๆ เพื่อให้ลิทัวเนียเป็นที่ยอมรับในชาติตะวันตกพระองค์สนับสนุนให้พ่อค้า ช่างฝีมือศิลปินและชาวตะวันตกอาชีพต่าง ๆ เข้ามาตั้งถิ่นฐานในลิทัวเนีย รวมทั้งเข้าเป็นสมาชิกสันนิบาตฮันซา(Hanseatic League) ของกลุ่มพ่อค้าเยอรมันตอนเหนือ ใน ค.ศ. ๑๓๒๓ ทรงสร้างเมืองใหม่ขึ้นรอบ ๆ ปราสาทของพระองค์ซึ่งกลายเป็นเมืองหลวงชื่อวิลนีอุส และเป็นศูนย์กลางด้านวัฒนธรรมที่สำคัญที่สุดในแถบบอลติก
     หลังเกไดมินาสสวรรคต ลิทัวเนียถูกแบ่งให้แก่พระราชโอรสรวม ๗พระองค์แต่ปัญหาการแย่งชิงราชสมบัติทำให้ลิทัวเนียในท้ายที่สุดถูกแบ่งเป็น ๒ ส่วนระหว่างเจ้าชายอัลกิร์ดาส (Algirdas) กับเจ้าชายเคสทูทิส (Kestutis) ใน ค.ศ. ๑๓๗๗เมื่ออัลกิร์ดาสสิ้นพระชนม์และเจ้าชายโยไกดา (Jogaida)พระราชโอรสได้ขึ้นครองบัลลังก์ทรงถูกพระปิตุลาเคสทูทิสแย่งชิงบัลลังก์ได้ใน ค.ศ. ๑๓๘๑อย่างไรก็ตามในค.ศ. ๑๓๘๒ โยไกดาทรงยึดอำนาจคืนได้และทรงจำคุกพระปิตุลาตลอดพระชนม์ชีพใน ค.ศ. ๑๓๘๕ โยไกดาทรงยอมรับข้อเสนอของราชอาณาจักรโปแลนด์ เพื่ออภิเษกสมรสกับสมเด็จพระราชินีนาถยาดวีกา (Jadwiga) ราชินีองค์ใหม่ ซึ่งมีพระชันษาเพียง๑๑ ปีของโปแลนด์ โดยพระองค์ต้องเปลี่ยนศาสนาจากรัสเซีย ออร์ทอดอกซ์ตามพระราชมารดามาเป็นศาสนาคริสต์นิกายโรมันคาทอลิกและให้พลเมืองลิทัวเนียเปลี่ยนศาสนาด้วย ความตกลงดังกล่าวนับเป็นจุดหัวเลี้ยวหัวต่อที่สำคัญทางการเมืองของลิทัวเนีย เพราะต่อมาทำให้ลิทัวเนียเข้ารวมกับชาติยุโรปตะวันตกที่เป็นคาทอลิกแทนที่จะรวมกับชาติยุโรปตะวันออกที่เป็นนิกายออร์ทอดอกซ์ และเป็นจุดเริ่มต้นของการแผ่อิทธิพลของโปแลนด์ ในลิทัวเนีย อย่างไรก็ตาม ีชิวตคู่ของสองพระองค์ก็ไม่ราบรื่น เพราะพระมเหสีทรงเกลียดชังพระสวามีซึ่งมีพระชนมายุมากกว่า ๒๐ ปี และทรงหาทางออกด้วยการหมกมุ่นกับงานการกุศล พระนางสิ้นพระชนม์หลังมีพระประสู ติการพระราชธิดาซึ่งสิ้นพระชนม์ลงด้วยสมเด็จพระราชินีนาถยาดวีกาทรงมอบทรัพย์ส่วนพระองค์ให้ก่อตั้งสถาบันการศึกษาซึ่งต่อมาคือมหาวิทยาลัยโยไกล์เลียน (Jogaillian) ที่มีชื่อเสียง
     อย่างไรก็ดี โยไกดาก็ทรงสามารถรักษาสถานภาพกษัตริย์แห่งโปแลนด์ ได้และเฉลิมพระนามว่าวลาดิสลาฟ ยักเยลโล (Wladislav Jagiello) เมื่อวันที่ ๒กุมภาพันธ์ ค.ศ. ๑๓๘๖ ในปี เดียวกันพระองค์ก็บังคับให้พลเมืองลิทัวเนียเปลี่ยนจากการนับถือรูปเคารพและสิ่งศักดิ์สิทธิ์ ในธรรมชาติมาเป็นคริสต์ศาสนานิกายโรมันคาทอลิกตามสัญญาที่เคยให้ไว้กับโปแลนด์ ลิทัวเนียจึงได้ชื่อว่าเป็นชนชาติป่าเถื่อนสุดท้ายในทวีปยุโรปที่หันมายอมรับคริสต์ศาสนา ขณะเดียวกันก็ทรงให้ีวเทาทัส(Vytautas)พระญาติดำรงตำแหน่งแกรนด์ดุ็กลิทัวเนีย (ค.ศ. ๑๓๙๒-๑๔๓๐) การที่โปแลนด์ กับลิทัวเนียมีศัตรูร่วมกันคือพวกเยอรมันทิวทอนิก วลาดิสลาฟและวีเทาทัสจึงผนึกกำลังของชาวโปลและลิทัวเนียทำสงครามกับพวกมองโกลและเยอรมันทิวทอนิกจนมีชัยชนะอย่างเด็ดขาดในยุทธการที่ซัลกิิรส (Zalgiris) หรือแทนเนนเบิร์ก(Tannenberg) ใน ค.ศ. ๑๔๑๐ หลังยุทธการครั้งนี้ีวเทาทัสพยายามเคลื่อนไหวที่จะเป็นอิสระทางการทูตและการเมืองจากโปแลนด์ รวมทั้งสถาปนาพระองค์ขึ้นเป็นประมุขของลิทัวเนีย จักรพรรดิซิกิสมุนด์ (Sigismund ค.ศ. ๑๔๑๐-๑๔๓๗) แห่งราชวงศ์ลักเซมเบิร์ก ทรงสนับสนุนพระองค์ แต่ประสบความล้มเหลวเพราะขุนนางโปแลนด์ และสันตะปาปามาร์ตินที่ ๕ (Martin V) ต่อต้าน อย่างไรก็ตาม การเคลื่อนไหวเพื่อเอกราชของวีเทาทัสทำให้พระองค์ได้รับการยกย่องให้เป็นมหาราชในเวลาต่อมาและนักชาตินิยมชาวลิทัวเนียในคริสต์ศตวรรษที่ ๑๙ ถือว่าพระองค์เป็นวีรบุรุษคนสำคัญของชาติที่จุดประกายของการสร้างสำนึกของความเป็นชาติให้เกิดขึ้นในประวัติศาสตร์ลิทัวเนีย
     ในคริสต์ศตวรรษที่ ๑๖ ในรัชสมัยพระเจ้าอีวานที่ ๓ (Ivan III ค.ศ. ๑๔๖๒-๑๕๐๕) หรือซาร์อีวานมหาราช (Ivan the Great) นครมอสโกได้ประกาศตนเป็นเอกราชจากมองโกลและรวมนครอื่น ๆ เข้ากับมอสโกจัดตั้งเป็นอาณาจักรมัสโควี(Moscovy) ขึ้นอาณาจักรมัสโควีเริ่มขยายอำนาจและดินแดนเข้าไปในยุโรปตะวันออกและบริเวณรอบคาบสมุทรไครเมียในกลางคริสต์ศตวรรษที่ ๑๖ การขยายอำนาจดังกล่าวจึงคุกคามความมั่นคงของโปแลนด์ และลิทัวเนีย ใน ค.ศ. ๑๕๖๙ โปแลนด์ และลิทัวเนียทำข้อตกลงทางการเมืองในสนธิสัญญาสหภาพแห่งลูบิน (Treaty Unionof Lubin) จัดตั้งการปกครองแบบสหพันธรัฐที่เรียกว่าเครือจักรภพสองชาติหรือเครือจักรภพโปแลนด์ -ลิทัวเนียขึ้น โดยถือว่าราชอาณาจักรโปแลนด์ และแกรนด์ดัชชีลิทัวเนียเป็นชาติและรัฐเดียวกันและมีคราคูฟ (Kraków) เป็นเมืองหลวง แต่ิลทัวเนียยังคงสถานภาพเป็นแกรนด์ดัชชีิลทัวเนีย และมีอำนาจการปกครองตนเอง เบลารุส ซึ่งอยู่ใต้อำนาจของลิทัวเนียพยายามขัดขวางการรวมตัวดังกล่าวเพราะหวาดกลัวว่าโปแลนด์ จะเข้ามามีอำนาจและอิทธิพลในเบลารุส แต่ก็ประสบความล้มเหลว ในช่วงการรวมตัวเป็นเครือจักรภพกว่า ๒๐๐ ปี ขุนนางและชนชั้นสูงลิทัวเนียต่างถูกหลอมกลืนเข้ากับสังคมและวัฒนธรรมโปแลนด์ จนไม่ใส่ใจต่อภาษาและวัฒนธรรมลิทัวเนียในขณะที่ชาวนาซึ่งเป็นพลเมืองส่วนใหญ่ยังคงยึดมั่นในจารีตประเพณีและวัฒนธรรมเดิมอย่างเหนียวแน่นทั้งปฏิเสธที่จะใช้ภาษาโปแลนด์ ด้วย อย่างไรก็ตามในต้นคริสต์ศตวรรษที่ ๑๘ ลิทัวเนียซึ่งเผชิญปัญหาการเมืองภายในและความอ่อนแอของผู้ปกครองจึงถูกโปแลนด์ ผนวกเข้าเป็นดินแดนส่วนหนึ่งของตนในที่สุด
     ในกลางคริสต์ศตวรรษที่ ๑๘ เมื่อพระเจ้าออกัสตัสที่ ๓ (Augustus III) แห่งโปแลนด์ เสด็จสวรรคตใน ค.ศ. ๑๗๖๓ และจำเป็นต้องเลือกกษัตริย์พระองค์ใหม่ซารีนาแคเทอรีนที่ ๒ หรือแคเทอรีนมหาราช (Catherine the Great ค.ศ. ๑๗๖๒-๑๗๙๖) แห่งรัสเซีย จึงเห็นเป็นโอกาสเข้าแทรกแซงโดยสนับสนุนเจ้าชายสตานีสลาฟปอเนียตอฟสกี(Stanislaw Poniatowsky) ซึ่งเป็นชู้รักคนหนึ่งของพระนางให้ได้รับเลือกเป็นกษัตริย์แห่งโปแลนด์ พระนางยังดำเนินนโยบายตามแนวทางของซาร์ปีเตอร์มหาราช (Peter the Great ค.ศ. ๑๖๘๒-๑๗๒๕)ด้วยการขยายพรมแดนเข้าไปในโปแลนด์ และจักรวรรดิออตโตมัน (Ottoman Empire) หรือตุรกีซารีนาแคเทอรีนทรงเชิญปรัสเซีย และออสเตรีย ให้มีส่วนร่วมในการแบ่งดินแดนโปแลนด์ ใน ค.ศ.๑๗๗๒, ๑๗๙๓ และ ค.ศ. ๑๗๙๕ ในการแบ่งดินแดนโปแลนด์ ครั้งที่ ๒ ระหว่างปรัสเซีย กับรัสเซีย ใน ค.ศ. ๑๗๙๓ รัสเซีย ได้ดินแดนส่วนใหญ่ของแกรนด์ดัชชีิลทัวเนียและต่อมาก็ได้ส่วนที่เหลือของลิทัวเนียยกเว้นบางส่วนทางตะวันตกที่เป็นของปรัสเซีย ในการแบ่งโปแลนด์ ครั้งที่ ๓ ใน ค.ศ. ๑๗๙๕ ทั้งโปแลนด์ และลิทัวเนียจึงถูกลบหายไปจากแผนที่ของยุโรปไปช่วงเวลาหนึ่ง ลิทัวเนียได้กลายเป็นจังหวัดหนึ่งของจักรวรรดิรัสเซีย
     ในต้นคริสต์ศตวรรษที่ ๑๙ เมื่อจักรพรรดินโปเลียนที่ ๑ (Napoleon Iค.ศ. ๑๗๖๙-๑๘๒๑) แห่งจักรวรรดิฝรั่งเศส ยกทัพบุกรัสเซีย โดยใช้เส้นทางผ่านรัฐแซกโซนีและโปแลนด์ ใน ค.ศ. ๑๘๑๒ โปแลนด์ และลิทัวเนียจึงเห็นเป็นโอกาสเคลื่อนไหวเพื่อเอกราชโดยขอให้ฝรั่งเศส สนับสนุน แต่ประสบความล้มเหลวเพราะจักรพรรดินโปเลียนที่ ๑ ซึ่งทรงยึดกรุงมอสโกต้องถอยทัพกลับฝรั่งเศส เนื่องจากปัญหาขาดเสบียงอาหารและไม่อาจเผชิญกับอากาศที่หนาวจัดของรัสเซีย ได้ หลังการพ่ายแพ้ของฝรั่งเศส ในสงครามนโปเลียน (Napoleonic Wars ค.ศ. ๑๘๐๔-๑๘๑๕)ประเทศมหาอำนาจได้จัดการประชุมใหญ่แห่งเวียนนา (Congress of Viennaค.ศ. ๑๘๑๔-๑๘๑๕) เพื่อสร้างดุลแห่งอำนาจและการแบ่งเขตแดนของยุโรปใหม่ดินแดนลิทัวเนียทางตะวันตกซึ่งรวมอยู่กับปรัสเซีย ใน ค.ศ. ๑๗๙๕ ถูกผนวกเข้ากับโปแลนด์ ซึ่งจัดตั้งเป็นแกรนด์ดัชชีวอร์ซอขึ้นโดยให้รัสเซีย ปกครอง ส่วนดินแดนลิทัวเนียที่เหลืออยู่ก็ยังคงถือเป็นจังหวัดหนึ่งของรัสเซีย ตามเดิม
     เมื่อเกิดการปฏิวัติเดือนกรกฎาคม (July Revolution) ค.ศ. ๑๘๓๐ ขึ้นในฝรั่งเศส ซึ่งทำให้พระเจ้าหลุยส์ ฟิลิป (Louis Philippe ค.ศ. ๑๘๓๐-๑๘๔๘) แห่งราชวงศ์ออร์เลออง (Orl”ans) ก้าวสู่อำนาจ ลิทัวเนียซึ่งได้แรงบันดาลใจจากการปฏิวัติฝรั่งเศส จึงก่อกบฏต่อต้านรัสเซีย ขึ้นใน ค.ศ. ๑๘๓๑ แต่ประสบความล้มเหลวหลังการกบฏครั้งนี้ ซาร์นิโคลัสที่ ๑ (Nicholas I ค.ศ. ๑๘๒๕-๑๘๕๕) ทรงเพิ่มมาตรการเข้มงวดมากขึ้นในนโยบายเปลี่ยนทุกอย่างให้เป็นแบบรัสเซีย (Russification)เพื่อทำลายอิทธิพลของโปแลนด์ ในลิทัวเนีย รวมทั้งสั่งปิ ดสถาบันการศึกษาที่ใช้ภาษาโปลในลิทัวเนีย อย่างไรก็ตาม เมื่อโปแลนด์ ก่อกบฏต่อรัสเซีย อีกครั้งใน ค.ศ.๑๘๖๓ ลิทัวเนียก็เคลื่อนไหวต่อต้านรัสเซีย ด้วยและถูกปราบปรามอย่างรุนแรงซาร์อะเล็กซานเดอร์ที่ ๒ (Alexander II ค.ศ. ๑๘๕๕-๑๘๘๑) ทรงห้ามการใช้ภาษาลิทัวเนียในโรงเรียนและการพิมพ์เผยแพร่หนังสือและวารสารด้วยตัวอักษรโรมันรวมทั้งควบคุมโบสถ์และวัดคาทอลิกซึ่งเชื่อว่าเป็นศูนย์ปลุกระดมและการต่อต้านแต่การควบคุมศาสนจักรและการห้ามใช้ภาษาลิทัวเนียได้นำไปสู่การเคลื่อนไหวต่อต้านใต้ดินและปลุกจิตสำนึกของความรักชาติให้เกิดขึ้น มอทีเอยุส วาลานชุส(Motiejus Valancius) บิชอปแห่งซาโมจิเชีย (Samogitia) ซึ่งเป็นนักเขียนวรรณกรรมคลาสสิกด้วยเป็นผู้นำการเคลื่อนไหวที่สำคัญ เขาจัดพิมพ์งานเขียนงานวิจัยด้านประวัติศาสตร์ เทววิทยาและวรรณคดีในดินแดนปรัสเซีย ตะวันออกและลักลอบนำเข้ามาเผยแพร่ในลิทัวเนีย ขณะเดียวกันก็มีการสร้างเครือข่ายความรู้ด้วยการตั้งโรงเรียนลับตามบ้านและฟาร์มชาวนาเพื่อสอนภาษาและวัฒนธรรมลิทัวเนียใน ค.ศ. ๑๘๘๓ มีการจัดทำวารสารการเมืองฉบับแรกชื่อ The Dawn เพื่อปลุกจิตสำนึกทางการเมืองและความรักชาติในหมู่ปัญญาชน และเป็นสื่อเชื่อมโยงทางความคิดกับประชาชนทั้งนำไปสู่การจัดทำวารสารและจุลสารใต้ดินอีกหลายฉบับ แต่The Dawn ก็ปิดตัวลงในปลายทศวรรษ ๑๘๘๐ เนื่องจากพวกพระต่อต้านเพราะเนื้อหาในระยะหลัง ๆ มักต่อต้านศาสนาและสนับสนุนแนวความคิดสังคมนิยมการเคลื่อนไหวทางความคิดดังกล่าวทำให้ปัญญาชนลิทัวเนียที่สำเร็จการศึกษาจากรัสเซีย โปแลนด์ และประเทศตะวันตกเริ่มเข้าร่วมในการเคลื่อนไหวมากขึ้นตามลำดับและนำไปสู่การจัดตั้งพรรคการเมืองสำคัญคือ พรรคสังคมนิยมลิทัวเนีย(Lithuanian Socialist Party) และพรรคสังคมประชาธิปไตยลิทัวเนีย (LithuaniaSocial Democratic Party) ใน ค.ศ. ๑๘๙๖ และพรรคประชาธิปไตยคริสเตียนลิทัวเนีย(Lithuanian Christian Democrats Party) ใน ค.ศ. ๑๙๐๔
     เมื่อเกิดสงครามรัสเซีย -ญี่ปุ่น (Russo-Japanese War ค.ศ. ๑๙๐๔-๑๙๐๕)ซึ่งส่งผลกระทบต่อการเมืองและสังคมภายในรัสเซีย ลิทัวเนียเห็นเป็นโอกาสเรียกร้องให้รัสเซีย ยกเลิกการห้ามพิมพ์เผยแพร่ิส่งพิมพ์ภาษาลิทัวเนียซึ่งก็ประสบความสำเร็จ นอกจากนี้ ปัญญาชนชาตินิยมยังใช้เงื่อนไขความผันผวนทางการเมืองในรัสเซีย ที่สืบเนื่องจากเหตุการณ์วันอาทิตย์นองเลือด (Bloody sunday) ในต้นเดือนมกราคม ค.ศ. ๑๙๐๕ เคลื่อนไหวเรียกร้องสิทธิในการปกครองตนเอง ในเดือนตุลาคม กลุ่มการเมืองต่าง ๆ รวมทั้งผู้แทนรัฐบาลส่วนท้องถิ่นและองค์การทางสังคมรวม ๒,๐๐๐ คน ได้จัดประชุมสภาแห่งชาติครั้งแรกขึ้นที่กรุงวิลนีอุสเพื่อร่างข้อเรียกร้องทางการเมืองอย่างสันติเสนอต่อรัสเซีย ซาร์นิโคลัสที่ ๒ (NicholasII ค.ศ. ๑๘๙๔-๑๙๑๗) ซึ่งกำลังเผชิญกับวิกฤตการณ์ทางเมืองที่เป็นผลสืบเนื่องจากการปฏิวัติค.ศ. ๑๙๐๕ (Revolution of 1905) ทรงใช้นโยบายผ่อนปรนต่อลิทัวเนียยอมให้ใช้ภาษาลิทัวเนียเป็นภาษาราชการในการปกครองส่วนท้องถิ่นและให้ยกเลิกการบังคับเกณฑ์ชายฉกรรจน์ิลทัวเนียเป็นทหารในกองทัพรัสเซีย ทั้งให้มีผู้แทนลิทัวเนียในสภาดูมา (Duma) อย่างไรก็ตามเมื่อซาร์นิโคลัสที่ ๒ ทรงควบคุมสถานการณ์ทางการเมืองและสังคมได้ รัสเซีย ก็ยกเลิกข้อผ่อนปรนต่อลิทัวเนียและปราบปรามขบวนการปัญญาชนลิทัวเนียอย่างเด็ดขาด ซึ่งทำให้ปัญญาชนและนักปฏิวัติจำนวนไม่น้อยถูกคุมขัง และเนรเทศไปไซบีเรียหรือถูกบีบบังคับให้เดินทางออกนอกประเทศ
     ในระหว่างสงครามโลกครั้งที่ ๑ เยอรมนี ได้เข้ายึดครองลิทัวเนียในกลางค.ศ. ๑๙๑๕พลเมืองลิทัวเนียกว่า ๓๐๐,๐๐๐ คน หลบหนีเข้าไปในรัสเซีย และจัดตั้งชุมชนและองค์การทางการเมืองขึ้นเพื่อเคลื่อนไหวต่อต้านเยอรมัน หลังการปฏิวัติเดือนกุมภาพันธ์ (February Revolution) ค.ศ. ๑๙๑๗ รัสเซีย ปกครองแบบทวิอำนาจ(dual power) ระหว่างรัฐบาลเฉพาะกาลกับสภาโซเวียต แม้เจ้าชายเกรกอรีลวอฟ(Gregory Lvov) ผู้นำรัฐบาลเฉพาะกาลจะทรงสนับสนุนการเคลื่อนไหวทางการเมืองของลิทัวเนียทั้งยอมรับการจัดตั้งคณะกรรมาธิการเฉพาะกาลเพื่อปกครองลิทัวเนีย (Provisional Committee For Governing Lithuania) แต่ก็ไม่ดำเนินการใด ๆ ในทางปฏิบัติ สภาโซเวียตก็ใช้ประเด็นการเคลื่อนไหวเพื่อปกครองตนเองของลิทัวเนียสร้างภาพลักษณ์ให้ตนเองด้วยการโฆษณาสนับสนุนการเคลื่อนไหวดังกล่าว ต่อมา กลุ่มการเมืองต่าง ๆ ของลิทัวเนียก็จัดประชุมใหญ่ผู้แทนลิทัวเนียขึ้นที่กรุงเปโตรกราด เมื่อวันที่ ๒๗ พฤษภาคม ค.ศ. ๑๙๑๗ และมีมติให้ลิทัวเนียเรียกร้องการเป็นเอกราชอย่างสมบูรณ์ แต่ผู้แทนพรรคการเมืองฝ่ายซ้ายซึ่งมีพรรคสังคมนิยมลิทัวเนียเป็นแกนนำคัดค้านเพราะยังคงต้องการผูกความสัมพันธ์กับรัสเซีย อยู่ อย่างไรก็ตาม หลังการปฏิวัติเดือนตุลาคม (October Revolution)ค.ศ. ๑๙๑๗ รัฐบาลโซเวียตได้ออกคำประกาศว่าด้วยสิทธิของประชาชาติรัสเซีย ในการเลือกกำหนดการปกครองด้วยตนเอง (Declaration of Rights of People ofRussia to Self-Determination) เมื่อวันที่ ๒พฤศจิกายน ค.ศ. ๑๙๑๗ คำประกาศดังกล่าวได้นำไปสู่การจัดตั้งสภาสูงสุดลิทัวเนีย (Lithunian Supreme Council) ขึ้นและมีการประกาศความเป็นเอกราชของลิทัวเนียเมื่อวันที่ ๑๖ กุมภาพันธ์ ค.ศ. ๑๙๑๘โดยที่กองทหารเยอรมันยังคงยึดครองลิทัวเนียอยู่
     เมื่อรัสเซีย ถอนตัวออกจากสงครามด้วยการยอมลงนามในสนธิสัญญาเบรสต์-ลิตอฟสค์ (Brest-Litovsk) กับประเทศมหาอำนาจกลาง (Central Powers)เมื่อวันที่ ๓ มีนาคม ค.ศ. ๑๙๑๘ โดยต้องสละสิทธิการปกครองในโปแลนด์ ฟินแลนด์ เอสโตเนีย ลิทัวเนีย และลัตเวีย รวมทั้งต้องยกดินแดนบางส่วนในทรานส์คอเคเซีย(Transcaucasia) ให้แก่ตุรกีและอื่น ๆ ลิทัวเนียได้เปิดการเจรจากับเยอรมนี เกี่ยวกับสถานภาพของตนและยอมรับเงื่อนไขที่ว่าไกเซอร์ิวลเลียมที่ ๒ (William II ค.ศ. ๑๘๘๘-๑๙๑๘) จะทรงรับรองสถานภาพความเป็นรัฐอธิปไตยของลิทัวเนียโดยลิทัวเนียต้องเป็นพันธมิตรกับเยอรมนี เยอรมนี จึงประกาศรับรองความเป็นเอกราชของลิทัวเนียเมื่อวันที่ ๒๓ มีนาคม ค.ศ. ๑๙๑๘ แต่ประเทศอื่น ๆยังปฏิเสธที่จะรับรองสถานภาพของลิทัวเนียอย่างไรก็ตาม เมื่อเยอรมนี พ่ายแพ้ในสงครามและต้องยอมลงนามในสนธิสัญญาการสงบศึก (Armistice) ที่เมืองกงเปียญ (Compiègne) เมื่อวันที่ ๑๑พฤศจิกายน ค.ศ. ๑๙๑๘ สวีเดน เป็นประเทศแรกหลังสงครามที่ยอมรับสถานภาพความเป็นเอกราชของลิทัวเนียเมื่อวันที่ ๑๒ ธันวาคม ค.ศ. ๑๙๑๘ สหภาพโซเวียตและประเทศตะวันตกอื่น ๆ เริ่มทยอยรับรองเอกราชของลิทัวเนียระหว่าง ค.ศ.๑๙๒๐-๑๙๒๑ ใน ค.ศ. ๑๙๒๑ ลิทัวเนียก็เข้าเป็นสมาชิกขององค์การสันนิบาตชาติ(League of Nations)
     ในช่วงปลายสงครามขณะที่ยังไม่มีประเทศใดยอมรับเอกราชของลิทัวเนียยกเว้นเยอรมนี สหภาพโซเวียตซึ่งเห็นว่าเยอรมนี กำลังถอนกำลังออกจากลิทัวเนียก็ส่งกองทัพแดง (Red Army) เข้ายึดดินแดนทางตะวันออกของลิทัวเนียในเดือนพฤศจิกายน ค.ศ. ๑๙๑๘ และสนับสนุนพรรคการเมืองฝ่ายซ้ายที่สนับสนุนโซเวียตให้จัดตั้งรัฐบาลเฉพาะกาลขึ้น ในขณะเดียวกัน โปแลนด์ ซึ่งได้รับการจัดตั้งเป็นประเทศขึ้นใน ค.ศ. ๑๙๑๙ โดยมีโจเซฟ ปี ลซุดสกี(Józef Pilsudski) นักสังคมนิยมและผู้นำชาตินิยมโปแลนด์ เป็นผู้นำก็เคลื่อนกำลังเข้าแย่งชิงดินแดนลิทัวเนียที่โปแลนด์ อ้างว่าเป็นของตนตั้งแต่ ค.ศ. ๑๕๖๙ ตามข้อตกลงในสนธิสัญญาสหภาพแห่งลูบิน นอกจากนี้กองกำลังฝ่ายรัสเซีย ขาวซึ่งมีปาเวล เบียร์มอนต์-อวาลอฟ(Pavel Bermont-Avalov) เป็นแม่ทัพก็ยกกำลังเข้ายึดครองลิทัวเนียตะวันตก ระหว่างค.ศ. ๑๙๑๘-๑๙๒๒ ลิทัวเนียต้องทำสงครามที่เรียกกันว่า “สงครามเพื่ออิสรภาพ”(freedom wars) และจัดตั้งกองทัพแห่งชาติลิทัวเนีย (Lithuanian National Army)ขึ้นเพื่อปกป้องดินแดนที่เพิ่งได้เอกราชจากการคุกคามของโปแลนด์ สหภาพโซเวียตและฝ่ายรัสเซีย ขาว ในกลาง ค.ศ. ๑๙๒๐ กองทัพแห่งชาติลิทัวเนียก็สามารถขับไล่ฝ่ายรัสเซีย ขาวออกไปได้และมีชัยชนะต่อกองทัพแดง สหภาพโซเวียตซึ่งกำลังติดพันกับสงครามรัสเซีย -โปแลนด์ จึงหาทางยุติความขัดแย้งด้วยการลงนามในสนธิสัญญาสันติภาพกับลิทัวเนียเมื่อวันที่ ๙ กรกฎาคม ค.ศ. ๑๙๒๐ โดยยอมรับรองเอกราชของลิทัวเนียและถอนสิทธิการครอบครองดินแดนลิทัวเนียทั้งหมด ส่วนโปแลนด์ ซึ่งได้กรุงวิลนีอุสและพื้นที่รายรอบก็ยึดครองดินแดนดังกล่าวจนถึงค.ศ. ๑๙๓๙ โดยอ้างว่าวิลนีอุสเคยเป็นของโปแลนด์ มาก่อนและมีชาวโปลอาศัยอยู่เป็นจำนวนมากในขณะที่มีชาวลิทัวเนียเพียงร้อยละ ๒ เท่านั้น องค์การสันนิบาตชาติซึ่งพยายามไกล่เกลี่ยความขัดแย้งระหว่างลิทัวเนียกับโปแลนด์ ได้ตัดสินให้โปแลนด์ ปกครองวิลนีอุส ลิทัวเนียจึงประกาศตัดความสัมพันธ์ทางการทูตกับโปแลนด์ และยังคงอ้างสิทธิของลิทัวเนียทางประวัติศาสตร์เหนือกรุงวิลนีอุสจนถึงช่วงต้นสงครามโลกครั้งที่ ๒ เมืองเคานาสจึงกลายเป็นเมืองหลวงชั่วคราวของชาติลิทัวเนีย
     ในการประชุมสันติภาพที่กรุงปารีส (Paris Peace Conference) ในต้นค.ศ. ๑๙๑๙ เยอรมนี ซึ่งถูกประเทศมหาอำนาจที่ชนะสงครามบังคับให้ลงนามในสนธิสัญญาแวร์ซาย (Treaty of Versailles) ในเดือนมิถุนายน ค.ศ. ๑๙๑๙ ต้องเสียดินแดนลิทัวเนียที่เรียกว่า ไคลเปดา (Klaipeda) หรือเมเมล (Memel) ให้แก่ฝรั่งเศส ปกครอง ลิทัวเนียต่อต้านและพยายามเคลื่อนไหวเรียกร้องดินแดนดังกล่าวกลับคืนแต่ล้มเหลวและสันนิบาตชาติก็ตัดสินให้ฝรั่งเศส ได้ปกครองเมเมล อย่างไรก็ตาม เมื่อเกิดวิกฤตการณ์ยึดแคว้นรูร์ (Rhur) ในเยอรมนี ค.ศ. ๑๙๒๓ ซึ่งสืบเนื่องจากเยอรมนี ไม่สามารถชำระค่าปฏิกรรมสงครามให้แก่ฝรั่งเศส ได้ตามพันธสัญญาลิทัวเนียจึงใช้สถานการณ์ระหว่างประเทศให้เป็นประโยชน์ด้วยการลุกฮือเข้าแย่งชิงไคลเปดาจากฝรั่งเศส และผนวกเข้าเป็นดินแดนของตนได้สำเร็จในเดือนพฤษภาคมค.ศ. ๑๙๒๔ แต่เมื่ออดอล์ฟ ฮิตเลอร์ (Adolf Hitler ค.ศ. ๑๘๘๙-๑๙๔๕) ผู้นำพรรคแรงงานสังคมนิยมแห่งชาติเยอรมันหรือพรรคนาซี (National SocialistGerman Workerûs Party - NSDAP; Nazi Party) ขยายอำนาจเข้าคุกคามยุโรปฮิตเลอร์ได้บีบบังคับลิทัวเนียให้คืนไคลเปดาแก่เยอรมนี ในต้น ค.ศ. ๑๙๓๙
     หลังการรับรองความเป็นเอกราชจากนานาชาติ ลิทัวเนียประกาศใช้รัฐธรรมนูญฉบับแรกในเดือนสิงหาคม ค.ศ. ๑๙๒๒ โดยปกครองในระบอบสาธารณรัฐระบบสภาเดียว รัฐสภาหรือเซมาส (Seimas) ซึ่งเลือกตั้งทุก ๓ ปีเลือกประธานาธิบดี และประธานาธิบดีแต่งตั้งนายกรัฐมนตรีและคณะรัฐบาลที่ขึ้นต่อรัฐสภา รัฐธรรมนูญให้สิทธิชนชาติส่วนน้อยในประเทศคงไว้ซึ่งภาษาและวัฒนธรรมของตนเอง ระหว่าง ค.ศ. ๑๙๒๒-๑๙๒๖ ลิทัวเนียมีรัฐบาลผสมบริหารประเทศ ๗ ชุด และพรรคการเมืองสำคัญคือพรรคประชาธิปไตยคริสเตียน(Christian Democratic Party) ซึ่งมีนโยบายสายกลางมักเป็นแกนสำคัญในการจัดตั้งรัฐบาล แต่ปัญหาการมีพรรคการเมืองจำนวนมากก็ทำให้รัฐบาลขาดเสถียรภาพใน ค.ศ. ๑๙๒๖ พรรคฝ่ายซ้ายสายกลางคือ พรรคปอบปูิลสต์ (Populist Party)กับพรรคสังคมประชาธิปไตย (Social Democratic Party) และพรรคการเมืองเล็ก ๆของชนชาติกลุ่มน้อยสามารถจัดตั้งรัฐบาลผสมขึ้นปกครองประเทศได้เนื่องจากพรรคประชาธิปไตยคริสเตียนพัวพันกับเรื่องอื้อฉาวทางการเมือง แต่รัฐบาลผสมซึ่งบริหารประเทศได้ไม่ถึง ๖ เดือนก็ถูกกองทัพก่อรัฐประหารโค่นอำนาจเมื่อวันที่๑๗ ธันวาคม ค.ศ. ๑๙๒๖ ฝ่ายศาสนจักรและกองทัพรวมทั้งพรรคประชาธิปไตยคริสเตียนสนับสนุนให้อันตานัส สเมตอนา (Antanas Smetona) ผู้นำพรรคพันธมิตรชาตินิยม (Alliance of Nationalists Party) ซึ่งเคยดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีคนแรกของลิทัวเนียขึ้นเป็นผู้นำประเทศอีกครั้งหนึ่ง สเมตอนาสัญญาที่จะบริหารปกครองตามรัฐธรรมนูญและร่วมมือกับกลุ่มการเมืองต่าง ๆ โดยเฉพาะพรรคประชาธิปไตยคริสเตียน แต่ในเวลาอันสั้นเขาก็ปกครองแบบเผด็จการและห้ามพรรคการเมืองอื่น ๆ มีส่วนร่วมในการปกครองรวมทั้งควบคุมสื่อมวลชนตลอดจนเสนอแก้ไขรัฐธรรมนูญใน ค.ศ. ๑๙๒๘ และ ค.ศ. ๑๙๓๘ เพื่อทอนอำนาจของรัฐสภาและให้ประธานาธิบดีมีอำนาจมากขึ้น อำนาจเผด็จการของสเมตอนาทำให้มีการคบคิดและพยายามโค่นอำนาจเขาหลายครั้งแต่ล้มเหลว
     ระหว่าง ค.ศ. ๑๙๒๐-๑๙๓๐ ลิทัวเนียประสบความสำเร็จพอสมควรในการแก้ปัญหาความยากจนและเศรษฐกิจที่ล้าหลังด้วยการปฏิรูปที่ดินและการเกษตรกรรมรวมทั้งเริ่มพัฒนาอุตสาหกรรมด้านเนื้อสัตว์และฟาร์มโคนมจนกลายเป็นอุตสาหกรรมพื้นฐานที่นำรายได้มาให้ประเทศอย่างมากในเวลาต่อมา ความสำเร็จของการปฏิรูปที่ดินยังทำให้ชาวนาหันมาภักดีและสนับสนุนรัฐบาล ทั้งทำให้การโฆษณาชวนเชื่อของพรรคคอมมิวนิสต์ในการจัดตั้งระบอบสังคมนิยมแบบโซเวียตแทบจะไม่มีอิทธิพลทางความคิดในสังคม นอกจากนี้ รัฐยังประสบความสำเร็จด้านการกำจัดความไม่รู้หนังสือและส่งเสริมการศึกษาด้วยการจัดตั้งโรงเรียนและสถาบันการศึกษาระดับสูงสาขาต่าง ๆ โดยเฉพาะด้านเกษตรกรรมและเทคโนโลยีอย่างไรก็ตามเมื่อสเมตอนาก้าวสู่อำนาจทางการเมือง เขาเพิ่มงบประมาณด้านการป้องกันประเทศและการทหารเพื่อเสริมสร้างฐานอำนาจให้เข้มแข็ง นโยบายดังกล่าวมีผลกระทบต่อการพัฒนาเศรษฐกิจ และโดยเฉพาะเมื่อเกิดภาวะเศรษฐกิจตกต่ำครั้งใหญ่(Great Depression) ระหว่าง ค.ศ. ๑๙๒๙-๑๙๓๒ ค่าเงินที่ลดลงและการขาดดุลทางการค้าทำให้รัฐบาลต้องหันมาทบทวนนโยบายเศรษฐกิจโดยรัฐสนับสนุนด้านการลงทุนมากขึ้น
     เมื่อเยอรมนี เริ่มนโยบายการผนวกออสเตรีย เข้ากับเยอรมนี (Anschluss)ใน ค.ศ. ๑๙๓๘ ฝ่ายกองทัพซึ่งตระหนักถึงความจำเป็นที่ต้องแสวงหาพันธมิตรจึงกดดันให้ประธานาธิบดีสเมตอนาปรับความสัมพันธ์กับโปแลนด์ และถอดถอนนายกรัฐมนตรีผู้เป็นพี่เขยที่ต่อต้านโปแลนด์ ออกจากตำแหน่ง การปรับความสัมพันธ์ดังกล่าวทำให้ลิทัวเนียจำยอมรับสิทธิของโปแลนด์ เหนือกรุงวิลนีอุสและมีผลให้ความนิยมต่อประธานาธิบดีลดน้อยลง ในต้น ค.ศ. ๑๙๓๘ ฮิตเลอร์เรียกร้องให้ลิทัวเนียคืนไคลเปดาแก่เยอรมนี และเคลื่อนกำลังเข้ายึดครองพื้นที่ดังกล่าวเมื่อวันที่ ๒๒มีนาคม ในกลางปี เดียวกันเยอรมนี ซึ่งเตรียมก่อสงครามได้ลงนามในกติกาสัญญาไม่รุกรานกันระหว่างนาซี-โซเวียต (Nazi-Soviet Non-aggression Pact) หรือที่เรียกว่ากติกาสัญญาริบเบนทรอพ-โมโลตอฟ (Ribbentrop-Molotov Pact) เมื่อวันที่๒๓ สิงหาคม ค.ศ. ๑๙๓๙ เคานต์โยอาคิม ฟอน ริบเบนทรอพ (Joachim vonRibbentrop) รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศเยอรมันยังทำพิธีสารลับเพิ่มเติม (Secret Supplementary Protocol) กับโจเซฟ สตาลิน (Josepf Stalinค.ศ. ๑๘๗๙-๑๙๕๓) ผู้นำสหภาพโซเวียตโดยยอมให้สหภาพโซเวียตครอบครองดินแดนส่วนใหญ่ของโปแลนด์ ตะวันออก ฟินแลนด์ ลัตเวีย เอสโตเนีย และลิทัวเนียและเยอรมนี จะยึดครองส่วนที่เหลือของโปแลนด์ ทั้งหมด ต่อมา เมื่อเยอรมนี บุกโปแลนด์ ในวันที่ ๑ กันยายน ค.ศ. ๑๙๓๙ ลิทัวเนีย ลัตเวีย และเอสโตเนีย ประกาศนโยบายเป็นกลาง ในวันที่ ๙ กันยายน เยอรมนี เข้ายึดครองกรุงวิลนีอุสที่โปแลนด์ ครอบครอง และเรียกร้องให้ลิทัวเนียเข้าเป็นพันธมิตรกับเยอรมนี แต่ิลทัวเนียปฏิเสธที่จะปฏิบัติตาม
     หลังสหภาพโซเวียตบุกโปแลนด์ เมื่อวันที่ ๑๗ กันยายน เยอรมนี ได้ตกลงกับสหภาพโซเวียตโดยแลกกรุงวิลนีอุสกับเมืองลูบินและบางส่วนของวอร์ซอ ข้อตกลงดังกล่าวมีนัยว่าเยอรมนี ยินดียกลิทัวเนียให้แก่สหภาพโซเวียต สหภาพโซเวียตจึงบีบบังคับให้ลิทัวเนียยอมลงนามในกติกาความช่วยเหลือซึ่งกันและกัน (Pact ofMutual Assistance) เมื่อวันที่ ๑๐ ตุลาคม ค.ศ. ๑๙๓๙ โดยสหภาพโซเวียตส่งทหาร๒๐,๐๐๐ คนเข้ามาประจำการในลิทัวเนีย ในปีต่อมา สหภาพโซเวียตสร้างสถานการณ์เพื่อเข้ายึดครองลิทัวเนียโดยกล่าวหาว่าลิทัวเนียจัดตั้งพันธมิตรทางทหารของกลุ่มรัฐบอลติกขึ้นต่อต้านสหภาพโซเวียตและลักตัวทหารโซเวียตที่ประจำการในฐานทัพลิทัวเนียรวมทั้งติดต่อกับเยอรมนี เพื่อขอความช่วยเหลือ เวียเชสลัฟ มีไฮโลวิชโมโลตอฟ (Vyacheslav Michailovich Molotov) รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศโซเวียตยื่นคำขาดให้มีการจัดตั้งรัฐบาลชุดใหม่ที่จะค้ำประกันกติกาสัญญาค.ศ. ๑๙๓๙ และให้สหภาพโซเวียตเพิ่มกำลังทหารประจำการในลิทัวเนีย ประธานาธิบดีสเมตอนาเรียกร้องให้จับอาวุธต่อต้านสหภาพโซเวียตแต่ฝ่ายกองทัพไม่เห็นด้วยเพราะตระหนักว่าไม่แข็งแกร่งพอที่จะต่อสู้และต้องการหลีกเลี่ยงการนองเลือดกองทัพแดงจึงเคลื่อนกำลังเข้ายึดครองลิทัวเนียระหว่างวันที่ ๑๕-๑๗ มิถุนายนค.ศ. ๑๙๔๐ และในช่วงเวลาเดียวกันก็ยึดครองลัตเวีย และเอสโตเนีย ด้วยสเมตอนาจึงลาออกจากตำแหน่งและลี้ภัยไปสหรัฐอเมริกา เขาถึงแก่อสัญกรรมที่รัฐแคลิฟอร์เนียใน ค.ศ. ๑๙๔๔
     สหภาพโซเวียตจัดตั้งรัฐบาลประชาชนขึ้นบริหารประเทศและให้ดำเนินการเลือกตั้งรัฐสภาประชาชนขึ้นระหว่างวันที่ ๑๔-๑๕ กรกฎาคม ค.ศ. ๑๙๔๐ แต่ผู้ที่สนับสนุนพรรคคอมมิวนิสต์และสมาชิกพรรคคอมมิวนิสต์ิลทัวเนียเท่านั้นที่มีสิทธิลงสมัครเลือกตั้ง รัฐบาลกวาดล้างและปราบปรามผู้ที่ไม่เห็นด้วยกับแนวทางของรัฐบาล ในการประชุมรัฐสภาครั้งแรกเมื่อวันที่ ๒๑ กรกฎาคม รัฐสภามีมติให้ลิทัวเนียเข้ารวมกับสหภาพโซเวียตและสภาโซเวียตสูงสุดของสหภาพโซเวียตมีมติรับลิทัวเนียเข้าเป็นสมาชิกเมื่อวันที่ ๓ สิงหาคมอย่างไรก็ตาม สหรัฐอเมริกาและประเทศตะวันตกอื่น ๆ ปฏิเสธที่จะยอมรับการผนวกลิทัวเนียและรัฐบอลติกอีก ๒ ประเทศโดยถือว่าเป็นสิ่งที่ไม่ชอบธรรมตามกฎหมายและยังคงยอมรับสถานภาพการดำรงอยู่ของ ๓รัฐบอลติกโดยนิตินัยจนถึง ค.ศ. ๑๙๙๑
     สหภาพโซเวียตได้ใช้นโยบายการเปลี่ยนทุกอย่างให้เป็นแบบโซเวียต(Sovietnization) ปกครองลิทัวเนีย มีการยุบกองทัพลิทัวเนียรวมเข้ากับกองทัพแดงและโอนธุรกิจการค้าและอุตสาหกรรมรวมทั้งกิจการธนาคารเป็นของรัฐ บ้านและที่อยู่อาศัยของประชาชนในเมืองถูกยึดเป็นที่พักอาศัยของเจ้าหน้าที่โซเวียตและเจ้าของเดิมถูกเนรเทศไปอยู่ชานเมือง หน่วยตำรวจลับที่จัดตั้งขึ้นได้สอดส่องควบคุมประชาชนและจับกุมประชาชนที่ต่อต้านรัฐบาลด้วยการส่งไปเป็นแรงงานที่ไซบีเรีย และค่ายกักกันแรงงาน (Collective Labour Camp) ประมาณว่าในช่วง๑๒ เดือนแรกของการปกครอง ประชาชน ๑๒,๐๐๐ คนถูกจับคุมขังด้วยข้อหาเป็นอาชญากรทางการเมืองและเศรษฐกิจ และระหว่างวันที่ ๑๔-๑๘ มิถุนายน ค.ศ. ๑๙๔๑พลเมืองลิทัวเนียที่ได้ชื่อว่าต่อต้านรัฐบาลคอมมิวนิสต์และสหภาพโซเวียตรวม๓๕,๐๐๐ คน ถูกเนรเทศไปไซบีเรียและดินแดนส่วนอื่น ๆ ของโซเวียตและกว่า๔,๐๐๐ คนถูกคุมขัง
     เมื่อเยอรมนี บุกโจมตีสหภาพโซเวียตในวันที่ ๒๒ มิถุนายน ค.ศ. ๑๙๔๑ลิทัวเนียสนับสนุนเยอรมนี เพราะถือว่าเป็นผู้ช่วยปลดปล่อยจากอำนาจโซเวียต และจัดตั้งกลุ่มแนวร่วมของนักกิจกรรมลิทัวเนีย (Front of Lithunian Activists) ขึ้นเพื่อเคลื่อนไหวต่อต้านโซเวียตอย่างเปิดเผย ขณะเดียวกันมีการจัดตั้งรัฐบาลเฉพาะกาลขึ้นที่เมืองเคานาสและประกาศเอกราชโดยคาดหวังว่าเยอรมนี จะให้การค้ำประกันแต่เยอรมนี กลับล้มรัฐบาลเฉพาะกาลและยึดครองลิทัวเนียทั้งเกณฑ์พลเมืองชายชาวลิทัวเนียเข้าร่วมในกองทัพเยอรมันและกวาดต้อนพลเมืองกว่า ๗๕,๐๐๐ คนไปเป็นแรงงานในเยอรมนี นอกจากนี้ เยอรมนี ยังสังหารชาวยิวในลิทัวเนียเกือบ๒๔๐,๐๐๐ คน และชนชาติกลุ่มน้อยอื่น ๆ อีกเกือบ ๑๐,๐๐๐ คน การยึดครองของเยอรมนี และการใช้นโยบายรีดเค้นทรัพยากรทั้งวัตถุดิบและกำลังคนเพื่อสนับสนุนการทำสงครามทำให้ชาวลิทัวเนียชาตินิยมจัดตั้งขบวนการใต้ดินต่อต้านนาซีและสหภาพโซเวียตก็สนับสนุนพรรคคอมมิวนิสต์ิลทัวเนียให้มีบทบาทต่อต้านนาซีเยอรมันด้วย ในเวลาต่อมา กลุ่มต่อต้านฝ่ายต่าง ๆ ซึ่งรวมทั้งพรรคสังคมประชาธิปไตยได้รวมตัวกันตั้งเป็นคณะกรรมาธิการสูงสุดเพื่อปลดปล่อยลิทัวเนีย(Supreme Committee for the Liberation of Lithuania) ขึ้นในปลาย ค.ศ. ๑๙๔๓คณะกรรมาธิการสูงสุดดังกล่าวไม่เพียงเคลื่อนไหวต่อต้านนาซีเท่านั้นแต่ยังดำเนินการต่อต้านนโยบายทางเศรษฐกิจ การทหาร และแรงงานของเยอรมนี ด้วยใน ค.ศ. ๑๙๔๔ เยอรมนี เริ่มเพลี่ยงพล้ำในสงคราม สหภาพโซเวียตจึงเห็นเป็นโอกาสเข้ายึดครองลิทัวเนียตะวันออกในฤดูร้อน ค.ศ. ๑๙๔๔ และเข้าปลดปล่อยไคลเปดาในเดือนมกราคม ค.ศ. ๑๙๔๕ ต่อมาสหภาพโซเวียตได้ใช้ข้ออ้างความตกลงในการประชุมที่ยัลตา (Yalta Conference ๔-๑๑ กุมภาพันธ์ ค.ศ. ๑๙๔๕) และการประชุมที่พอทสดัม (Potsdam Conference ๑๗ กรกฎาคม - ๒ สิงหาคม ค.ศ. ๑๙๔๕) ผนวกลิทัวเนียเป็นส่วนหนึ่งของตนและเรียกชื่อว่าสาธารณรัฐสังคมนิยมโซเวียตลิทัวเนีย
     สหภาพโซเวียตในช่วงหลังสงครามโลกครั้งที่ ๒ ได้ใช้นโยบายการเปลี่ยนทุกอย่างให้เป็นแบบโซเวียตอย่างเข้มงวดและปรับระบบเศรษฐกิจลิทัวเนียให้สอดคล้องกับแผนพัฒนาเศรษฐกิจ ๕ ปี (Five Year Plan) ของโซเวียตโดยสหภาพโซเวียตเป็นผู้กำหนดและควบคุมการผลิตและการจัดจำหน่าย ใน ค.ศ. ๑๙๔๖มีการออกกฎหมายปฏิรูปที่ดินเพื่อป้องกันชาวนาถือครองที่ดินมากเกินไปและบังคับชาวนาให้เข้าร่วมระบบการผลิตแบบนารวม (collectivization) ขณะเดียวกันก็ยกเลิกสิทธิเสรีภาพของประชาชนด้วยการห้ามชุมนุมและการแสดงออกทางความคิดเห็น รวมทั้งควบคุมสื่อสิ่งพิมพ์ ทั้งบังคับใช้ภาษารัสเซีย และวัฒนธรรมโซเวียตใน ค.ศ. ๑๙๔๙ มีการปิดโบสถ์และวิหารและห้ามประชาชนนับถือรูปเคารพ รวมทั้งเนรเทศพระและนักบวชจำนวนมากออกนอกประเทศ นอกจากนี้ มีการจัดตั้งหน่วยตำรวจลับสอดส่องควบคุมประชาชนทุกระดับชั้นของสังคมและแต่งตั้งสมาชิกพรรคคอมมิวนิสต์โซเวียตให้เข้าควบคุมพรรคคอมมิวนิสต์ิลทัวเนียตลอดจนกำจัดพรรคการเมืองอื่น ๆ นโยบายการปกครองอย่างเข้มงวดดังกล่าวทำให้ชาวลิทัวเนียเคลื่อนไหวต่อต้านในรูปแบบสงครามกองโจรโดยเฉพาะในเขตชนบทและหัวเมือง แต่รัฐบาลพรรคคอมมิวนิสต์ิลทัวเนียซึ่งมีอันตานัส สนีชคุส (Antanas Sniecˇkus) เป็นผู้นำก็ปราบปรามอย่างเด็ดขาด ระหว่าง ค.ศ. ๑๙๔๔-๑๙๕๓พลเมืองลิทัวเนียประมาณ๓๕๐,๐๐๐ คนถูกเนรเทศไปไซบีเรีย คาซัคสถาน (Kazakhstan) และแถบอาร์กติกเหนือรัฐบาลโซเวียตก็สนับสนุนให้แรงงานรัสเซีย อพยพเข้ามาตั้งถิ่นฐานแทน
     ในต้น ค.ศ. ๑๙๕๖ เมื่อนีกีตา เซียร์เกเยวิช ครุชชอฟ (Nikita SergeyevichKhrushchev ค.ศ. ๑๘๙๔-๑๙๗๑) ผู้นำสหภาพโซเวียตเริ่มนโยบายการล้มล้างอิทธิพลสตาลิน (De-Stalinization) เพื่อกำจัดกลุ่มนิยมสตาลินทั้งในสหภาพโซเวียตและประเทศรัฐบริวาร ครุชชอฟได้ผ่อนปรนนโยบายการเปลี่ยนทุกอย่างให้เป็นแบบโซเวียตโดยให้ประชาชนลิทัวเนียมีสิทธิเสรีภาพในการแสดงออกมากขึ้น การผ่อนปรนดังกล่าวมีส่วนทำให้จำนวนสมาชิกพรรคคอมมิวนิสต์ิลทัวเนียซึ่งส่วนใหญ่เป็นคอมมิวนิสต์รัสเซีย เริ่มหมดบทบาทลงและชาวลิทัวเนียเข้าเป็นสมาชิกพรรคมากขึ้นปัญญาชนลิทัวเนียที่สมัครเข้าเป็นสมาชิกต่างเห็นว่าการเป็นสมาชิกจะทำให้มีความมั่นคงทางสังคมและก้าวหน้าในงานอาชีพ และบ้างเห็นว่าเป็นโอกาสที่จะเคลื่อนไหวต่อต้านโซเวียตภายในองค์การพรรค จำนวนสมาชิกพรรคที่เป็นชาวลิทัวเนียจึงเพิ่มมากขึ้นตามลำดับจากร้อยละ ๓๘ ใน ค.ศ. ๑๙๕๓ เป็นร้อยละ ๖๓.๗ใน ค.ศ. ๑๙๖๕ และร้อยละ ๗๐.๕ ใน ค.ศ. ๑๙๘๕ สนีชคุสผู้นำพรรคซึ่งเฉลียวฉลาดพยายามดำเนินนโยบายประสานประโยชน์กับโซเวียตและขณะเดียวกันก็เคลื่อนไหวเพื่อความเป็นอิสระของลิทัวเนีย อย่างไรก็ตาม เมื่อนักศึกษาในกรุงวิลนีอุสและประชาชนในภูมิภาคเคานาสก่อการลุกฮือสนับสนุนการลุกฮือของชาวฮังการี (Hungarian Uprising) ในเดือนตุลาคม ค.ศ. ๑๙๕๖ สหภาพโซเวียตจึงปราบปรามและยกเลิกนโยบายการผ่อนคลายทางสังคมและการเมือง เมื่อเลโอนิดอิลยิช เบรจเนฟ (Leonid Illyich Brezhnev ค.ศ. ๑๙๐๖-๑๙๘๒) ผู้นำโซเวียตคนใหม่ที่นิยมสตาลินก้าวสู่อำนาจใน ค.ศ. ๑๙๖๔ เบรจเนฟก็ดำเนินนโยบายเปลี่ยนทุกอย่างให้เป็นแบบโซเวียตอย่างเข้มงวดอีกครั้งหนึ่ง และเร่งพัฒนาระบบเศรษฐกิจลิทัวเนียให้เป็นอุตสาหกรรมด้านต่าง ๆ โดยเฉพาะอุตสาหกรรมเคมีและไฟฟ้ารวมทั้งต่อมาได้สร้างโรงงานไฟฟ้านิวเคลียร์แบบโรงงานไฟฟ้าเชียร์โนบีล (Chernobyl)ของโซเวียตขึ้นใกล้กับเมืองอิกนาลีนา (Ignalina) ทางตะวันออกเฉียงเหนือของประเทศ โรงงานไฟฟ้านิวเคลียร์ดังกล่าวนับเป็นโรงงานไฟฟ้าที่ใหญ่ที่สุดในยุโรปซึ่งสร้างความหวาดผวาให้เกิดขึ้นทั่วไป การเติบโตทางอุตสาหกรรมและการขยายตัวของเมืองและนครจากร้อยละ ๓๙ ใน ค.ศ. ๑๙๕๙ เป็นร้อยละ ๖๘ ใน ค.ศ. ๑๙๘๙ยังนำมาซึ่งปัญหามลภาวะและสภาพแวดล้อม ปัญญาชนลิทัวเนียในเวลาต่อมาจึงเริ่มเคลื่อนไหวรณรงค์พิทักษ์ิส่งแวดล้อมและธรรมชาติและต่อต้านแนวทางการพัฒนาลิทัวเนียของโซเวียต
     ในเดือนสิงหาคม ค.ศ. ๑๙๖๘ สหภาพโซเวียตส่งกองทัพองค์การสนธิสัญญาวอร์ซอ (Warsaw Treaty Organization - WTO) บุกปราบปรามเชโกสโลวะเกีย(Czechoslovakia) เพื่อบังคับให้อะเล็กซานเดอร์ ดูบเชก (Alexander Dubcˇek)ผู้นำพรรคคอมมิวนิสต์หัวปฏิรูปยุติกระบวนการปฏิรูปประเทศให้เป็นประชาธิปไตยและประกาศหลักการเบรจเนฟ (Brezhnev Doctrine) เพื่อควบคุมการแยกตัวของประเทศยุโรปตะวันออก ปัญญาชนในเชโกสโลวะเกียจึงเคลื่อนไหวใต้ดินต่อต้านสหภาพโซเวียตด้วยการจัดทำวารสารและสิ่งพิมพ์ใต้ดินที่เรียกว่าซามิซดัต (Zamizdat)เผยแพร่เพื่อตอบโต้ระบบการเซนเซอร์และการควบคุมทางสังคมรวมทั้งเป็นสื่อเพื่อเคลื่อนไหวสิทธิมนุษยชน การจัดทำซามิซดัตดังกล่าวจึงเป็นแนวทางที่ปัญญาชนลิทัวเนียนำมาใช้ในการเคลื่อนไหวต่อต้านโซเวียต ในกลางทศวรรษ ๑๙๗๐ ปัญญาชนลิทัวเนียจัดทำสิ่งพิมพ์ใต้ดินในรูปแบบต่าง ๆออกมาเป็นจำนวนมาก และซามิซดัตฉบับสำคัญและมีชื่อเสียงโดดเด่นคือ Chronicle of The Catholic Church ofLithuania ซึ่งเริ่มจัดทำในต้น ค.ศ. ๑๙๗๒ และพิมพ์เผยแพร่ถึง ๒๐ ปีโดยตำรวจลับไม่สามารถสืบหาเบาะแสบรรณาธิการได้ การเคลื่อนไหวของปัญญาชนเพื่อปกป้องและเผยแพร่ภาษา ขนบประเพณี และวัฒนธรรมลิทัวเนียจึงขยายตัวอย่างกว้างขวางและช่วยสร้างจิตสำนึกของความรักชาติให้เกิดขึ้นในหมู่ประชาชน ขณะเดียวกันศาสนจักรก็มีบทบาททางการเมืองมากขึ้น โดยเรียกร้องให้รัฐบาลโซเวียตยกเลิกการจำกัดจำนวนผู้ที่ประสงค์จะบวช การห้ามพิมพ์หนังสือศาสนา การจับกุมและเนรเทศนักบวชและอื่น ๆ ในต้น ค.ศ. ๑๙๗๒ ประชาชน ๑๗,๐๕๔ คนร่วมลงนามในจดหมายเปิดผนึกถึงประธานาธิบดีเบรจเนฟผ่านเคิร์ต วัลด์ไฮม์ (KurtWaldheim) เลขาธิการองค์การสหประชาชาติ (United Nations) เพื่อเรียกร้องเสรีภาพทางศาสนา ในเดือนมีนาคมปี เดียวกัน โรมาส คาลันตา(Romas Kalanta)นักเรียนชั้นมัธยมปลายวัย ๑๙ ปี ก็จุดไฟเผาตัวตายเพื่อประท้วงการที่สหภาพโซเวียตยึดครองลิทัวเนีย และเรียกร้องให้นานาชาติตระหนักถึงปัญหาของลิทัวเนียในเดือนพฤษภาคม ชาวลิทัวเนียในหัวเมืองอีกหลายคนก็ใช้วิธีการกระทำอัตวินิบาตกรรมตามแบบคาลันตาเพื่อต่อต้านการเพิกเฉยของสหภาพโซเวียตในการแก้ไขปัญหาทางการเมือง การจลาจลต่อต้านสหภาพโซเวียตและพรรคคอมมิวนิสต์ได้ขยายตัวไปทั่วประเทศและเป็นข่าวใหญ่ในยุโรป แต่สหภาพโซเวียตก็จับกุมกวาดล้างผู้ชุมนุมและสามารถควบคุมสถานการณ์ได้
     ในปลาย ค.ศ. ๑๙๗๕ สหภาพโซเวียตร่วมลงนามกับสหรัฐอเมริกาและประเทศตะวันตกอื่น ๆ ในข้อตกลงเฮลซิงกิ(Helsinki Agreement) ซึ่งยอมรับในหลักสิทธิมนุษยชนและเสรีภาพขั้นพื้นฐานของประชาชนทางความคิด การนับถือศาสนาและเสรีภาพทางการเมือง ปัญญาชนจึงเห็นเป็นโอกาสจัดตั้งกลุ่มเฮลซิงกิิลทัวเนีย(Lithuanian Helsinki Group) ขึ้นในเดือนธันวาคม ค.ศ. ๑๙๗๖ เพื่อเฝ้าติดตามการดำเนินงานด้านสิทธิมนุษยชนของสหภาพโซเวียตและเคลื่อนไหวเพื่อสิทธิเสรีภาพในประเทศ กลุ่มดังกล่าวได้ประสานงานการเคลื่อนไหวกับกลุ่มสิทธิมนุษยชนอื่น ๆในรัฐบอลติกและสหภาพโซเวียต และในเวลาอันสั้นก็เป็นแกนนำสำคัญในการประสานงานเคลื่อนไหวของกลุ่มปัญญาชนนอกรีต (dissidents)อื่น ๆ ใน ค.ศ. ๑๙๗๙ซึ่งเป็นวาระครบรอบ ๔๐ ปีของกติกาไม่รุกรานกันระหว่างนาซี-โซเวียตหรือกติการิบเบนทรอพ-โมโลตอฟ กลุ่มเฮลซิงกิิลทัวเนียผลักดันให้ผู้แทนกลุ่มปัญญาชนในเอสโตเนีย และลิทัวเนีย รวมทั้งกลุ่มสิทธิมนุษยชนในสหภาพโซเวียต ซึ่งมีอันเดรย์ซาคารอฟ (Andrei Sakarov) เป็นผู้นำรวม ๔๕ คน ร่วมลงนามเรียกร้องให้สหภาพโซเวียตและรัฐบาลเยอรมนี ตีพิมพ์เผยแพร่รายละเอียดกติการิบเบนทรอฟ-โมโลตอฟทั้งหมด และให้ประเทศสมาชิกองค์การสนธิสัญญาแอตแลนติกเหนือหรือนาโต(North Atlantic Treaty Organization - NATO) ประณามกติการิบเบนทรอฟ-โมโลตอฟและผลสืบเนื่องจากกติกาดังกล่าว รวมทั้งให้องค์การสหประชาชาติพิจารณาปัญหาเอกราชของ ๓ รัฐบอลติก การเคลื่อนไหวครั้งนี้นับเป็นจุดเริ่มต้นของการเรียกร้องเอกราชกลับคืนแก่รัฐบอลติกทั้ง ๓ ประเทศ นอกจากนี้ กลุ่มเฮลซิงกิลิทัวเนียยังเคลื่อนไหวต่อต้านการบุกอัฟกานิสถานของสหภาพโซเวียตและเรียกร้องให้กองทหารโซเวียตถอนกำลังออกจากรัฐบอลติกด้วย
     ในกลาง ค.ศ. ๑๙๘๕ เมื่อประธานาธิบดีมีฮาอิล เซียร์เกเยวิช กอร์บาชอฟ(Mikhail Sergeyevich Gorobachev) ผู้นำคนใหม่ของสหภาพโซเวียตสืบต่อจากคอนสตันติน อุสตีโนวิช เชียร์เนนโค (Konstantin Ustinovich Chernenkoค.ศ. ๑๙๑๑-๑๙๘๕) เริ่มนโยบายกลาสนอสต์-เปเรสตรอยกา (Glasnost-Perestroika)หรือนโยบายเปิด-ปรับ เพื่อปฏิรูปประเทศให้เป็นประชาธิปไตยทั้งในสหภาพโซเวียตและรัฐบริวารโซเวียต (Soviet Bloc) ปัญญาชนลิทัวเนียได้ใช้เงื่อนไขของนโยบายเปิด-ปรับเคลื่อนไหวเรียกร้องรัฐบาลให้ปฏิรูประบบเศรษฐกิจและการเมือง ในเดือนสิงหาคม ค.ศ. ๑๙๘๗ กลุ่มปัญญาชนใน ๓ รัฐบอลติกจัดชุมนุมขึ้นที่กรุงริกา (Riga)เมืองหลวงของลัตเวีย กรุงทาลลินน์ (Tallinn) เมืองหลวงของเอสโตเนีย และกรุงวิลนีอุส ต่อต้านกติกาสัญญาไม่รุกรานต่อกันระหว่างนาซี-โซเวียตและเรียกร้องอำนาจอธิปไตย การชุมนุมครั้งนี้เป็นการรวมพลังทางการเมืองร่วมกันครั้งแรกของประชาชนทั้ง ๓ รัฐบอลติก และทำให้กระแสการเคลื่อนไหวเพื่อเอกราชเริ่มกลายเป็นประเด็นสำคัญทางการเมือง ในวันที่ ๑๖ กุมภาพันธ์ ค.ศ. ๑๙๘๘ มีการจัดชุมนุมเฉลิมฉลองวันเอกราช แม้พรรคคอมมิวนิสต์พยายามขัดขวางแต่ก็ประสบความล้มเหลว ผลสืบเนื่องที่สำคัญของการชุมนุมครั้งนี้คือปัญญาชน และสมาชิกพรรคคอมมิวนิสต์แนวปฏิรูปรวมตัวกันจัดตั้งกลุ่มที่เรียกว่า “ขบวนการลิทัวเนีย เพื่อการปรับเปลี่ยน” (Lithuanian Movement for Restructuring) หรือที่เรียกกันทั่วไปว่าซายูดิส (Sajudis) ขึ้นเมื่อวันที่ ๒๓พฤษภาคม ค.ศ. ๑๙๘๘ โดยมีจุดมุ่งหมายเพื่อเคลื่อนไหวสนับสนุนนโยบายของกอร์บาชอฟและเพื่อสร้างความเป็นประชาธิปไตยในสังคมลิทัวเนีย ตลอดจนรณรงค์ส่งเสริมให้ประชาชนตระหนักและเข้าใจในประเด็นปัญหาระดับชาติเรื่องต่าง ๆ เช่น การต่อต้านการสร้างเตาปฏิกรณ์นิวเคลียร์เครื่องที่ ๓ ที่เมืองอิกนาลีนา การเรียกร้องให้เปิดเผยข้อเท็จจริงในสมัยการปกครองของสตาลิน การเคลื่อนไหวให้ใช้ภาษาลิทัวเนียเป็นภาษาราชการ ซายูดิสพยายามประสานการเคลื่อนไหวทางการเมืองกับสันนิบาตเพื่อเสรีภาพลิทัวเนีย (LithuanianFreedom League - LFL) ซึ่งมีแนวนโยบายรุนแรงให้ใช้แนวทางสายกลางในการต่อสู้เพื่อเอกราชและอยู่ในกรอบของกฎหมาย
     ในการเลือกตั้งผู้แทนสภาประชาชน (Congress of Peopleûs Deputies) ในสหภาพโซเวียตเดือนมีนาคมถึงพฤษภาคม ค.ศ. ๑๙๘๙ ผู้แทนกลุ่มซายูดิสได้รับเลือกเป็นจำนวนมากกว่าผู้แทนจากพรรคคอมมิวนิสต์ิลทัวเนีย ผลการเลือกตั้งดังกล่าวนำไปสู่การเปลี่ยนแปลงทางการเมืองภายในประเทศเพราะทำให้พรรคคอมมิวนิสต์ลิทัวเนียต้องหันมาร่วมมือกับกลุ่มซายูดิสมากขึ้น และต่อมาในเดือนกรกฎาคมรัฐบาลลิทัวเนียก็ประกาศแก้ไขรัฐธรรมนูญโดยให้กฎหมายของสาธารณรัฐสังคมนิยมโซเวียตลิทัวเนียอยู่เหนือกฎหมายของสหภาพสาธารณรัฐสังคมนิยมโซเวียตและถือว่าการรวมเป็นส่วนหนึ่งของดินแดนในสหภาพโซเวียตเป็นสิ่งที่ไม่ชอบธรรมทางกฎหมาย ในเดือนสิงหาคม ค.ศ. ๑๙๘๙ ซึ่งเป็นวาระครบรอบ ๕๐ ปีของกติกาสัญญาไม่รุกรานกันระหว่างนาซี-โซเวียต กลุ่มแนวร่วมประชาชนของทั้ง ๓ รัฐบอลติกได้รวมพลังประชาชน ๑.๒๕ ล้านคนต่อต้านกติกาสนธิสัญญาฯด้วยการจับมือเป็นลูกโซ่ยาว ๗๐๐ กิโลเมตรตั้งแต่กรุงทาลลินน์ถึงกรุงริกาและกรุงวิลนีอุสสหภาพโซเวียตตอบโต้การต่อต้านอย่างสันติที่เรียกว่า “สายโซ่บอลติก”(Baltic Chain)ด้วยการข่มขู่จะใช้กำลังเข้าปราบปรามการเคลื่อนไหวที่บ่อนทำลายเอกภาพของระบอบสังคมนิยมและอ้างว่าการผนวก ๓ รัฐบอลติกใน ค.ศ. ๑๙๔๐ เป็นสิ่งที่ถูกต้องทางกฎหมาย
     การข่มขู่ของสหภาพโซเวียตกลับทำให้กระแสการต่อต้านและความต้องการที่จะแยกตัวออกจากสหภาพโซเวียตขยายตัวอย่างรวดเร็วพรรคคอมมิวนิสต์ลิทัวเนียซึ่งสมาชิกส่วนใหญ่สนับสนุนการประกาศอำนาจอธิปไตยของลิทัวเนียจึงมีมติประกาศแยกตัวออกจากพรรคคอมมิวนิสต์โซเวียตและปฏิรูปทางการเมืองโดยให้มีพรรคการเมืองหลายพรรคเพื่อทำลายการผูกขาดอำนาจของพรรคคอมมิวนิสต์ในต้นเดือนมกราคม ค.ศ. ๑๙๙๐ ประธานาธิบดีกอร์บาชอฟไปเยือนลิทัวเนียเพื่อเจรจาแก้ไขปัญหาการจะแยกตัวของลิทัวเนีย เขายืนยันสนับสนุนการเรียกร้องอำนาจอธิปไตยของประชาชนลิทัวเนียรวมทั้งการแยกตัวออก แต่เรียกร้องให้ชะลอเวลาไว้ก่อนเพราะสหภาพโซเวียตกำลังดำเนินการร่างรัฐธรรมนูญฉบับใหม่ที่จะให้อำนาจทางเศรษฐกิจและการเมืองแก่สาธารณรัฐโซเวียตทั้ง ๑๕ แห่ง ทั้งให้อำนาจการปกครองตนเองมากขึ้น แต่ิลทัวเนียเห็นว่าสหภาพโซเวียตพยายามถ่วงเวลาเรื่องการแยกตัวออกและไม่ยอมรับประวัติศาสตร์ของลิทัวเนียซึ่งถูกบีบบังคับด้วยกำลังให้ตกเป็นดินแดนของสหภาพโซเวียต ลิทัวเนียจึงยืนยันการแยกตัวเป็นเอกราชในช่วงเวลาเดียวกันบอริส เยลต์ซิน (Boris Yeltsin) ผู้นำกลุ่มฝ่ายค้านคนสำคัญในรัฐสภาโซเวียตก็ประกาศสนับสนุนการแยกตัวเป็นเอกราชของทั้ง ๓ รัฐบอลติกการสนับสนุนของเยลต์ซินมีส่วนทำให้สภาโซเวียตสูงสุดแห่งลิทัวเนีย (LithuanianSupreme Soviet) ซึ่งเพิ่งเลือกตั้งเสร็จสิ้นในเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ. ๑๙๙๐ และสมาชิกส่วนใหญ่จำนวน ๒ ใน ๓ เป็นผู้แทนของกลุ่มซายูดิสมีมติเอกฉันท์ประกาศความเป็นเอกราชเมื่อวันที่ ๑๑ มีนาคม ค.ศ. ๑๙๙๐ และเปลี่ยนชื่อประเทศเป็นสาธารณรัฐลิทัวเนีย (Republic of Lithuania) ลิทัวเนียจึงเป็นประเทศแรกในเครือสาธารณรัฐสังคมนิยมโซเวียตที่ประกาศอำนาจอธิปไตยของชาติ
     สหภาพโซเวียตตอบโต้ด้วยการใช้มาตรการคว่ำบาตรทางเศรษฐกิจแก่ลิทัวเนียซึ่งกินระยะเวลา ๓ เดือน เพื่อบีบบังคับให้ลิทัวเนียเลื่อนเวลาการปกครองตนเองลิทัวเนียต่อต้านด้วยการชุมนุมเคลื่อนไหวอย่างสงบและผนึกกำลังด้วยการร้องเพลงชาติปลุกเร้าเพื่อสร้างความสามัคคี แนวทางการต่อต้านด้วยสันติิวีธดังกล่าวเรียกกันว่าเป็น “การปฏิวัติด้วยเสียงเพลง”(Singing Revolution) วีเทาทัสลันด์เบอร์กิส (Vytautas Landsbergis) ประธานาธิบดีิลทัวเนียและผู้นำกลุ่มซายูดิสพยายามแก้ไขปัญหาทางการเมืองด้วยการประกาศว่าจะมีช่วงเวลาดำเนินการเพื่อปรับระบอบการปกครองที่เรียกว่า “สมัยการเปลี่ยนผ่าน” โดยลิทัวเนียยังยอมรับอำนาจการปกครองของรัฐบาลโซเวียตจนกว่าจะปรับระบบการเมือง การคลัง และอื่น ๆ ให้มั่นคงก่อนจะประกาศเอกราชอย่างเป็นทางการ อย่างไรก็ตาม สมาชิกหัวอนุรักษ์ของพรรคคอมมิวนิสต์โซเวียตและพรรคคอมมิวนิสต์ิลทัวเนียที่ต่อต้านการแยกตัวเรียกร้องให้กอร์บาชอฟใช้มาตรการเด็ดขาดแก่ิลทัวเนีย ต่อมา ในวันที่๑๐ มกราคม ค.ศ. ๑๙๙๑ สหภาพโซเวียตได้ใช้กำลังทหารโค่นรัฐบาลลิทัวเนียและปราบปรามการชุมนุมเคลื่อนไหวของประชาชนลิทัวเนียที่กรุงวิลนีอุสซึ่งมีผู้เสียชีวิต๑๔ คน และบาดเจ็บราว ๗๐๐ คน ทั้งบุกทำลายหอคอยสถานีิวทยุและโทรทัศน์ด้วยแต่ก็ล้มเหลวที่จะล้มอำนาจรัฐบาลลิทัวเนียและบดขยี้การเคลื่อนไหวต่อต้านอย่างสันติของประชาชน สหรัฐอเมริกาและนานาประเทศต่างเคลื่อนไหวประณามการใช้กำลังของสหภาพโซเวียตอย่างรุนแรง การใช้กำลังรุนแรงครั้งนี้ทำให้ลิทัวเนียปฏิเสธที่จะลงนามรับรองร่างสนธิสัญญาใหม่แห่งสหภาพ (New Treaty of Union)ของสหภาพโซเวียตในเดือนมีนาคม ค.ศ. ๑๙๙๑ ขณะเดียวกันลัตเวีย เอสโตเนีย อาร์เมเนีย จอร์เจียและมอลเดเวีย (Moldavia) ก็ปฏิเสธที่จะลงนามรับรองด้วย
     ในเดือนสิงหาคม ค.ศ. ๑๙๙๑ กลุ่มคอมมิวนิสต์โซเวียตหัวอนุรักษ์และกองทัพร่วมมือกันก่อรัฐประหารในกรุงมอสโกเพื่อโค่นอำนาจประธานาธิบดีกอร์บา-ชอฟซึ่งถูกควบคุมตัวที่บ้านพักในไครเมีย แต่ประสบความล้มเหลวเพราะประชาชนรวมพลังกันต่อต้านจนได้รับชัยชนะ ในช่วงการเกิดรัฐประหารในกรุงมอสโกลิทัวเนียจึงเห็นเป็นโอกาสประกาศการสิ้นสุดของสมัยการเปลี่ยนผ่านและถือว่าได้รับเอกราชโดยสมบูรณ์ ต่อมา ในวันที่ ๒ กันยายน ค.ศ. ๑๙๙๑ สหรัฐอเมริกาก็ประกาศรับรองความเป็นเอกราชของลิทัวเนีย ลัตเวีย และเอสโตเนีย และสถาปนาความสัมพันธ์ทางการทูตอย่างเป็นทางการกับ ๓ รัฐบอลติก อีก ๔ วันต่อมา สหภาพโซเวียตก็จำต้องประกาศรับรองสถานภาพของลิทัวเนีย ต่อมาในวันที่ ๑๗ กันยายนปีเดียวกัน ลิทัวเนียก็เข้าเป็นสมาชิกขององค์การสหประชาชาติ
     หลังการแยกตัวออกจากสหภาพโซเวียต ลิทัวเนียได้เริ่มปรับโครงสร้างเศรษฐกิจแบบรวมศูนย์ให้เป็นระบบเศรษฐกิจแบบตลาดเสรีและดำเนินการแปรรูปรัฐวิสาหกิจโดยเปิดกว้างสำหรับประชาชนทั่วไป รัฐบาลดำเนินมาตรการปล่อยให้ราคาสินค้าลอยตัวโดยเสรี และส่งเสริมการแข่งขันของธุรกิจเอกชน ทั้งยกเลิกการสนับสนุนอุตสาหกรรมและรัฐวิสาหกิจ ขณะเดียวกันตั้งแต่เดือนมิถุนายน ค.ศ. ๑๙๙๓รัฐบาลยกเลิกการพยุงราคาสินค้า เช่น ขนมปัง น้ำตาล ทั้งเน้นความเข้มงวดในการใช้นโยบายการเงินและการคลังเพื่อป้องกันภาวะเงินเฟ้ออย่างรุนแรงด้วยการออกเงินสกุลแห่งชาติลิทัวเนียที่เรียกว่า ลิตัส และควบคุมกระแสหมุนเวียนทางการเงินอย่างเข้มงวด ในกลาง ค.ศ. ๑๙๙๓ รัฐบาลยังเปิดตลาดซื้อขายหลักทรัพย์เพื่อระดมเงินทุนในประเทศโดยกำหนดให้บริษัทที่จดทะเบียนอยู่ในตลาดหลักทรัพย์ต้องมีทุนจดทะเบียนอย่างน้อย ๒๕๐,๐๐๐ ลิตัส รัฐยังคงควบคุมกิจการรัฐวิสาหกิจขนาดใหญ่ และโอนกิจกรรมที่มีขนาดเล็กให้แก่เอกชน นอกจากนี้ มีการทำความตกลงการค้าเสรีกับเอสโตเนีย และลัตเวีย เมื่อวันที่ ๑๓ กรกฎาคม ค.ศ. ๑๙๙๓ เพื่อรวมตลาดของทั้ง ๓ ประเทศเข้าด้วยกันโดยยกเลิกข้อจำกัดทางการค้าระหว่างกันนโยบายเศรษฐกิจดังกล่าวทำให้ระบบเศรษฐกิจของประเทศเริ่มฟื้นตัวขึ้น อัตราเงินเฟ้อลดลงเป็นลำดับจากร้อยละ ๔๕.๑๐ ใน ค.ศ. ๑๙๙๔ เหลือร้อยละ ๓๕.๗ใน ค.ศ. ๑๙๙๕ และร้อยละ ๒๐ ใน ค.ศ. ๑๙๙๖ ค่าเงินสกุลลิตัสที่มีเสถียรภาพขึ้นได้มีส่วนโน้มน้าวให้การลงทุนจากต่างชาติมีมากขึ้น ในต้นทศวรรษ ๒๐๐๐ รัฐบาลใช้นโยบายลดภาษีเพื่อกระตุ้นกิจกรรมด้านธุรกิจและเพิ่มการผลิต ตลอดจนปรับปรุงระบบภาษีทั้งภาษีนิติบุคคลและภาษีรายได้ส่วนบุคคล ขณะเดียวกันก็จัดตั้งเขตปลอดภาษีเพื่อดึงดูดนักลงทุนต่างชาติเข้ามาลงทุนในเขตปลอดภาษีที่กำหนดรวม๖ แห่ง โดยยกเว้นภาษีส่งออกและนำเข้า และให้สิทธิพิเศษอื่น ๆ
     ใน ค.ศ. ๑๙๙๒ ลิทัวเนียประกาศใช้รัฐธรรมนูญฉบับใหม่ซึ่งปกครองระบอบประชาธิปไตยแบบรัฐสภา มีประธานาธิบดีซึ่งมาจากการเลือกตั้งโดยตรงเป็นประมุขของประเทศดำรงตำแหน่งวาระ ๕ ปี รัฐสภาที่เรียกว่า เซมาส เป็นระบบสภาเดียวโดยมีสมาชิกสภาทั้งหมด ๑๔๑ คน (๗๑ คนเลือกตั้งโดยตรง และอีก๗๐ คนเลือกตั้งแบบสัดส่วน)ดำรงตำแหน่งวาระ ๔ ปี ประธานสภาเป็นผู้แต่งตั้งนายกรัฐมนตรีในการเลือกตั้งทั่วไปครั้งแรกหลังเอกราชในเดือนตุลาคม ค.ศ. ๑๙๙๒อัลเกียร์ดัส บราเซาสคัส (Algirdas Brazauskas) ผู้นำพรรคคอมมิวนิสต์ิลทัวเนียซึ่งเปลี่ยนชื่อเป็นพรรคแรงงานประชาธิปไตยลิทัวเนีย (Lithuanian DemocraticLabour Party - LDDP) ได้เป็นประธานาธิบดีคนแรกของประเทศพรรคการเมืองสำคัญอื่นๆ คือ พรรคประชาธิปไตยคริสเตียน (Christian Democrats Party)พรรคสหภาพปิตุภูมิ(Union Homeland Party)พรรคสหภาพเสรี(Liberal Union)และพรรคสหภาพศูนย์กลางประชาธิปไตย (Democratic Center Union) เป็นต้นในต้น ค.ศ. ๒๐๐๓ โรลันดัสพัคซัส (Rolandas Paksas)อดีตนายกรัฐมนตรีและผู้นำพรรคสหภาพเสรีเป็นประธานาธิบดีของประเทศ แต่ในเดือนเมษายน ค.ศ. ๒๐๐๔เขาถูกถอดถอนจากตำแหน่งด้วยข้อกล่าวหามีส่วนร่วมมือกับพวกมาเฟียรัสเซีย ซึ่งนับเป็นวิกฤตการณ์ทางการเมืองที่ร้ายแรงที่สุดของลิทัวเนียหลังจากได้เอกราชวลาดัสอดัมคุส (Vladas Adamkus)อดีตประธานาธิบดีได้รับเลือกเป็นประธานาธิบดีอีกครั้งหนึ่งในเดือนกรกฎาคม ค.ศ. ๒๐๐๔
     ลิทัวเนียกำหนดแนวนโยบายต่างประเทศด้วยการเน้นความสัมพันธ์ที่ใกล้ชิดกับโปแลนด์ และการเสริมสร้างความร่วมมือกับเอสโตเนีย ลัตเวีย และกลุ่มประเทศนอร์ดิก ตลอดจนการกระชับความร่วมมือกับสหพันธรัฐรัสเซีย (RussianFederation) ในทางเศรษฐกิจ พลังงานและการคมนาคมขนส่ง ในขณะเดียวกันก็เร่งให้กองทหารรัสเซีย ที่ประจำการในประเทศถอนกำลังออกซึ่งนำไปสู่ความตกลงระหว่าง ๒ ประเทศเมื่อวันที่ ๘ กันยายน ค.ศ. ๑๙๙๒ โดยรัสเซีย จะต้องถอนกำลังให้เสร็จสิ้นภายในวันที่ ๓๑ สิงหาคม ค.ศ. ๑๙๙๓ ลิทัวเนียจึงเป็นประเทศแรกในกลุ่มรัฐบอลติกที่ทหารรัสเซีย ถอนกำลังออกจากประเทศภายในเวลาที่กำหนด ใน ค.ศ.๑๙๙๒ ลิทัวเนีย เดนมาร์ก เยอรมนี เอสโตเนีย และลัตเวีย ได้ร่วมมือกันจัดตั้งสภาแห่งรัฐทะเลบอลติก (Council of the Baltic Sea States) ขึ้นที่กรุงโคเปนเฮเกน(Copenhagen) เพื่อร่วมกันปกป้องสิ่งแวดล้อมและการแลกเปลี่ยนข้อมูลข่าวสารระหว่างภูมิภาคเพื่อความมั่นคงและความร่วมมือกันระหว่างประเทศ นอกจากทั้ง ๕ประเทศที่ร่วมกันจัดตั้งแล้วก็มีนอร์เวย์ โปแลนด์ เยอรมนี และสหพันธรัฐรัสเซีย เข้าเป็นสมาชิกด้วย ใน ค.ศ. ๑๙๙๔ ลิทัวเนีย ลัตเวีย และเอสโต-เนียร่วมกันจัดตั้งกองทัพบอลติก (Baltic Battalion) ขึ้นเพื่อเป็นหน่วยรักษาสันติภาพและเสริมสร้างความมั่นคงระหว่างประเทศ ความสำเร็จของการดำเนินงานของกองทัพบอลติกได้มีส่วนทำให้ลิทัวเนียได้รับการเชิญชวนให้เข้าเป็นสมาชิกองค์การสนธิสัญญาแอตแลนติกเหนือ หรือนาโตใน ค.ศ. ๒๐๐๒ ต่อมาใน ค.ศ. ๒๐๐๔ ลิทัวเนียก็เป็นสมาชิกที่สมบูรณ์ทั้งขององค์การนาโตและสหภาพยุโรป (European Union).